src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  26         MouseListener
  27 {
  28
  29   protected int offy = 4;
  30
  31   public int width;
  32
  33   protected AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   boolean stretchingGroup = false;
  38
  39   int min; // used by mouseDragged to see if user
  40
  41   int max; // used by mouseDragged to see if user
  42
  43   boolean mouseDragging = false;
  44
  45   int[] reveal;
  46
  47   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  48   {
  49     setLayout(null);
  50     this.av = av;
  51     this.ap = ap;
  52
  53     addMouseListener(this);
  54     addMouseMotionListener(this);
  55
  56   }
  57
  58   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  59   {
  60     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  61     final int res;
  62
  63     if (av.hasHiddenColumns)
  64     {
  65       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  66     }
  67     else
  68     {
  69       res = x;
  70     }
  71
  72     min = res;
  73     max = res;
  74     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  75     {
  76       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  77       if (reveal != null)
  78       {
  79         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");
  80         item.addActionListener(new ActionListener()
  81         {
  82           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  83           {
  84             av.showColumn(reveal[0]);
  85             reveal = null;
  86             ap.paintAlignment(true);
  87             if (ap.overviewPanel != null)
  88             {
  89               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  90             }
  91           }
  92         });
  93         pop.add(item);
  94
  95         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  96         {
  97           item = new MenuItem("Reveal All");
  98           item.addActionListener(new ActionListener()
  99           {
 100             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 101             {
 102               av.showAllHiddenColumns();
 103               reveal = null;
 104               ap.paintAlignment(true);
 105               if (ap.overviewPanel != null)
 106               {
 107                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 108               }
 109             }
 110           });
 111           pop.add(item);
 112         }
 113         this.add(pop);
 114         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 115       }
 116       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 117       {
 118         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");
 119         item.addActionListener(new ActionListener()
 120         {
 121           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 122           {
 123             av.hideColumns(res, res);
 124             if (av.getSelectionGroup() != null
 125                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment
 126                             .getHeight())
 127             {
 128               av.setSelectionGroup(null);
 129             }
 130
 131             ap.paintAlignment(true);
 132             if (ap.overviewPanel != null)
 133             {
 134               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 135             }
 136           }
 137         });
 138         pop.add(item);
 139         this.add(pop);
 140         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 141       }
 142     }
 143     else
 144     // LEFT MOUSE TO SELECT
 145     {
 146       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 147       {
 148         av.getColumnSelection().clear();
 149       }
 150
 151       av.getColumnSelection().addElement(res);
 152       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 153       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)
 154       {
 155         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);
 156       }
 157
 158       sg.setStartRes(res);
 159       sg.setEndRes(res);
 160       av.setSelectionGroup(sg);
 161
 162       if (evt.isShiftDown())
 163       {
 164         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 165         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 166         for (int i = min; i < max; i++)
 167         {
 168           av.getColumnSelection().addElement(i);
 169         }
 170         sg.setStartRes(min);
 171         sg.setEndRes(max);
 172       }
 173     }
 174
 175     ap.paintAlignment(true);
 176   }
 177
 178   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 179   {
 180     mouseDragging = false;
 181
 182     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 183
 184     if (res > av.alignment.getWidth())
 185     {
 186       res = av.alignment.getWidth() - 1;
 187     }
 188
 189     if (av.hasHiddenColumns)
 190     {
 191       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 192     }
 193
 194     if (!stretchingGroup)
 195     {
 196       ap.paintAlignment(false);
 197
 198       return;
 199     }
 200
 201     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 202
 203     if (res > sg.getStartRes())
 204     {
 205       sg.setEndRes(res);
 206     }
 207     else if (res < sg.getStartRes())
 208     {
 209       sg.setStartRes(res);
 210     }
 211
 212     stretchingGroup = false;
 213     ap.paintAlignment(false);
 214   }
 215
 216   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 217   {
 218     mouseDragging = true;
 219
 220     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 221     if (res < 0)
 222     {
 223       res = 0;
 224     }
 225
 226     if (av.hasHiddenColumns)
 227     {
 228       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 229     }
 230
 231     if (res > av.alignment.getWidth())
 232     {
 233       res = av.alignment.getWidth() - 1;
 234     }
 235
 236     if (res < min)
 237     {
 238       min = res;
 239     }
 240
 241     if (res > max)
