src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class PCAPanel\r
  32     extends GPCAPanel implements Runnable\r
  33 {\r
  34   PCA pca;\r
  35   int top;\r
  36   RotatableCanvas rc;\r
  37   AlignViewport av;\r
  38   SequenceI [] seqs;\r
  39 \r
  40 \r
  41   public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  42   {\r
  43 \r
  44     this.av = av;\r
  45     if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().getSize() > 3)\r
  46     {\r
  47       seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  48       for (int i = 0; i < av.getSelectionGroup().getSize(); i++)\r
  49       {\r
  50         seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  51       }\r
  52     }\r
  53     else\r
  54     {\r
  55       seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  56       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  57       {\r
  58         seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  59       }\r
  60     }\r
  61     rc = new RotatableCanvas(av);\r
  62     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  63     Thread worker = new Thread(this);\r
  64     worker.start();\r
  65   }\r
  66 \r
  67   /**\r
  68    * DOCUMENT ME!\r
  69    */\r
  70   public void run()\r
  71   {\r
  72               pca = new PCA(seqs);\r
  73               pca.run();\r
  74 \r
  75               // Now find the component coordinates\r
  76               int ii = 0;\r
  77 \r
  78               while ((ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
  79               {\r
  80                   ii++;\r
  81               }\r
  82 \r
  83               double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  84 \r
  85               for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  86               {\r
  87                   if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  88                   {\r
  89                       comps[i] = pca.component(i);\r
  90                   }\r
  91               }\r
  92 \r
  93               //////////////////\r
  94               xCombobox.select(0);\r
  95               yCombobox.select(1);\r
  96               zCombobox.select(2);\r
  97 \r
  98               top = pca.getM().rows - 1;\r
  99 \r
 100               Vector points = new Vector();\r
 101               float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 102 \r
 103               for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 104               {\r
 105                   SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 106                   points.addElement(sp);\r
 107               }\r
 108 \r
 109               rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 110               rc.repaint();\r
 111               seqs = null;\r
 112   }\r
 113 \r
 114   void doDimensionChange()\r
 115   {\r
 116     if (top == 0)\r
 117     {\r
 118       return;\r
 119     }\r
 120 \r
 121     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 122     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 123     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 124 \r
 125     float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 126     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 127     {\r
 128       ( (SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 129     }\r
 130 \r
 131     rc.img = null;\r
 132     rc.rotmat.setIdentity();\r
 133     rc.initAxes();\r
 134     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 135   }\r
 136 \r
 137   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 138   {\r
 139     doDimensionChange();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 143   {\r
 144     doDimensionChange();\r
 145   }\r
 146 \r
 147   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 148   {\r
 149     doDimensionChange();\r
 150   }\r
 151 \r
 152 }\r