src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  29 {
  30   Vector sequences = new Vector();
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  35   {
  36     try
  37     {
  38       jbInit();
  39     } catch (Exception e)
  40     {
  41       e.printStackTrace();
  42     }
  43     this.ap = ap;
  44     sequences = new Vector();
  45
  46     SequenceI[] seqs;
  47     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  48
  49     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  50     {
  51       seqs = ap.av.alignment.getSequencesArray();
  52     }
  53     else
  54     {
  55       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
  56     }
  57
  58     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  59     double totscore = 0;
  60     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  61     String type = (ap.av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  62             : AlignSeq.PEP;
  63     Sequence seq;
  64
  65     for (int i = 1; i < count; i++)
  66     {
  67       for (int j = 0; j < i; j++)
  68       {
  69
  70         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  71                 seqStrings[j], type);
  72
  73         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  74         {
  75           continue;
  76         }
  77
  78         as.calcScoreMatrix();
  79         as.traceAlignment();
  80
  81         as.printAlignment(System.out);
  82         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  83                 / (float) as.getASeq1().length;
  84         totscore = totscore + scores[i][j];
  85
  86         textarea.append(as.getOutput());
  87         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  88                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  89         sequences.addElement(seq);
  90
  91         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
  92                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
  93         sequences.addElement(seq);
  94       }
  95     }
  96
  97     if (count > 2)
  98     {
  99       System.out
 100               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 101
 102       for (int i = 0; i < count; i++)
 103       {
 104         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 105                 + seqs[i].getName());
 106       }
 107
 108       System.out.println("\n");
 109
 110       for (int i = 0; i < count; i++)
 111       {
 112         for (int j = 0; j < i; j++)
 113         {
 114           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 115                   / totscore);
 116         }
 117       }
 118
 119       System.out.println("\n");
 120     }
 121   }
 122
 123   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 124   {
 125     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 126     {
 127       viewInEditorButton_actionPerformed();
 128     }
 129   }
 130
 131   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 132   {
 133
 134     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 135
 136     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 137     {
 138       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 139     }
 140
 141     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 142             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 143
 144   }
 145
 146   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 147
 148   protected TextArea textarea = new TextArea();
 149
 150   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 151
 152   Panel jPanel1 = new Panel();
 153
 154   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 155
 156   private void jbInit() throws Exception
 157   {
 158     this.setLayout(borderLayout1);
 159     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 160     textarea.setText("");
 161     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 162     viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");
 163     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 164     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 165     scrollPane.add(textarea);
 166     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 167     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 168   }
 169
 170 }