src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.FontMetrics;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Image;
  32 import java.awt.Panel;
  33
  34 public class SeqCanvas extends Panel
  35 {
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   SequenceRenderer sr;
  39
  40   Image img;
  41
  42   Graphics gg;
  43
  44   int imgWidth;
  45
  46   int imgHeight;
  47
  48   AlignViewport av;
  49
  50   SearchResults searchResults = null;
  51
  52   boolean fastPaint = false;
  53
  54   int cursorX = 0;
  55
  56   int cursorY = 0;
  57
  58   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  59   {
  60     this.av = av;
  61     fr = new FeatureRenderer(av);
  62     sr = new SequenceRenderer(av);
  63     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  64   }
  65
  66   public AlignViewport getViewport()
  67   {
  68     return av;
  69   }
  70
  71   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  72   {
  73     return fr;
  74   }
  75
  76   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  77   {
  78     return sr;
  79   }
  80
  81   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  82   {
  83     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  84
  85     g.setColor(Color.black);
  86
  87     // NORTH SCALE
  88     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
  89     {
  90       int value = i;
  91       if (av.hasHiddenColumns())
  92       {
  93         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
  94       }
  95
  96       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,
  97               ypos - (av.charHeight / 2));
  98
  99       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 100               (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),
 101               ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 102               ypos - 2);
 103     }
 104   }
 105
 106   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 107   {
 108     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 109     ypos += av.charHeight;
 110     if (av.hasHiddenColumns())
 111     {
 112       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 113       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 114     }
 115
 116     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 117     if (av.hasHiddenColumns())
 118     {
 119       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 120     }
 121
 122     // WEST SCALE
 123     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 124     {
 125       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 126       int index = startx;
 127       int value = -1;
 128
 129       while (index < endx)
 130       {
 131         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 132         {
 133           index++;
 134
 135           continue;
 136         }
 137
 138         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 139
 140         break;
 141       }
 142
 143       if (value != -1)
 144       {
 145         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 146                 - av.charWidth / 2;
 147         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * av.charHeight))
 148                 - (av.charHeight / 5));
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 154   {
 155     ypos += av.charHeight;
 156
 157     if (av.hasHiddenColumns())
 158     {
 159       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 160     }
 161
 162     SequenceI seq;
 163     // EAST SCALE
 164     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 165     {
 166       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 167       int index = endx;
 168       int value = -1;
 169
 170       while (index > startx)
 171       {
 172         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 173         {
 174           index--;
 175
 176           continue;
 177         }
 178
 179         value = seq.findPosition(index);
 180
 181         break;
 182       }
 183
 184       if (value != -1)
 185       {
 186         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * av.charHeight))
 187                 - (av.charHeight / 5));
 188       }
 189     }
 190   }
 191
 192   int lastsr = 0;
 193
 194   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 195   {
 196     if (fastPaint || gg == null)
 197     {
 198       return;
 199     }
 200
 201     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 202     // is faster than it can paint, so this check here catches
 203     // this possibility
 204     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 205     {
 206       horizontal = av.startRes - lastsr;
 207     }
 208
 209     lastsr = av.startRes;
 210
 211     fastPaint = true;
 212     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth, vertical * av.charHeight,
 213             imgWidth - horizontal * av.charWidth, imgHeight - vertical
 214                     * av.charHeight, -horizontal * av.charWidth, -vertical
 215                     * av.charHeight);
 216
 217     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 218
 219     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 220     {
 221       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 222       sr = er - horizontal;
 223     }
 224     else if (horizontal < 0)
 225     {
 226       er = sr - horizontal;
 227     }
 228
 229     else if (vertical > 0) // scroll down
 230     {
 231       ss = es - vertical;
 232       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 233       {
 234         ss = av.startSeq;
 235       }
 236       else
 237       {
 238         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 239       }
 240     }
 241     else if (vertical < 0)
 242     {
 243       es = ss - vertical;
 244       if (es > av.endSeq)
 245       {
 246         es = av.endSeq;
 247       }
 248     }
 249
 250     gg.translate(transX, transY);
 251
 252     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 253     gg.translate(-transX, -transY);
 254
 255     repaint();
 256
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 261    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 262    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 263    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 264    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 265    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 266    */
 267   public void update(Graphics g)
 268   {
 269     paint(g);
 270   }
 271
 272   public void paint(Graphics g)
 273   {
 274
 275     if (img != null
 276             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 277                     .getClipBounds().height)))
 278     {
 279       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 280       fastPaint = false;
 281       return;
 282     }
 283
 284     if (fastPaint)
 285     {
 286       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 287       fastPaint = false;
 288       return;
 289     }
 290
 291     // this draws the whole of the alignment
 292     imgWidth = this.getSize().width;
 293     imgHeight = this.getSize().height;
 294
 295     imgWidth -= imgWidth % av.charWidth;
 296     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 297
 298     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 299     {
 300       return;
 301     }
 302
 303     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 304             || imgHeight != img.getHeight(this))
 305     {
 306       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 307       gg = img.getGraphics();
 308       gg.setFont(av.getFont());
 309     }
 310
 311     gg.setColor(Color.white);
 312     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 313
 314     if (av.getWrapAlignment())
 315     {
 316       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 317     }
 318     else
 319     {
 320       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 321     }
 322
 323     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 324
 325   }
 326
 327   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 328
 329   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 330   {
 331     cwidth -= cwidth % av.charWidth;
 332
 333     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 334
 335     LABEL_EAST = 0;
 336     LABEL_WEST = 0;
 337
 338     if (av.scaleRightWrapped)
 339     {
 340       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 341     }
 342
 343     if (av.scaleLeftWrapped)
 344     {
 345       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 346     }
 347
 348     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Generates a string of zeroes.
