src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32 import java.awt.Image;
  33 import java.awt.Panel;
  34
  35 public class SeqCanvas extends Panel
  36 {
  37   FeatureRenderer fr;
  38
  39   SequenceRenderer sr;
  40
  41   Image img;
  42
  43   Graphics gg;
  44
  45   int imgWidth;
  46
  47   int imgHeight;
  48
  49   AlignViewport av;
  50
  51   SearchResults searchResults = null;
  52
  53   boolean fastPaint = false;
  54
  55   int cursorX = 0;
  56
  57   int cursorY = 0;
  58
  59   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  60   {
  61     this.av = av;
  62     fr = new FeatureRenderer(av);
  63     sr = new SequenceRenderer(av);
  64     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  65     updateViewport();
  66   }
  67
  68   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  69
  70   private void updateViewport()
  71   {
  72     avcharHeight = av.getCharHeight();
  73     avcharWidth = av.getCharWidth();
  74   }
  75
  76   public AlignmentViewport getViewport()
  77   {
  78     return av;
  79   }
  80
  81   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  82   {
  83     return fr;
  84   }
  85
  86   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  87   {
  88     return sr;
  89   }
  90
  91   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  92   {
  93     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  94
  95     g.setColor(Color.black);
  96
  97     // NORTH SCALE
  98     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
  99     {
 100       int value = i;
 101       if (av.hasHiddenColumns())
 102       {
 103         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 104       }
 105
 106       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 107               ypos - (avcharHeight / 2));
 108
 109       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 110               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 111               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 112               ypos - 2);
 113     }
 114   }
 115
 116   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 117   {
 118     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 119     ypos += avcharHeight;
 120     if (av.hasHiddenColumns())
 121     {
 122       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 123       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 124     }
 125
 126     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 127     if (av.hasHiddenColumns())
 128     {
 129       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 130     }
 131
 132     // WEST SCALE
 133     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 134     {
 135       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 136       int index = startx;
 137       int value = -1;
 138
 139       while (index < endx)
 140       {
 141         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 142         {
 143           index++;
 144
 145           continue;
 146         }
 147
 148         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 149
 150         break;
 151       }
 152
 153       if (value != -1)
 154       {
 155         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 156                 - avcharWidth / 2;
 157         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 158                 - (avcharHeight / 5));
 159       }
 160     }
 161   }
 162
 163   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 164   {
 165     ypos += avcharHeight;
 166
 167     if (av.hasHiddenColumns())
 168     {
 169       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 170     }
 171
 172     SequenceI seq;
 173     // EAST SCALE
 174     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 175     {
 176       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 177       int index = endx;
 178       int value = -1;
 179
 180       while (index > startx)
 181       {
 182         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 183         {
 184           index--;
 185
 186           continue;
 187         }
 188
 189         value = seq.findPosition(index);
 190
 191         break;
 192       }
 193
 194       if (value != -1)
 195       {
 196         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 197                 - (avcharHeight / 5));
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202   int lastsr = 0;
 203
 204   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 205   {
 206     if (fastPaint || gg == null)
 207     {
 208       return;
 209     }
 210
 211     updateViewport();
 212
 213     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 214     // is faster than it can paint, so this check here catches
 215     // this possibility
 216     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 217     {
 218       horizontal = av.startRes - lastsr;
 219     }
 220
 221     lastsr = av.startRes;
 222
 223     fastPaint = true;
 224     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 225             - horizontal * avcharWidth,
 226             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 227             -vertical * avcharHeight);
 228
 229     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 230
 231     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 232     {
 233       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 234       sr = er - horizontal;
 235     }
 236     else if (horizontal < 0)
 237     {
 238       er = sr - horizontal;
 239     }
 240
 241     else if (vertical > 0) // scroll down
 242     {
 243       ss = es - vertical;
 244       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 245       {
 246         ss = av.startSeq;
 247       }
 248       else
 249       {
 250         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 251       }
 252     }
 253     else if (vertical < 0)
 254     {
 255       es = ss - vertical;
 256       if (es > av.endSeq)
 257       {
 258         es = av.endSeq;
 259       }
 260     }
 261
 262     gg.translate(transX, transY);
 263
 264     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 265     gg.translate(-transX, -transY);
 266
 267     repaint();
 268
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 273    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 274    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 275    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 276    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 277    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 278    */
 279   public void update(Graphics g)
 280   {
 281     paint(g);
 282   }
 283
 284   @Override
 285   public void paint(Graphics g)
 286   {
 287
 288     if (img != null
 289             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 290                     .getClipBounds().height)))
 291     {
 292       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 293       fastPaint = false;
 294       return;
 295     }
 296
 297     if (fastPaint)
 298     {
 299       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 300       fastPaint = false;
 301       return;
 302     }
 303
 304     updateViewport();
 305     // this draws the whole of the alignment
 306     imgWidth = this.getSize().width;
 307     imgHeight = this.getSize().height;
 308
 309     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 310     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 311
 312     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 313     {
 314       return;
 315     }
 316
 317     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 318             || imgHeight != img.getHeight(this))
 319     {
 320       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 321       gg = img.getGraphics();
 322       gg.setFont(av.getFont());
 323     }
 324
 325     gg.setColor(Color.white);
 326     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 327
 328     if (av.getWrapAlignment())
 329     {
 330       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 331     }
 332     else
 333     {
 334       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 335     }
 336
 337     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 338
 339   }
 340
 341   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 342
 343   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 344   {
 345     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 346
 347     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 348
 349     LABEL_EAST = 0;
 350     LABEL_WEST = 0;
 351
 352     if (av.getScaleRightWrapped())
 353     {
 354       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 355     }
 356
 357     if (av.getScaleLeftWrapped())
 358     {
 359       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 360     }
 361
 362     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Generates a string of zeroes.
