src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class SeqCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   FeatureRenderer fr;\r
  30   SequenceRenderer sr;\r
  31   Image img;\r
  32   Graphics gg;\r
  33   int imgWidth;\r
  34   int imgHeight;\r
  35 \r
  36   AlignViewport av;\r
  37 \r
  38   SearchResults searchResults = null;\r
  39 \r
  40   boolean fastPaint = false;\r
  41 \r
  42 \r
  43   int cursorX = 0;\r
  44   int cursorY = 0;\r
  45 \r
  46 \r
  47   public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  48   {\r
  49     this.av = av;\r
  50     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  51     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  52     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public AlignViewport getViewport()\r
  56   {\r
  57     return av;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  61   {\r
  62     return fr;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   MCview.AppletPDBCanvas pdbCanvas;\r
  66   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  67   {\r
  68     return sr;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void setPDBCanvas(MCview.AppletPDBCanvas pc)\r
  72   {\r
  73     pdbCanvas = pc;\r
  74   }\r
  75 \r
  76 \r
  77   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  78   {\r
  79     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  80 \r
  81     g.setColor(Color.black);\r
  82 \r
  83     // NORTH SCALE\r
  84     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  85     {\r
  86       int value = i;\r
  87       if(av.hasHiddenColumns)\r
  88           value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
  89 \r
  90       g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  91           ypos - (av.charHeight / 2));\r
  92 \r
  93       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  94           (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  95           ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  96                 2);\r
  97     }\r
  98   }\r
  99 \r
 100   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 101   {\r
 102     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 103     ypos += av.charHeight;\r
 104     if (av.hasHiddenColumns)\r
 105     {\r
 106       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 107       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 108     }\r
 109 \r
 110     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 111     if (av.hasHiddenColumns)\r
 112         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 113 \r
 114       // WEST SCALE\r
 115       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 116       {\r
 117         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 118         int index = startx;\r
 119         int value = -1;\r
 120 \r
 121         while (index < endx)\r
 122         {\r
 123           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 124           {\r
 125             index++;\r
 126 \r
 127             continue;\r
 128           }\r
 129 \r
 130           value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 131 \r
 132           break;\r
 133         }\r
 134 \r
 135         if (value != -1)\r
 136         {\r
 137           int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value)) -\r
 138               av.charWidth / 2;\r
 139           g.drawString(value + "", x,\r
 140                        (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 141         }\r
 142       }\r
 143     }\r
 144   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 145   {\r
 146         ypos += av.charHeight;\r
 147 \r
 148         if(av.hasHiddenColumns)\r
 149                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 150 \r
 151         SequenceI seq;\r
 152         // EAST SCALE\r
 153         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 154         {\r
 155             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 156             int index = endx;\r
 157             int value = -1;\r
 158 \r
 159             while (index > startx)\r
 160             {\r
 161                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 162                 {\r
 163                     index--;\r
 164 \r
 165                     continue;\r
 166                 }\r
 167 \r
 168                 value = seq.findPosition(index);\r
 169 \r
 170                 break;\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (value != -1)\r
 174             {\r
 175                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 176                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 177             }\r
 178         }\r
 179     }\r
 180 \r
 181   int lastsr=0;\r
 182   void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 183   {\r
 184     if ( fastPaint || gg == null)\r
 185     {\r
 186       return;\r
 187     }\r
 188 \r
 189 \r
 190     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint\r
 191     // is faster than it can paint, so this check here catches\r
 192     // this possibility\r
 193     if(lastsr + horizontal != av.startRes)\r
 194     {\r
 195       horizontal = av.startRes - lastsr;\r
 196     }\r
 197 \r
 198     lastsr = av.startRes;\r
 199 \r
 200     fastPaint = true;\r
 201     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 202                 vertical * av.charHeight,\r
 203                 imgWidth - horizontal * av.charWidth,\r
 204                 imgHeight - vertical * av.charHeight,\r
 205                 -horizontal * av.charWidth,\r
 206                 -vertical * av.charHeight);\r
 207 \r
 208 \r
 209 \r
 210     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 211         transX = 0, transY = 0;\r
 212 \r
 213     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 214     {\r
 215       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 216       sr = er - horizontal;\r
 217     }\r
 218     else if (horizontal < 0)\r
 219     {\r
 220       er = sr - horizontal;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 224     {\r
 225       ss = es - vertical;\r
 226       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 227       {\r
 228         ss = av.startSeq;\r
 229       }\r
 230       else\r
 231       {\r
