src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbappletgui.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel\r
  28 {\r
  29   AlignmentPanel ap;\r
  30 \r
  31   SequenceI[] oldAlignment;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  35   {\r
  36     this.ap = ap;\r
  37 \r
  38     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  39 \r
  40     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  41     {\r
  42       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  43       {\r
  44         valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
  45       }\r
  46     });\r
  47 \r
  48     slider.setMinimum(0);\r
  49     slider.setMaximum(100);\r
  50     slider.setValue(100 );\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  55   {\r
  56        float threshold = slider.getValue();\r
  57        Vector del;\r
  58 \r
  59        oldAlignment = new SequenceI[ap.av.alignment.getHeight()];\r
  60         for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
  61         {\r
  62            oldAlignment[i] = new Sequence(ap.av.alignment.getSequenceAt(i).getName(),\r
  63                                 ap.av.alignment.getSequenceAt(i).\r
  64                                 getSequence());\r
  65         }\r
  66 \r
  67         undoButton.setEnabled(true);\r
  68 \r
  69         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  70        if (sg != null && sg.getSize() > 1)\r
  71        {\r
  72 \r
  73          del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  74          for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  75            if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  76              sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  77 \r
  78          }\r
  79          else\r
  80          {\r
  81            Vector s = new Vector();\r
  82            int i=0;\r
  83            while(i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  84            {\r
  85              s.addElement( ap.av.alignment.getSequenceAt(i) );\r
  86              i++;\r
  87            }\r
  88             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold,s);\r
  89            for (int j=0; j < del.size(); j++)\r
  90            {\r
  91                if (sg.sequences.contains((SequenceI)del.elementAt(j)))\r
  92                sg.deleteSequence((SequenceI)del.elementAt(j));\r
  93 \r
  94            }\r
  95          }\r
  96 \r
  97          ap.repaint();\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 102   {\r
 103       undoButton.setEnabled(false);\r
 104       ap.av.setAlignment( new Alignment(oldAlignment) );\r
 105       oldAlignment = null;\r
 106       ap.repaint();\r
 107   }\r
 108 \r
 109 \r
 110   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111   {\r
 112     try{\r
 113       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 114       slider.setValue(i);\r
 115     }\r
 116     catch(Exception ex)\r
 117     {\r
 118       valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 119     }\r
 120   }\r
 121 }\r