 367    *
 368    * @return String
 369    */
 370   String getMask()
 371   {
 372     String mask = "0";
 373     int maxWidth = 0;
 374     int tmp;
 375     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 376     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 377     {
 378       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 379       if (tmp > maxWidth)
 380       {
 381         maxWidth = tmp;
 382       }
 383     }
 384
 385     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 386     {
 387       mask += "0";
 388     }
 389     return mask;
 390   }
 391
 392   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 393           int canvasHeight, int startRes)
 394   {
 395     AlignmentI al = av.getAlignment();
 396
 397     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 398
 399     if (av.getScaleRightWrapped())
 400     {
 401       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 402     }
 403
 404     if (av.getScaleLeftWrapped())
 405     {
 406       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 407     }
 408
 409     int hgap = avcharHeight;
 410     if (av.getScaleAboveWrapped())
 411     {
 412       hgap += avcharHeight;
 413     }
 414
 415     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 416     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 417
 418     av.setWrappedWidth(cWidth);
 419
 420     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 421
 422     int endx;
 423     int ypos = hgap;
 424
 425     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 426
 427     if (av.hasHiddenColumns())
 428     {
 429       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 430     }
 431
 432     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 433     {
 434       endx = startRes + cWidth - 1;
 435
 436       if (endx > maxwidth)
 437       {
 438         endx = maxwidth;
 439       }
 440
 441       g.setColor(Color.black);
 442
 443       if (av.getScaleLeftWrapped())
 444       {
 445         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 446       }
 447
 448       if (av.getScaleRightWrapped())
 449       {
 450         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 451         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 452         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 453       }
 454
 455       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 456
 457       if (av.getScaleAboveWrapped())
 458       {
 459         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 460       }
 461       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 462       {
 463         g.setColor(Color.blue);
 464         int res;
 465         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 466                 .size(); i++)
 467         {
 468           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 469                   - startRes;
 470
 471           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 472           {
 473             continue;
 474           }
 475
 476           gg.fillPolygon(new int[]
 477           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 478               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 479                   new int[]
 480                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2),
 481                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 482
 483         }
 484       }
 485
 486       if (g.getClip() == null)
 487       {
 488         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 489       }
 490
 491       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 492       g.setClip(null);
 493
 494       if (av.isShowAnnotation())
 495       {
 496         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 497         if (annotations == null)
 498         {
 499           annotations = new AnnotationPanel(av);
 500         }
 501
 502         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 503         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 504       }
 505       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 506
 507       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 508
 509       startRes += cWidth;
 510     }
 511
 512   }
 513
 514   AnnotationPanel annotations;
 515
 516   int getAnnotationHeight()
 517   {
 518     if (!av.isShowAnnotation())
 519     {
 520       return 0;
 521     }
 522
 523     if (annotations == null)
 524     {
 525       annotations = new AnnotationPanel(av);
 526     }
 527
 528     return annotations.adjustPanelHeight();
 529   }
 530
 531   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 532           int startSeq,
 533           int endSeq, int offset)
 534   {
 535
 536
 537     if (!av.hasHiddenColumns())
 538     {
 539       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 540     }
 541     else
 542     {
 543
 544       int screenY = 0;
 545       int blockStart = startRes;
 546       int blockEnd = endRes;
 547
 548       if (av.hasHiddenColumns())
 549       {
 550         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 551         {
 552           int hideStart = region[0];
 553           int hideEnd = region[1];
 554
 555           if (hideStart <= blockStart)
 556           {
 557             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 558             continue;
 559           }
 560
 561           blockEnd = hideStart - 1;
 562
 563           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 564
 565           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 566
 567           if (av.getShowHiddenMarkers())
 568           {
 569             g1.setColor(Color.blue);
 570             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 571                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 572                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 573                             + offset);
 574           }
 575
 576           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 577           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 578           blockStart = hideEnd + 1;
 579         }
 580       }
 581       if (screenY <= (endRes - startRes))
 582       {
 583         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 584         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 585         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 586
 587         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 588       }
 589     }
 590
 591   }
 592
 593   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 594   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 595   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 596           int offset)
 597   {
 598     g.setFont(av.getFont());
 599     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 600     updateViewport();
 601     SequenceI nextSeq;
 602
 603     // / First draw the sequences
 604     // ///////////////////////////
 605     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 606     {
 607       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 608
 609       if (nextSeq == null)
 610       {
 611         continue;
 612       }
