src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Image;
  38 import java.awt.Panel;
  39 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  40
  41 public class SeqCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  42 {
  43   FeatureRenderer fr;
  44
  45   SequenceRenderer sr;
  46
  47   Image img;
  48
  49   Graphics gg;
  50
  51   int imgWidth;
  52
  53   int imgHeight;
  54
  55   AlignViewport av;
  56
  57   boolean fastPaint = false;
  58
  59   int cursorX = 0;
  60
  61   int cursorY = 0;
  62
  63   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  64   {
  65     this.av = av;
  66     fr = new FeatureRenderer(av);
  67     sr = new SequenceRenderer(av);
  68     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  69     updateViewport();
  70
  71     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  72   }
  73
  74   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  75
  76   private void updateViewport()
  77   {
  78     avcharHeight = av.getCharHeight();
  79     avcharWidth = av.getCharWidth();
  80   }
  81
  82   public AlignmentViewport getViewport()
  83   {
  84     return av;
  85   }
  86
  87   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  88   {
  89     return fr;
  90   }
  91
  92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  93   {
  94     return sr;
  95   }
  96
  97   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  98   {
  99     updateViewport();
 100     g.setColor(Color.black);
 101     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 102             endx))
 103     {
 104       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 105       if (mpos < 0)
 106       {
 107         continue;
 108       }
 109       String mstring = mark.text;
 110
 111       if (mark.major)
 112       {
 113         if (mstring != null)
 114         {
 115           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth, ypos
 116                   - (avcharHeight / 2));
 117         }
 118         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), (ypos + 2)
 119                 - (avcharHeight / 2), (mpos * avcharWidth)
 120                 + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 121       }
 122     }
 123   }
 124
 125   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 126   {
 127     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 128     ypos += avcharHeight;
 129     if (av.hasHiddenColumns())
 130     {
 131       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 132               .adjustForHiddenColumns(startx);
 133       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 134               .adjustForHiddenColumns(endx);
 135     }
 136
 137     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 138     if (av.hasHiddenColumns())
 139     {
 140       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 141               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 142     }
 143
 144     // WEST SCALE
 145     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 146     {
 147       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 148       int index = startx;
 149       int value = -1;
 150
 151       while (index < endx)
 152       {
 153         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 154         {
 155           index++;
 156
 157           continue;
 158         }
 159
 160         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 161
 162         break;
 163       }
 164
 165       if (value != -1)
 166       {
 167         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 168                 - avcharWidth / 2;
 169         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 170                 - (avcharHeight / 5));
 171       }
 172     }
 173   }
 174
 175   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 176   {
 177     ypos += avcharHeight;
 178
 179     if (av.hasHiddenColumns())
 180     {
 181       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 182               .adjustForHiddenColumns(endx);
 183     }
 184
 185     SequenceI seq;
 186     // EAST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = endx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index > startx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index--;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = seq.findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 210                 - (avcharHeight / 5));
 211       }
 212     }
 213   }
 214
 215   int lastsr = 0;
 216
 217   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 218   {
 219     if (fastPaint || gg == null)
 220     {
 221       return;
 222     }
 223
 224     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 225
 226     updateViewport();
 227
 228     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 229     // is faster than it can paint, so this check here catches
 230     // this possibility
 231     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 232     {
 233       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 234     }
 235
 236     lastsr = ranges.getStartRes();
 237
 238     fastPaint = true;
 239     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 240             - horizontal * avcharWidth,
 241             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 242             -vertical * avcharHeight);
 243
 244     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(), ss = ranges
 245             .getStartSeq(), es = ranges
 246             .getEndSeq(), transX = 0, transY = 0;
 247
 248     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 249     {
 250       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 251       sr = er - horizontal;
 252     }
 253     else if (horizontal < 0)
 254     {
 255       er = sr - horizontal;
 256     }
 257
 258     else if (vertical > 0) // scroll down
 259     {
 260       ss = es - vertical;
 261       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 262                                      // at a
 263                                  // time
 264       {
 265         ss = ranges.getStartSeq();
 266       }
 267       else
 268       {
 269         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 270       }
 271     }
 272     else if (vertical < 0)
 273     {
 274       es = ss - vertical;
 275       if (es > ranges.getEndSeq())
 276       {
 277         es = ranges.getEndSeq();
 278       }
 279     }
 280
 281     gg.translate(transX, transY);
