src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class IdCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   protected AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   protected boolean showScores = true;\r
  32 \r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   Image image;\r
  36   Graphics gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39 \r
  40   java.util.Vector searchResults;\r
  41 \r
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  43   {\r
  44     setLayout(null);\r
  45     this.av = av;\r
  46     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  50                            int ypos)\r
  51   {\r
  52     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  53 \r
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  55     {\r
  56       gg.setColor(Color.black);\r
  57       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  58                   getSize().width, charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  62              av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  66                   getSize().width, charHeight);\r
  67       gg.setColor(Color.white);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));\r
  72       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  73                   getSize().width, charHeight);\r
  74       gg.setColor(Color.black);\r
  75     }\r
  76 \r
  77 \r
  78     gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
  79                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  80                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  81 \r
  82     if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
  83           drawMarker(i, starty, ypos);\r
  84 \r
  85   }\r
  86 \r
  87   public void fastPaint(int vertical)\r
  88   {\r
  89     if (gg == null)\r
  90     {\r
  91       repaint();\r
  92       return;\r
  93     }\r
  94 \r
  95     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  96 \r
  97     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
  98     if (vertical > 0) // scroll down\r
  99     {\r
 100       ss = es - vertical;\r
 101       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 102       {\r
 103         ss = av.startSeq;\r
 104       }\r
 105       else\r
 106       {\r
 107         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 108       }\r
 109     }\r
 110     else if (vertical < 0)\r
 111     {\r
 112       es = ss - vertical;\r
 113       if (es > av.endSeq)\r
 114       {\r
 115         es = av.endSeq;\r
 116       }\r
 117     }\r
 118 \r
 119     gg.translate(0, transY);\r
 120 \r
 121     drawIds(ss, es);\r
 122 \r
 123     gg.translate(0, -transY);\r
 124 \r
 125     fastPaint = true;\r
 126     repaint();\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void update(Graphics g)\r
 130   {\r
 131     paint(g);\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void paint(Graphics g)\r
 135   {\r
 136     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 137     {\r
 138       return;\r
 139     }\r
 140     if (fastPaint)\r
 141     {\r
 142       fastPaint = false;\r
 143       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 144       return;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     imgHeight = getSize().height;\r
 148     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 149 \r
 150     if (imgHeight < 1)\r
 151     {\r
 152       return;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 156     {\r
 157       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 158       gg = image.getGraphics();\r
 159       gg.setFont(av.getFont());\r
 160     }\r
 161 \r
 162     //Fill in the background\r
 163     gg.setColor(Color.white);\r
 164     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 165                            av.getFont().getSize());\r
 166     gg.setFont(italic);\r
 167 \r
 168     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 169     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);\r
 170     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   void drawIds(int starty, int endy)\r
 174   {\r
 175     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 176                            av.getFont().getSize());\r
 177 \r
 178     gg.setFont(italic);\r
 179 \r
 180     Color currentColor = Color.white;\r
 181     Color currentTextColor = Color.black;\r
 182 \r
 183     if (av.getWrapAlignment())\r
 184     {\r
 185       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 186       int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 187 \r
 188       if (av.hasHiddenColumns)\r
 189         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 190 \r
 191       int annotationHeight = 0;\r
 192       AnnotationLabels labels = null;\r
 193 \r
 194       if (av.showAnnotation)\r
 195       {\r
 196         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 197         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 198         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 199       }\r
 200 \r
 201       int hgap = av.charHeight;\r
 202       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 203         hgap += av.charHeight;\r
 204 \r
 205       int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 206           + hgap\r
 207           + annotationHeight;\r
 208 \r
 209       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 210 \r
 211       // Draw the rest of the panels\r
