src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Image;
  38 import java.awt.Panel;
  39 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  40 import java.util.List;
  41
  42 public class SeqCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  43 {
  44   FeatureRenderer fr;
  45
  46   SequenceRenderer sr;
  47
  48   Image img;
  49
  50   Graphics gg;
  51
  52   int imgWidth;
  53
  54   int imgHeight;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   boolean fastPaint = false;
  59
  60   int cursorX = 0;
  61
  62   int cursorY = 0;
  63
  64   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  65   {
  66     this.av = av;
  67     fr = new FeatureRenderer(av);
  68     sr = new SequenceRenderer(av);
  69     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  70     updateViewport();
  71
  72     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  73   }
  74
  75   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  76
  77   private void updateViewport()
  78   {
  79     avcharHeight = av.getCharHeight();
  80     avcharWidth = av.getCharWidth();
  81   }
  82
  83   public AlignmentViewport getViewport()
  84   {
  85     return av;
  86   }
  87
  88   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  89   {
  90     return fr;
  91   }
  92
  93   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  94   {
  95     return sr;
  96   }
  97
  98   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  99   {
 100     updateViewport();
 101     g.setColor(Color.black);
 102     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 103             endx))
 104     {
 105       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 106       if (mpos < 0)
 107       {
 108         continue;
 109       }
 110       String mstring = mark.text;
 111
 112       if (mark.major)
 113       {
 114         if (mstring != null)
 115         {
 116           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth, ypos
 117                   - (avcharHeight / 2));
 118         }
 119         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), (ypos + 2)
 120                 - (avcharHeight / 2), (mpos * avcharWidth)
 121                 + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 122       }
 123     }
 124   }
 125
 126   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 127   {
 128     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 129     ypos += avcharHeight;
 130     if (av.hasHiddenColumns())
 131     {
 132       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 133               .adjustForHiddenColumns(startx);
 134       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 135               .adjustForHiddenColumns(endx);
 136     }
 137
 138     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 139     if (av.hasHiddenColumns())
 140     {
 141       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 142               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 143     }
 144
 145     // WEST SCALE
 146     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 147     {
 148       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 149       int index = startx;
 150       int value = -1;
 151
 152       while (index < endx)
 153       {
 154         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 155         {
 156           index++;
 157
 158           continue;
 159         }
 160
 161         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 162
 163         break;
 164       }
 165
 166       if (value != -1)
 167       {
 168         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 169                 - avcharWidth / 2;
 170         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 171                 - (avcharHeight / 5));
 172       }
 173     }
 174   }
 175
 176   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 177   {
 178     ypos += avcharHeight;
 179
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .adjustForHiddenColumns(endx);
 184     }
 185
 186     SequenceI seq;
 187     // EAST SCALE
 188     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 189     {
 190       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 191       int index = endx;
 192       int value = -1;
 193
 194       while (index > startx)
 195       {
 196         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 197         {
 198           index--;
 199
 200           continue;
 201         }
 202
 203         value = seq.findPosition(index);
 204
 205         break;
 206       }
 207
 208       if (value != -1)
 209       {
 210         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 211                 - (avcharHeight / 5));
 212       }
 213     }
 214   }
 215
 216   int lastsr = 0;
 217
 218   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 219   {
 220     if (fastPaint || gg == null)
 221     {
 222       return;
 223     }
 224
 225     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 226
 227     updateViewport();
 228
 229     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 230     // is faster than it can paint, so this check here catches
 231     // this possibility
 232     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 233     {
 234       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 235     }
 236
 237     lastsr = ranges.getStartRes();
 238
 239     fastPaint = true;
 240     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 241             - horizontal * avcharWidth,
 242             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 243             -vertical * avcharHeight);
 244
 245     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(), ss = ranges
 246             .getStartSeq(), es = ranges
 247             .getEndSeq(), transX = 0, transY = 0;
 248
 249     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 250     {
 251       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 252       sr = er - horizontal;
 253     }
 254     else if (horizontal < 0)
 255     {
 256       er = sr - horizontal;
 257     }
 258
 259     else if (vertical > 0) // scroll down
 260     {
 261       ss = es - vertical;
 262       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 263                                      // at a
 264                                  // time
 265       {
 266         ss = ranges.getStartSeq();
 267       }
 268       else
 269       {
 270         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 271       }