 232         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 233       }\r
 234     }\r
 235     else if (vertical < 0)\r
 236     {\r
 237       es = ss - vertical;\r
 238       if (es > av.endSeq)\r
 239       {\r
 240         es = av.endSeq;\r
 241       }\r
 242     }\r
 243 \r
 244     gg.translate(transX, transY);\r
 245 \r
 246     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 247     gg.translate( -transX, -transY);\r
 248 \r
 249     repaint();\r
 250 \r
 251   }\r
 252 \r
 253   /**\r
 254    * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 255    * SMJS This is what I'm working towards!\r
 256    *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 257    *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 258    *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 259    *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 260    * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 261    * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 262    */\r
 263   public void update(Graphics g)\r
 264   {\r
 265     paint(g);\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void paint(Graphics g)\r
 269   {\r
 270 \r
 271     if (img != null && (fastPaint\r
 272                         || (getSize().width != g.getClipBounds().width)\r
 273                         || (getSize().height != g.getClipBounds().height)))\r
 274     {\r
 275       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 276       fastPaint = false;\r
 277       return;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     if (fastPaint)\r
 281     {\r
 282       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 283       fastPaint = false;\r
 284       return;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     // this draws the whole of the alignment\r
 288     imgWidth = this.getSize().width;\r
 289     imgHeight = this.getSize().height;\r
 290 \r
 291     imgWidth -= imgWidth % av.charWidth;\r
 292     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 293 \r
 294     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)\r
 295     {\r
 296       return;\r
 297     }\r
 298 \r
 299     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this) ||\r
 300         imgHeight != img.getHeight(this))\r
 301     {\r
 302       img = createImage(imgWidth, imgHeight);\r
 303       gg = img.getGraphics();\r
 304       gg.setFont(av.getFont());\r
 305     }\r
 306 \r
 307     gg.setColor(Color.white);\r
 308     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 309 \r
 310 \r
 311     if (av.getWrapAlignment())\r
 312     {\r
 313       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);\r
 314     }\r
 315     else\r
 316     {\r
 317       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 318     }\r
 319 \r
 320     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 321 \r
 322     if (pdbCanvas != null)\r
 323     {\r
 324       pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 325     }\r
 326   }\r
 327 \r
 328   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 329   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 330   {\r
 331       cwidth -= cwidth % av.charWidth;\r
 332 \r
 333       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 334 \r
 335       LABEL_EAST = 0;\r
 336       LABEL_WEST = 0;\r
 337 \r
 338       if (av.scaleRightWrapped)\r
 339       {\r
 340           LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 341       }\r
 342 \r
 343       if (av.scaleLeftWrapped)\r
 344       {\r
 345           LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 346       }\r
 347 \r
 348       return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 349   }\r
 350 \r
 351 \r
 352   /**\r
 353    * Generates a string of zeroes.\r
 354    * @return String\r
 355    */\r
 356   String getMask()\r
 357   {\r
 358     String mask = "00";\r
 359     for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 360     {\r
 361       mask += "0";\r
 362     }\r
 363     return mask;\r
 364     }\r
 365 \r
 366   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 367                                int startRes)\r
 368   {\r
 369     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 370 \r
 371     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 372 \r
 373 \r
 374     if (av.scaleRightWrapped)\r
 375     {\r
 376         LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 377     }\r
 378 \r
 379     if (av.scaleLeftWrapped)\r
 380     {\r
 381         LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 382     }\r
 383 \r
 384     int hgap = av.charHeight;\r
 385     if(av.scaleAboveWrapped)\r
 386       hgap += av.charHeight;\r
 387 \r
 388     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 389     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 390 \r
 391     av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 392 \r
 393     av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 394 \r
 395 \r
 396     int endx;\r
 397     int ypos = hgap;\r
 398 \r
 399     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 400 \r
 401     if(av.hasHiddenColumns)\r
 402           maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth)-1;\r
 403 \r
 404     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))\r
 405     {\r
 406       endx = startRes + cWidth -1;\r
 407 \r
 408       if (endx > maxwidth)\r
 409       {\r
 410         endx = maxwidth;\r
 411       }\r
 412 \r
 413         g.setColor(Color.black);\r
 414 \r
 415         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 416         {\r
 417             drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 418         }\r
 419 \r
 420         if (av.scaleRightWrapped)\r
 421         {\r
 422             g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 423             drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 424             g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 425         }\r
 426 \r
 427         g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 428 \r
 429         if (av.scaleAboveWrapped)\r
 430         {\r
 431           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 432         }\r
 433         if (av.hasHiddenColumns && av.showHiddenMarkers)\r
 434         {\r
 435           g.setColor(Color.blue);\r
 436           int res;\r
