src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32 import java.awt.Image;
  33 import java.awt.Panel;
  34
  35 public class SeqCanvas extends Panel
  36 {
  37   FeatureRenderer fr;
  38
  39   SequenceRenderer sr;
  40
  41   Image img;
  42
  43   Graphics gg;
  44
  45   int imgWidth;
  46
  47   int imgHeight;
  48
  49   AlignViewport av;
  50
  51   SearchResults searchResults = null;
  52
  53   boolean fastPaint = false;
  54
  55   int cursorX = 0;
  56
  57   int cursorY = 0;
  58
  59   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  60   {
  61     this.av = av;
  62     fr = new FeatureRenderer(av);
  63     sr = new SequenceRenderer(av);
  64     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  65     updateViewport();
  66   }
  67
  68   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  69
  70   private void updateViewport()
  71   {
  72     avcharHeight = av.getCharHeight();
  73     avcharWidth = av.getCharWidth();
  74   }
  75
  76   public AlignmentViewport getViewport()
  77   {
  78     return av;
  79   }
  80
  81   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  82   {
  83     return fr;
  84   }
  85
  86   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  87   {
  88     return sr;
  89   }
  90
  91   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  92   {
  93     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  94
  95     g.setColor(Color.black);
  96
  97     // NORTH SCALE
  98     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
  99     {
 100       int value = i;
 101       if (av.hasHiddenColumns())
 102       {
 103         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 104       }
 105
 106       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 107               ypos - (avcharHeight / 2));
 108
 109       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 110               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 111               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 112               ypos - 2);
 113     }
 114   }
 115
 116   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 117   {
 118     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 119     ypos += avcharHeight;
 120     if (av.hasHiddenColumns())
 121     {
 122       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 123       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 124     }
 125
 126     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 127     if (av.hasHiddenColumns())
 128     {
 129       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 130     }
 131
 132     // WEST SCALE
 133     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 134     {
 135       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 136       int index = startx;
 137       int value = -1;
 138
 139       while (index < endx)
 140       {
 141         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 142         {
 143           index++;
 144
 145           continue;
 146         }
 147
 148         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 149
 150         break;
 151       }
 152
 153       if (value != -1)
 154       {
 155         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 156                 - avcharWidth / 2;
 157         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 158                 - (avcharHeight / 5));
 159       }
 160     }
 161   }
 162
 163   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 164   {
 165     ypos += avcharHeight;
 166
 167     if (av.hasHiddenColumns())
 168     {
 169       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 170     }
 171
 172     SequenceI seq;
 173     // EAST SCALE
 174     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 175     {
 176       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 177       int index = endx;
 178       int value = -1;
 179
 180       while (index > startx)
 181       {
 182         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 183         {
 184           index--;
 185
 186           continue;
 187         }
 188
 189         value = seq.findPosition(index);
 190
 191         break;
 192       }
 193
 194       if (value != -1)
 195       {
 196         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 197                 - (avcharHeight / 5));
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202   int lastsr = 0;
 203
 204   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 205   {
 206     if (fastPaint || gg == null)
 207     {
 208       return;
 209     }
 210
 211     updateViewport();
 212
 213     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 214     // is faster than it can paint, so this check here catches
 215     // this possibility
 216     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 217     {
 218       horizontal = av.startRes - lastsr;
 219     }
 220
 221     lastsr = av.startRes;
 222
 223     fastPaint = true;
 224     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 225             - horizontal * avcharWidth,
 226             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 227             -vertical * avcharHeight);
 228
 229     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 230
 231     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 232     {
 233       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 234       sr = er - horizontal;
 235     }
 236     else if (horizontal < 0)
 237     {
 238       er = sr - horizontal;
 239     }
 240
 241     else if (vertical > 0) // scroll down
 242     {
 243       ss = es - vertical;
 244       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 245       {
 246         ss = av.startSeq;
 247       }
 248       else
 249       {
 250         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 251       }
 252     }
 253     else if (vertical < 0)
 254     {
 255       es = ss - vertical;
 256       if (es > av.endSeq)
 257       {
 258         es = av.endSeq;
 259       }
 260     }
 261
 262     gg.translate(transX, transY);
 263
 264     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 265     gg.translate(-transX, -transY);
 266
 267     repaint();
 268
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 273    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 274    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 275    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 276    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 277    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 278    */
 279   @Override
 280   public void update(Graphics g)
 281   {
 282     paint(g);
 283   }
 284
 285   @Override
 286   public void paint(Graphics g)
 287   {
 288
 289     if (img != null
 290             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 291                     .getClipBounds().height)))
 292     {
 293       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 294       fastPaint = false;
 295       return;
 296     }
 297
 298     if (fastPaint)
 299     {
 300       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 301       fastPaint = false;
 302       return;
 303     }
 304
 305     updateViewport();
 306     // this draws the whole of the alignment
 307     imgWidth = this.getSize().width;
 308     imgHeight = this.getSize().height;
 309
 310     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 311     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 312
 313     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 314     {
 315       return;
 316     }
 317
 318     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 319             || imgHeight != img.getHeight(this))
 320     {
 321       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 322       gg = img.getGraphics();
 323       gg.setFont(av.getFont());
 324     }
 325
 326     gg.setColor(Color.white);
 327     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 328
 329     if (av.getWrapAlignment())
 330     {
 331       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 332     }
 333     else
 334     {
 335       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 336     }
 337
 338     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 339
 340   }
 341
 342   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 343
 344   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 345   {
 346     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 347
 348     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 349
 350     LABEL_EAST = 0;
 351     LABEL_WEST = 0;
 352
 353     if (av.getScaleRightWrapped())
 354     {
 355       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 356     }
 357
 358     if (av.getScaleLeftWrapped())
 359     {
 360       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 361     }
 362
 363     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 364   }
 365
 366   /**
 367    * Generates a string of zeroes.
