src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.UrlLink;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.Panel;
  32 import java.awt.event.InputEvent;
  33 import java.awt.event.MouseEvent;
  34 import java.awt.event.MouseListener;
  35 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
  40         MouseMotionListener
  41 {
  42
  43   protected IdCanvas idCanvas;
  44
  45   protected AlignmentViewport av;
  46
  47   protected AlignmentPanel alignPanel;
  48
  49   ScrollThread scrollThread = null;
  50
  51   int lastid = -1;
  52
  53   boolean mouseDragging = false;
  54
  55   java.util.Vector links = new java.util.Vector();
  56
  57   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  58   {
  59     this.av = av;
  60     alignPanel = parent;
  61     idCanvas = new IdCanvas(av);
  62     setLayout(new BorderLayout());
  63     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  64     idCanvas.addMouseListener(this);
  65     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  66
  67     String label, url;
  68     // TODO: add in group link parameter
  69     if (av.applet != null)
  70     {
  71       for (int i = 1; i < 10; i++)
  72       {
  73         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  74         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  75
  76         if (label != null && url != null)
  77         {
  78           links.addElement(label + "|" + url);
  79         }
  80
  81       }
  82     }
  83     {
  84       // upgrade old SRS link
  85       int srsPos = links
  86               .indexOf("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  87       if (srsPos > -1)
  88       {
  89         links.setElementAt(
  90                 "EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$",
  91                 srsPos);
  92       }
  93     }
  94     if (links.size() < 1)
  95     {
  96       links = new java.util.Vector();
  97       links.addElement("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$");
  98     }
  99   }
 100
 101   Tooltip tooltip;
 102
 103   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 104   {
 105     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 106
 107     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 108
 109     // look for non-pos features
 110     StringBuffer tooltiptext = new StringBuffer();
 111     if (sequence != null)
 112     {
 113       if (sequence.getDescription() != null)
 114       {
 115         tooltiptext.append(sequence.getDescription());
 116         tooltiptext.append("\n");
 117       }
 118
 119       SequenceFeature sf[] = sequence.getSequenceFeatures();
 120       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
 121       {
 122         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
 123         {
 124           boolean nl = false;
 125           if (sf[sl].getFeatureGroup() != null)
 126           {
 127             tooltiptext.append(sf[sl].getFeatureGroup());
 128             nl = true;
 129           }
 130           ;
 131           if (sf[sl].getType() != null)
 132           {
 133             tooltiptext.append(" ");
 134             tooltiptext.append(sf[sl].getType());
 135             nl = true;
 136           }
 137           ;
 138           if (sf[sl].getDescription() != null)
 139           {
 140             tooltiptext.append(" ");
 141             tooltiptext.append(sf[sl].getDescription());
 142             nl = true;
 143           }
 144           ;
 145           if (!Float.isNaN(sf[sl].getScore()) && sf[sl].getScore() != 0f)
 146           {
 147             tooltiptext.append(" Score = ");
 148             tooltiptext.append(sf[sl].getScore());
 149             nl = true;
 150           }
 151           ;
 152           if (sf[sl].getStatus() != null && sf[sl].getStatus().length() > 0)
 153           {
 154             tooltiptext.append(" (");
 155             tooltiptext.append(sf[sl].getStatus());
 156             tooltiptext.append(")");
 157             nl = true;
 158           }
 159           ;
 160           if (nl)
 161           {
 162             tooltiptext.append("\n");
 163           }
 164         }
 165       }
 166     }
 167     if (tooltiptext.length() == 0)
 168     {
 169       // nothing to display - so clear tooltip if one is visible
 170       if (tooltip != null)
 171       {
 172         tooltip.setVisible(false);
 173       }
 174       tooltip = null;
 175       tooltiptext = null;
 176       return;
 177     }
 178     if (tooltip == null)
 179     {
 180       tooltip = new Tooltip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 181               + tooltiptext.toString(), idCanvas);
 182     }
 183     else
 184     {
 185       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 186               + tooltiptext.toString());
 187     }
 188     tooltiptext = null;
 189   }
 190
 191   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 192   {
 193     mouseDragging = true;
 194
 195     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 196
 197     if (seq < lastid)
 198     {
 199       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 200     }
 201     else if (seq > lastid)
 202     {
 203       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 204     }
 205
 206     lastid = seq;
 207     alignPanel.paintAlignment(false);
 208   }
 209
 210   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 211   {
 212     if (e.getClickCount() < 2)
 213     {
 214       return;
 215     }
 216
 217     // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 218     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 219     SequenceI sq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 220     if (sq == null)
 221     {
 222       return;
 223     }
 224     String id = sq.getName();
 225
 226     String target = null;
 227     String url = null;
 228     int i = 0;
 229     while (url == null && i < links.size())
 230     {
 231       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 232       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
 233       url = links.elementAt(i++).toString();
 234       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
 235       try
 236       {
 237         urlLink = new UrlLink(url);
 238         target = urlLink.getTarget();
 239       } catch (Exception foo)
 240       {
 241         System.err.println("Exception for URLLink '" + url + "'");
 242         foo.printStackTrace();
 243         url = null;
 244         continue;
 245       }
 246       ;
 247       if (!urlLink.isValid())
 248       {
 249         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 250         url = null;
 251         continue;
