src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.appletgui.PaintRefresher;\r
  30 import jalview.commands.*;\r
  31 \r
  32 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener\r
  33 {\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35 \r
  36   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  37   float [] redundancy;\r
  38   SequenceI [] originalSequences;\r
  39   Frame frame;\r
  40   Vector redundantSeqs;\r
  41 \r
  42   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     super(ap, 0, false, null);\r
  45 \r
  46     redundantSeqs = new Vector();\r
  47     this.ap = ap;\r
  48     undoButton.setVisible(true);\r
  49     applyButton.setVisible(true);\r
  50     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  51 \r
  52     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  53     valueField.setText("100");\r
  54 \r
  55     slider.setVisibleAmount(1);\r
  56     slider.setMinimum(0);\r
  57     slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());\r
  58     slider.setValue(100);\r
  59 \r
  60     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  61     {\r
  62       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  63       {\r
  64         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  65         sliderValueChanged();\r
  66       }\r
  67     });\r
  68 \r
  69     frame = new Frame();\r
  70     frame.add(this);\r
  71     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",\r
  72                                      400, 100);\r
  73 \r
  74     frame.addWindowListener(this);\r
  75 \r
  76     Thread worker = new Thread(this);\r
  77     worker.start();\r
  78   }\r
  79   /**\r
  80    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  81    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  82    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  83    *\r
  84    * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  85    * @param sel DOCUMENT ME!\r
  86    *\r
  87    * @return DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public void run()\r
  90   {\r
  91       label.setText("Calculating....");\r
  92 \r
  93       slider.setVisible(false);\r
  94       applyButton.setEnabled(false);\r
  95       valueField.setVisible(false);\r
  96 \r
  97       validate();\r
  98 \r
  99       String[] omitHidden = null;\r
 100 \r
 101       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 102       int height;\r
 103 \r
 104       int start, end;\r
 105 \r
 106       if ( (sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
 107       {\r
 108          originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
 109          start = sg.getStartRes();\r
 110          end = sg.getEndRes();\r
 111       }\r
 112       else\r
 113       {\r
 114         originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
 115         start = 0;\r
 116         end = ap.av.alignment.getWidth();\r
 117       }\r
 118 \r
 119       height = originalSequences.length;\r
 120 \r
 121       redundancy = new float[height];\r
 122       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 123       {\r
 124         redundancy[i] = 0f;\r
 125       }\r
 126 \r
 127     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 128       {\r
 129      //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();\r
 130       }\r
 131 \r
 132 \r
 133      // long start = System.currentTimeMillis();\r
 134 \r
 135       float pid;\r
 136       String seqi, seqj;\r
 137       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 138       {\r
 139           for (int j = 0; j < i; j++)\r
 140           {\r
 141             if(i==j)\r
 142               continue;\r
 143 \r
 144             if(omitHidden==null)\r
 145             {\r
 146               seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);\r
 147               seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);\r
 148             }\r
 149             else\r
 150             {\r
 151               seqi = omitHidden[i];\r
 152               seqj = omitHidden[j];\r
 153             }\r
 154 \r
 155             pid = jalview.util.Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 156 \r
 157             if(seqj.length() < seqi.length())\r
 158               redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 159             else\r
 160               redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 161 \r
 162           }\r
 163       }\r
 164 \r
 165 \r
 166       label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 167       slider.setVisible(true);\r
 168       applyButton.setEnabled(true);\r
 169       valueField.setVisible(true);\r
 170 \r
 171       validate();\r
 172      // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 173   }\r
 174 \r
 175   void sliderValueChanged()\r
 176   {\r
 177     if(redundancy==null)\r
 178       return;\r
 179 \r
 180     float value = slider.getValue();\r
 181 \r
 182     for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 183     {\r
 184       if (value > redundancy[i])\r
 185          redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);\r
 186       else if(!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))\r
 187          redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);\r
 191     PaintRefresher.Refresh(this,\r
 192                            ap.av.getSequenceSetId(),\r
 193                            true,\r
 194                            true);\r
 195 \r
 196     }\r
 197   public void applyButton_actionPerformed()\r
 198   {        Vector del = new Vector();\r
 199 \r
 200         undoButton.setEnabled(true);\r
 201 \r
 202         float value = slider.getValue();\r
 203         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 204 \r
 205         for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 206         {\r
 207           if (value <= redundancy[i])\r
 208           {\r
 209             del.addElement(originalSequences[i]);\r
 210           }\r
 211         }\r
 212 \r
 213         // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 214         // actually restore these sequences.\r
 215         if (del.size() > 0)\r
 216         {\r
 217           SequenceI [] deleted = new SequenceI[del.size()];\r
 218 \r
 219           int width = 0;\r
 220           for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 221           {\r
 222             deleted[i] = (SequenceI)del.elementAt(i);\r
 223             if(deleted[i].getLength()>width)\r
 224               width = deleted[i].getLength();\r
 225           }\r
 226 \r
 227           EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",\r
 228               EditCommand.CUT, deleted,0,width,ap.av.alignment);\r
 229 \r
 230           for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 231           {\r
 232             ap.av.alignment.deleteSequence( deleted[i] );\r
 233             PaintRefresher.Refresh(this,\r
 234                                    ap.av.getSequenceSetId(),\r
 235                                    true,\r
 236                                    true);\r
 237             if (sg != null)\r
 238             {\r
 239               sg.deleteSequence(deleted[i], false);\r
 240             }\r
 241           }\r
 242 \r
 243           historyList.push(cut);\r
 244 \r
 245           ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);\r
 246 \r
 247           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 248         }\r
 249 \r
 250   }\r
 251 \r
 252   public void undoButton_actionPerformed()\r
 253   {\r
 254     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();\r
 255     command.undoCommand();\r
 256 \r
 257     if (ap.av.historyList.contains(command))\r
 258     {\r
 259       ap.av.historyList.removeElement(command);\r
 260       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 261     }\r
 262 \r
 263     ap.repaint();\r
 264 \r
 265     if (historyList.size() == 0)\r
 266     {\r
 267       undoButton.setEnabled(false);\r
 268       }\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 272   {\r
 273     try\r
 274     {\r
 275       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 276       slider.setValue(i);\r
 277     }\r
 278     catch (Exception ex)\r
 279     {\r
 280       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 281     }\r
 282   }\r
 283 \r
 284 \r
 285   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 286   {}\r
 287 \r
 288   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 289   {\r
 290     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);\r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 294   {}\r
 295 \r
 296   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 297   {}\r
 298   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 299   {}\r
 300   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 301   {}\r
 302   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 303   {}\r
 304 }\r