src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.util.List;
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  34         WindowListener
  35 {
  36   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  37
  38   float[] redundancy;
  39
  40   SequenceI[] originalSequences;
  41
  42   Frame frame;
  43
  44   Vector redundantSeqs;
  45
  46   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  47   {
  48     super(ap, 0, false, null);
  49
  50     redundantSeqs = new Vector();
  51     this.ap = ap;
  52     undoButton.setVisible(true);
  53     applyButton.setVisible(true);
  54     allGroupsCheck.setVisible(false);
  55
  56     label.setText(MessageManager.getString("label.enter_redundancy_threshold"));
  57     valueField.setText("100");
  58
  59     slider.setVisibleAmount(1);
  60     slider.setMinimum(0);
  61     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  62     slider.setValue(100);
  63
  64     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  65     {
  66       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  67       {
  68         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  69         sliderValueChanged();
  70       }
  71     });
  72
  73     frame = new Frame();
  74     frame.add(this);
  75     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  76             MessageManager.getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  77
  78     frame.addWindowListener(this);
  79
  80     Thread worker = new Thread(this);
  81     worker.start();
  82   }
  83
  84   /**
  85    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  86    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  87    * slider to dynamically hide redundant sequences
  88    *
  89    * @param threshold
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param sel
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    *
  94    * @return DOCUMENT ME!
  95    */
  96   public void run()
  97   {
  98     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
  99
 100     slider.setVisible(false);
 101     applyButton.setEnabled(false);
 102     valueField.setVisible(false);
 103
 104     validate();
 105
 106     String[] omitHidden = null;
 107
 108     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 109     int height;
 110
 111     int start, end;
 112
 113     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 114     {
 115       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 116       start = sg.getStartRes();
 117       end = sg.getEndRes();
 118     }
 119     else
 120     {
 121       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 122       start = 0;
 123       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 124     }
 125
 126     height = originalSequences.length;
 127
 128     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 129             omitHidden, start, end, false);
 130     label.setText(MessageManager.getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 131     slider.setVisible(true);
 132     applyButton.setEnabled(true);
 133     valueField.setVisible(true);
 134
 135     validate();
 136     sliderValueChanged();
 137     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 138   }
 139
 140   void sliderValueChanged()
 141   {
 142     if (redundancy == null)
 143     {
 144       return;
 145     }
 146
 147     float value = slider.getValue();
 148
 149     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 150     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 151     {
 152       if (value <= redundancy[i])
 153       {
 154         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 155       }
 156     }
 157
 158     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);
 159     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 160
 161   }
 162
 163   public void applyButton_actionPerformed()
 164   {
 165     Vector del = new Vector();
 166
 167     undoButton.setEnabled(true);
 168
 169     float value = slider.getValue();
 170     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 171
 172     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 173     {
 174       if (value <= redundancy[i])
 175       {
 176         del.addElement(originalSequences[i]);
 177       }
 178     }
 179
 180     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 181     // will
 182     // actually restore these sequences.
 183     if (del.size() > 0)
 184     {
 185       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 186
 187       int width = 0;
 188       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 189       {
 190         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 191         if (deleted[i].getLength() > width)
 192         {
 193           width = deleted[i].getLength();
 194         }
 195       }
 196
 197       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 198               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 199       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 200       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 201       {
 202         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 203         if (sg != null)
 204         {
 205           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 206         }
 207       }
 208
 209       historyList.push(cut);
 210
 211       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 212
 213       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 214       // ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 215       // .getSequences());
 216     }
 217
 218   }
 219
 220   public void undoButton_actionPerformed()
 221   {
 222     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 223     command.undoCommand(null);
 224
 225     if (ap.av.historyList.contains(command))
 226     {
 227       ap.av.historyList.removeElement(command);
 228       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 229     }
 230
 231     ap.paintAlignment(true);
 232
 233     if (historyList.size() == 0)
 234     {
 235       undoButton.setEnabled(false);
 236     }
 237   }
 238
 239   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 240   {
 241     try
 242     {
 243       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 244       slider.setValue(i);
 245     } catch (Exception ex)
 246     {
 247       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 248     }
 249   }
 250
 251   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 252   {
 253   }
 254
 255   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 256   {
 257     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 258   }
 259
 260   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 261   {
 262   }
 263
 264   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 265   {
 266   }
 267
 268   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 269   {
 270   }
 271
 272   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 273   {
 274   }
 275
 276   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 277   {
 278   }
 279 }