src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40 \r
  41   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  42   {\r
  43     this.av = av;\r
  44     alignPanel = parent;\r
  45     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  46     setLayout(new BorderLayout());\r
  47     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  48     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  49     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  53   {}\r
  54 \r
  55   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  56   {\r
  57     mouseDragging = true;\r
  58 \r
  59     int y = e.getY();\r
  60     if (av.getWrapAlignment())\r
  61     {\r
  62       y -= 2 * av.charHeight;\r
  63     }\r
  64     int seq = av.getIndex(y);\r
  65 \r
  66     if (seq < 0)\r
  67     {\r
  68       return;\r
  69     }\r
  70 \r
  71     if (seq < lastid)\r
  72     {\r
  73       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  74     }\r
  75     else if (seq > lastid)\r
  76     {\r
  77       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  78     }\r
  79 \r
  80     lastid = seq;\r
  81     alignPanel.repaint();\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  85   {\r
  86     if (e.getClickCount() == 2)\r
  87     {\r
  88       int y = e.getY();\r
  89       if (av.getWrapAlignment())\r
  90       {\r
  91         y -= 2 * av.charHeight;\r
  92       }\r
  93 \r
  94       int seq = av.getIndex(y);\r
  95       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  96 \r
  97       try\r
  98       {\r
  99         jalview.bin.JalviewLite.showURL(\r
 100             "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
 101             "]+-vn+2");\r
 102       }\r
 103       catch (Exception ex)\r
 104       {\r
 105         ex.printStackTrace();\r
 106       }\r
 107     }\r
 108 \r
 109   }\r
 110 \r
 111   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 112   {\r
 113     if (scrollThread != null)\r
 114     {\r
 115       scrollThread.running = false;\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 120   {\r
 121     if (av.getWrapAlignment())\r
 122     {\r
 123       return;\r
 124     }\r
 125 \r
 126     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 127     {\r
 128       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 129     }\r
 130 \r
 131     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 132         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 133     {\r
 134       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 135     }\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 139   {\r
 140     if (e.getClickCount() == 2)\r
 141     {\r
 142       return;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     int y = e.getY();\r
 146     if (av.getWrapAlignment())\r
 147     {\r
 148       y -= 2 * av.charHeight;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     int seq = av.getIndex(y);\r
 152     if (seq == -1)\r
 153     {\r
 154       return;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 158         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 159     {\r
 160       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, null);\r
 161       this.add(popup);\r
 162       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 163       return;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 167         av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null)\r
 168     {\r
 169 \r
 170       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 171       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 172       selection.setStartRes(0);\r
 173       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 174       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 175       {\r
 176         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 177       }\r
 178 \r
 179       av.setSelectionGroup(selection);\r
 180       return;\r
 181     }\r
 182 \r
 183     if (av.getSelectionGroup() == null ||\r
 184         (!e.isControlDown() && av.getSelectionGroup() != null))\r
 185     {\r
 186       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 187     }\r
 188 \r
 189     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 190     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 191 \r
 192     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 193     {\r
 194       selectSeqs(lastid, seq);\r
 195     }\r
 196     else\r
 197     {\r
 198       selectSeq(seq);\r
 199     }\r
 200 \r
 201     alignPanel.repaint();\r
 202   }\r
 203 \r
 204   void selectSeq(int seq)\r
 205   {\r
 206     lastid = seq;\r
 207     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 208     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 209   }\r
 210 \r
 211   void selectSeqs(int start, int end)\r
 212   {\r
 213 \r
 214     lastid = start;\r
 215     if (end < start)\r
 216     {\r
 217       int tmp = start;\r
 218       start = end;\r
 219       end = tmp;\r
 220       lastid = end;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 224     {\r
 225       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 226     }\r
 227 \r
 228   }\r
 229 \r
 230   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 231   {\r
 232     if (scrollThread != null)\r
 233     {\r
 234       scrollThread.running = false;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 238       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 239 \r
 240     mouseDragging = false;\r
 241     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 245   {\r
 246     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 247 \r
 248     if (found == null)\r
 249     {\r
 250       return;\r
 251     }\r
 252 \r
 253     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 254 \r
 255     // do we need to scroll the panel?\r
 256     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 257     {\r
 258       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 259     }\r
 260   }\r
 261 \r
 262   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 263   class ScrollThread\r
 264       extends Thread\r
 265   {\r
 266     boolean running = false;\r
 267     boolean up = true;\r
 268     public ScrollThread(boolean up)\r
 269     {\r
 270       this.up = up;\r
 271       start();\r
 272     }\r
 273 \r
 274     public void stopScrolling()\r
 275     {\r
 276       running = false;\r
 277     }\r
 278 \r
 279     public void run()\r
 280     {\r
 281       running = true;\r
 282       while (running)\r
 283       {\r
 284         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 285         {\r
 286           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 287           int seq = av.getStartSeq();\r
 288           if (!up)\r
 289           {\r
 290             seq = av.getEndSeq();\r
 291           }\r
 292 \r
 293           if (seq < lastid)\r
 294           {\r
 295             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 296           }\r
 297           else if (seq > lastid)\r
 298           {\r
 299             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 300           }\r
 301 \r
 302           lastid = seq;\r
 303         }\r
 304         else\r
 305         {\r
 306           running = false;\r
 307         }\r
 308 \r
 309         alignPanel.repaint();\r
 310         try\r
 311         {\r
 312           Thread.sleep(100);\r
 313         }\r
 314         catch (Exception ex)\r
 315         {}\r
 316       }\r
 317     }\r
 318   }\r
 319 \r
 320 }\r