 212       for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 213            (ypos <= getSize().height) && (row < maxwidth);\r
 214            ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 215       {\r
 216         for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 217         {\r
 218           if (av.hasHiddenRows)\r
 219           {\r
 220             setHiddenFont(i);\r
 221           }\r
 222           else\r
 223             gg.setFont(italic);\r
 224 \r
 225           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 226           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 227         }\r
 228 \r
 229         if (labels != null)\r
 230         {\r
 231           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));\r
 232           labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 233           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));\r
 234         }\r
 235 \r
 236       }\r
 237     }\r
 238     else\r
 239     {\r
 240       //Now draw the id strings\r
 241 \r
 242       //Now draw the id strings\r
 243       SequenceI seq;\r
 244       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 245       {\r
 246         if (av.hasHiddenRows)\r
 247         {\r
 248           setHiddenFont(i);\r
 249         }\r
 250 \r
 251         seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 252         if(seq==null)\r
 253           continue;\r
 254 \r
 255         // Selected sequence colours\r
 256         if ( (searchResults != null) &&\r
 257             searchResults.contains(seq))\r
 258         {\r
 259           currentColor = Color.black;\r
 260           currentTextColor = Color.white;\r
 261         }\r
 262         else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 263                  av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 264         {\r
 265           currentColor = Color.lightGray;\r
 266           currentTextColor = Color.black;\r
 267         }\r
 268         else\r
 269         {\r
 270           currentColor =  av.getSequenceColour(seq);\r
 271           currentTextColor = Color.black;\r
 272         }\r
 273 \r
 274         gg.setColor(currentColor);\r
 275 \r
 276         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,\r
 277                     av.charHeight);\r
 278 \r
 279         gg.setColor(currentTextColor);\r
 280 \r
 281 \r
 282         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 283                       0,\r
 284                       ( ( (i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 285                       (av.charHeight / 5));\r
 286 \r
 287         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 288           drawMarker(i, starty, 0);\r
 289       }\r
 290     }\r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 294   {\r
 295     searchResults = found;\r
 296     repaint();\r
 297   }\r
 298 \r
 299   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 300   {\r
 301     SequenceI [] hseqs = av.alignment.getHiddenSequences().hiddenSequences;\r
 302     //Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust\r
 303     //3 times.\r
 304     int hSize = hseqs.length;\r
 305 \r
 306     int hiddenIndex = i;\r
 307     int lastIndex = i - 1;\r
 308     int nextIndex = i + 1;\r
 309 \r
 310     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 311     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);\r
 312 \r
 313 \r
 314 \r
 315     for(int j=0; j<hSize; j++)\r
 316     {\r
 317       if (hseqs[j] != null)\r
 318       {\r
 319         if(j-1<hiddenIndex)\r
 320           hiddenIndex++;\r
 321         if(j-1<lastIndex)\r
 322           lastIndex++;\r
 323         if(j-1<nextIndex)\r
 324           nextIndex++;\r
 325       }\r
 326       }\r
 327 \r
 328       gg.setColor(Color.blue);\r
 329       if(below)\r
 330       {\r
 331         gg.fillPolygon(new int[]\r
 332                        {getSize().width- av.charHeight,\r
 333                        getSize().width- av.charHeight,\r
 334                        getSize().width},\r
 335                        new int[]\r
 336                        {\r
 337                        (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
 338                        (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
 339                        (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
 340         }, 3);\r
 341       }\r
 342       if(above)\r
 343       {\r
 344         gg.fillPolygon(new int[]\r
 345                       {getSize().width- av.charHeight,\r
 346                       getSize().width - av.charHeight,\r
 347                       getSize().width },\r
 348                       new int[]\r
 349                       {\r
 350                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
 351                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
 352                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
 353        }, 3);\r
 354 \r
 355       }\r
 356   }\r
 357 \r
 358   void setHiddenFont(int i)\r
 359   {\r
 360   /*  System.out.println(i+" "+av.alignment.getHeight());\r
 361     if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 362       gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 363                           av.getFont().getSize()));\r
 364     else\r
 365       gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 366                           av.getFont().getSize()));*/\r
 367   }\r
 368 }\r