src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.util.Platform;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsHideHidden;
  27 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
  28 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  29
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  32 import java.awt.Cursor;
  33 import java.awt.Dimension;
  34 import java.awt.Frame;
  35 import java.awt.Panel;
  36 import java.awt.PopupMenu;
  37 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  38 import java.awt.event.ComponentEvent;
  39 import java.awt.event.InputEvent;
  40 import java.awt.event.ItemEvent;
  41 import java.awt.event.ItemListener;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  45 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  46
  47 import javax.swing.SwingUtilities;
  48
  49 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  50         MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  51 {
  52   private OverviewDimensions od;
  53
  54   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  55
  56   private AlignViewport av;
  57
  58   private AlignmentPanel ap;
  59
  60   private boolean showHidden = true;
  61
  62   private boolean updateRunning = false;
  63
  64   private boolean draggingBox = false;
  65
  66   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  67   {
  68     this.av = alPanel.av;
  69     this.ap = alPanel;
  70     setLayout(null);
  71
  72     od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
  73             (av.isShowAnnotation()
  74                     && av.getSequenceConsensusHash() != null));
  75
  76     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av);
  77     setLayout(new BorderLayout());
  78     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
  79
  80     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  81
  82     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  83
  84     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  85     {
  86
  87       @Override
  88       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  89       {
  90         if ((getWidth() != od.getWidth())
  91                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  92         {
  93           updateOverviewImage();
  94         }
  95       }
  96     });
  97
  98     addMouseMotionListener(this);
  99
 100     addMouseListener(this);
 101
 102     updateOverviewImage();
 103
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 108   {
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 113   {
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 118   {
 119     if ((evt.getModifiersEx()
 120             & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK)
 121     {
 122       showPopupMenu(evt);
 123     }
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 128   {
 129     if (od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 130     {
 131       this.getParent()
 132               .setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 133     }
 134     else
 135     {
 136       this.getParent()
 137               .setCursor(
 138                       Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.CROSSHAIR_CURSOR));
 139     }
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 144   {
 145     if ((evt.getModifiersEx()
 146             & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK)
 147     {
 148       if (!Platform.isMac()) // BH was excluding JavaScript
 149       {
 150         showPopupMenu(evt);
 151       }
 152     }
 153     else
 154     {
 155       // don't do anything if the mouse press is in the overview's box
 156       // (wait to see if it's a drag instead)
 157       // otherwise update the viewport
 158       if (!od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 159       {
 160         draggingBox = false;
 161
 162         // display drag cursor at mouse position
 163         setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.MOVE_CURSOR));
 164
 165         od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 166                 av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 167                 av.getAlignment().getHiddenColumns());
 168         getParent()
 169                 .setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 170       }
 171       else
 172       {
 173         draggingBox = true;
 174         od.setDragPoint(evt.getX(), evt.getY(),
 175                 av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 176                 av.getAlignment().getHiddenColumns());
 177       }
 178     }
 179   }
 180
 181   @Override
 182   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 183   {
 184     draggingBox = false;
 185   }
 186
 187   @Override
 188   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 189   {
 190     if (Platform.isWinRightButton(evt))
 191     {
 192       if ((evt.getModifiersEx()
 193               & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK)
 194       {
 195         showPopupMenu(evt);
 196         return;
 197       }
 198     }
 199
 200     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 201     {
 202         return;
 203     }
 204
 205           if (draggingBox)
 206           {
 207             // set the mouse position as a fixed point in the box
 208             // and drag relative to that position
 209             od.adjustViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 210                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 211                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 212           }
 213           else
 214           {
 215             od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 216                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 217                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 218           }
 219           ap.paintAlignment(false, false);
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 224    */
 225   public void updateOverviewImage()
 226   {
 227     if (oviewCanvas == null)
 228     {
 229       /*
 230        * panel has been disposed
 231        */
 232       return;
 233     }
 234
 235     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 236     {
 237       od.setWidth(getSize().width);
 238       od.setHeight(getSize().height);
 239     }
 240     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 241
 242     synchronized (this)
 243     {
 244       if (updateRunning)
 245       {
 246         oviewCanvas.restartDraw();
 247         return;
 248       }
 249
 250       updateRunning = true;
 251     }
 252     Thread thread = new Thread(this);
 253     thread.start();
 254     repaint();
 255     updateRunning = false;
 256   }
 257
 258   @Override
 259   public void run()
 260   {
 261     oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 262             (av.isShowAnnotation()
 263                     && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null),
 264             ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 265     setBoxPosition();
 266   }
 267
 268   /**
 269    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 270    * changed
 271    *
 272    */
 273   private void setBoxPosition()
 274   {
 275     od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 276             av.getAlignment().getHiddenColumns());
 277     repaint();
 278   }
 279
 280   /*
 281    * Displays the popup menu and acts on user input
 282    */
 283   private void showPopupMenu(MouseEvent e)
 284   {
 285     PopupMenu popup = new PopupMenu();
 286     ItemListener menuListener = new ItemListener()
 287     {
 288       @Override
 289       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 290       {
 291         toggleHiddenColumns();
 292       }
 293     };
 294     CheckboxMenuItem item = new CheckboxMenuItem(
 295             MessageManager.getString("label.togglehidden"));
 296     item.setState(showHidden);
 297     popup.add(item);
 298     item.addItemListener(menuListener);
 299     this.add(popup);
 300     popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 301   }
 302
 303   @Override
 304   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 305   {
 306     setBoxPosition();
 307   }
 308
 309   /*
 310    * Toggle overview display between showing hidden columns and hiding hidden columns
 311    */
 312   private void toggleHiddenColumns()
 313   {
 314     if (showHidden)
 315     {
 316       showHidden = false;
 317       od = new OverviewDimensionsHideHidden(av.getRanges(),
 318               (av.isShowAnnotation()
 319                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 320     }
 321     else
 322     {
 323       showHidden = true;
 324       od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
 325               (av.isShowAnnotation()
 326                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 327     }
 328     oviewCanvas.resetOviewDims(od);
 329     updateOverviewImage();
 330   }
 331
 332   /**
 333    * Removes this object as a property change listener, and nulls references
 334    */
 335   protected void dispose()
 336   {
 337     try
 338     {
 339       av.getRanges().removePropertyChangeListener(this);
 340       Frame parent = (Frame) getParent();
 341       parent.dispose();
 342       parent.setVisible(false);
 343     } finally
 344     {
 345       av = null;
 346       if (oviewCanvas != null)
 347       {
 348         oviewCanvas.dispose();
 349       }
 350       oviewCanvas = null;
 351       ap = null;
 352       od = null;
 353     }
 354   }
 355 }