src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  33 {
  34   Vector sequences = new Vector();
  35
  36   AlignmentPanel ap;
  37
  38   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  39   {
  40     try
  41     {
  42       jbInit();
  43     } catch (Exception e)
  44     {
  45       e.printStackTrace();
  46     }
  47     this.ap = ap;
  48     sequences = new Vector();
  49
  50     SequenceI[] seqs;
  51     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  52
  53     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  54     {
  55       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  56     }
  57     else
  58     {
  59       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  60               ap.av.getAlignment());
  61     }
  62
  63     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  64     double totscore = 0;
  65     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  66     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  67             : AlignSeq.PEP;
  68     Sequence seq;
  69
  70     for (int i = 1; i < count; i++)
  71     {
  72       for (int j = 0; j < i; j++)
  73       {
  74
  75         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  76                 seqStrings[j], type);
  77
  78         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  79         {
  80           continue;
  81         }
  82
  83         as.calcScoreMatrix();
  84         as.traceAlignment();
  85
  86         as.printAlignment(System.out);
  87         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  88                 / (float) as.getASeq1().length;
  89         totscore = totscore + scores[i][j];
  90
  91         textarea.append(as.getOutput());
  92         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  93                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  94         sequences.addElement(seq);
  95
  96         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
  97                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
  98         sequences.addElement(seq);
  99       }
 100     }
 101
 102     if (count > 2)
 103     {
 104       System.out
 105               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 106
 107       for (int i = 0; i < count; i++)
 108       {
 109         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 110                 + seqs[i].getName());
 111       }
 112
 113       System.out.println("\n");
 114
 115       for (int i = 0; i < count; i++)
 116       {
 117         for (int j = 0; j < i; j++)
 118         {
 119           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 120                   / totscore);
 121         }
 122       }
 123
 124       System.out.println("\n");
 125     }
 126   }
 127
 128   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 129   {
 130     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 131     {
 132       viewInEditorButton_actionPerformed();
 133     }
 134   }
 135
 136   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 137   {
 138
 139     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 140
 141     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 142     {
 143       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 144     }
 145
 146     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 147             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 148
 149   }
 150
 151   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 152
 153   protected TextArea textarea = new TextArea();
 154
 155   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 156
 157   Panel jPanel1 = new Panel();
 158
 159   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 160
 161   private void jbInit() throws Exception
 162   {
 163     this.setLayout(borderLayout1);
 164     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 165     textarea.setText("");
 166     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 167     viewInEditorButton.setLabel(MessageManager
 168             .getString("label.view_alignment_editor"));
 169     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 170     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 171     scrollPane.add(textarea);
 172     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 173     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 174   }
 175
 176 }