src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbappletgui.*;\r
  29 \r
  30 public class PairwiseAlignPanel\r
  31     extends GPairwiseAlignPanel\r
  32 {\r
  33   Vector sequences = new Vector();\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35 \r
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     super();\r
  39     this.ap = ap;\r
  40     float scores[][] = new float[ap.av.alignment.getHeight()][ap.av.alignment.\r
  41         getHeight()];\r
  42     double totscore = 0;\r
  43     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();\r
  44 \r
  45     int acount = 0;\r
  46     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  47     {\r
  48       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  49       {\r
  50         acount++;\r
  51         AlignSeq as = new AlignSeq(ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  52                                    ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),\r
  53                                    "pep");\r
  54 \r
  55         as.calcScoreMatrix();\r
  56         as.traceAlignment();\r
  57         as.printAlignment();\r
  58         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  59         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  60 \r
  61         textarea.append(as.getOutput());\r
  62         sequences.addElement(new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1()));\r
  63         sequences.addElement(new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2()));\r
  64 \r
  65       }\r
  66     }\r
  67 \r
  68     if (count > 2)\r
  69     {\r
  70       for (int i = 0; i < count; i++)\r
  71       {\r
  72         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  73         {\r
  74           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
  75                                     scores[i][j] / totscore);\r
  76         }\r
  77       }\r
  78     }\r
  79   }\r
  80 \r
  81   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  82   {\r
  83 \r
  84     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  85 \r
  86     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
  87     {\r
  88       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     new AlignFrame(new Alignment(seq),\r
  92                                    ap.alignFrame.applet,\r
  93                                    "Pairwise Aligned Sequences");\r
  94 \r
  95   }\r
  96 \r
  97 }\r