src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.AlignSeq;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  31         WindowListener
  32 {
  33   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  34
  35   float[] redundancy;
  36
  37   SequenceI[] originalSequences;
  38
  39   Frame frame;
  40
  41   Vector redundantSeqs;
  42
  43   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  44   {
  45     super(ap, 0, false, null);
  46
  47     redundantSeqs = new Vector();
  48     this.ap = ap;
  49     undoButton.setVisible(true);
  50     applyButton.setVisible(true);
  51     allGroupsCheck.setVisible(false);
  52
  53     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  54     valueField.setText("100");
  55
  56     slider.setVisibleAmount(1);
  57     slider.setMinimum(0);
  58     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  59     slider.setValue(100);
  60
  61     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  62     {
  63       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  64       {
  65         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  66         sliderValueChanged();
  67       }
  68     });
  69
  70     frame = new Frame();
  71     frame.add(this);
  72     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  73             "Redundancy threshold selection", 400, 100);
  74
  75     frame.addWindowListener(this);
  76
  77     Thread worker = new Thread(this);
  78     worker.start();
  79   }
  80
  81   /**
  82    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  83    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  84    * slider to dynamically hide redundant sequences
  85    *
  86    * @param threshold
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    * @param sel
  89    *          DOCUMENT ME!
  90    *
  91    * @return DOCUMENT ME!
  92    */
  93   public void run()
  94   {
  95     label.setText("Calculating....");
  96
  97     slider.setVisible(false);
  98     applyButton.setEnabled(false);
  99     valueField.setVisible(false);
 100
 101     validate();
 102
 103     String[] omitHidden = null;
 104
 105     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 106     int height;
 107
 108     int start, end;
 109
 110     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 111     {
 112       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 113       start = sg.getStartRes();
 114       end = sg.getEndRes();
 115     }
 116     else
 117     {
 118       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 119       start = 0;
 120       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 121     }
 122
 123     height = originalSequences.length;
 124
 125     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 126             omitHidden, start, end, false);
 127     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 128     slider.setVisible(true);
 129     applyButton.setEnabled(true);
 130     valueField.setVisible(true);
 131
 132     validate();
 133     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 134   }
 135
 136   void sliderValueChanged()
 137   {
 138     if (redundancy == null)
 139     {
 140       return;
 141     }
 142
 143     float value = slider.getValue();
 144
 145     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 146     {
 147       if (value > redundancy[i])
 148       {
 149         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 150       }
 151       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 152       {
 153         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 154       }
 155     }
 156
 157     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 158     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 159
 160   }
 161
 162   public void applyButton_actionPerformed()
 163   {
 164     Vector del = new Vector();
 165
 166     undoButton.setEnabled(true);
 167
 168     float value = slider.getValue();
 169     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 170
 171     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 172     {
 173       if (value <= redundancy[i])
 174       {
 175         del.addElement(originalSequences[i]);
 176       }
 177     }
 178
 179     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 180     // will
 181     // actually restore these sequences.
 182     if (del.size() > 0)
 183     {
 184       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 185
 186       int width = 0;
 187       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 188       {
 189         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 190         if (deleted[i].getLength() > width)
 191         {
 192           width = deleted[i].getLength();
 193         }
 194       }
 195
 196       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 197               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 198       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 199       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 200       {
 201         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 202         if (sg != null)
 203         {
 204           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 205         }
 206       }
 207
 208       historyList.push(cut);
 209
 210       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 211
 212       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 213       // ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 214       // .getSequences());
 215     }
 216
 217   }
 218
 219   public void undoButton_actionPerformed()
 220   {
 221     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 222     command.undoCommand(null);
 223
 224     if (ap.av.historyList.contains(command))
 225     {
 226       ap.av.historyList.removeElement(command);
 227       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 228     }
 229
 230     ap.paintAlignment(true);
 231
 232     if (historyList.size() == 0)
 233     {
 234       undoButton.setEnabled(false);
 235     }
 236   }
 237
 238   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 239   {
 240     try
 241     {
 242       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 243       slider.setValue(i);
 244     } catch (Exception ex)
 245     {
 246       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 247     }
 248   }
 249
 250   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 251   {
 252   }
 253
 254   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 255   {
 256     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 257   }
 258
 259   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 260   {
 261   }
 262
 263   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 264   {
 265   }
 266
 267   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 268   {
 269   }
 270
 271   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 272   {
 273   }
 274
 275   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 276   {
 277   }
 278 }