 368    *
 369    * @return String
 370    */
 371   String getMask()
 372   {
 373     String mask = "0";
 374     int maxWidth = 0;
 375     int tmp;
 376     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 377     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 378     {
 379       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 380       if (tmp > maxWidth)
 381       {
 382         maxWidth = tmp;
 383       }
 384     }
 385
 386     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 387     {
 388       mask += "0";
 389     }
 390     return mask;
 391   }
 392
 393   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 394           int canvasHeight, int startRes)
 395   {
 396     AlignmentI al = av.getAlignment();
 397
 398     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 399
 400     if (av.getScaleRightWrapped())
 401     {
 402       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 403     }
 404
 405     if (av.getScaleLeftWrapped())
 406     {
 407       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 408     }
 409
 410     int hgap = avcharHeight;
 411     if (av.getScaleAboveWrapped())
 412     {
 413       hgap += avcharHeight;
 414     }
 415
 416     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 417     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 418
 419     av.setWrappedWidth(cWidth);
 420
 421     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 422
 423     int endx;
 424     int ypos = hgap;
 425
 426     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 427
 428     if (av.hasHiddenColumns())
 429     {
 430       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 431     }
 432
 433     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 434     {
 435       endx = startRes + cWidth - 1;
 436
 437       if (endx > maxwidth)
 438       {
 439         endx = maxwidth;
 440       }
 441
 442       g.setColor(Color.black);
 443
 444       if (av.getScaleLeftWrapped())
 445       {
 446         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 447       }
 448
 449       if (av.getScaleRightWrapped())
 450       {
 451         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 452         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 453         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 454       }
 455
 456       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 457
 458       if (av.getScaleAboveWrapped())
 459       {
 460         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 461       }
 462       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 463       {
 464         g.setColor(Color.blue);
 465         int res;
 466         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 467                 .size(); i++)
 468         {
 469           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 470                   - startRes;
 471
 472           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 473           {
 474             continue;
 475           }
 476
 477           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 478               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 479                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 480                       ypos - (avcharHeight / 2),
 481                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 482
 483         }
 484       }
 485
 486       if (g.getClip() == null)
 487       {
 488         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 489       }
 490
 491       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 492       g.setClip(null);
 493
 494       if (av.isShowAnnotation())
 495       {
 496         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 497         if (annotations == null)
 498         {
 499           annotations = new AnnotationPanel(av);
 500         }
 501
 502         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 503         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 504       }
 505       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 506
 507       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 508
 509       startRes += cWidth;
 510     }
 511
 512   }
 513
 514   AnnotationPanel annotations;
 515
 516   int getAnnotationHeight()
 517   {
 518     if (!av.isShowAnnotation())
 519     {
 520       return 0;
 521     }
 522
 523     if (annotations == null)
 524     {
 525       annotations = new AnnotationPanel(av);
 526     }
 527
 528     return annotations.adjustPanelHeight();
 529   }
 530
 531   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 532           int startSeq, int endSeq, int offset)
 533   {
 534
 535     if (!av.hasHiddenColumns())
 536     {
 537       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 538     }
 539     else
 540     {
 541
 542       int screenY = 0;
 543       int blockStart = startRes;
 544       int blockEnd = endRes;
 545
 546       if (av.hasHiddenColumns())
 547       {
 548         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 549         {
 550           int hideStart = region[0];
 551           int hideEnd = region[1];
 552
 553           if (hideStart <= blockStart)
 554           {
 555             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 556             continue;
 557           }
 558
 559           blockEnd = hideStart - 1;
 560
 561           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 562
 563           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 564
 565           if (av.getShowHiddenMarkers())
 566           {
 567             g1.setColor(Color.blue);
 568             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 569                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 570                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 571                             + offset);
 572           }
 573
 574           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 575           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 576           blockStart = hideEnd + 1;
 577
 578           if (screenY > (endRes - startRes))
 579           {
 580             // already rendered last block
 581             return;
 582           }
 583         }
 584       }
 585       if (screenY <= (endRes - startRes))
 586       {
 587         // remaining visible region to render
 588         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 589         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 590         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 591
 592         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 593       }
 594     }
 595
 596   }
 597
 598   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 599   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 600   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 601           int offset)
 602   {
 603     g.setFont(av.getFont());
 604     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 605     updateViewport();
 606     SequenceI nextSeq;
 607
 608     // / First draw the sequences
 609     // ///////////////////////////
 610     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 611     {
 612       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 613