 282
 283     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 284     gg.translate(-transX, -transY);
 285
 286     repaint();
 287
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 292    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 293    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 294    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 295    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 296    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 297    */
 298   @Override
 299   public void update(Graphics g)
 300   {
 301     paint(g);
 302   }
 303
 304   @Override
 305   public void paint(Graphics g)
 306   {
 307
 308     if (img != null
 309             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 310                     .getClipBounds().height)))
 311     {
 312       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 313       fastPaint = false;
 314       return;
 315     }
 316
 317     if (fastPaint)
 318     {
 319       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 320       fastPaint = false;
 321       return;
 322     }
 323
 324     updateViewport();
 325     // this draws the whole of the alignment
 326     imgWidth = this.getSize().width;
 327     imgHeight = this.getSize().height;
 328
 329     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 330     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 331
 332     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 333     {
 334       return;
 335     }
 336
 337     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 338             || imgHeight != img.getHeight(this))
 339     {
 340       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 341       gg = img.getGraphics();
 342       gg.setFont(av.getFont());
 343     }
 344
 345     gg.setColor(Color.white);
 346     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 347
 348     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 349
 350     if (av.getWrapAlignment())
 351     {
 352       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 353     }
 354     else
 355     {
 356       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 357               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 358     }
 359
 360     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 361
 362   }
 363
 364   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 365
 366   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 367   {
 368     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 369
 370     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 371
 372     LABEL_EAST = 0;
 373     LABEL_WEST = 0;
 374
 375     if (av.getScaleRightWrapped())
 376     {
 377       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 378     }
 379
 380     if (av.getScaleLeftWrapped())
 381     {
 382       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 383     }
 384
 385     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Generates a string of zeroes.
 390    *
 391    * @return String
 392    */
 393   String getMask()
 394   {
 395     String mask = "0";
 396     int maxWidth = 0;
 397     int tmp;
 398     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 399     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 400     {
 401       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 402       if (tmp > maxWidth)
 403       {
 404         maxWidth = tmp;
 405       }
 406     }
 407
 408     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 409     {
 410       mask += "0";
 411     }
 412     return mask;
 413   }
 414
 415   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 416           int canvasHeight, int startRes)
 417   {
 418     AlignmentI al = av.getAlignment();
 419
 420     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 421
 422     if (av.getScaleRightWrapped())
 423     {
 424       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 425     }
 426
 427     if (av.getScaleLeftWrapped())
 428     {
 429       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 430     }
 431
 432     int hgap = avcharHeight;
 433     if (av.getScaleAboveWrapped())
 434     {
 435       hgap += avcharHeight;
 436     }
 437
 438     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 439     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 440
 441     av.setWrappedWidth(cWidth);
 442
 443     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 444
 445     int endx;
 446     int ypos = hgap;
 447
 448     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 449
 450     if (av.hasHiddenColumns())
 451     {
 452       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 453               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 454     }
 455
 456     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 457     {
 458       endx = startRes + cWidth - 1;
 459
 460       if (endx > maxwidth)
 461       {
 462         endx = maxwidth;
 463       }
 464
 465       g.setColor(Color.black);
 466
 467       if (av.getScaleLeftWrapped())
 468       {
 469         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 470       }
 471
 472       if (av.getScaleRightWrapped())
 473       {
 474         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 475         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 476         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 477       }
 478
 479       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 480
 481       if (av.getScaleAboveWrapped())
 482       {
 483         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 484       }
 485       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 486       {
 487         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 488         g.setColor(Color.blue);
 489         int res;
 490         for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions()
 491                 .size(); i++)
 492         {
 493           res = hidden.findHiddenRegionPosition(i)
 494                   - startRes;
 495
 496           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 497           {
 498             continue;
 499           }
 500
 501           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 502               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 503                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 504                       ypos - (avcharHeight / 2),
