src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22 import java.util.List;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.AlignSeq;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  32         WindowListener
  33 {
  34   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  35
  36   float[] redundancy;
  37
  38   SequenceI[] originalSequences;
  39
  40   Frame frame;
  41
  42   Vector redundantSeqs;
  43
  44   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  45   {
  46     super(ap, 0, false, null);
  47
  48     redundantSeqs = new Vector();
  49     this.ap = ap;
  50     undoButton.setVisible(true);
  51     applyButton.setVisible(true);
  52     allGroupsCheck.setVisible(false);
  53
  54     label.setText(MessageManager.getString("label.enter_redundancy_threshold"));
  55     valueField.setText("100");
  56
  57     slider.setVisibleAmount(1);
  58     slider.setMinimum(0);
  59     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  60     slider.setValue(100);
  61
  62     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  63     {
  64       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  65       {
  66         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  67         sliderValueChanged();
  68       }
  69     });
  70
  71     frame = new Frame();
  72     frame.add(this);
  73     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  74             MessageManager.getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  75
  76     frame.addWindowListener(this);
  77
  78     Thread worker = new Thread(this);
  79     worker.start();
  80   }
  81
  82   /**
  83    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  84    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  85    * slider to dynamically hide redundant sequences
  86    *
  87    * @param threshold
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param sel
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    *
  92    * @return DOCUMENT ME!
  93    */
  94   public void run()
  95   {
  96     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
  97
  98     slider.setVisible(false);
  99     applyButton.setEnabled(false);
 100     valueField.setVisible(false);
 101
 102     validate();
 103
 104     String[] omitHidden = null;
 105
 106     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 107     int height;
 108
 109     int start, end;
 110
 111     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 112     {
 113       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 114       start = sg.getStartRes();
 115       end = sg.getEndRes();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 120       start = 0;
 121       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 122     }
 123
 124     height = originalSequences.length;
 125
 126     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 127             omitHidden, start, end, false);
 128     label.setText(MessageManager.getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 129     slider.setVisible(true);
 130     applyButton.setEnabled(true);
 131     valueField.setVisible(true);
 132
 133     validate();
 134     sliderValueChanged();
 135     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 136   }
 137
 138   void sliderValueChanged()
 139   {
 140     if (redundancy == null)
 141     {
 142       return;
 143     }
 144
 145     float value = slider.getValue();
 146
 147     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 148     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 149     {
 150       if (value <= redundancy[i])
 151       {
 152         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 153       }
 154     }
 155
 156     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);
 157     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 158
 159   }
 160
 161   public void applyButton_actionPerformed()
 162   {
 163     Vector del = new Vector();
 164
 165     undoButton.setEnabled(true);
 166
 167     float value = slider.getValue();
 168     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 169
 170     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 171     {
 172       if (value <= redundancy[i])
 173       {
 174         del.addElement(originalSequences[i]);
 175       }
 176     }
 177
 178     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 179     // will
 180     // actually restore these sequences.
 181     if (del.size() > 0)
 182     {
 183       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 184
 185       int width = 0;
 186       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 187       {
 188         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 189         if (deleted[i].getLength() > width)
 190         {
 191           width = deleted[i].getLength();
 192         }
 193       }
 194
 195       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 196               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 197       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 198       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 199       {
 200         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 201         if (sg != null)
 202         {
 203           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 204         }
 205       }
 206
 207       historyList.push(cut);
 208
 209       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 210
 211       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 212       // ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 213       // .getSequences());
 214     }
 215
 216   }
 217
 218   public void undoButton_actionPerformed()
 219   {
 220     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 221     command.undoCommand(null);
 222
 223     if (ap.av.historyList.contains(command))
 224     {
 225       ap.av.historyList.removeElement(command);
 226       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 227     }
 228
 229     ap.paintAlignment(true);
 230
 231     if (historyList.size() == 0)
 232     {
 233       undoButton.setEnabled(false);
 234     }
 235   }
 236
 237   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 238   {
 239     try
 240     {
 241       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 242       slider.setValue(i);
 243     } catch (Exception ex)
 244     {
 245       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 246     }
 247   }
 248
 249   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 250   {
 251   }
 252
 253   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 254   {
 255     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 256   }
 257
 258   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 259   {
 260   }
 261
 262   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 263   {
 264   }
 265
 266   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 267   {
 268   }
 269
 270   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 271   {
 272   }
 273
 274   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 275   {
 276   }
 277 }