src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.*;\r
  29 \r
  30 public class PairwiseAlignPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33   Vector sequences = new Vector();\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35 \r
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     try\r
  39     {\r
  40       jbInit();\r
  41     }\r
  42     catch (Exception e)\r
  43     {\r
  44       e.printStackTrace();\r
  45   }\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     float scores[][] = new float[ap.av.alignment.getHeight()][ap.av.alignment.\r
  48         getHeight()];\r
  49     double totscore = 0;\r
  50     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();\r
  51 \r
  52     int acount = 0;\r
  53     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  54     {\r
  55       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  56       {\r
  57         acount++;\r
  58         AlignSeq as = new AlignSeq(ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  59                                    ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),\r
  60                                    "pep");\r
  61 \r
  62         as.calcScoreMatrix();\r
  63         as.traceAlignment();\r
  64         as.printAlignment(System.out);\r
  65         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  66         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  67 \r
  68         textarea.append(as.getOutput());\r
  69         sequences.addElement(new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1()));\r
  70         sequences.addElement(new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2()));\r
  71 \r
  72       }\r
  73     }\r
  74 \r
  75     if (count > 2)\r
  76     {\r
  77       for (int i = 0; i < count; i++)\r
  78       {\r
  79         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  80         {\r
  81           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
  82                                     scores[i][j] / totscore);\r
  83         }\r
  84       }\r
  85     }\r
  86   }\r
  87 \r
  88   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  89   {\r
  90 \r
  91     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  92 \r
  93     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
  94     {\r
  95       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  96     }\r
  97 \r
  98     new AlignFrame(new Alignment(seq),\r
  99                                    ap.alignFrame.applet,\r
 100                                    "Pairwise Aligned Sequences");\r
 101 \r
 102   }\r
 103   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 104   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 105   protected Button viewInEditorButton = new Button();\r
 106   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 107   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 108 \r
 109   private void jbInit() throws Exception {\r
 110       this.setLayout(borderLayout1);\r
 111       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));\r
 112       textarea.setText("");\r
 113       viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 114       viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");\r
 115       viewInEditorButton.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 116               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 117                   viewInEditorButton_actionPerformed(e);\r
 118               }\r
 119           });\r
 120       this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 121       scrollPane.add(textarea);\r
 122       this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 123       jPanel1.add(viewInEditorButton, null);\r
 124   }\r
 125 \r
 126 }\r