src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.FontMetrics;
  33 import java.awt.Graphics;
  34 import java.awt.Image;
  35 import java.awt.Panel;
  36
  37 public class SeqCanvas extends Panel
  38 {
  39   FeatureRenderer fr;
  40
  41   SequenceRenderer sr;
  42
  43   Image img;
  44
  45   Graphics gg;
  46
  47   int imgWidth;
  48
  49   int imgHeight;
  50
  51   AlignViewport av;
  52
  53   SearchResults searchResults = null;
  54
  55   boolean fastPaint = false;
  56
  57   int cursorX = 0;
  58
  59   int cursorY = 0;
  60
  61   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  62   {
  63     this.av = av;
  64     fr = new FeatureRenderer(av);
  65     sr = new SequenceRenderer(av);
  66     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  67     updateViewport();
  68   }
  69
  70   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  71
  72   private void updateViewport()
  73   {
  74     avcharHeight = av.getCharHeight();
  75     avcharWidth = av.getCharWidth();
  76   }
  77
  78   public AlignmentViewport getViewport()
  79   {
  80     return av;
  81   }
  82
  83   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  84   {
  85     return fr;
  86   }
  87
  88   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  89   {
  90     return sr;
  91   }
  92
  93   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  94   {
  95     updateViewport();
  96     g.setColor(Color.black);
  97     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
  98             endx))
  99     {
 100       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 101       if (mpos < 0)
 102       {
 103         continue;
 104       }
 105       String mstring = mark.text;
 106
 107       if (mark.major)
 108       {
 109         if (mstring != null)
 110         {
 111           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth, ypos
 112                   - (avcharHeight / 2));
 113         }
 114         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), (ypos + 2)
 115                 - (avcharHeight / 2), (mpos * avcharWidth)
 116                 + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 117       }
 118     }
 119   }
 120
 121   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 122   {
 123     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 124     ypos += avcharHeight;
 125     if (av.hasHiddenColumns())
 126     {
 127       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 128       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 129     }
 130
 131     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 132     if (av.hasHiddenColumns())
 133     {
 134       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 135     }
 136
 137     // WEST SCALE
 138     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 139     {
 140       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 141       int index = startx;
 142       int value = -1;
 143
 144       while (index < endx)
 145       {
 146         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 147         {
 148           index++;
 149
 150           continue;
 151         }
 152
 153         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 154
 155         break;
 156       }
 157
 158       if (value != -1)
 159       {
 160         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 161                 - avcharWidth / 2;
 162         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 163                 - (avcharHeight / 5));
 164       }
 165     }
 166   }
 167
 168   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 169   {
 170     ypos += avcharHeight;
 171
 172     if (av.hasHiddenColumns())
 173     {
 174       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 175     }
 176
 177     SequenceI seq;
 178     // EAST SCALE
 179     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 180     {
 181       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 182       int index = endx;
 183       int value = -1;
 184
 185       while (index > startx)
 186       {
 187         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 188         {
 189           index--;
 190
 191           continue;
 192         }
 193
 194         value = seq.findPosition(index);
 195
 196         break;
 197       }
 198
 199       if (value != -1)
 200       {
 201         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 202                 - (avcharHeight / 5));
 203       }
 204     }
 205   }
 206
 207   int lastsr = 0;
 208
 209   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 210   {
 211     if (fastPaint || gg == null)
 212     {
 213       return;
 214     }
 215
 216     updateViewport();
 217
 218     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 219     // is faster than it can paint, so this check here catches
 220     // this possibility
 221     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 222     {
 223       horizontal = av.startRes - lastsr;
 224     }
 225
 226     lastsr = av.startRes;
 227
 228     fastPaint = true;
 229     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 230             - horizontal * avcharWidth,
 231             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 232             -vertical * avcharHeight);
 233
 234     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 235
 236     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 237     {
 238       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 239       sr = er - horizontal;
 240     }
 241     else if (horizontal < 0)
 242     {
 243       er = sr - horizontal;
 244     }
 245
 246     else if (vertical > 0) // scroll down
 247     {
 248       ss = es - vertical;
 249       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 250       {
 251         ss = av.startSeq;
 252       }
 253       else
 254       {
 255         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 256       }
 257     }
 258     else if (vertical < 0)
 259     {
 260       es = ss - vertical;
 261       if (es > av.endSeq)
 262       {
 263         es = av.endSeq;
 264       }
 265     }
 266
 267     gg.translate(transX, transY);
 268
 269     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 270     gg.translate(-transX, -transY);
 271
 272     repaint();
 273
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 278    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 279    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 280    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 281    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 282    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 283    */
 284   @Override
 285   public void update(Graphics g)
 286   {
 287     paint(g);
 288   }
 289
 290   @Override
 291   public void paint(Graphics g)
 292   {
 293
 294     if (img != null
 295             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 296                     .getClipBounds().height)))
 297     {
 298       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 299       fastPaint = false;
 300       return;
 301     }
 302
 303     if (fastPaint)
 304     {
 305       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 306       fastPaint = false;
 307       return;
 308     }
 309
 310     updateViewport();
 311     // this draws the whole of the alignment
 312     imgWidth = this.getSize().width;
 313     imgHeight = this.getSize().height;
 314
 315     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 316     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 317
 318     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 319     {
 320       return;
 321     }
 322
 323     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 324             || imgHeight != img.getHeight(this))
 325     {
 326       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 327       gg = img.getGraphics();
 328       gg.setFont(av.getFont());
 329     }
 330
 331     gg.setColor(Color.white);
 332     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 333
 334     if (av.getWrapAlignment())
 335     {
 336       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 337     }
 338     else
 339     {
 340       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 341     }
 342
 343     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 344
 345   }
 346
 347   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 348
 349   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 350   {
 351     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 352
 353     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 354
 355     LABEL_EAST = 0;
 356     LABEL_WEST = 0;
 357
 358     if (av.getScaleRightWrapped())
 359     {
 360       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 361     }
 362
 363     if (av.getScaleLeftWrapped())
 364     {
 365       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 366     }
 367
 368     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Generates a string of zeroes.