 613
 614       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 615               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 616
 617       if (av.isShowSequenceFeatures())
 618       {
 619         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 620                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 621       }
 622
 623       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 624       // ////////////////////////////////////////////////////////
 625       if (searchResults != null)
 626       {
 627         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 628                 endRes);
 629         if (visibleResults != null)
 630         {
 631           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 632           {
 633             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 634                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 635                             * avcharWidth, offset
 636                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 637           }
 638         }
 639       }
 640
 641       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 642               && cursorX <= endRes)
 643       {
 644         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 645                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 646       }
 647     }
 648
 649     if (av.getSelectionGroup() != null
 650             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 651     {
 652       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 653     }
 654
 655   }
 656
 657   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 658           int startSeq, int endSeq, int offset)
 659   {
 660     //
 661     // ///////////////////////////////////
 662     // Now outline any areas if necessary
 663     // ///////////////////////////////////
 664     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 665
 666     int sx = -1;
 667     int sy = -1;
 668     int ex = -1;
 669     int groupIndex = -1;
 670
 671     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 672     {
 673       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 674       groupIndex = 0;
 675     }
 676
 677     if (group != null)
 678     {
 679       do
 680       {
 681         int oldY = -1;
 682         int i = 0;
 683         boolean inGroup = false;
 684         int top = -1;
 685         int bottom = -1;
 686         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 687
 688         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 689         {
 690           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 691           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 692           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 693
 694           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 695           {
 696             continue;
 697           }
 698
 699           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 700                   && group.getSequences(null).contains(
 701                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 702           {
 703             if ((bottom == -1)
 704                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 705                             .contains(
 706                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 707             {
 708               bottom = sy + avcharHeight;
 709             }
 710
 711             if (!inGroup)
 712             {
 713               if (((top == -1) && (i == 0))
 714                       || !group.getSequences(null).contains(
 715                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 716               {
 717                 top = sy;
 718               }
 719
 720               oldY = sy;
 721               inGroup = true;
 722
 723               if (group == av.getSelectionGroup())
 724               {
 725                 g.setColor(Color.red);
 726               }
 727               else
 728               {
 729                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 730               }
 731             }
 732           }
 733           else
 734           {
 735             if (inGroup)
 736             {
 737               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 738               {
 739                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 740               }
 741
 742               if (sx + ex < imgWidth)
 743               {
 744                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 745               }
 746
 747               if (sx < 0)
 748               {
 749                 ex += sx;
 750                 sx = 0;
 751               }
 752
 753               if (sx + ex > imgWidth)
 754               {
 755                 ex = imgWidth;
 756               }
 757
 758               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 759               {
 760                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 761               }
 762
 763               if (top != -1)
 764               {
 765                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 766                 top = -1;
 767               }
 768
 769               if (bottom != -1)
 770               {
 771                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 772                 bottom = -1;
 773               }
 774
 775               inGroup = false;
 776             }
 777           }
 778         }
 779
 780         if (inGroup)
 781         {
 782           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 783           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 784           {
 785             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 786           }
 787
 788           if (sx + ex < imgWidth)
 789           {
 790             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 791           }
 792
 793           if (sx < 0)
 794           {
 795             ex += sx;
 796             sx = 0;
 797           }
 798
 799           if (sx + ex > imgWidth)
 800           {
 801             ex = imgWidth;
 802           }
 803           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 804           {
 805             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 806           }
 807
 808           if (top != -1)
 809           {
 810             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 811             top = -1;
 812           }
 813
 814           if (bottom != -1)
 815           {
 816             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 817             bottom = -1;
 818           }
 819
 820           inGroup = false;
 821         }
 822
 823         groupIndex++;
 824
 825         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 826         {
 827           break;
 828         }
 829
 830         group = av.getAlignment().getGroups()
 831                 .get(groupIndex);
 832       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 833
 834     }
 835   }
 836
 837   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 838   {
 839     searchResults = results;
 840
 841     repaint();
 842   }
 843
 844 }