 437           for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 438                i++)\r
 439           {\r
 440             res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 441                 startRes;\r
 442 \r
 443             if (res < 0 || res > endx - startRes)\r
 444               continue;\r
 445 \r
 446             gg.fillPolygon(new int[]\r
 447                            {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 448                            res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 449                            res * av.charWidth},\r
 450                            new int[]\r
 451                            {\r
 452                            ypos - (av.charHeight / 2),\r
 453                            ypos - (av.charHeight / 2),\r
 454                            ypos - (av.charHeight / 2) + 8\r
 455             }, 3);\r
 456 \r
 457           }\r
 458         }\r
 459 \r
 460         if(g.getClip()==null)\r
 461           g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 462 \r
 463         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 464          g.setClip(null);\r
 465 \r
 466 \r
 467         if(av.showAnnotation)\r
 468         {\r
 469           g.translate(0, cHeight + ypos+4);\r
 470           if(annotations==null)\r
 471             annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 472 \r
 473           annotations.drawComponent( g, startRes, endx+1 );\r
 474           g.translate(0, -cHeight - ypos-4);\r
 475         }\r
 476         g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 477 \r
 478         ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 479 \r
 480 \r
 481         startRes += cWidth;\r
 482         }\r
 483 \r
 484   }\r
 485 \r
 486   AnnotationPanel annotations;\r
 487   int getAnnotationHeight()\r
 488   {\r
 489     if(!av.showAnnotation)\r
 490       return 0;\r
 491 \r
 492     if(annotations==null)\r
 493       annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 494 \r
 495     return annotations.adjustPanelHeight();\r
 496     }\r
 497 \r
 498     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 499                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 500     {\r
 501       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 502       {\r
 503         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 504       }\r
 505       else\r
 506       {\r
 507         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 508 \r
 509         int screenY = 0;\r
 510         int blockStart = startRes;\r
 511         int blockEnd = endRes;\r
 512 \r
 513         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 514         {\r
 515           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 516           int hideStart = region[0];\r
 517           int hideEnd = region[1];\r
 518 \r
 519           if (hideStart <= blockStart)\r
 520           {\r
 521             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 522             continue;\r
 523           }\r
 524 \r
 525           blockEnd = hideStart - 1;\r
 526 \r
 527           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 528 \r
 529           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 530 \r
 531           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 532           {\r
 533             g1.setColor(Color.blue);\r
 534             g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 535                         startSeq + offset,\r
 536                         (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 537                         startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 538           }\r
 539 \r
 540           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 541           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 542           blockStart = hideEnd + 1;\r
 543         }\r
 544 \r
 545         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 546         {\r
 547           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 548           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 549           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 550 \r
 551           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 552         }\r
 553       }\r
 554 \r
 555     }\r
 556 \r
 557 \r
 558 \r
 559 \r
 560     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 561     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 562     void draw(Graphics g,\r
 563                    int startRes, int endRes,\r
 564                    int startSeq, int endSeq,\r
 565                    int offset)\r
 566    {\r
 567       g.setFont(av.getFont());\r
 568       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 569 \r
 570       SequenceI nextSeq;\r
 571 \r
 572         /// First draw the sequences\r
 573         /////////////////////////////\r
 574         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 575         {\r
 576             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 577 \r
 578             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 579                             startRes, endRes,\r
 580                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 581 \r
 582             if (av.showSequenceFeatures)\r
 583             {\r
 584                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 585                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 586             }\r
 587 \r
 588             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 589             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 590             if (searchResults != null)\r
 591             {\r
 592               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 593               if (visibleResults != null)\r
 594                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 595                 {\r
 596                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 597                                          visibleResults[r + 1],\r
 598                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 599                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 600                 }\r
 601             }\r
 602 \r
 603             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 604                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 605             {\r
