src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import java.awt.*;
  29
  30 public class PairwiseAlignPanel
  31     extends Panel implements ActionListener
  32 {
  33   Vector sequences = new Vector();
  34   AlignmentPanel ap;
  35
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  37   {
  38     try
  39     {
  40       jbInit();
  41     }
  42     catch (Exception e)
  43     {
  44       e.printStackTrace();
  45     }
  46     this.ap = ap;
  47     sequences = new Vector();
  48
  49     SequenceI[] seqs;
  50     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  51
  52     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  53     {
  54       seqs = ap.av.alignment.getSequencesArray();
  55     }
  56     else
  57     {
  58       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
  59     }
  60
  61     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  62     double totscore = 0;
  63     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  64     String type=(ap.av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP;
  65     Sequence seq;
  66
  67     for (int i = 1; i < count; i++)
  68     {
  69       for (int j = 0; j < i; j++)
  70       {
  71
  72         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],
  73                                    seqs[j], seqStrings[j], type);
  74
  75         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  76         {
  77           continue;
  78         }
  79
  80         as.calcScoreMatrix();
  81         as.traceAlignment();
  82
  83         as.printAlignment(System.out);
  84         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;
  85         totscore = totscore + scores[i][j];
  86
  87         textarea.append(as.getOutput());
  88         seq = new Sequence(as.getS1().getName(),
  89                            as.getAStr1(),
  90                            as.getS1().getStart(),
  91                            as.getS1().getEnd()
  92             );
  93         sequences.addElement(seq);
  94
  95         seq = new Sequence(as.getS2().getName(),
  96                            as.getAStr2(),
  97                            as.getS2().getStart(),
  98                            as.getS2().getEnd());
  99         sequences.addElement(seq);
 100       }
 101     }
 102
 103     if (count > 2)
 104     {
 105       System.out.println(
 106           "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 107
 108       for (int i = 0; i < count; i++)
 109       {
 110         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",
 111                                   ("" + i) + " " +
 112                                   seqs[i].getName());
 113       }
 114
 115       System.out.println("\n");
 116
 117       for (int i = 0; i < count; i++)
 118       {
 119         for (int j = 0; j < i; j++)
 120         {
 121           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",
 122                                     scores[i][j] / totscore);
 123         }
 124       }
 125
 126       System.out.println("\n");
 127     }
 128   }
 129   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 130   {
 131     if(evt.getSource()==viewInEditorButton)
 132       viewInEditorButton_actionPerformed();
 133   }
 134
 135   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 136   {
 137
 138     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 139
 140     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 141     {
 142       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 143     }
 144
 145     new AlignFrame(new Alignment(seq),
 146                                    ap.av.applet,
 147                                    "Pairwise Aligned Sequences",
 148                                    false);
 149
 150   }
 151   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 152   protected TextArea textarea = new TextArea();
 153   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 154   Panel jPanel1 = new Panel();
 155   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 156
 157   private void jbInit() throws Exception {
 158       this.setLayout(borderLayout1);
 159       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 160       textarea.setText("");
 161       viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 162       viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");
 163       viewInEditorButton.addActionListener(this);
 164       this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 165       scrollPane.add(textarea);
 166       this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 167       jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 168   }
 169
 170 }