src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  27         MouseMotionListener, MouseListener
  28 {
  29   Image miniMe;
  30
  31   Image offscreen;
  32
  33   AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   float scalew = 1f;
  38
  39   float scaleh = 1f;
  40
  41   public int width, sequencesHeight;
  42
  43   int graphHeight = 20;
  44
  45   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;
  46
  47   boolean resizing = false;
  48
  49   // Can set different properties in this seqCanvas than
  50   // main visible SeqCanvas
  51   SequenceRenderer sr;
  52
  53   FeatureRenderer fr;
  54
  55   Frame nullFrame;
  56
  57   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)
  58   {
  59     this.av = ap.av;
  60     this.ap = ap;
  61     setLayout(null);
  62     nullFrame = new Frame();
  63     nullFrame.addNotify();
  64
  65     sr = new SequenceRenderer(av);
  66     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();
  67     sr.renderGaps = false;
  68     sr.forOverview = true;
  69     fr = new FeatureRenderer(av);
  70     fr.overview = true;
  71
  72     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  73     float initialScale = (float) av.getAlignment().getWidth()
  74             / (float) av.getAlignment().getHeight();
  75
  76     if (av.getSequenceConsensusHash() == null)
  77     {
  78       graphHeight = 0;
  79     }
  80
  81     if (av.getAlignment().getWidth() > av.getAlignment().getHeight())
  82     {
  83       // wider
  84       width = 400;
  85       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);
  86       if (sequencesHeight < 40)
  87       {
  88         sequencesHeight = 40;
  89       }
  90     }
  91     else
  92     {
  93       // taller
  94       width = (int) (400f * initialScale);
  95       sequencesHeight = 300;
  96       if (width < 120)
  97       {
  98         width = 120;
  99       }
 100     }
 101
 102     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 103     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 104     {
 105
 106       @Override
 107       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 108       {
 109         if (getSize().width != width
 110                 || getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)
 111         {
 112           updateOverviewImage();
 113         }
 114       }
 115     });
 116
 117     addMouseMotionListener(this);
 118
 119     addMouseListener(this);
 120
 121     updateOverviewImage();
 122
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 127   {
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 132   {
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 137   {
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 142   {
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 147   {
 148     boxX = evt.getX();
 149     boxY = evt.getY();
 150     checkValid();
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 155   {
 156     boxX = evt.getX();
 157     boxY = evt.getY();
 158     checkValid();
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 163   {
 164     boxX = evt.getX();
 165     boxY = evt.getY();
 166     checkValid();
 167   }
 168
 169   void checkValid()
 170   {
 171     if (boxY < 0)
 172     {
 173       boxY = 0;
 174     }
 175
 176     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))
 177     {
 178       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;
 179     }
 180
 181     if (boxX < 0)
 182     {
 183       boxX = 0;
 184     }
 185
 186     if (boxX > (width - boxWidth))
 187     {
 188       if (av.hasHiddenColumns())
 189       {
 190         // Try smallest possible box
 191         boxWidth = (int) ((av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 192       }
 193       boxX = width - boxWidth;
 194     }
 195
 196     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());
 197     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());
 198
 199     if (av.hasHiddenColumns())
 200     {
 201       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))
 202       {
 203         return;
 204       }
 205
 206       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);
 207     }
 208
 209     if (av.hasHiddenRows())
 210     {
 211       row = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 212               .findIndexWithoutHiddenSeqs(row);
 213     }
 214
 215     ap.setScrollValues(col, row);
 216     ap.paintAlignment(false);
 217   }
 218
 219   /**
 220    * DOCUMENT ME!