 606               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 607                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 608             }\r
 609           }\r
 610 \r
 611           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 612             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 613 \r
 614    }\r
 615 \r
 616    void drawGroupsBoundaries(Graphics g,\r
 617                    int startRes, int endRes,\r
 618                    int startSeq, int endSeq,\r
 619                    int offset)\r
 620    {\r
 621      //\r
 622      /////////////////////////////////////\r
 623      // Now outline any areas if necessary\r
 624      /////////////////////////////////////\r
 625      SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 626 \r
 627      int sx = -1;\r
 628      int sy = -1;\r
 629      int ex = -1;\r
 630      int groupIndex = -1;\r
 631 \r
 632      if ( (group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 633      {\r
 634        group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 635        groupIndex = 0;\r
 636      }\r
 637 \r
 638      if (group != null)\r
 639      {\r
 640        do\r
 641        {\r
 642          int oldY = -1;\r
 643          int i = 0;\r
 644          boolean inGroup = false;\r
 645          int top = -1;\r
 646          int bottom = -1;\r
 647          int alHeight = av.alignment.getHeight()-1;\r
 648 \r
 649          for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 650          {\r
 651            sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 652            sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 653            ex = ( ( (group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 654                1;\r
 655 \r
 656            if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)\r
 657            {\r
 658              continue;\r
 659            }\r
 660 \r
 661            if ( (sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth) &&\r
 662                group.getSequences(false).\r
 663                contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 664            {\r
 665              if ( (bottom == -1) &&\r
 666              (i >= alHeight ||\r
 667                  !group.getSequences(false).contains(\r
 668                      av.alignment.getSequenceAt(i + 1))))\r
 669              {\r
 670                bottom = sy + av.charHeight;\r
 671              }\r
 672 \r
 673              if (!inGroup)\r
 674              {\r
 675                if ( ( (top == -1) && (i == 0)) ||\r
 676                    !group.getSequences(false).contains(\r
 677                        av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 678                {\r
 679                  top = sy;\r
 680                }\r
 681 \r
 682                oldY = sy;\r
 683                inGroup = true;\r
 684 \r
 685                if (group == av.getSelectionGroup())\r
 686                {\r
 687                  g.setColor(Color.red);\r
 688                }\r
 689                else\r
 690                {\r
 691                  g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 692                }\r
 693              }\r
 694            }\r
 695            else\r
 696            {\r
 697              if (inGroup)\r
 698              {\r
 699                if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 700                  g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 701 \r
 702                if (sx + ex < imgWidth)\r
 703                  g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 704 \r
 705                if (sx < 0)\r
 706                {\r
 707                  ex += sx;\r
 708                  sx = 0;\r
 709                }\r
 710 \r
 711                if (sx + ex > imgWidth)\r
 712                  ex = imgWidth;\r
 713 \r
 714                else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 715                  ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 716 \r
 717                if (top != -1)\r
 718                {\r
 719                  g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 720                  top = -1;\r
 721                }\r
 722 \r
 723                if (bottom != -1)\r
 724                {\r
 725                  g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 726                  bottom = -1;\r
 727                }\r
 728 \r
 729                inGroup = false;\r
 730              }\r
 731            }\r
 732          }\r
 733 \r
 734          if (inGroup)\r
 735          {\r
 736            sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 737            if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 738              g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 739 \r
 740            if (sx + ex < imgWidth)\r
 741              g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 742 \r
 743            if (sx < 0)\r
 744            {\r
 745              ex += sx;\r
 746              sx = 0;\r
 747            }\r
 748 \r
 749            if (sx + ex > imgWidth)\r
 750              ex = imgWidth;\r
 751            else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 752              ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 753 \r
 754            if (top != -1)\r
 755            {\r
 756              g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 757              top = -1;\r
 758            }\r
 759 \r
 760            if (bottom != -1)\r
 761            {\r
 762              g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 763              bottom = -1;\r
 764            }\r
 765 \r
 766            inGroup = false;\r
 767          }\r
 768 \r
 769          groupIndex++;\r
 770 \r
 771          if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 772          {\r
 773            break;\r
 774          }\r
 775 \r
 776          group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 777        }\r
 778        while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 779 \r
 780      }\r
 781    }\r
 782 \r
 783   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 784   {\r
 785     searchResults = results;\r
 786 \r
 787     repaint();\r
 788   }\r
 789 \r
 790 }\r