 505                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 506
 507         }
 508       }
 509
 510       if (g.getClip() == null)
 511       {
 512         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 513       }
 514
 515       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 516       g.setClip(null);
 517
 518       if (av.isShowAnnotation())
 519       {
 520         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 521         if (annotations == null)
 522         {
 523           annotations = new AnnotationPanel(av);
 524         }
 525
 526         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 527         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 528       }
 529       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 530
 531       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 532
 533       startRes += cWidth;
 534     }
 535
 536   }
 537
 538   AnnotationPanel annotations;
 539
 540   int getAnnotationHeight()
 541   {
 542     if (!av.isShowAnnotation())
 543     {
 544       return 0;
 545     }
 546
 547     if (annotations == null)
 548     {
 549       annotations = new AnnotationPanel(av);
 550     }
 551
 552     return annotations.adjustPanelHeight();
 553   }
 554
 555   private void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 556           final int startSeq, final int endSeq, final int offset)
 557   {
 558
 559     if (!av.hasHiddenColumns())
 560     {
 561       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 562     }
 563     else
 564     {
 565       int screenY = 0;
 566       final int screenYMax = endRes - startRes;
 567       int blockStart = startRes;
 568       int blockEnd = endRes;
 569
 570       if (av.hasHiddenColumns())
 571       {
 572         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 573         for (int[] region : hidden.getHiddenRegions())
 574         {
 575           int hideStart = region[0];
 576           int hideEnd = region[1];
 577
 578           if (hideStart <= blockStart)
 579           {
 580             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 581             continue;
 582           }
 583
 584           /*
 585            * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 586            * the visible region, whichever comes first
 587            */
 588           blockEnd = Math.min(hideStart - 1, blockStart + screenYMax
 589                   - screenY);
 590
 591           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 592
 593           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 594
 595           /*
 596            * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 597            * triangle on top) if we reached it
 598            */
 599           if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 600           {
 601             g1.setColor(Color.blue);
 602             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 603                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 604                             - 1, (endSeq - startSeq + 1) * avcharHeight
 605                             + offset);
 606           }
 607
 608           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 609           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 610           blockStart = hideEnd + 1;
 611
 612           if (screenY > screenYMax)
 613           {
 614             // already rendered last block
 615             return;
 616           }
 617         }
 618       }
 619       if (screenY <= screenYMax)
 620       {
 621         // remaining visible region to render
 622         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 623         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 624         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 625
 626         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 627       }
 628     }
 629
 630   }
 631
 632   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 633   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 634   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 635           int offset)
 636   {
 637     g.setFont(av.getFont());
 638     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 639     updateViewport();
 640     SequenceI nextSeq;
 641
 642     // / First draw the sequences
 643     // ///////////////////////////
 644     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 645     {
 646       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 647
 648       if (nextSeq == null)
 649       {
 650         continue;
 651       }
 652
 653       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 654               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 655
 656       if (av.isShowSequenceFeatures())
 657       {
 658         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 659                 + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 660       }
 661
 662       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 663       // ////////////////////////////////////////////////////////
 664       if (av.hasSearchResults())
 665       {
 666         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 667                 startRes,
 668                 endRes);
 669         if (visibleResults != null)
 670         {
 671           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 672           {
 673             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 674                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 675                             * avcharWidth, offset
 676                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 677           }
 678         }
 679       }
 680
 681       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 682               && cursorX <= endRes)
 683       {
 684         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 685                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 686       }
 687     }
 688
 689     if (av.getSelectionGroup() != null
 690             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 691     {
 692       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 693     }
 694
 695   }
 696
 697   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 698           int startSeq, int endSeq, int offset)
 699   {
 700     //
 701     // ///////////////////////////////////
 702     // Now outline any areas if necessary