 272     }
 273     else if (vertical < 0)
 274     {
 275       es = ss - vertical;
 276       if (es > ranges.getEndSeq())
 277       {
 278         es = ranges.getEndSeq();
 279       }
 280     }
 281
 282     gg.translate(transX, transY);
 283
 284     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 285     gg.translate(-transX, -transY);
 286
 287     repaint();
 288
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 293    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 294    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 295    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 296    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 297    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 298    */
 299   @Override
 300   public void update(Graphics g)
 301   {
 302     paint(g);
 303   }
 304
 305   @Override
 306   public void paint(Graphics g)
 307   {
 308
 309     if (img != null
 310             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 311                     .getClipBounds().height)))
 312     {
 313       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 314       fastPaint = false;
 315       return;
 316     }
 317
 318     if (fastPaint)
 319     {
 320       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 321       fastPaint = false;
 322       return;
 323     }
 324
 325     updateViewport();
 326     // this draws the whole of the alignment
 327     imgWidth = this.getSize().width;
 328     imgHeight = this.getSize().height;
 329
 330     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 331     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 332
 333     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 334     {
 335       return;
 336     }
 337
 338     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 339             || imgHeight != img.getHeight(this))
 340     {
 341       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 342       gg = img.getGraphics();
 343       gg.setFont(av.getFont());
 344     }
 345
 346     gg.setColor(Color.white);
 347     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 348
 349     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 350
 351     if (av.getWrapAlignment())
 352     {
 353       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 354     }
 355     else
 356     {
 357       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 358               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 359     }
 360
 361     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 362
 363   }
 364
 365   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 366
 367   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 368   {
 369     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 370
 371     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 372
 373     LABEL_EAST = 0;
 374     LABEL_WEST = 0;
 375
 376     if (av.getScaleRightWrapped())
 377     {
 378       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 379     }
 380
 381     if (av.getScaleLeftWrapped())
 382     {
 383       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 384     }
 385
 386     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Generates a string of zeroes.
 391    *
 392    * @return String
 393    */
 394   String getMask()
 395   {
 396     String mask = "0";
 397     int maxWidth = 0;
 398     int tmp;
 399     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 400     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 401     {
 402       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 403       if (tmp > maxWidth)
 404       {
 405         maxWidth = tmp;
 406       }
 407     }
 408
 409     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 410     {
 411       mask += "0";
 412     }
 413     return mask;
 414   }
 415
 416   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 417           int canvasHeight, int startRes)
 418   {
 419     AlignmentI al = av.getAlignment();
 420
 421     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 422
 423     LABEL_EAST = 0;
 424     LABEL_WEST = 0;
 425
 426     if (av.getScaleRightWrapped())
 427     {
 428       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 429     }
 430
 431     if (av.getScaleLeftWrapped())
 432     {
 433       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 434     }
 435
 436     int hgap = avcharHeight;
 437     if (av.getScaleAboveWrapped())
 438     {
 439       hgap += avcharHeight;
 440     }
 441
 442     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 443     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 444
 445     av.setWrappedWidth(cWidth);
 446
 447     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 448
 449     int endx;
 450     int ypos = hgap;
 451
 452     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 453
 454     if (av.hasHiddenColumns())
 455     {
 456       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 457               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 458     }
 459
 460     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 461     {
 462       endx = startRes + cWidth - 1;
 463
 464       if (endx > maxwidth)
 465       {
 466         endx = maxwidth;
 467       }
 468
 469       g.setColor(Color.black);
 470
 471       if (av.getScaleLeftWrapped())
 472       {
 473         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 474       }
 475
 476       if (av.getScaleRightWrapped())
 477       {
 478         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 479         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 480         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 481       }
 482
 483       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 484
 485       if (av.getScaleAboveWrapped())
 486       {
 487         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 488       }
 489       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 490       {
 491         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 492         g.setColor(Color.blue);
 493         int res;
 494         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 495         for (int pos : positions)
 496         {
 497           res = pos - startRes;
 498
 499           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 500           {
 501             continue;
 502           }
 503