 221    */
 222   public void updateOverviewImage()
 223   {
 224     if (resizing)
 225     {
 226       resizeAgain = true;
 227       return;
 228     }
 229
 230     if (av.showSequenceFeatures)
 231     {
 232       fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;
 233       fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;
 234     }
 235
 236     resizing = true;
 237
 238     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 239     {
 240       width = getSize().width;
 241       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 242     }
 243     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 244
 245     Thread thread = new Thread(this);
 246     thread.start();
 247     repaint();
 248   }
 249
 250   // This is set true if the user resizes whilst
 251   // the overview is being calculated
 252   boolean resizeAgain = false;
 253
 254   @Override
 255   public void run()
 256   {
 257     miniMe = null;
 258     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
 259     int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 260
 261     if (av.showSequenceFeatures)
 262     {
 263       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 264     }
 265
 266     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)
 267     {
 268       width = getSize().width;
 269       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 270     }
 271
 272     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 273
 274     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();
 275     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();
 276
 277     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 278     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 279
 280     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 281     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 282
 283     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 284     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 285     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 286
 287     int lastcol = 0, lastrow = 0;
 288     int xstart = 0, ystart = 0;
 289     Color color = Color.yellow;
 290     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;
 291     jalview.datamodel.SequenceI seq;
 292     boolean hiddenRow = false;
 293     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 294     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)
 295     {
 296       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 297       {
 298         sameRow++;
 299         continue;
 300       }
 301
 302       hiddenRow = false;
 303       if (av.hasHiddenRows())
 304       {
 305         seq = alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);
 306         if (seq == null)
 307         {
 308           int index = alignment.getHiddenSequences()
 309                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 310
 311           seq = alignment.getSequenceAt(index);
 312         }
 313         else
 314         {
 315           hiddenRow = true;
 316         }
 317       }
 318       else
 319       {
 320         seq = alignment.getSequenceAt(lastrow);
 321       }
 322
 323       for (col = 0; col < width; col++)
 324       {
 325         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 326                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 327         {
 328           sameCol++;
 329           continue;
 330         }
 331
 332         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 333
 334         if (seq.getLength() > lastcol)
 335         {
 336           color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol);
 337
 338           if (av.showSequenceFeatures)
 339           {
 340             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 341           }
 342         }
 343         else
 344         {
 345           color = Color.white; // White
 346         }
 347
 348         if (hiddenRow
 349                 || (av.hasHiddenColumns() && !av.getColumnSelection()
 350                         .isVisible(lastcol)))
 351         {
 352           color = color.darker().darker();
 353         }
 354
 355         mg.setColor(color);
 356         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 357         {
 358           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 359         }
 360         else
 361         {
 362           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 363         }
 364
 365         xstart = col;
 366         sameCol = 1;
 367       }
 368       lastrow = (int) (row * sampleRow);
 369       ystart = row;
 370       sameRow = 1;
 371     }
 372
 373     if (av.getAlignmentConservationAnnotation() != null)
 374     {
 375       for (col = 0; col < width; col++)
 376       {
 377         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 378         {
 379           mg.translate(col, sequencesHeight);
 380           ap.annotationPanel.renderer.drawGraph(mg,
 381                   av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 382                   av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 383                   (int) (sampleCol) + 1, graphHeight,
 384                   (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 385           mg.translate(-col, -sequencesHeight);
 386         }
 387       }
 388     }
 389     System.gc();
 390
 391     resizing = false;
 392
 393     setBoxPosition();
 394
 395     if (resizeAgain)
 396     {
 397       resizeAgain = false;
 398       updateOverviewImage();
 399     }
 400   }
 401
 402   public void setBoxPosition()
 403   {
 404     int fullsizeWidth = av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth();
 405     int fullsizeHeight = (av.getAlignment().getHeight() + av.getAlignment()
 406             .getHiddenSequences().getSize())
 407             * av.getCharHeight();
 408
 409     int startRes = av.getStartRes();
 410     int endRes = av.getEndRes();
 411
 412     if (av.hasHiddenColumns())
 413     {
 414       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);
 415       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);
 416     }
 417
 418     int startSeq = av.startSeq;
 419     int endSeq = av.endSeq;
 420
 421     if (av.hasHiddenRows())
 422     {
 423       startSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 424               .adjustForHiddenSeqs(startSeq);
 425
 426       endSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 427               .adjustForHiddenSeqs(endSeq);
 428
 429     }
 430
 431     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 432     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 433
 434     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);
 435     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);
 436
 437     if (av.hasHiddenColumns())
 438     {
 439       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 440     }
 441     else
 442     {
 443       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 444     }
 445
 446     boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);
 447
 448     repaint();
 449   }
 450
 451   @Override
 452   public void update(Graphics g)
 453   {
 454     paint(g);
 455   }
 456
 457   @Override
 458   public void paint(Graphics g)
 459   {
 460     Graphics og = offscreen.getGraphics();
 461     if (miniMe != null)
 462     {
 463       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 464       og.setColor(Color.red);
 465       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 466       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 467       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 468     }
 469   }
 470
 471 }