src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.commands.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  29         WindowListener
  30 {
  31   AlignmentPanel ap;
  32
  33   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  34
  35   float[] redundancy;
  36
  37   SequenceI[] originalSequences;
  38
  39   Frame frame;
  40
  41   Vector redundantSeqs;
  42
  43   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  44   {
  45     super(ap, 0, false, null);
  46
  47     redundantSeqs = new Vector();
  48     this.ap = ap;
  49     undoButton.setVisible(true);
  50     applyButton.setVisible(true);
  51     allGroupsCheck.setVisible(false);
  52
  53     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  54     valueField.setText("100");
  55
  56     slider.setVisibleAmount(1);
  57     slider.setMinimum(0);
  58     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  59     slider.setValue(100);
  60
  61     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  62     {
  63       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  64       {
  65         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  66         sliderValueChanged();
  67       }
  68     });
  69
  70     frame = new Frame();
  71     frame.add(this);
  72     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  73             "Redundancy threshold selection", 400, 100);
  74
  75     frame.addWindowListener(this);
  76
  77     Thread worker = new Thread(this);
  78     worker.start();
  79   }
  80
  81   /**
  82    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  83    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  84    * slider to dynamically hide redundant sequences
  85    *
  86    * @param threshold
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    * @param sel
  89    *          DOCUMENT ME!
  90    *
  91    * @return DOCUMENT ME!
  92    */
  93   public void run()
  94   {
  95     label.setText("Calculating....");
  96
  97     slider.setVisible(false);
  98     applyButton.setEnabled(false);
  99     valueField.setVisible(false);
 100
 101     validate();
 102
 103     String[] omitHidden = null;
 104
 105     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 106     int height;
 107
 108     int start, end;
 109
 110     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 111     {
 112       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
 113       start = sg.getStartRes();
 114       end = sg.getEndRes();
 115     }
 116     else
 117     {
 118       originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();
 119       start = 0;
 120       end = ap.av.alignment.getWidth();
 121     }
 122
 123     height = originalSequences.length;
 124
 125     redundancy = new float[height];
 126     for (int i = 0; i < height; i++)
 127     {
 128       redundancy[i] = 0f;
 129     }
 130
 131     // if (ap.av.hasHiddenColumns)
 132     {
 133       // omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();
 134     }
 135
 136     // long start = System.currentTimeMillis();
 137
 138     float pid;
 139     String seqi, seqj;
 140     for (int i = 0; i < height; i++)
 141     {
 142       for (int j = 0; j < i; j++)
 143       {
 144         if (i == j)
 145         {
 146           continue;
 147         }
 148
 149         if (omitHidden == null)
 150         {
 151           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);
 152           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);
 153         }
 154         else
 155         {
 156           seqi = omitHidden[i];
 157           seqj = omitHidden[j];
 158         }
 159
 160         pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi, seqj);
 161
 162         if (seqj.length() < seqi.length())
 163         {
 164           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 165         }
 166         else
 167         {
 168           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 169         }
 170
 171       }
 172     }
 173
 174     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 175     slider.setVisible(true);
 176     applyButton.setEnabled(true);
 177     valueField.setVisible(true);
 178
 179     validate();
 180     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 181   }
 182
 183   void sliderValueChanged()
 184   {
 185     if (redundancy == null)
 186     {
 187       return;
 188     }
 189
 190     float value = slider.getValue();
 191
 192     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 193     {
 194       if (value > redundancy[i])
 195       {
 196         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 197       }
 198       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 199       {
 200         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 201       }
 202     }
 203
 204     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 205     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 206
 207   }
 208
 209   public void applyButton_actionPerformed()
 210   {
 211     Vector del = new Vector();
 212
 213     undoButton.setEnabled(true);
 214
 215     float value = slider.getValue();
 216     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 217
 218     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 219     {
 220       if (value <= redundancy[i])
 221       {
 222         del.addElement(originalSequences[i]);
 223       }
 224     }
 225
 226     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 227     // will
 228     // actually restore these sequences.
 229     if (del.size() > 0)
 230     {
 231       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 232
 233       int width = 0;
 234       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 235       {
 236         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 237         if (deleted[i].getLength() > width)
 238         {
 239           width = deleted[i].getLength();
 240         }
 241       }
 242
 243       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 244               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.alignment);
 245
 246       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 247       {
 248         ap.av.alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 249         PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 250         if (sg != null)
 251         {
 252           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 253         }
 254       }
 255
 256       historyList.push(cut);
 257
 258       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 259
 260       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 261               .getSequences());
 262     }
 263
 264   }
 265
 266   public void undoButton_actionPerformed()
 267   {
 268     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 269     command.undoCommand(null);
 270
 271     if (ap.av.historyList.contains(command))
 272     {
 273       ap.av.historyList.removeElement(command);
 274       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 275     }
 276
 277     ap.paintAlignment(true);
 278
 279     if (historyList.size() == 0)
 280     {
 281       undoButton.setEnabled(false);
 282     }
 283   }
 284
 285   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 286   {
 287     try
 288     {
 289       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 290       slider.setValue(i);
 291     } catch (Exception ex)
 292     {
 293       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 294     }
 295   }
 296
 297   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 298   {
 299   }
 300
 301   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 302   {
 303     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 304   }
 305
 306   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 307   {
 308   }
 309
 310   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 311   {
 312   }
 313
 314   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 315   {
 316   }
 317
 318   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 319   {
 320   }
 321
 322   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 323   {
 324   }
 325 }