 504           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 505               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 506                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 507                       ypos - (avcharHeight / 2),
 508                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 509
 510         }
 511       }
 512
 513       if (g.getClip() == null)
 514       {
 515         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 516       }
 517
 518       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 519       g.setClip(null);
 520
 521       if (av.isShowAnnotation())
 522       {
 523         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 524         if (annotations == null)
 525         {
 526           annotations = new AnnotationPanel(av);
 527         }
 528
 529         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 530         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 531       }
 532       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 533
 534       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 535
 536       startRes += cWidth;
 537     }
 538
 539   }
 540
 541   AnnotationPanel annotations;
 542
 543   int getAnnotationHeight()
 544   {
 545     if (!av.isShowAnnotation())
 546     {
 547       return 0;
 548     }
 549
 550     if (annotations == null)
 551     {
 552       annotations = new AnnotationPanel(av);
 553     }
 554
 555     return annotations.adjustPanelHeight();
 556   }
 557
 558   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 559           int startSeq, int endSeq, int offset)
 560   {
 561
 562     if (!av.hasHiddenColumns())
 563     {
 564       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 565     }
 566     else
 567     {
 568
 569       int screenY = 0;
 570       int blockStart = startRes;
 571       int blockEnd = endRes;
 572
 573       if (av.hasHiddenColumns())
 574       {
 575         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 576         for (int[] region : hidden.getHiddenColumnsCopy())
 577         {
 578           int hideStart = region[0];
 579           int hideEnd = region[1];
 580
 581           if (hideStart <= blockStart)
 582           {
 583             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 584             continue;
 585           }
 586
 587           blockEnd = hideStart - 1;
 588
 589           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 590
 591           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 592
 593           if (av.getShowHiddenMarkers())
 594           {
 595             g1.setColor(Color.blue);
 596             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 597                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 598                             - 1, (endSeq - startSeq + 1) * avcharHeight
 599                             + offset);
 600           }
 601
 602           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 603           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 604           blockStart = hideEnd + 1;
 605
 606           if (screenY > (endRes - startRes))
 607           {
 608             // already rendered last block
 609             return;
 610           }
 611         }
 612       }
 613       if (screenY <= (endRes - startRes))
 614       {
 615         // remaining visible region to render
 616         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 617         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 618         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 619
 620         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 621       }
 622     }
 623
 624   }
 625
 626   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 627   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 628   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 629           int offset)
 630   {
 631     g.setFont(av.getFont());
 632     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 633     updateViewport();
 634     SequenceI nextSeq;
 635
 636     // / First draw the sequences
 637     // ///////////////////////////
 638     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 639     {
 640       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 641
 642       if (nextSeq == null)
 643       {
 644         continue;
 645       }
 646
 647       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 648               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 649
 650       if (av.isShowSequenceFeatures())
 651       {
 652         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 653                 + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 654       }
 655
 656       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 657       // ////////////////////////////////////////////////////////
 658       if (av.hasSearchResults())
 659       {
 660         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 661                 startRes,
 662                 endRes);
 663         if (visibleResults != null)
 664         {
 665           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 666           {
 667             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 668                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 669                             * avcharWidth, offset
 670                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 671           }
 672         }
 673       }
 674
 675       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 676               && cursorX <= endRes)
 677       {
 678         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 679                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 680       }
 681     }
 682
 683     if (av.getSelectionGroup() != null
 684             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 685     {
 686       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 687     }
 688
 689   }
 690
 691   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 692           int startSeq, int endSeq, int offset)
 693   {
 694     //
 695     // ///////////////////////////////////
 696     // Now outline any areas if necessary
 697     // ///////////////////////////////////
 698     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 699
 700     int sx = -1;
 701     int sy = -1;
 702     int ex = -1;
 703     int groupIndex = -1;
 704
 705     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 706     {
