src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class PaintRefresher\r
  35 {\r
  36     static Hashtable components;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * DOCUMENT ME!\r
  40      *\r
  41      * @param comp DOCUMENT ME!\r
  42      * @param al DOCUMENT ME!\r
  43      */\r
  44     public static void Register(Component comp, String seqSetId)\r
  45     {\r
  46       if (components == null)\r
  47         components = new Hashtable();\r
  48 \r
  49         if (components.containsKey(seqSetId))\r
  50         {\r
  51             Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);\r
  52             if(!comps.contains(comp))\r
  53             {\r
  54               comps.addElement(comp);\r
  55             }\r
  56         }\r
  57         else\r
  58         {\r
  59             Vector vcoms = new Vector();\r
  60             vcoms.addElement(comp);\r
  61             components.put(seqSetId, vcoms);\r
  62         }\r
  63     }\r
  64 \r
  65     public static void RemoveComponent(Component comp)\r
  66     {\r
  67       if (components == null)\r
  68         return;\r
  69 \r
  70       Enumeration en = components.keys();\r
  71       while(en.hasMoreElements())\r
  72       {\r
  73         String id = en.nextElement().toString();\r
  74         Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
  75         comps.removeElement(comp);\r
  76         if(comps.size()==0)\r
  77         {\r
  78           components.remove(id);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     }\r
  82 \r
  83     public static void Refresh(Component source, String id)\r
  84     {\r
  85       Refresh( source, id, false, false);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     public static void Refresh(Component source,\r
  89                                String id,\r
  90                                boolean alignmentChanged,\r
  91                                boolean validateSequences)\r
  92     {\r
  93       if (components == null)\r
  94         return;\r
  95 \r
  96       Component comp;\r
  97       Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
  98 \r
  99       if(comps==null)\r
 100       {\r
 101         return;\r
 102       }\r
 103 \r
 104       Enumeration e = comps.elements();\r
 105       while (e.hasMoreElements())\r
 106       {\r
 107         comp = (Component) e.nextElement();\r
 108 \r
 109         if(comp==source)\r
 110         {\r
 111           continue;\r
 112         }\r
 113 \r
 114         if (!comp.isValid())\r
 115         {\r
 116           comps.removeElement(comp);\r
 117         }\r
 118         else if(validateSequences\r
 119                 && comp instanceof AlignmentPanel\r
 120                 && source instanceof AlignmentPanel )\r
 121         {\r
 122           validateSequences( ((AlignmentPanel)source).av.alignment,\r
 123                              ((AlignmentPanel)comp).av.alignment);\r
 124         }\r
 125 \r
 126         if(comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)\r
 127         {\r
 128           ((AlignmentPanel)comp).alignmentChanged();\r
 129         }\r
 130 \r
 131         comp.repaint();\r
 132       }\r
 133     }\r
 134 \r
 135     static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)\r
 136     {\r
 137       SequenceI[] a1;\r
 138       if(source.getHiddenSequences().getSize()>0)\r
 139         a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 140       else\r
 141         a1 = source.getSequencesArray();\r
 142 \r
 143       SequenceI[] a2;\r
 144       if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 145         a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 146       else\r
 147         a2 = comp.getSequencesArray();\r
 148 \r
 149       int i, iSize=a1.length, j, jSize=a2.length;\r
 150 \r
 151       if(iSize == jSize)\r
 152         return;\r
 153 \r
 154       boolean exists = false;\r
 155       for(i=0; i<iSize; i++)\r
 156       {\r
 157         exists = false;\r
 158 \r
 159         for(j=0; j<jSize; j++)\r
 160           if (a2[j]==a1[i] )\r
 161           {\r
 162             exists = true;\r
 163             break;\r
 164           }\r
 165 \r
 166         if(!exists)\r
 167         {\r
 168           if (i < jSize)\r
 169             comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);\r
 170           else\r
 171             comp.addSequence(a1[i]);\r
 172 \r
 173           jSize++;\r
 174 \r
 175           if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 176             a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 177           else\r
 178             a2 = comp.getSequencesArray();\r
 179         }\r
 180       }\r
 181 \r
 182       iSize=a1.length;\r
 183       jSize=a2.length;\r
 184 \r
 185       for(j=0; j<jSize; j++)\r
 186       {\r
 187         exists = false;\r
 188         for(i=0; i<iSize; i++)\r
 189         {\r
 190           if (a2[j]==a1[i])\r
 191           {\r
 192             exists = true;\r
 193             break;\r
 194           }\r
 195         }\r
 196 \r
 197         if(!exists)\r
 198         {\r
 199           comp.deleteSequence(a2[j]);\r
 200         }\r
 201       }\r
 202     }\r
 203 }\r