src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbappletgui.*;\r
  28 \r
  29 public class RedundancyPanel\r
  30     extends GSliderPanel\r
  31 {\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33 \r
  34   SequenceI[] oldAlignment;\r
  35 \r
  36   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     this.ap = ap;\r
  39 \r
  40     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  41 \r
  42     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  43     {\r
  44       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  45       {\r
  46         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  47       }\r
  48     });\r
  49 \r
  50     slider.setMinimum(0);\r
  51     slider.setMaximum(100);\r
  52     slider.setValue(100);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  57   {\r
  58     float threshold = slider.getValue();\r
  59     Vector del;\r
  60 \r
  61     oldAlignment = new SequenceI[ap.av.alignment.getHeight()];\r
  62     for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       oldAlignment[i] = new Sequence(ap.av.alignment.getSequenceAt(i).getName(),\r
  65                                      ap.av.alignment.getSequenceAt(i).\r
  66                                      getSequence());\r
  67     }\r
  68 \r
  69     undoButton.setEnabled(true);\r
  70 \r
  71     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  72     if (sg != null && sg.getSize() > 1)\r
  73     {\r
  74 \r
  75       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  76       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  77       {\r
  78         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  79         {\r
  80           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  81         }\r
  82       }\r
  83 \r
  84     }\r
  85     else\r
  86     {\r
  87       Vector s = new Vector();\r
  88       int i = 0;\r
  89       while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  90       {\r
  91         s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
  92         i++;\r
  93       }\r
  94       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
  95       for (int j = 0; j < del.size(); j++)\r
  96       {\r
  97         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(j)))\r
  98         {\r
  99           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(j));\r
 100         }\r
 101 \r
 102       }\r
 103     }\r
 104 \r
 105     ap.repaint();\r
 106 \r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 110   {\r
 111     undoButton.setEnabled(false);\r
 112     ap.av.setAlignment(new Alignment(oldAlignment));\r
 113     oldAlignment = null;\r
 114     ap.repaint();\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 118   {\r
 119     try\r
 120     {\r
 121       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 122       slider.setValue(i);\r
 123     }\r
 124     catch (Exception ex)\r
 125     {\r
 126       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 }\r