 703     // ///////////////////////////////////
 704     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 705
 706     int sx = -1;
 707     int sy = -1;
 708     int ex = -1;
 709     int groupIndex = -1;
 710
 711     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 712     {
 713       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 714       groupIndex = 0;
 715     }
 716
 717     if (group != null)
 718     {
 719       do
 720       {
 721         int oldY = -1;
 722         int i = 0;
 723         boolean inGroup = false;
 724         int top = -1;
 725         int bottom = -1;
 726         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 727
 728         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 729         {
 730           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 731           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 732           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 733
 734           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 735           {
 736             continue;
 737           }
 738
 739           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 740                   && group.getSequences(null).contains(
 741                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 742           {
 743             if ((bottom == -1)
 744                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 745                             .contains(
 746                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 747             {
 748               bottom = sy + avcharHeight;
 749             }
 750
 751             if (!inGroup)
 752             {
 753               if (((top == -1) && (i == 0))
 754                       || !group.getSequences(null).contains(
 755                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 756               {
 757                 top = sy;
 758               }
 759
 760               oldY = sy;
 761               inGroup = true;
 762
 763               if (group == av.getSelectionGroup())
 764               {
 765                 g.setColor(Color.red);
 766               }
 767               else
 768               {
 769                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 770               }
 771             }
 772           }
 773           else
 774           {
 775             if (inGroup)
 776             {
 777               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 778               {
 779                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 780               }
 781
 782               if (sx + ex < imgWidth)
 783               {
 784                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 785               }
 786
 787               if (sx < 0)
 788               {
 789                 ex += sx;
 790                 sx = 0;
 791               }
 792
 793               if (sx + ex > imgWidth)
 794               {
 795                 ex = imgWidth;
 796               }
 797
 798               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 799               {
 800                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 801               }
 802
 803               if (top != -1)
 804               {
 805                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 806                 top = -1;
 807               }
 808
 809               if (bottom != -1)
 810               {
 811                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 812                 bottom = -1;
 813               }
 814
 815               inGroup = false;
 816             }
 817           }
 818         }
 819
 820         if (inGroup)
 821         {
 822           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 823           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 824           {
 825             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 826           }
 827
 828           if (sx + ex < imgWidth)
 829           {
 830             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 831           }
 832
 833           if (sx < 0)
 834           {
 835             ex += sx;
 836             sx = 0;
 837           }
 838
 839           if (sx + ex > imgWidth)
 840           {
 841             ex = imgWidth;
 842           }
 843           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 844           {
 845             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 846           }
 847
 848           if (top != -1)
 849           {
 850             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 851             top = -1;
 852           }
 853
 854           if (bottom != -1)
 855           {
 856             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 857             bottom = -1;
 858           }
 859
 860           inGroup = false;
 861         }
 862
 863         groupIndex++;
 864
 865         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 866         {
 867           break;
 868         }
 869
 870         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 871       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 872
 873     }
 874   }
 875
 876   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 877   {
 878     av.setSearchResults(results);
 879     repaint();
 880   }
 881
 882   @Override
 883   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 884   {
 885     if (!av.getWrapAlignment())
 886     {
 887       if (evt.getPropertyName().equals("startres")
 888               || evt.getPropertyName().equals("endres"))
 889       {
 890         // Make sure we're not trying to draw a panel
 891         // larger than the visible window
 892         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 893         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 894         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
 895         {
 896           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 897         }
 898         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
 899         {
 900           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
 901         }
 902         fastPaint(scrollX, 0);
 903       }
 904       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
 905               || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
 906       {
 907         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 908       }
 909     }
 910
 911   }
 912
 913 }