src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class IdCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   protected AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   protected boolean showScores = true;\r
  32 \r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   Image image;\r
  36   Graphics gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39 \r
  40   java.util.Vector searchResults;\r
  41 \r
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  43   {\r
  44     setLayout(null);\r
  45     this.av = av;\r
  46     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  50                            int ypos)\r
  51   {\r
  52     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  53 \r
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  55     {\r
  56       gg.setColor(Color.black);\r
  57       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  58                   getSize().width, charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  62              av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  66                   getSize().width, charHeight);\r
  67       gg.setColor(Color.white);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       gg.setColor(s.getColor());\r
  72       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  73                   getSize().width, charHeight);\r
  74       gg.setColor(Color.black);\r
  75     }\r
  76 \r
  77     String string = s.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
  78 \r
  79     gg.drawString(string, 0,\r
  80                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  81                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  82 \r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void fastPaint(int vertical)\r
  86   {\r
  87     if (gg == null)\r
  88     {\r
  89       repaint();\r
  90       return;\r
  91     }\r
  92 \r
  93     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  94 \r
  95     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
  96     if (vertical > 0) // scroll down\r
  97     {\r
  98       ss = es - vertical;\r
  99       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 100       {\r
 101         ss = av.startSeq;\r
 102       }\r
 103       else\r
 104       {\r
 105         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 106       }\r
 107     }\r
 108     else if (vertical < 0)\r
 109     {\r
 110       es = ss - vertical;\r
 111       if (es > av.endSeq)\r
 112       {\r
 113         es = av.endSeq;\r
 114       }\r
 115     }\r
 116 \r
 117     gg.translate(0, transY);\r
 118 \r
 119     drawIds(ss, es);\r
 120 \r
 121     gg.translate(0, -transY);\r
 122 \r
 123     fastPaint = true;\r
 124     repaint();\r
 125   }\r
 126 \r
 127   public void update(Graphics g)\r
 128   {\r
 129     paint(g);\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void paint(Graphics g)\r
 133   {\r
 134     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 135     {\r
 136       return;\r
 137     }\r
 138     if (fastPaint)\r
 139     {\r
 140       fastPaint = false;\r
 141       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 142       return;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     imgHeight = getSize().height;\r
 146     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 147 \r
 148     if (imgHeight < 1)\r
 149     {\r
 150       return;\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 154     {\r
 155       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 156       gg = image.getGraphics();\r
 157       gg.setFont(av.getFont());\r
 158     }\r
 159 \r
 160     //Fill in the background\r
 161     gg.setColor(Color.white);\r
 162     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 163                            av.getFont().getSize());\r
 164     gg.setFont(italic);\r
 165 \r
 166     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 167     drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 168     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 169   }\r
 170 \r
 171   void drawIds(int starty, int endy)\r
 172   {\r
 173     Color currentColor = Color.white;\r
 174     Color currentTextColor = Color.black;\r
 175     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 176                              av.getFont().getSize());\r
 177 \r
 178     if (av.getWrapAlignment())\r
 179     {\r
 180       int annotationHeight = 0;\r
 181       AnnotationLabels labels = null;\r
 182 \r
 183       if(av.showAnnotation)\r
 184       {\r
 185         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 186         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 187         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 188       }\r
 189 \r
 190       int hgap = av.charHeight;\r
 191       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 192         hgap += av.charHeight;\r
 193 \r
 194       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 195           + hgap\r
 196           + annotationHeight;\r
 197 \r
 198         int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 199 \r
 200         // Draw the rest of the panels\r
 201         for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 202                 (ypos <= getSize().height) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 203                 ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 204         {\r
 205             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 206             {\r
 207                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 208                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 209             }\r
 210 \r
 211             if(labels!=null)\r
 212             {\r
 213               gg.setFont(av.getFont());\r
 214               gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 215               labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 216               gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 217               gg.setFont(italic);\r
 218             }\r
 219         }\r
 220 \r
 221     }\r
 222     else\r
 223     {\r
 224 \r
 225       //Now draw the id strings\r
 226       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 227       {\r
 228         // Selected sequence colours\r
 229 \r
 230         if (searchResults != null &&\r
 231             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 232         {\r
 233           gg.setColor(Color.black);\r
 234           currentColor = Color.black;\r
 235           currentTextColor = Color.white;\r
 236         }\r
 237         else if (av.getSelectionGroup() != null\r
 238                  &&\r
 239                  av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.\r
 240             getSequenceAt(i)))\r
 241         {\r
 242           currentColor = Color.lightGray;\r
 243           currentTextColor = Color.black;\r
 244         }\r
 245         else\r
 246         {\r
 247           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 248           currentTextColor = Color.black;\r
 249         }\r
 250 \r
 251         gg.setColor(currentColor);\r
 252 \r
 253         gg.fillRect(0,\r
 254                     ((i - starty) * av.charHeight),\r
 255                     getSize().width,\r
 256                     av.charHeight);\r
 257 \r
 258         gg.setColor(currentTextColor);\r
 259         String string = av.alignment.getSequenceAt(i)\r
 260             .getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 261 \r
 262         gg.drawString(string, 0,\r
 263                       ((i - starty) * av.charHeight) +\r
 264                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 265       }\r
 266 \r
 267       // add a border\r
 268       gg.setColor(Color.white);\r
 269       gg.fillRect(getSize().width - 4, 0, 4, getSize().height);\r
 270     }\r
 271 \r
 272   }\r
 273 \r
 274   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 275   {\r
 276     searchResults = found;\r
 277     repaint();\r
 278   }\r
 279 }\r