 353    *
 354    * @return String
 355    */
 356   String getMask()
 357   {
 358     String mask = "0";
 359     int maxWidth = 0;
 360     int tmp;
 361     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 362     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 363     {
 364       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 365       if (tmp > maxWidth)
 366       {
 367         maxWidth = tmp;
 368       }
 369     }
 370
 371     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 372     {
 373       mask += "0";
 374     }
 375     return mask;
 376   }
 377
 378   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 379           int canvasHeight, int startRes)
 380   {
 381     AlignmentI al = av.getAlignment();
 382
 383     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 384
 385     if (av.scaleRightWrapped)
 386     {
 387       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 388     }
 389
 390     if (av.scaleLeftWrapped)
 391     {
 392       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 393     }
 394
 395     int hgap = av.charHeight;
 396     if (av.scaleAboveWrapped)
 397     {
 398       hgap += av.charHeight;
 399     }
 400
 401     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 402     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;
 403
 404     av.setWrappedWidth(cWidth);
 405
 406     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 407
 408     int endx;
 409     int ypos = hgap;
 410
 411     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 412
 413     if (av.hasHiddenColumns())
 414     {
 415       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 416     }
 417
 418     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 419     {
 420       endx = startRes + cWidth - 1;
 421
 422       if (endx > maxwidth)
 423       {
 424         endx = maxwidth;
 425       }
 426
 427       g.setColor(Color.black);
 428
 429       if (av.scaleLeftWrapped)
 430       {
 431         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 432       }
 433
 434       if (av.scaleRightWrapped)
 435       {
 436         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 437         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 438         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 439       }
 440
 441       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 442
 443       if (av.scaleAboveWrapped)
 444       {
 445         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 446       }
 447       if (av.hasHiddenColumns() && av.showHiddenMarkers)
 448       {
 449         g.setColor(Color.blue);
 450         int res;
 451         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 452                 .size(); i++)
 453         {
 454           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 455                   - startRes;
 456
 457           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 458           {
 459             continue;
 460           }
 461
 462           gg.fillPolygon(new int[]
 463           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 464               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 465                   new int[]
 466                   { ypos - (av.charHeight / 2), ypos - (av.charHeight / 2),
 467                       ypos - (av.charHeight / 2) + 8 }, 3);
 468
 469         }
 470       }
 471
 472       if (g.getClip() == null)
 473       {
 474         g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);
 475       }
 476
 477       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 478       g.setClip(null);
 479
 480       if (av.showAnnotation)
 481       {
 482         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 483         if (annotations == null)
 484         {
 485           annotations = new AnnotationPanel(av);
 486         }
 487
 488         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 489         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 490       }
 491       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 492
 493       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 494
 495       startRes += cWidth;
 496     }
 497
 498   }
 499
 500   AnnotationPanel annotations;
 501
 502   int getAnnotationHeight()
 503   {
 504     if (!av.showAnnotation)
 505     {
 506       return 0;
 507     }
 508
 509     if (annotations == null)
 510     {
 511       annotations = new AnnotationPanel(av);
 512     }
 513
 514     return annotations.adjustPanelHeight();
 515   }
 516
 517   void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
 518           int endSeq, int offset)
 519   {
 520
 521
 522     if (!av.hasHiddenColumns())
 523     {
 524       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 525     }
 526     else
 527     {
 528
 529
 530
 531       int screenY = 0;
 532       int blockStart = startRes;
 533       int blockEnd = endRes;
 534
 535       if (av.getColumnSelection() != null
 536               && av.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null)
 537       {
 538         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection()
 539                 .getHiddenColumns();
 540
 541       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 542       {
 543         int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);
 544         int hideStart = region[0];
 545         int hideEnd = region[1];
 546
 547         if (hideStart <= blockStart)
 548         {
 549           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 550           continue;
 551         }
 552
 553         blockEnd = hideStart - 1;
 554
 555         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 556
 557         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 558
 559         if (av.getShowHiddenMarkers())
 560         {
 561           g1.setColor(Color.blue);
 562           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
 563                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth
 564                           - 1, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);
 565         }
 566
 567         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 568         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 569         blockStart = hideEnd + 1;
 570       }
 571       }
 572       if (screenY <= (endRes - startRes))
 573       {
 574         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 575         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 576         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 577
 578         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 579       }
 580     }
 581
 582   }
 583
 584   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 585   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 586   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 587           int offset)
 588   {
 589     g.setFont(av.getFont());
 590     sr.prepare(g, av.renderGaps);
 591
 592     SequenceI nextSeq;
 593
 594     // / First draw the sequences
 595     // ///////////////////////////
 596     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 597     {
 598       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 599
 600       if (nextSeq == null)
 601       {
 602         continue;
 603       }
