src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(parent.alignFrame.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  73   {}\r
  74 \r
  75   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     mouseDragging = true;\r
  78 \r
  79     int y = e.getY();\r
  80     if (av.getWrapAlignment())\r
  81     {\r
  82       y -= 2 * av.charHeight;\r
  83     }\r
  84     int seq = av.getIndex(y);\r
  85 \r
  86     if (seq < 0)\r
  87     {\r
  88       return;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if (seq < lastid)\r
  92     {\r
  93       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  94     }\r
  95     else if (seq > lastid)\r
  96     {\r
  97       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     lastid = seq;\r
 101     alignPanel.repaint();\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 105   {\r
 106     if (e.getClickCount() < 2)\r
 107         return;\r
 108 \r
 109     int y = e.getY();\r
 110 \r
 111     if (av.getWrapAlignment())\r
 112     {\r
 113       y -= (2 * av.charHeight);\r
 114     }\r
 115 \r
 116     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 117     int seq = av.getIndex(y);\r
 118     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 119 \r
 120     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 121     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 122     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 123     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 124 \r
 125     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 126     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 127 \r
 128     try\r
 129     {\r
 130 \r
 131       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 132     }\r
 133     catch (Exception ex)\r
 134     {\r
 135       ex.printStackTrace();\r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 140   {\r
 141     if (scrollThread != null)\r
 142     {\r
 143       scrollThread.running = false;\r
 144     }\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 148   {\r
 149     if (av.getWrapAlignment())\r
 150     {\r
 151       return;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 155     {\r
 156       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 160         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 161     {\r
 162       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 163     }\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 167   {\r
 168     if (e.getClickCount() >1 )\r
 169     {\r
 170       return;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     int y = e.getY();\r
 174     if (av.getWrapAlignment())\r
 175     {\r
 176       y -= 2 * av.charHeight;\r
 177     }\r
 178 \r
 179     int seq = av.getIndex(y);\r
 180     if (seq == -1)\r
 181     {\r
 182       return;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 186         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 187     {\r
 188       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 189       this.add(popup);\r
 190       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 191       return;\r
 192     }\r
 193 \r
 194     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 195         av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null)\r
 196     {\r
 197 \r
 198       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 199       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 200       selection.setStartRes(0);\r
 201       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 202       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 203       {\r
 204         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 205       }\r
 206 \r
 207       av.setSelectionGroup(selection);\r
 208       return;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     if (av.getSelectionGroup() == null ||\r
 212         (!e.isControlDown() && av.getSelectionGroup() != null))\r
 213     {\r
 214       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 215     }\r
 216 \r
 217     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 218     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 219 \r
 220     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 221     {\r
 222       selectSeqs(lastid, seq);\r
 223     }\r
 224     else\r
 225     {\r
 226       selectSeq(seq);\r
 227     }\r
 228 \r
 229     alignPanel.repaint();\r
 230   }\r
 231 \r
 232   void selectSeq(int seq)\r
 233   {\r
 234     lastid = seq;\r
 235     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 236     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 237   }\r
 238 \r
 239   void selectSeqs(int start, int end)\r
 240   {\r
 241 \r
 242     lastid = start;\r
 243     if (end < start)\r
 244     {\r
 245       int tmp = start;\r
 246       start = end;\r
 247       end = tmp;\r
 248       lastid = end;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 252     {\r
 253       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 254     }\r
 255 \r
 256   }\r
 257 \r
 258   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 259   {\r
 260     if (scrollThread != null)\r
 261     {\r
 262       scrollThread.running = false;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 266       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 267 \r
 268     mouseDragging = false;\r
 269     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 273   {\r
 274     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 275 \r
 276     if (found == null)\r
 277     {\r
 278       return;\r
 279     }\r
 280 \r
 281     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 282 \r
 283     // do we need to scroll the panel?\r
 284     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 285     {\r
 286       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 287     }\r
 288   }\r
 289 \r
 290   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 291   class ScrollThread\r
 292       extends Thread\r
 293   {\r
 294     boolean running = false;\r
 295     boolean up = true;\r
 296     public ScrollThread(boolean up)\r
 297     {\r
 298       this.up = up;\r
 299       start();\r
 300     }\r
 301 \r
 302     public void stopScrolling()\r
 303     {\r
 304       running = false;\r
 305     }\r
 306 \r
 307     public void run()\r
 308     {\r
 309       running = true;\r
 310       while (running)\r
 311       {\r
 312         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 313         {\r
 314           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 315           int seq = av.getStartSeq();\r
 316           if (!up)\r
 317           {\r
 318             seq = av.getEndSeq();\r
 319           }\r
 320 \r
 321           if (seq < lastid)\r
 322           {\r
 323             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 324           }\r
 325           else if (seq > lastid)\r
 326           {\r
 327             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 328           }\r
 329 \r
 330           lastid = seq;\r
 331         }\r
 332         else\r
 333         {\r
 334           running = false;\r
 335         }\r
 336 \r
 337         alignPanel.repaint();\r
 338         try\r
 339         {\r
 340           Thread.sleep(100);\r
 341         }\r
 342         catch (Exception ex)\r
 343         {}\r
 344       }\r
 345     }\r
 346   }\r
 347 \r
 348 }\r