src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  27         MouseListener
  28 {
  29
  30   protected int offy = 4;
  31
  32   public int width;
  33
  34   protected AlignViewport av;
  35
  36   AlignmentPanel ap;
  37
  38   boolean stretchingGroup = false;
  39
  40   int min; // used by mouseDragged to see if user
  41
  42   int max; // used by mouseDragged to see if user
  43
  44   boolean mouseDragging = false;
  45
  46   int[] reveal;
  47
  48   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  49   {
  50     setLayout(null);
  51     this.av = av;
  52     this.ap = ap;
  53
  54     addMouseListener(this);
  55     addMouseMotionListener(this);
  56
  57   }
  58
  59   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  60   {
  61     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  62     final int res;
  63
  64     if (av.hasHiddenColumns())
  65     {
  66       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  67     }
  68     else
  69     {
  70       res = x;
  71     }
  72
  73     min = res;
  74     max = res;
  75     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  76     {
  77       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  78       if (reveal != null)
  79       {
  80         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");
  81         item.addActionListener(new ActionListener()
  82         {
  83           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  84           {
  85             av.showColumn(reveal[0]);
  86             reveal = null;
  87             ap.paintAlignment(true);
  88             if (ap.overviewPanel != null)
  89             {
  90               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  91             }
  92           }
  93         });
  94         pop.add(item);
  95
  96         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  97         {
  98           item = new MenuItem("Reveal All");
  99           item.addActionListener(new ActionListener()
 100           {
 101             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 102             {
 103               av.showAllHiddenColumns();
 104               reveal = null;
 105               ap.paintAlignment(true);
 106               if (ap.overviewPanel != null)
 107               {
 108                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 109               }
 110             }
 111           });
 112           pop.add(item);
 113         }
 114         this.add(pop);
 115         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 116       }
 117       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 118       {
 119         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");
 120         item.addActionListener(new ActionListener()
 121         {
 122           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 123           {
 124             av.hideColumns(res, res);
 125             if (av.getSelectionGroup() != null
 126                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 127                             .getAlignment().getHeight())
 128             {
 129               av.setSelectionGroup(null);
 130             }
 131
 132             ap.paintAlignment(true);
 133             if (ap.overviewPanel != null)
 134             {
 135               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 136             }
 137           }
 138         });
 139         pop.add(item);
 140         this.add(pop);
 141         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 142       }
 143     }
 144     else
 145     // LEFT MOUSE TO SELECT
 146     {
 147       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 148       {
 149         av.getColumnSelection().clear();
 150       }
 151
 152       av.getColumnSelection().addElement(res);
 153       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 154       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 155       {
 156         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 157       }
 158
 159       sg.setStartRes(res);
 160       sg.setEndRes(res);
 161       av.setSelectionGroup(sg);
 162
 163       if (evt.isShiftDown())
 164       {
 165         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 166         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 167         for (int i = min; i < max; i++)
 168         {
 169           av.getColumnSelection().addElement(i);
 170         }
 171         sg.setStartRes(min);
 172         sg.setEndRes(max);
 173       }
 174     }
 175
 176     ap.paintAlignment(true);
 177     av.sendSelection();
 178   }
 179
 180   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 181   {
 182     mouseDragging = false;
 183
 184     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 185
 186     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 187     {
 188       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 189     }
 190
 191     if (av.hasHiddenColumns())
 192     {
 193       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 194     }
 195
 196     if (!stretchingGroup)
 197     {
 198       ap.paintAlignment(false);
 199
 200       return;
 201     }
 202
 203     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 204
 205     if (res > sg.getStartRes())
 206     {
 207       sg.setEndRes(res);
 208     }
 209     else if (res < sg.getStartRes())
 210     {
 211       sg.setStartRes(res);
 212     }
 213
 214     stretchingGroup = false;
 215     ap.paintAlignment(false);
 216     av.sendSelection();
 217   }
 218
 219   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 220   {
 221     mouseDragging = true;
 222
 223     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 224     if (res < 0)
 225     {
 226       res = 0;
 227     }
 228
 229     if (av.hasHiddenColumns())
 230     {
 231       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 232     }
 233
 234     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 235     {
 236       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 237     }