 604
 605       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 606               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 607
 608       if (av.isShowSequenceFeatures())
 609       {
 610         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 611                 + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 612       }
 613
 614       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 615       // ////////////////////////////////////////////////////////
 616       if (searchResults != null)
 617       {
 618         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 619                 endRes);
 620         if (visibleResults != null)
 621         {
 622           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 623           {
 624             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 625                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 626                             * av.charWidth, offset
 627                             + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 628           }
 629         }
 630       }
 631
 632       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 633               && cursorX <= endRes)
 634       {
 635         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX,
 636                 (cursorX - startRes) * av.charWidth, offset
 637                         + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 638       }
 639     }
 640
 641     if (av.getSelectionGroup() != null
 642             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 643     {
 644       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 645     }
 646
 647   }
 648
 649   void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 650           int startSeq, int endSeq, int offset)
 651   {
 652     //
 653     // ///////////////////////////////////
 654     // Now outline any areas if necessary
 655     // ///////////////////////////////////
 656     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 657
 658     int sx = -1;
 659     int sy = -1;
 660     int ex = -1;
 661     int groupIndex = -1;
 662
 663     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 664     {
 665       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 666       groupIndex = 0;
 667     }
 668
 669     if (group != null)
 670     {
 671       do
 672       {
 673         int oldY = -1;
 674         int i = 0;
 675         boolean inGroup = false;
 676         int top = -1;
 677         int bottom = -1;
 678         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 679
 680         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 681         {
 682           sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;
 683           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 684           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) - 1;
 685
 686           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 687           {
 688             continue;
 689           }
 690
 691           if ((sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth)
 692                   && group.getSequences(null).contains(
 693                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 694           {
 695             if ((bottom == -1)
 696                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 697                             .contains(
 698                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 699             {
 700               bottom = sy + av.charHeight;
 701             }
 702
 703             if (!inGroup)
 704             {
 705               if (((top == -1) && (i == 0))
 706                       || !group.getSequences(null).contains(
 707                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 708               {
 709                 top = sy;
 710               }
 711
 712               oldY = sy;
 713               inGroup = true;
 714
 715               if (group == av.getSelectionGroup())
 716               {
 717                 g.setColor(Color.red);
 718               }
 719               else
 720               {
 721                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 722               }
 723             }
 724           }
 725           else
 726           {
 727             if (inGroup)
 728             {
 729               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 730               {
 731                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 732               }
 733
 734               if (sx + ex < imgWidth)
 735               {
 736                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 737               }
 738
 739               if (sx < 0)
 740               {
 741                 ex += sx;
 742                 sx = 0;
 743               }
 744
 745               if (sx + ex > imgWidth)
 746               {
 747                 ex = imgWidth;
 748               }
 749
 750               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 751               {
 752                 ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 753               }
 754
 755               if (top != -1)
 756               {
 757                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 758                 top = -1;
 759               }
 760
 761               if (bottom != -1)
 762               {
 763                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 764                 bottom = -1;
 765               }
 766
 767               inGroup = false;
 768             }
 769           }
 770         }
 771
 772         if (inGroup)
 773         {
 774           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 775           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 776           {
 777             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 778           }
 779
 780           if (sx + ex < imgWidth)
 781           {
 782             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 783           }
 784
 785           if (sx < 0)
 786           {
 787             ex += sx;
 788             sx = 0;
 789           }
 790
 791           if (sx + ex > imgWidth)
 792           {
 793             ex = imgWidth;
 794           }
 795           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 796           {
 797             ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 798           }
 799
 800           if (top != -1)
 801           {
 802             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 803             top = -1;
 804           }
 805
 806           if (bottom != -1)
 807           {
 808             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 809             bottom = -1;
 810           }
 811
 812           inGroup = false;
 813         }
 814
 815         groupIndex++;
 816
 817         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 818         {
 819           break;
 820         }
 821
 822         group = av.getAlignment().getGroups()
 823                 .get(groupIndex);
 824       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 825
 826     }
 827   }
 828
 829   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 830   {
 831     searchResults = results;
 832
 833     repaint();
 834   }
 835
 836 }