 242     {
 243       max = res;
 244     }
 245
 246     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 247
 248     if (sg != null)
 249     {
 250       stretchingGroup = true;
 251
 252       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 253       {
 254         av.getColumnSelection().addElement(res);
 255       }
 256
 257       if (res > sg.getStartRes())
 258       {
 259         sg.setEndRes(res);
 260       }
 261       if (res < sg.getStartRes())
 262       {
 263         sg.setStartRes(res);
 264       }
 265
 266       int col;
 267       for (int i = min; i <= max; i++)
 268       {
 269         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 270
 271         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 272         {
 273           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 274         }
 275         else
 276         {
 277           av.getColumnSelection().addElement(col);
 278         }
 279       }
 280
 281       ap.paintAlignment(false);
 282     }
 283   }
 284
 285   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 286   {
 287     if (mouseDragging)
 288     {
 289       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 290     }
 291   }
 292
 293   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 294   {
 295     if (mouseDragging)
 296     {
 297       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 298     }
 299   }
 300
 301   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 302   {
 303
 304   }
 305
 306   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 307   {
 308     if (!av.hasHiddenColumns)
 309     {
 310       return;
 311     }
 312
 313     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 314
 315     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 316
 317     reveal = null;
 318     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 319     {
 320       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 321               .elementAt(i);
 322       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 323       {
 324         reveal = region;
 325         break;
 326       }
 327     }
 328
 329     repaint();
 330   }
 331
 332   public void update(Graphics g)
 333   {
 334     paint(g);
 335   }
 336
 337   public void paint(Graphics g)
 338   {
 339     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 340             getSize().height);
 341   }
 342
 343   // scalewidth will normally be screenwidth,
 344   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 345           int height)
 346   {
 347     gg.setFont(av.getFont());
 348
 349     // Fill in the background
 350     gg.setColor(Color.white);
 351     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 352     gg.setColor(Color.black);
 353
 354     // Fill the selected columns
 355     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 356     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 357
 358     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 359     {
 360       int sel = cs.columnAt(i);
 361       if (av.hasHiddenColumns)
 362       {
 363         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 364       }
 365
 366       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 367       {
 368         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 369                 getSize().height);
 370       }
 371     }
 372
 373     // Draw the scale numbers
 374     gg.setColor(Color.black);
 375
 376     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 377
 378     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 379     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 380
 381     if ((scalestartx % 10) == 0)
 382     {
 383       scalestartx += 5;
 384     }
 385
 386     String string;
 387     int maxX = 0;
 388
 389     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 390     {
 391       if ((i % 10) == 0)
 392       {
 393         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 394                 .adjustForHiddenColumns(i));
 395         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 396         {
 397           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 398           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 399         }
 400
 401         gg
 402                 .drawLine(
 403                         (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 404                         y + 2,
 405                         (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 406                         y + (fm.getDescent() * 2));
 407
 408       }
 409       else
 410       {
 411         gg
 412                 .drawLine(
 413                         (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 414                         y + fm.getDescent(),
 415                         (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 416                         y + (fm.getDescent() * 2));
 417       }
 418     }
 419
 420     if (av.hasHiddenColumns)
 421     {
 422       gg.setColor(Color.blue);
 423       int res;
 424       if (av.getShowHiddenMarkers())
 425       {
 426         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 427                 .size(); i++)
 428         {
 429
 430           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 431                   - startx;
 432
 433           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 434           {
 435             continue;
 436           }
 437
 438           gg.fillPolygon(new int[]
 439           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 440               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 441                   new int[]
 442                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 443                   3);
 444
 445         }
 446       }
 447
 448       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 449       {
 450         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
 451       }
 452     }
 453
 454   }
 455
 456 }