 707       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 708       groupIndex = 0;
 709     }
 710
 711     if (group != null)
 712     {
 713       do
 714       {
 715         int oldY = -1;
 716         int i = 0;
 717         boolean inGroup = false;
 718         int top = -1;
 719         int bottom = -1;
 720         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 721
 722         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 723         {
 724           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 725           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 726           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 727
 728           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 729           {
 730             continue;
 731           }
 732
 733           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 734                   && group.getSequences(null).contains(
 735                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 736           {
 737             if ((bottom == -1)
 738                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 739                             .contains(
 740                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 741             {
 742               bottom = sy + avcharHeight;
 743             }
 744
 745             if (!inGroup)
 746             {
 747               if (((top == -1) && (i == 0))
 748                       || !group.getSequences(null).contains(
 749                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 750               {
 751                 top = sy;
 752               }
 753
 754               oldY = sy;
 755               inGroup = true;
 756
 757               if (group == av.getSelectionGroup())
 758               {
 759                 g.setColor(Color.red);
 760               }
 761               else
 762               {
 763                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 764               }
 765             }
 766           }
 767           else
 768           {
 769             if (inGroup)
 770             {
 771               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 772               {
 773                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 774               }
 775
 776               if (sx + ex < imgWidth)
 777               {
 778                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 779               }
 780
 781               if (sx < 0)
 782               {
 783                 ex += sx;
 784                 sx = 0;
 785               }
 786
 787               if (sx + ex > imgWidth)
 788               {
 789                 ex = imgWidth;
 790               }
 791
 792               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 793               {
 794                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 795               }
 796
 797               if (top != -1)
 798               {
 799                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 800                 top = -1;
 801               }
 802
 803               if (bottom != -1)
 804               {
 805                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 806                 bottom = -1;
 807               }
 808
 809               inGroup = false;
 810             }
 811           }
 812         }
 813
 814         if (inGroup)
 815         {
 816           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 817           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 818           {
 819             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 820           }
 821
 822           if (sx + ex < imgWidth)
 823           {
 824             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 825           }
 826
 827           if (sx < 0)
 828           {
 829             ex += sx;
 830             sx = 0;
 831           }
 832
 833           if (sx + ex > imgWidth)
 834           {
 835             ex = imgWidth;
 836           }
 837           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 838           {
 839             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 840           }
 841
 842           if (top != -1)
 843           {
 844             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 845             top = -1;
 846           }
 847
 848           if (bottom != -1)
 849           {
 850             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 851             bottom = -1;
 852           }
 853
 854           inGroup = false;
 855         }
 856
 857         groupIndex++;
 858
 859         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 860         {
 861           break;
 862         }
 863
 864         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 865       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 866
 867     }
 868   }
 869
 870   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 871   {
 872     av.setSearchResults(results);
 873     repaint();
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 878   {
 879     String eventName = evt.getPropertyName();
 880
 881     if (!av.getWrapAlignment())
 882     {
 883       int scrollX = 0;
 884       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 885       {
 886         // Make sure we're not trying to draw a panel
 887         // larger than the visible window
 888         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 889         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 890         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 891         if (scrollX > range)
 892         {
 893           scrollX = range;
 894         }
 895         else if (scrollX < -range)
 896         {
 897           scrollX = -range;
 898         }
 899       }
 900
 901       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 902       // both start and end points, but resize only changes end values.
 903       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 904       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 905       // vertical start value.
 906       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 907       {
 908         // scroll - startres and endres both change
 909         fastPaint(scrollX, 0);
 910       }
 911       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
 912       {
 913         // scroll
 914         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 915       }
 916     }
 917   }
 918
 919 }