 252       }
 253
 254       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);
 255       if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length() < 1)
 256       {
 257         url = null;
 258         continue;
 259       }
 260       // just take first URL made from regex
 261       url = urls[1];
 262     }
 263     try
 264     {
 265
 266       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 267     } catch (Exception ex)
 268     {
 269       ex.printStackTrace();
 270     }
 271   }
 272
 273   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 274   {
 275     if (scrollThread != null)
 276     {
 277       scrollThread.running = false;
 278     }
 279   }
 280
 281   public void mouseExited(MouseEvent e)
 282   {
 283     if (av.getWrapAlignment())
 284     {
 285       return;
 286     }
 287
 288     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
 289     {
 290       scrollThread = new ScrollThread(true);
 291     }
 292
 293     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height
 294             && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
 295     {
 296       scrollThread = new ScrollThread(false);
 297     }
 298   }
 299
 300   public void mousePressed(MouseEvent e)
 301   {
 302     if (e.getClickCount() > 1)
 303     {
 304       return;
 305     }
 306
 307     int y = e.getY();
 308     if (av.getWrapAlignment())
 309     {
 310       y -= 2 * av.getCharHeight();
 311     }
 312
 313     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 314
 315     if ((e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 316     {
 317       Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 318
 319       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
 320       // features
 321       Vector nlinks = new Vector();
 322       for (int l = 0, lSize = links.size(); l < lSize; l++)
 323       {
 324         nlinks.addElement(links.elementAt(l));
 325       }
 326       SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();
 327       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
 328       {
 329         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
 330         {
 331           if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size() > 0)
 332           {
 333             for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)
 334             {
 335               nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));
 336             }
 337           }
 338         }
 339       }
 340
 341       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, sq, nlinks);
 342       this.add(popup);
 343       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 344       return;
 345     }
 346
 347     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 348             || ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av
 349                     .getSelectionGroup() != null))
 350     {
 351       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 352       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 353       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);
 354     }
 355
 356     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 357     {
 358       selectSeqs(lastid, seq);
 359     }
 360     else
 361     {
 362       selectSeq(seq);
 363     }
 364
 365     alignPanel.paintAlignment(false);
 366   }
 367
 368   void selectSeq(int seq)
 369   {
 370     lastid = seq;
 371     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 372     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);
 373   }
 374
 375   void selectSeqs(int start, int end)
 376   {
 377
 378     lastid = start;
 379
 380     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 381     {
 382       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 383     }
 384
 385     if (end < start)
 386     {
 387       int tmp = start;
 388       start = end;
 389       end = tmp;
 390       lastid = end;
 391     }
 392     if (av.getSelectionGroup() == null)
 393     {
 394       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 395     }
 396     for (int i = start; i <= end; i++)
 397     {
 398       av.getSelectionGroup().addSequence(
 399               av.getAlignment().getSequenceAt(i), i == end);
 400     }
 401
 402   }
 403
 404   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 405   {
 406     if (scrollThread != null)
 407     {
 408       scrollThread.running = false;
 409     }
 410
 411     if (av.getSelectionGroup() != null)
 412     {
 413       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 414     }
 415
 416     mouseDragging = false;
 417     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 418     // always send selection message when mouse is released
 419     av.sendSelection();
 420   }
 421
 422   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)
 423   {
 424     idCanvas.setHighlighted(list);
 425
 426     if (list == null)
 427     {
 428       return;
 429     }
 430
 431     int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));
 432
 433     // do we need to scroll the panel?
 434     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)
 435     {
 436       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 437     }
 438   }
 439
 440   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 441   class ScrollThread extends Thread
 442   {
 443     boolean running = false;
 444
 445     boolean up = true;
 446
 447     public ScrollThread(boolean up)
 448     {
 449       this.up = up;
 450       start();
 451     }
 452
 453     public void stopScrolling()
 454     {
 455       running = false;
 456     }
 457
 458     public void run()
 459     {
 460       running = true;
 461       while (running)
 462       {
 463         if (alignPanel.scrollUp(up))
 464         {
 465           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 466           int seq = av.getStartSeq();
 467           if (!up)
 468           {
 469             seq = av.getEndSeq();
 470           }
 471
 472           if (seq < lastid)
 473           {
 474             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 475           }
 476           else if (seq > lastid && seq < av.getAlignment().getHeight())
 477           {
 478             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 479           }
 480
 481           lastid = seq;
 482         }
 483         else
 484         {
 485           running = false;
 486         }
 487
 488         alignPanel.paintAlignment(true);
 489         try
 490         {
 491           Thread.sleep(100);
 492         } catch (Exception ex)
 493         {
 494         }
 495       }
 496     }
 497   }
 498 }