src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class IdCanvas extends Panel
  26 {
  27   protected AlignViewport av;
  28
  29   protected boolean showScores = true;
  30
  31   protected int maxIdLength = -1;
  32
  33   protected String maxIdStr = null;
  34
  35   Image image;
  36
  37   Graphics gg;
  38
  39   int imgHeight = 0;
  40
  41   boolean fastPaint = false;
  42
  43   List<SequenceI> searchResults;
  44
  45   public IdCanvas(AlignViewport av)
  46   {
  47     setLayout(null);
  48     this.av = av;
  49     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  50   }
  51
  52   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  53           int ypos)
  54   {
  55     int charHeight = av.getCharHeight();
  56
  57     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  58     {
  59       gg.setColor(Color.black);
  60       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  61               charHeight);
  62       gg.setColor(Color.white);
  63     }
  64     else if (av.getSelectionGroup() != null
  65             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  66     {
  67       gg.setColor(Color.lightGray);
  68       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  69               charHeight);
  70       gg.setColor(Color.white);
  71     }
  72     else
  73     {
  74       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  75       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  76               charHeight);
  77       gg.setColor(Color.black);
  78     }
  79
  80     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  81             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  82                     - (charHeight / 5));
  83
  84     if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
  85     {
  86       drawMarker(i, starty, ypos);
  87     }
  88
  89   }
  90
  91   public void fastPaint(int vertical)
  92   {
  93     if (gg == null)
  94     {
  95       repaint();
  96       return;
  97     }
  98
  99     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical
 100             * av.charHeight);
 101
 102     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 103     if (vertical > 0) // scroll down
 104     {
 105       ss = es - vertical;
 106       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 107       {
 108         ss = av.startSeq;
 109       }
 110       else
 111       {
 112         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 113       }
 114     }
 115     else if (vertical < 0)
 116     {
 117       es = ss - vertical;
 118       if (es > av.endSeq)
 119       {
 120         es = av.endSeq;
 121       }
 122     }
 123
 124     gg.translate(0, transY);
 125
 126     drawIds(ss, es);
 127
 128     gg.translate(0, -transY);
 129
 130     fastPaint = true;
 131     repaint();
 132   }
 133
 134   public void update(Graphics g)
 135   {
 136     paint(g);
 137   }
 138
 139   public void paint(Graphics g)
 140   {
 141     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 142     {
 143       return;
 144     }
 145     if (fastPaint)
 146     {
 147       fastPaint = false;
 148       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 149       return;
 150     }
 151
 152     imgHeight = getSize().height;
 153     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 154
 155     if (imgHeight < 1)
 156     {
 157       return;
 158     }
 159
 160     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 161     {
 162       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 163       gg = image.getGraphics();
 164       gg.setFont(av.getFont());
 165     }
 166
 167     // Fill in the background
 168     gg.setColor(Color.white);
 169     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 170             .getFont().getSize());
 171     gg.setFont(italic);
 172
 173     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 174     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 175     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 176   }
 177
 178   void drawIds(int starty, int endy)
 179   {
 180     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 181             .getFont().getSize());
 182
 183     gg.setFont(italic);
 184
 185     Color currentColor = Color.white;
 186     Color currentTextColor = Color.black;
 187
 188     if (av.getWrapAlignment())
 189     {
 190       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 191       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 192
 193       if (av.hasHiddenColumns())
 194       {
 195         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 196       }
 197
 198       int annotationHeight = 0;
 199       AnnotationLabels labels = null;
 200
 201       if (av.showAnnotation)
 202       {
 203         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 204         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 205         labels = new AnnotationLabels(av);
 206       }
 207
 208       int hgap = av.charHeight;
 209       if (av.scaleAboveWrapped)
 210       {
 211         hgap += av.charHeight;
 212       }
 213
 214       int cHeight = alheight * av.charHeight + hgap + annotationHeight;
 215
 216       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 217
 218       // Draw the rest of the panels
 219       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 220               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 221       {
 222         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 223         {
 224
 225           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 226           gg.setFont(italic);
 227           if (av.hasHiddenRows())
 228           {
 229             setHiddenFont(s);
 230           }
 231           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 232         }
 233
 234         if (labels != null)
 235         {
 236           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 237           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 238           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 239         }
 240
 241       }
 242     }
 243     else
 244     {
 245       // Now draw the id strings
 246       SequenceI seq;
 247       for (int i = starty; i < endy; i++)
 248       {
 249
 250         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 251         if (seq == null)
 252         {
 253           continue;
 254         }
 255         gg.setFont(italic);
 256         // boolean isrep=false;
 257         if (av.hasHiddenRows())
 258         {
 259           // isrep =
 260           setHiddenFont(seq);
 261         }
 262
 263         // Selected sequence colours
 264         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 265         {
 266           currentColor = Color.black;
 267           currentTextColor = Color.white;
 268         }
 269         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 270                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 271         {
 272           currentColor = Color.lightGray;
 273           currentTextColor = Color.black;
 274         }
 275         else
 276         {
 277           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 278           currentTextColor = Color.black;
 279         }
 280
 281         gg.setColor(currentColor);
 282         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 283         // different way
 284         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 285                 av.charHeight);
 286         gg.setColor(currentTextColor);
 287
 288         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 289                 (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight)
 290                         - (av.charHeight / 5));
 291
 292         if (av.hasHiddenRows() && av.showHiddenMarkers)
 293         {
 294           drawMarker(i, starty, 0);
 295         }
 296       }
 297     }
 298   }
 299
 300   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 301   {
 302     searchResults = list;
 303     repaint();
 304   }
 305
 306   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 307   {
 308     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 309     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 310     // 3 times.
 311     int hSize = hseqs.length;
 312
 313     int hiddenIndex = i;
 314     int lastIndex = i - 1;
 315     int nextIndex = i + 1;
 316
 317     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 318     {
 319       if (hseqs[j] != null)
 320       {
 321         if (j - 1 < hiddenIndex)
 322         {
 323           hiddenIndex++;
 324         }
 325         if (j - 1 < lastIndex)
 326         {
 327           lastIndex++;
 328         }
 329         if (j - 1 < nextIndex)
 330         {
 331           nextIndex++;
 332         }
 333       }
 334     }
 335
 336     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 337     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 338
 339     gg.setColor(Color.blue);
 340     if (below)
 341     {
 342       gg.fillPolygon(new int[]
 343       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 344           getSize().width }, new int[]
 345       { (i - starty) * av.charHeight + yoffset,
 346           (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,
 347           (i - starty) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 348     }
 349     if (above)
 350     {
 351       gg.fillPolygon(new int[]
 352       { getSize().width - av.charHeight, getSize().width - av.charHeight,
 353           getSize().width }, new int[]
 354       { (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,
 355           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset - av.charHeight / 4,
 356           (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset }, 3);
 357
 358     }
 359   }
 360
 361   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 362   {
 363     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 364             .getSize());
 365
 366     if (av.getHiddenRepSequences() != null
 367             && av.getHiddenRepSequences().containsKey(seq))
 368     {
 369       gg.setFont(bold);
 370       return true;
 371     }
 372     return false;
 373   }
 374 }