 238
 239     if (res < min)
 240     {
 241       min = res;
 242     }
 243
 244     if (res > max)
 245     {
 246       max = res;
 247     }
 248
 249     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 250
 251     if (sg != null)
 252     {
 253       stretchingGroup = true;
 254
 255       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 256       {
 257         av.getColumnSelection().addElement(res);
 258       }
 259
 260       if (res > sg.getStartRes())
 261       {
 262         sg.setEndRes(res);
 263       }
 264       if (res < sg.getStartRes())
 265       {
 266         sg.setStartRes(res);
 267       }
 268
 269       int col;
 270       for (int i = min; i <= max; i++)
 271       {
 272         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 273
 274         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 275         {
 276           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 277         }
 278         else
 279         {
 280           av.getColumnSelection().addElement(col);
 281         }
 282       }
 283
 284       ap.paintAlignment(false);
 285     }
 286   }
 287
 288   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 289   {
 290     if (mouseDragging)
 291     {
 292       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 293     }
 294   }
 295
 296   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 297   {
 298     if (mouseDragging)
 299     {
 300       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 301     }
 302   }
 303
 304   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 305   {
 306
 307   }
 308
 309   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 310   {
 311     if (!av.hasHiddenColumns())
 312     {
 313       return;
 314     }
 315
 316     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 317
 318     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 319
 320     reveal = null;
 321     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 322     {
 323       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 324               .elementAt(i);
 325       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 326       {
 327         reveal = region;
 328         break;
 329       }
 330     }
 331
 332     repaint();
 333   }
 334
 335   public void update(Graphics g)
 336   {
 337     paint(g);
 338   }
 339
 340   public void paint(Graphics g)
 341   {
 342     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 343             getSize().height);
 344   }
 345
 346   // scalewidth will normally be screenwidth,
 347   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 348           int height)
 349   {
 350     gg.setFont(av.getFont());
 351
 352     // Fill in the background
 353     gg.setColor(Color.white);
 354     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 355     gg.setColor(Color.black);
 356
 357     // Fill the selected columns
 358     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 359     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 360
 361     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 362     {
 363       int sel = cs.columnAt(i);
 364       if (av.hasHiddenColumns())
 365       {
 366         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 367       }
 368
 369       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 370       {
 371         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 372                 getSize().height);
 373       }
 374     }
 375
 376     // Draw the scale numbers
 377     gg.setColor(Color.black);
 378
 379     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 380
 381     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 382     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 383
 384     if ((scalestartx % 10) == 0)
 385     {
 386       scalestartx += 5;
 387     }
 388
 389     String string;
 390     int maxX = 0;
 391
 392     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 393     {
 394       if ((i % 10) == 0)
 395       {
 396         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 397                 .adjustForHiddenColumns(i));
 398         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 399         {
 400           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 401           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 402         }
 403
 404         gg.drawLine(
 405                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 406                 y + 2,
 407                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 408                 y + (fm.getDescent() * 2));
 409
 410       }
 411       else
 412       {
 413         gg.drawLine(
 414                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 415                 y + fm.getDescent(),
 416                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 417                 y + (fm.getDescent() * 2));
 418       }
 419     }
 420
 421     if (av.hasHiddenColumns())
 422     {
 423       gg.setColor(Color.blue);
 424       int res;
 425       if (av.getShowHiddenMarkers())
 426       {
 427         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 428                 .size(); i++)
 429         {
 430
 431           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 432                   - startx;
 433
 434           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 435           {
 436             continue;
 437           }
 438
 439           gg.fillPolygon(new int[]
 440           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 441               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 442                   new int[]
 443                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 444                   3);
 445
 446         }
 447       }
 448
 449       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 450       {
 451         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
 452       }
 453     }
 454
 455   }
 456
 457 }