src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.FontMetrics;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.MenuItem;
  31 import java.awt.Panel;
  32 import java.awt.PopupMenu;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.InputEvent;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  39
  40 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  41         MouseListener
  42 {
  43
  44   protected int offy = 4;
  45
  46   public int width;
  47
  48   protected AlignViewport av;
  49
  50   AlignmentPanel ap;
  51
  52   boolean stretchingGroup = false;
  53
  54   int min; // used by mouseDragged to see if user
  55
  56   int max; // used by mouseDragged to see if user
  57
  58   boolean mouseDragging = false;
  59
  60   int[] reveal;
  61
  62   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  63   {
  64     setLayout(null);
  65     this.av = av;
  66     this.ap = ap;
  67
  68     addMouseListener(this);
  69     addMouseMotionListener(this);
  70
  71   }
  72
  73   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  74   {
  75     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  76     final int res;
  77
  78     if (av.hasHiddenColumns())
  79     {
  80       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  81     }
  82     else
  83     {
  84       res = x;
  85     }
  86
  87     min = res;
  88     max = res;
  89     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  90     {
  91       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  92       if (reveal != null)
  93       {
  94         MenuItem item = new MenuItem(
  95                 MessageManager.getString("label.reveal"));
  96         item.addActionListener(new ActionListener()
  97         {
  98           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  99           {
 100             av.showColumn(reveal[0]);
 101             reveal = null;
 102             ap.paintAlignment(true);
 103             if (ap.overviewPanel != null)
 104             {
 105               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 106             }
 107           }
 108         });
 109         pop.add(item);
 110
 111         if (av.getColumnSelection().hasManyHiddenColumns())
 112         {
 113           item = new MenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 114           item.addActionListener(new ActionListener()
 115           {
 116             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 117             {
 118               av.showAllHiddenColumns();
 119               reveal = null;
 120               ap.paintAlignment(true);
 121               if (ap.overviewPanel != null)
 122               {
 123                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 124               }
 125             }
 126           });
 127           pop.add(item);
 128         }
 129         this.add(pop);
 130         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 131       }
 132       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 133       {
 134         MenuItem item = new MenuItem(
 135                 MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 136         item.addActionListener(new ActionListener()
 137         {
 138           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 139           {
 140             av.hideColumns(res, res);
 141             if (av.getSelectionGroup() != null
 142                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 143                             .getAlignment().getHeight())
 144             {
 145               av.setSelectionGroup(null);
 146             }
 147
 148             ap.paintAlignment(true);
 149             if (ap.overviewPanel != null)
 150             {
 151               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 152             }
 153           }
 154         });
 155         pop.add(item);
 156         this.add(pop);
 157         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 158       }
 159     }
 160     else
 161     // LEFT MOUSE TO SELECT
 162     {
 163       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 164       {
 165         av.getColumnSelection().clear();
 166       }
 167
 168       av.getColumnSelection().addElement(res);
 169       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 170       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 171       {
 172         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 173       }
 174
 175       sg.setStartRes(res);
 176       sg.setEndRes(res);
 177       av.setSelectionGroup(sg);
 178
 179       if (evt.isShiftDown())
 180       {
 181         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 182         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 183         for (int i = min; i < max; i++)
 184         {
 185           av.getColumnSelection().addElement(i);
 186         }
 187         sg.setStartRes(min);
 188         sg.setEndRes(max);
 189       }
 190     }
 191
 192     ap.paintAlignment(true);
 193     av.sendSelection();
 194   }
 195
 196   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 197   {
 198     mouseDragging = false;
 199
 200     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 201
 202     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 203     {
 204       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 205     }
 206
 207     if (av.hasHiddenColumns())
 208     {
 209       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 210     }
 211
 212     if (!stretchingGroup)
 213     {
 214       ap.paintAlignment(false);
 215
 216       return;
 217     }
 218
 219     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 220
 221     if (res > sg.getStartRes())
 222     {
 223       sg.setEndRes(res);
 224     }
 225     else if (res < sg.getStartRes())
 226     {
 227       sg.setStartRes(res);
 228     }
 229
 230     stretchingGroup = false;
 231     ap.paintAlignment(false);
 232     av.sendSelection();
 233   }
 234
 235   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 236   {
 237     mouseDragging = true;
 238
 239     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 240     if (res < 0)
 241     {
 242       res = 0;
