src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  30 {
  31   Vector sequences = new Vector();
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  36   {
  37     try
  38     {
  39       jbInit();
  40     } catch (Exception e)
  41     {
  42       e.printStackTrace();
  43     }
  44     this.ap = ap;
  45     sequences = new Vector();
  46
  47     SequenceI[] seqs;
  48     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  49
  50     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  51     {
  52       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  53     }
  54     else
  55     {
  56       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  57               ap.av.getAlignment());
  58     }
  59
  60     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  61     double totscore = 0;
  62     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  63     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  64             : AlignSeq.PEP;
  65     Sequence seq;
  66
  67     for (int i = 1; i < count; i++)
  68     {
  69       for (int j = 0; j < i; j++)
  70       {
  71
  72         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  73                 seqStrings[j], type);
  74
  75         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  76         {
  77           continue;
  78         }
  79
  80         as.calcScoreMatrix();
  81         as.traceAlignment();
  82
  83         as.printAlignment(System.out);
  84         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  85                 / (float) as.getASeq1().length;
  86         totscore = totscore + scores[i][j];
  87
  88         textarea.append(as.getOutput());
  89         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  90                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  91         sequences.addElement(seq);
  92
  93         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
  94                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
  95         sequences.addElement(seq);
  96       }
  97     }
  98
  99     if (count > 2)
 100     {
 101       System.out
 102               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 103
 104       for (int i = 0; i < count; i++)
 105       {
 106         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 107                 + seqs[i].getName());
 108       }
 109
 110       System.out.println("\n");
 111
 112       for (int i = 0; i < count; i++)
 113       {
 114         for (int j = 0; j < i; j++)
 115         {
 116           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 117                   / totscore);
 118         }
 119       }
 120
 121       System.out.println("\n");
 122     }
 123   }
 124
 125   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 126   {
 127     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 128     {
 129       viewInEditorButton_actionPerformed();
 130     }
 131   }
 132
 133   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 134   {
 135
 136     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 137
 138     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 139     {
 140       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 141     }
 142
 143     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 144             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 145
 146   }
 147
 148   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 149
 150   protected TextArea textarea = new TextArea();
 151
 152   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 153
 154   Panel jPanel1 = new Panel();
 155
 156   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 157
 158   private void jbInit() throws Exception
 159   {
 160     this.setLayout(borderLayout1);
 161     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 162     textarea.setText("");
 163     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 164     viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");
 165     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 166     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 167     scrollPane.add(textarea);
 168     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 169     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 170   }
 171
 172 }