src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.jbappletgui.GPairwiseAlignPanel;\r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  30 {\r
  31     Vector sequences = new Vector();\r
  32     AlignViewport av;\r
  33 \r
  34     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  35     {\r
  36       super();\r
  37       this.av = av;\r
  38       float scores[][] = new float[av.getAlignment().getHeight()][av.getAlignment().getHeight()];\r
  39       double totscore = 0;\r
  40       int count = av.getSelectionGroup().getSize();\r
  41 \r
  42       int acount = 0;\r
  43         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  44         {\r
  45           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  46           {\r
  47             acount++;\r
  48             AlignSeq as = new AlignSeq(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  49                                        av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),"pep");\r
  50 \r
  51             as.calcScoreMatrix();\r
  52             as.traceAlignment();\r
  53             as.printAlignment();\r
  54             scores[i][j] = (float)as.getMaxScore()/(float)as.getASeq1().length;\r
  55             totscore = totscore + scores[i][j];\r
  56 \r
  57             textarea.append(as.getOutput());\r
  58             sequences.addElement( new Sequence( as.getS1().getName(), as.getAStr1()) );\r
  59             sequences.addElement( new Sequence( as.getS2().getName(), as.getAStr2()) );\r
  60 \r
  61 \r
  62           }\r
  63         }\r
  64 \r
  65         if (count > 2)\r
  66         {\r
  67           for (int i = 0; i < count;i++)\r
  68             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  69               jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  70         }\r
  71       }\r
  72 \r
  73 \r
  74   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  75   {\r
  76 \r
  77       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  78 \r
  79       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  80        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  81 \r
  82 \r
  83       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  84       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
  85                                AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  86                                AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  87 \r
  88   }\r
  89 \r
  90 }\r