 243     }
 244
 245     if (av.hasHiddenColumns())
 246     {
 247       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 248     }
 249
 250     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 251     {
 252       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 253     }
 254
 255     if (res < min)
 256     {
 257       min = res;
 258     }
 259
 260     if (res > max)
 261     {
 262       max = res;
 263     }
 264
 265     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 266
 267     if (sg != null)
 268     {
 269       stretchingGroup = true;
 270
 271       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 272       {
 273         av.getColumnSelection().addElement(res);
 274       }
 275
 276       if (res > sg.getStartRes())
 277       {
 278         sg.setEndRes(res);
 279       }
 280       if (res < sg.getStartRes())
 281       {
 282         sg.setStartRes(res);
 283       }
 284
 285       int col;
 286       for (int i = min; i <= max; i++)
 287       {
 288         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 289
 290         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 291         {
 292           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 293         }
 294         else
 295         {
 296           av.getColumnSelection().addElement(col);
 297         }
 298       }
 299
 300       ap.paintAlignment(false);
 301     }
 302   }
 303
 304   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 305   {
 306     if (mouseDragging)
 307     {
 308       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 309     }
 310   }
 311
 312   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 313   {
 314     if (mouseDragging)
 315     {
 316       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 317     }
 318   }
 319
 320   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 321   {
 322
 323   }
 324
 325   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 326   {
 327     if (!av.hasHiddenColumns())
 328     {
 329       return;
 330     }
 331
 332     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 333
 334     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 335
 336     reveal = null;
 337     for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 338     {
 339       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 340       {
 341         reveal = region;
 342         break;
 343       }
 344     }
 345
 346     repaint();
 347   }
 348
 349   public void update(Graphics g)
 350   {
 351     paint(g);
 352   }
 353
 354   public void paint(Graphics g)
 355   {
 356     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 357             getSize().height);
 358   }
 359
 360   // scalewidth will normally be screenwidth,
 361   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 362           int height)
 363   {
 364     gg.setFont(av.getFont());
 365     // Fill in the background
 366     gg.setColor(Color.white);
 367     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 368     gg.setColor(Color.black);
 369
 370     // Fill the selected columns
 371     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 372     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 373     int avcharWidth = av.getCharWidth(), avcharHeight = av.getCharHeight();
 374     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 375     {
 376       int sel = cs.columnAt(i);
 377       if (av.hasHiddenColumns())
 378       {
 379         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 380       }
 381
 382       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 383       {
 384         gg.fillRect((sel - startx) * avcharWidth, 0, avcharWidth,
 385                 getSize().height);
 386       }
 387     }
 388
 389     // Draw the scale numbers
 390     gg.setColor(Color.black);
 391
 392     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 393
 394     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 395     int y = avcharHeight - fm.getDescent();
 396
 397     if ((scalestartx % 10) == 0)
 398     {
 399       scalestartx += 5;
 400     }
 401
 402     String string;
 403     int maxX = 0;
 404
 405     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 406     {
 407       if ((i % 10) == 0)
 408       {
 409         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 410                 .adjustForHiddenColumns(i));
 411         if ((i - startx - 1) * avcharWidth > maxX)
 412         {
 413           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * avcharWidth, y);
 414           maxX = (i - startx + 1) * avcharWidth + fm.stringWidth(string);
 415         }
 416
 417         gg.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 418                 y + 2,
 419                 ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), y
 420                         + (fm.getDescent() * 2));
 421
 422       }
 423       else
 424       {
 425         gg.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), y
 426                 + fm.getDescent(), ((i - startx - 1) * avcharWidth)
 427                 + (avcharWidth / 2), y + (fm.getDescent() * 2));
 428       }
 429     }
 430
 431     if (av.hasHiddenColumns())
 432     {
 433       gg.setColor(Color.blue);
 434       int res;
 435       if (av.getShowHiddenMarkers())
 436       {
 437         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 438                 .size(); i++)
 439         {
 440
 441           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 442                   - startx;
 443
 444           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 445           {
 446             continue;
 447           }
 448
 449           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 450               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 451                   new int[] { y - avcharHeight / 2, y - avcharHeight / 2,
 452                       y + 8 }, 3);
 453
 454         }
 455       }
 456
 457       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 458       {
 459         gg.drawString(MessageManager.getString("label.reveal_columns"),
 460                 reveal[0] * avcharWidth, 0);
 461       }
 462     }
 463
 464   }
 465
 466 }