src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Button;
  36 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  37 import java.awt.Choice;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.FlowLayout;
  40 import java.awt.Frame;
  41 import java.awt.Label;
  42 import java.awt.Menu;
  43 import java.awt.MenuBar;
  44 import java.awt.MenuItem;
  45 import java.awt.Panel;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.event.ItemEvent;
  49 import java.awt.event.ItemListener;
  50
  51 public class PCAPanel extends EmbmenuFrame
  52         implements Runnable, ActionListener, ItemListener
  53 {
  54   RotatableCanvas rc;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   PCAModel pcaModel;
  59
  60   int top = 0;
  61
  62   public PCAPanel(AlignViewport viewport)
  63   {
  64     try
  65     {
  66       jbInit();
  67     } catch (Exception e)
  68     {
  69       e.printStackTrace();
  70     }
  71
  72     for (int i = 1; i < 8; i++)
  73     {
  74       xCombobox.addItem("dim " + i);
  75       yCombobox.addItem("dim " + i);
  76       zCombobox.addItem("dim " + i);
  77     }
  78
  79     this.av = viewport;
  80     boolean selected = viewport.getSelectionGroup() != null
  81             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  82     AlignmentView seqstrings = viewport.getAlignmentView(selected);
  83     boolean nucleotide = viewport.getAlignment().isNucleotide();
  84     SequenceI[] seqs;
  85     if (!selected)
  86     {
  87       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
  88     }
  89     else
  90     {
  91       seqs = viewport.getSelectionGroup()
  92               .getSequencesInOrder(viewport.getAlignment());
  93     }
  94     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
  95     int length = sq[0].getWidth();
  96
  97     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  98     {
  99       if (sq[i].getWidth() != length)
 100       {
 101         System.out
 102                 .println("Sequences must be equal length for PCA analysis");
 103         return;
 104       }
 105     }
 106
 107     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 108             .getDefaultModel(!nucleotide);
 109     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 110             SimilarityParams.SeqSpace);
 111
 112     rc = new RotatableCanvas(viewport);
 113     embedMenuIfNeeded(rc);
 114     add(rc, BorderLayout.CENTER);
 115
 116     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,
 117             MessageManager.getString("label.principal_component_analysis"),
 118             475, 400);
 119
 120     Thread worker = new Thread(this, "PCACalc");
 121     worker.start();
 122   }
 123
 124   /**
 125    * DOCUMENT ME!
 126    */
 127   @Override
 128   public void run()
 129   {
 130     // TODO progress indicator
 131     calcSettings.setEnabled(false);
 132     rc.setEnabled(false);
 133     try
 134     {
 135       nuclSetting.setState(pcaModel.isNucleotide());
 136       protSetting.setState(!pcaModel.isNucleotide());
 137       pcaModel.calculate();
 138       // ////////////////
 139       xCombobox.select(0);
 140       yCombobox.select(1);
 141       zCombobox.select(2);
 142
 143       pcaModel.updateRc(rc);
 144       // rc.invalidate();
 145       top = pcaModel.getTop();
 146     } catch (OutOfMemoryError x)
 147     {
 148       System.err.println("Out of memory when calculating PCA.");
 149       return;
 150     }
 151     calcSettings.setEnabled(true);
 152
 153     // TODO revert progress indicator
 154     rc.setEnabled(true);
 155     rc.repaint();
 156     this.repaint();
 157   }
 158
 159   void doDimensionChange()
 160   {
 161     if (top == 0)
 162     {
 163       return;
 164     }
 165
 166     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 167     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 168     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 169     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 170     rc.resetView();
 171     rc.paint(rc.getGraphics());
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 176   {
 177     if (evt.getSource() == inputData)
 178     {
 179       showOriginalData();
 180     }
 181     if (evt.getSource() == resetButton)
 182     {
 183       xCombobox.select(0);
 184       yCombobox.select(1);
 185       zCombobox.select(2);
 186       doDimensionChange();
 187     }
 188     if (evt.getSource() == values)
 189     {
 190       values_actionPerformed();
 191     }
 192   }
 193
 194   @Override
 195   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 196   {
 197     if (evt.getSource() == xCombobox)
 198     {
 199       xCombobox_actionPerformed();
 200     }
 201     else if (evt.getSource() == yCombobox)
 202     {
 203       yCombobox_actionPerformed();
 204     }
 205     else if (evt.getSource() == zCombobox)
 206     {
 207       zCombobox_actionPerformed();
 208     }
 209     else if (evt.getSource() == labels)
 210     {
 211       labels_itemStateChanged(evt);
 212     }
 213     else if (evt.getSource() == nuclSetting)
 214     {
 215       if (!pcaModel.isNucleotide())
 216       {
 217         pcaModel.setNucleotide(true);
 218         ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 219                 .getDefaultModel(false);
 220         pcaModel.setScoreModel(scoreModel);
 221         new Thread(this, "PCARecalc").start();
 222       }
 223     }
 224     else if (evt.getSource() == protSetting)
 225     {
 226       if (pcaModel.isNucleotide())
 227       {
 228         pcaModel.setNucleotide(false);
 229         ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 230                 .getDefaultModel(true);
 231         pcaModel.setScoreModel(scoreModel);
 232         new Thread(this, "PCARecalc").start();
 233       }
 234     }
 235   }
 236
 237   protected void xCombobox_actionPerformed()
 238   {
 239     doDimensionChange();
 240   }
 241
 242   protected void yCombobox_actionPerformed()
 243   {
 244     doDimensionChange();
 245   }
 246
 247   protected void zCombobox_actionPerformed()
 248   {
 249     doDimensionChange();
 250   }
 251
 252   public void values_actionPerformed()
 253   {
 254
 255     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 256     Frame frame = new Frame();
 257     frame.add(cap);
 258     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 259             MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 260
 261     cap.setText(pcaModel.getDetails());
 262   }
 263
 264   void showOriginalData()
 265   {
 266     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 267     // warrant a new window to be created
 268     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 269     // yields unaligned seqs)
 270     // or create a selection box around columns in alignment view
 271     // test Alignment(SeqCigar[])
 272     char gc = '-';
 273     try
 274     {
 275       // we try to get the associated view's gap character
 276       // but this may fail if the view was closed...
