src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.commands.CommandI;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Frame;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  35 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  36 import java.awt.event.WindowEvent;
  37 import java.awt.event.WindowListener;
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Stack;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  44         WindowListener
  45 {
  46   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  47
  48   float[] redundancy;
  49
  50   SequenceI[] originalSequences;
  51
  52   Frame frame;
  53
  54   Vector redundantSeqs;
  55
  56   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  57   {
  58     super(ap, 0, false, null);
  59
  60     redundantSeqs = new Vector();
  61     this.ap = ap;
  62     undoButton.setVisible(true);
  63     applyButton.setVisible(true);
  64     allGroupsCheck.setVisible(false);
  65
  66     label.setText(MessageManager
  67             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
  68     valueField.setText("100");
  69
  70     slider.setVisibleAmount(1);
  71     slider.setMinimum(0);
  72     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  73     slider.setValue(100);
  74
  75     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  76     {
  77       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  78       {
  79         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  80         sliderValueChanged();
  81       }
  82     });
  83
  84     frame = new Frame();
  85     frame.add(this);
  86     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager
  87             .getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  88
  89     frame.addWindowListener(this);
  90
  91     Thread worker = new Thread(this);
  92     worker.start();
  93   }
  94
  95   /**
  96    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  97    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  98    * slider to dynamically hide redundant sequences
  99    *
 100    * @param threshold
 101    *          DOCUMENT ME!
 102    * @param sel
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @return DOCUMENT ME!
 106    */
 107   public void run()
 108   {
 109     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 110
 111     slider.setVisible(false);
 112     applyButton.setEnabled(false);
 113     valueField.setVisible(false);
 114
 115     validate();
 116
 117     String[] omitHidden = null;
 118
 119     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 120     int height;
 121
 122     int start, end;
 123
 124     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 125     {
 126       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 127       start = sg.getStartRes();
 128       end = sg.getEndRes();
 129     }
 130     else
 131     {
 132       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 133       start = 0;
 134       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 135     }
 136
 137     height = originalSequences.length;
 138
 139     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 140             omitHidden, start, end, false);
 141     label.setText(MessageManager
 142             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 143     slider.setVisible(true);
 144     applyButton.setEnabled(true);
 145     valueField.setVisible(true);
 146
 147     validate();
 148     sliderValueChanged();
 149     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 150   }
 151
 152   void sliderValueChanged()
 153   {
 154     if (redundancy == null)
 155     {
 156       return;
 157     }
 158
 159     float value = slider.getValue();
 160
 161     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 162     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 163     {
 164       if (value <= redundancy[i])
 165       {
 166         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 167       }
 168     }
 169
 170     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);
 171     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 172
 173   }
 174
 175   public void applyButton_actionPerformed()
 176   {
 177     Vector del = new Vector();
 178
 179     undoButton.setEnabled(true);
 180
 181     float value = slider.getValue();
 182     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 183
 184     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 185     {
 186       if (value <= redundancy[i])
 187       {
 188         del.addElement(originalSequences[i]);
 189       }
 190     }
 191
 192     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 193     // will
 194     // actually restore these sequences.
 195     if (del.size() > 0)
 196     {
 197       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 198
 199       int width = 0;
 200       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 201       {
 202         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 203         if (deleted[i].getLength() > width)
 204         {
 205           width = deleted[i].getLength();
 206         }
 207       }
 208
 209       EditCommand cut = new EditCommand(
 210               MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),
 211               Action.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 212       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 213       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 214       {
 215         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 216         if (sg != null)
 217         {
 218           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 219         }
 220       }
 221
 222       historyList.push(cut);
 223
 224       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 225
 226       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 227       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 228               .getSequences());
 229     }
 230
 231   }
 232
 233   public void undoButton_actionPerformed()
 234   {
 235     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 236     command.undoCommand(null);
 237
 238     if (ap.av.getHistoryList().contains(command))
 239     {
 240       ap.av.getHistoryList().remove(command);
 241       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 242       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 243               .getSequences());
 244     }
 245
 246     ap.paintAlignment(true);
 247
 248     if (historyList.size() == 0)
 249     {
 250       undoButton.setEnabled(false);
 251     }
 252   }
 253
 254   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 255   {
 256     try
 257     {
 258       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 259       slider.setValue(i);
 260     } catch (Exception ex)
 261     {
 262       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 263     }
 264   }
 265
 266   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 267   {
 268   }
 269
 270   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 271   {
 272     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 273   }
 274
 275   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 276   {
 277   }
 278
 279   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 280   {
 281   }
 282
 283   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 284   {
 285   }
 286
 287   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 288   {
 289   }
 290
 291   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 292   {
 293   }
 294 }