src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ScalePanel\r
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected int offy = 4;\r
  32   public int width;\r
  33 \r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   boolean stretchingGroup = false;\r
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  40   boolean mouseDragging = false;\r
  41   int [] reveal;\r
  42 \r
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  55   {\r
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  57     final int res;\r
  58 \r
  59     if (av.hasHiddenColumns)\r
  60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  61     else\r
  62       res = x;\r
  63 \r
  64     min = res;\r
  65     max = res;\r
  66     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  67         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  68     {\r
  69       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
  70       if (reveal != null)\r
  71       {\r
  72         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
  73         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  74         {\r
  75           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76           {\r
  77             av.showColumn(reveal[0]);\r
  78             reveal = null;\r
  79             ap.repaint();\r
  80             if (ap.overviewPanel != null)\r
  81               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  82           }\r
  83         });\r
  84         pop.add(item);\r
  85 \r
  86         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  87         {\r
  88           item = new MenuItem("Reveal All");\r
  89           item.addActionListener(new ActionListener()\r
  90           {\r
  91             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92             {\r
  93               av.showAllHiddenColumns();\r
  94               reveal = null;\r
  95               ap.repaint();\r
  96               if (ap.overviewPanel != null)\r
  97                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  98             }\r
  99           });\r
 100           pop.add(item);\r
 101         }\r
 102         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 103       }\r
 104       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 105       {\r
 106         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
 107         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 108         {\r
 109           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 110           {\r
 111             av.hideColumns(res, res);\r
 112             ap.repaint();\r
 113             if (ap.overviewPanel != null)\r
 114               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 115           }\r
 116         });\r
 117         pop.add(item);\r
 118         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 119       }\r
 120     }\r
 121     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 122     {\r
 123       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 124       {\r
 125         av.getColumnSelection().clear();\r
 126       }\r
 127 \r
 128       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 129       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 130       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 131       {\r
 132         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 133       }\r
 134 \r
 135       sg.setStartRes(res);\r
 136       sg.setEndRes(res);\r
 137       av.setSelectionGroup(sg);\r
 138 \r
 139       if(evt.isShiftDown())\r
 140       {\r
 141         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 142         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 143         for (int i = min; i<max; i++)\r
 144         {\r
 145             av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 146         }\r
 147         sg.setStartRes(min);\r
 148         sg.setEndRes(max);\r
 149       }\r
 150     }\r
 151 \r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156   {\r
 157     mouseDragging = false;\r
 158 \r
 159     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 160 \r
 161     if(res> av.alignment.getWidth())\r
 162     {\r
 163       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if(av.hasHiddenColumns)\r
 167       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 168 \r
 169     if (!stretchingGroup)\r
 170     {\r
 171         ap.repaint();\r
 172 \r
 173         return;\r
 174     }\r
 175 \r
 176     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 177 \r
 178     if (res > sg.getStartRes())\r
 179     {\r
 180         sg.setEndRes(res);\r
 181     }\r
 182     else if (res < sg.getStartRes())\r
 183     {\r
 184         sg.setStartRes(res);\r
 185     }\r
 186 \r
 187     stretchingGroup = false;\r
 188     ap.repaint();\r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 192   {\r
 193     mouseDragging = true;\r
 194 \r
 195     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 196     if (res < 0)\r
 197       res = 0;\r
 198 \r
 199     if (av.hasHiddenColumns)\r
 200       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 201 \r
 202     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 203     {\r
 204       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     if (res < min)\r
 208     {\r
 209       min = res;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     if (res > max)\r
 213     {\r
 214       max = res;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 218 \r
 219     if (sg != null)\r
 220     {\r
 221       stretchingGroup = true;\r
 222 \r
 223       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 224       {\r
 225         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 226       }\r
 227 \r
 228       if (res > sg.getStartRes())\r
 229       {\r
 230         sg.setEndRes(res);\r
 231       }\r
 232       if (res < sg.getStartRes())\r
 233       {\r
 234         sg.setStartRes(res);\r
 235       }\r
 236 \r
 237       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 238       {\r
 239         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 240         {\r
 241           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 242         }\r
 243         else\r
 244         {\r
 245           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 246         }\r
 247       }\r
 248 \r
 249       ap.repaint();\r
 250     }\r
 251   }\r
 252 \r
 253 \r
 254   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 255   {\r
 256     if (mouseDragging)\r
 257       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 261   {\r
 262     if (mouseDragging)\r
 263       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 267   {\r
 268 \r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 272   {\r
 273     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 274       return;\r
 275 \r
 276     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 277 \r
 278     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 279 \r
 280     reveal = null;\r
 281     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 282     {\r
 283       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 284           elementAt(i);\r
 285       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 286       {\r
 287         reveal = region;\r
 288         break;\r
 289       }\r
 290     }\r
 291 \r
 292     repaint();\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void update(Graphics g)\r
 296   {\r
 297     paint(g);\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void paint(Graphics g)\r
 301   {\r
 302     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 303               getSize().height);\r
 304   }\r
 305 \r
 306 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 307   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 308                         int height)\r
 309   {\r
 310     gg.setFont(av.getFont());\r
 311 \r
 312 \r
 313     //Fill in the background\r
 314     gg.setColor(Color.white);\r
 315     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 316     gg.setColor(Color.black);\r
 317 \r
 318     //Fill the selected columns\r
 319     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 320     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 321 \r
 322     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 323     {\r
 324         int sel = cs.columnAt(i);\r
 325         if(av.hasHiddenColumns)\r
 326           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 327 \r
 328 \r
 329         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 330         {\r
 331             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 332                 getSize().height);\r
 333         }\r
 334     }\r
 335 \r
 336     // Draw the scale numbers\r
 337     gg.setColor(Color.black);\r
 338 \r
 339     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 340 \r
 341     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 342     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 343 \r
 344     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 345     {\r
 346         scalestartx += 5;\r
 347     }\r
 348 \r
 349     String string;\r
 350     int maxX=0;\r
 351 \r
 352     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 353     {\r
 354         if ((i % 10) == 0)\r
 355         {\r
 356             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 357             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 358             {\r
 359               gg.drawString(string,\r
 360                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 361               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 362             }\r
 363 \r
 364             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 365                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 366                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 367                                (av.charWidth / 2)),\r
 368                         y + (fm.getDescent() * 2));\r
 369 \r
 370         }\r
 371         else\r
 372         {\r
 373             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 374                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 375                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 376                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 377         }\r
 378     }\r
 379 \r
 380     if (av.hasHiddenColumns)\r
 381     {\r
 382       gg.setColor(Color.blue);\r
 383       int res;\r
 384       if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 385       {\r
 386         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 387              i++)\r
 388         {\r
 389 \r
 390           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 391               startx;\r
 392 \r
 393           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 394             continue;\r
 395 \r
 396           gg.fillPolygon(new int[]\r
 397                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 398                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 399                          res * av.charWidth},\r
 400                          new int[]\r
 401                          {\r
 402                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 403                          y + 8\r
 404           }, 3);\r
 405 \r
 406         }\r
 407       }\r
 408 \r
 409       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 410       {\r
 411         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 412       }\r
 413     }\r
 414 \r
 415   }\r
 416 \r
 417 }\r