 277       gc = av.getGapCharacter();
 278     } catch (Exception ex)
 279     {
 280     }
 281     ;
 282     Object[] alAndColsel = pcaModel.getInputData()
 283             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 284
 285     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 286     {
 287       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 288       AlignFrame af = new AlignFrame(al, av.applet, "Original Data for PCA",
 289               false);
 290
 291       af.viewport.getAlignment()
 292               .setHiddenColumns((HiddenColumns) alAndColsel[1]);
 293     }
 294   }
 295
 296   public void labels_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)
 297   {
 298     rc.showLabels(labels.getState());
 299   }
 300
 301   Panel jPanel2 = new Panel();
 302
 303   Label jLabel1 = new Label();
 304
 305   Label jLabel2 = new Label();
 306
 307   Label jLabel3 = new Label();
 308
 309   protected Choice xCombobox = new Choice();
 310
 311   protected Choice yCombobox = new Choice();
 312
 313   protected Choice zCombobox = new Choice();
 314
 315   protected Button resetButton = new Button();
 316
 317   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 318
 319   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 320
 321   MenuBar menuBar1 = new MenuBar();
 322
 323   Menu menu1 = new Menu();
 324
 325   Menu menu2 = new Menu();
 326
 327   Menu calcSettings = new Menu();
 328
 329   protected CheckboxMenuItem labels = new CheckboxMenuItem();
 330
 331   protected CheckboxMenuItem protSetting = new CheckboxMenuItem();
 332
 333   protected CheckboxMenuItem nuclSetting = new CheckboxMenuItem();
 334
 335   MenuItem values = new MenuItem();
 336
 337   MenuItem inputData = new MenuItem();
 338
 339   private void jbInit() throws Exception
 340   {
 341     this.setLayout(borderLayout1);
 342     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 343     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 344     jLabel1.setText("x=");
 345     jLabel2.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 346     jLabel2.setText("y=");
 347     jLabel3.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 348     jLabel3.setText("z=");
 349     jPanel2.setBackground(Color.white);
 350     zCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 351     zCombobox.addItemListener(this);
 352     yCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 353     yCombobox.addItemListener(this);
 354     xCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 355     xCombobox.addItemListener(this);
 356     resetButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 357     resetButton.setLabel(MessageManager.getString("action.reset"));
 358     resetButton.addActionListener(this);
 359     this.setMenuBar(menuBar1);
 360     menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 361     menu2.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 362     calcSettings.setLabel(MessageManager.getString("action.change_params"));
 363     labels.setLabel(MessageManager.getString("label.labels"));
 364     labels.addItemListener(this);
 365     values.setLabel(MessageManager.getString("label.output_values"));
 366     values.addActionListener(this);
 367     inputData.setLabel(MessageManager.getString("label.input_data"));
 368     nuclSetting
 369             .setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide_matrix"));
 370     nuclSetting.addItemListener(this);
 371     protSetting.setLabel(MessageManager.getString("label.protein_matrix"));
 372     protSetting.addItemListener(this);
 373     this.add(jPanel2, BorderLayout.SOUTH);
 374     jPanel2.add(jLabel1, null);
 375     jPanel2.add(xCombobox, null);
 376     jPanel2.add(jLabel2, null);
 377     jPanel2.add(yCombobox, null);
 378     jPanel2.add(jLabel3, null);
 379     jPanel2.add(zCombobox, null);
 380     jPanel2.add(resetButton, null);
 381     menuBar1.add(menu1);
 382     menuBar1.add(menu2);
 383     menuBar1.add(calcSettings);
 384     menu2.add(labels);
 385     menu1.add(values);
 386     menu1.add(inputData);
 387     calcSettings.add(nuclSetting);
 388     calcSettings.add(protSetting);
 389     inputData.addActionListener(this);
 390   }
 391
 392 }