 614       if (nextSeq == null)
 615       {
 616         continue;
 617       }
 618
 619       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 620               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 621
 622       if (av.isShowSequenceFeatures())
 623       {
 624         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 625                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 626       }
 627
 628       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 629       // ////////////////////////////////////////////////////////
 630       if (searchResults != null)
 631       {
 632         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 633                 endRes);
 634         if (visibleResults != null)
 635         {
 636           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 637           {
 638             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 639                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 640                             * avcharWidth, offset
 641                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 642           }
 643         }
 644       }
 645
 646       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 647               && cursorX <= endRes)
 648       {
 649         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 650                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 651       }
 652     }
 653
 654     if (av.getSelectionGroup() != null
 655             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 656     {
 657       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 658     }
 659
 660   }
 661
 662   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 663           int startSeq, int endSeq, int offset)
 664   {
 665     //
 666     // ///////////////////////////////////
 667     // Now outline any areas if necessary
 668     // ///////////////////////////////////
 669     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 670
 671     int sx = -1;
 672     int sy = -1;
 673     int ex = -1;
 674     int groupIndex = -1;
 675
 676     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 677     {
 678       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 679       groupIndex = 0;
 680     }
 681
 682     if (group != null)
 683     {
 684       do
 685       {
 686         int oldY = -1;
 687         int i = 0;
 688         boolean inGroup = false;
 689         int top = -1;
 690         int bottom = -1;
 691         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 692
 693         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 694         {
 695           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 696           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 697           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 698
 699           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 700           {
 701             continue;
 702           }
 703
 704           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 705                   && group.getSequences(null).contains(
 706                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 707           {
 708             if ((bottom == -1)
 709                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 710                             .contains(
 711                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 712             {
 713               bottom = sy + avcharHeight;
 714             }
 715
 716             if (!inGroup)
 717             {
 718               if (((top == -1) && (i == 0))
 719                       || !group.getSequences(null).contains(
 720                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 721               {
 722                 top = sy;
 723               }
 724
 725               oldY = sy;
 726               inGroup = true;
 727
 728               if (group == av.getSelectionGroup())
 729               {
 730                 g.setColor(Color.red);
 731               }
 732               else
 733               {
 734                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 735               }
 736             }
 737           }
 738           else
 739           {
 740             if (inGroup)
 741             {
 742               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 743               {
 744                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 745               }
 746
 747               if (sx + ex < imgWidth)
 748               {
 749                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 750               }
 751
 752               if (sx < 0)
 753               {
 754                 ex += sx;
 755                 sx = 0;
 756               }
 757
 758               if (sx + ex > imgWidth)
 759               {
 760                 ex = imgWidth;
 761               }
 762
 763               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 764               {
 765                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 766               }
 767
 768               if (top != -1)
 769               {
 770                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 771                 top = -1;
 772               }
 773
 774               if (bottom != -1)
 775               {
 776                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 777                 bottom = -1;
 778               }
 779
 780               inGroup = false;
 781             }
 782           }
 783         }
 784
 785         if (inGroup)
 786         {
 787           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 788           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 789           {
 790             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 791           }
 792
 793           if (sx + ex < imgWidth)
 794           {
 795             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 796           }
 797
 798           if (sx < 0)
 799           {
 800             ex += sx;
 801             sx = 0;
 802           }
 803
 804           if (sx + ex > imgWidth)
 805           {
 806             ex = imgWidth;
 807           }
 808           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 809           {
 810             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 811           }
 812
 813           if (top != -1)
 814           {
 815             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 816             top = -1;
 817           }
 818
 819           if (bottom != -1)
 820           {
 821             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 822             bottom = -1;
 823           }
 824
 825           inGroup = false;
 826         }
 827
 828         groupIndex++;
 829
 830         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 831         {
 832           break;
 833         }
 834
 835         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 836       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 837
 838     }
 839   }
 840
 841   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 842   {
 843     searchResults = results;
 844
 845     repaint();
 846   }
 847
 848 }