src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.AlignSeq;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  30         WindowListener
  31 {
  32   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  33
  34   float[] redundancy;
  35
  36   SequenceI[] originalSequences;
  37
  38   Frame frame;
  39
  40   Vector redundantSeqs;
  41
  42   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  43   {
  44     super(ap, 0, false, null);
  45
  46     redundantSeqs = new Vector();
  47     this.ap = ap;
  48     undoButton.setVisible(true);
  49     applyButton.setVisible(true);
  50     allGroupsCheck.setVisible(false);
  51
  52     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  53     valueField.setText("100");
  54
  55     slider.setVisibleAmount(1);
  56     slider.setMinimum(0);
  57     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  58     slider.setValue(100);
  59
  60     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  61     {
  62       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  63       {
  64         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  65         sliderValueChanged();
  66       }
  67     });
  68
  69     frame = new Frame();
  70     frame.add(this);
  71     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  72             "Redundancy threshold selection", 400, 100);
  73
  74     frame.addWindowListener(this);
  75
  76     Thread worker = new Thread(this);
  77     worker.start();
  78   }
  79
  80   /**
  81    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  82    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  83    * slider to dynamically hide redundant sequences
  84    *
  85    * @param threshold
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    * @param sel
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    *
  90    * @return DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public void run()
  93   {
  94     label.setText("Calculating....");
  95
  96     slider.setVisible(false);
  97     applyButton.setEnabled(false);
  98     valueField.setVisible(false);
  99
 100     validate();
 101
 102     String[] omitHidden = null;
 103
 104     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 105     int height;
 106
 107     int start, end;
 108
 109     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 110     {
 111       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 112       start = sg.getStartRes();
 113       end = sg.getEndRes();
 114     }
 115     else
 116     {
 117       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 118       start = 0;
 119       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 120     }
 121
 122     height = originalSequences.length;
 123
 124     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences, omitHidden, start, end, false);
 125     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 126     slider.setVisible(true);
 127     applyButton.setEnabled(true);
 128     valueField.setVisible(true);
 129
 130     validate();
 131     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 132   }
 133
 134   void sliderValueChanged()
 135   {
 136     if (redundancy == null)
 137     {
 138       return;
 139     }
 140
 141     float value = slider.getValue();
 142
 143     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 144     {
 145       if (value > redundancy[i])
 146       {
 147         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 148       }
 149       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 150       {
 151         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 152       }
 153     }
 154
 155     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 156     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 157
 158   }
 159
 160   public void applyButton_actionPerformed()
 161   {
 162     Vector del = new Vector();
 163
 164     undoButton.setEnabled(true);
 165
 166     float value = slider.getValue();
 167     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 168
 169     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 170     {
 171       if (value <= redundancy[i])
 172       {
 173         del.addElement(originalSequences[i]);
 174       }
 175     }
 176
 177     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 178     // will
 179     // actually restore these sequences.
 180     if (del.size() > 0)
 181     {
 182       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 183
 184       int width = 0;
 185       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 186       {
 187         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 188         if (deleted[i].getLength() > width)
 189         {
 190           width = deleted[i].getLength();
 191         }
 192       }
 193
 194       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 195               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 196       AlignmentI alignment=ap.av.getAlignment();
 197       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 198       {
 199         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 200         PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 201         if (sg != null)
 202         {
 203           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 204         }
 205       }
 206
 207       historyList.push(cut);
 208
 209       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 210
 211       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 212               .getSequences());
 213     }
 214
 215   }
 216
 217   public void undoButton_actionPerformed()
 218   {
 219     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 220     command.undoCommand(null);
 221
 222     if (ap.av.historyList.contains(command))
 223     {
 224       ap.av.historyList.removeElement(command);
 225       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 226     }
 227
 228     ap.paintAlignment(true);
 229
 230     if (historyList.size() == 0)
 231     {
 232       undoButton.setEnabled(false);
 233     }
 234   }
 235
 236   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 237   {
 238     try
 239     {
 240       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 241       slider.setValue(i);
 242     } catch (Exception ex)
 243     {
 244       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 245     }
 246   }
 247
 248   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 249   {
 250   }
 251
 252   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 253   {
 254     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 255   }
 256
 257   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 258   {
 259   }
 260
 261   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 262   {
 263   }
 264
 265   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 266   {
 267   }
 268
 269   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 270   {
 271   }
 272
 273   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 274   {
 275   }
 276 }