 373    *
 374    * @return String
 375    */
 376   String getMask()
 377   {
 378     String mask = "0";
 379     int maxWidth = 0;
 380     int tmp;
 381     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 382     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 383     {
 384       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 385       if (tmp > maxWidth)
 386       {
 387         maxWidth = tmp;
 388       }
 389     }
 390
 391     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 392     {
 393       mask += "0";
 394     }
 395     return mask;
 396   }
 397
 398   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 399           int canvasHeight, int startRes)
 400   {
 401     AlignmentI al = av.getAlignment();
 402
 403     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 404
 405     if (av.getScaleRightWrapped())
 406     {
 407       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 408     }
 409
 410     if (av.getScaleLeftWrapped())
 411     {
 412       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 413     }
 414
 415     int hgap = avcharHeight;
 416     if (av.getScaleAboveWrapped())
 417     {
 418       hgap += avcharHeight;
 419     }
 420
 421     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 422     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 423
 424     av.setWrappedWidth(cWidth);
 425
 426     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 427
 428     int endx;
 429     int ypos = hgap;
 430
 431     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 432
 433     if (av.hasHiddenColumns())
 434     {
 435       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 436     }
 437
 438     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 439     {
 440       endx = startRes + cWidth - 1;
 441
 442       if (endx > maxwidth)
 443       {
 444         endx = maxwidth;
 445       }
 446
 447       g.setColor(Color.black);
 448
 449       if (av.getScaleLeftWrapped())
 450       {
 451         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 452       }
 453
 454       if (av.getScaleRightWrapped())
 455       {
 456         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 457         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 458         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 459       }
 460
 461       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 462
 463       if (av.getScaleAboveWrapped())
 464       {
 465         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 466       }
 467       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 468       {
 469         g.setColor(Color.blue);
 470         int res;
 471         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 472                 .size(); i++)
 473         {
 474           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 475                   - startRes;
 476
 477           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 478           {
 479             continue;
 480           }
 481
 482           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 483               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 484                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 485                       ypos - (avcharHeight / 2),
 486                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 487
 488         }
 489       }
 490
 491       if (g.getClip() == null)
 492       {
 493         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 494       }
 495
 496       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 497       g.setClip(null);
 498
 499       if (av.isShowAnnotation())
 500       {
 501         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 502         if (annotations == null)
 503         {
 504           annotations = new AnnotationPanel(av);
 505         }
 506
 507         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 508         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 509       }
 510       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 511
 512       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 513
 514       startRes += cWidth;
 515     }
 516
 517   }
 518
 519   AnnotationPanel annotations;
 520
 521   int getAnnotationHeight()
 522   {
 523     if (!av.isShowAnnotation())
 524     {
 525       return 0;
 526     }
 527
 528     if (annotations == null)
 529     {
 530       annotations = new AnnotationPanel(av);
 531     }
 532
 533     return annotations.adjustPanelHeight();
 534   }
 535
 536   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 537           int startSeq, int endSeq, int offset)
 538   {
 539
 540     if (!av.hasHiddenColumns())
 541     {
 542       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 543     }
 544     else
 545     {
 546
 547       int screenY = 0;
 548       int blockStart = startRes;
 549       int blockEnd = endRes;
 550
 551       if (av.hasHiddenColumns())
 552       {
 553         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 554         {
 555           int hideStart = region[0];
 556           int hideEnd = region[1];
 557
 558           if (hideStart <= blockStart)
 559           {
 560             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 561             continue;
 562           }
 563
 564           blockEnd = hideStart - 1;
 565
 566           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 567
 568           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 569
 570           if (av.getShowHiddenMarkers())
 571           {
 572             g1.setColor(Color.blue);
 573             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 574                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 575                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 576                             + offset);
 577           }
 578
 579           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 580           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 581           blockStart = hideEnd + 1;
 582
 583           if (screenY > (endRes - startRes))
 584           {
 585             // already rendered last block
 586             return;
 587           }
 588         }
 589       }
 590       if (screenY <= (endRes - startRes))
 591       {
 592         // remaining visible region to render
 593         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 594         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 595         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 596
 597         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 598       }
 599     }
 600
 601   }
 602
 603   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 604   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 605   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 606           int offset)
 607   {
 608     g.setFont(av.getFont());
 609     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 610     updateViewport();
 611     SequenceI nextSeq;
 612
 613     // / First draw the sequences
 614     // ///////////////////////////
 615     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 616     {
 617       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 618
 619       if (nextSeq == null)
 620       {
 621         continue;
 622       }
 623
 624       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 625               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 626
 627       if (av.isShowSequenceFeatures())
 628       {
 629         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 630                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 631       }
 632
 633       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 634       // ////////////////////////////////////////////////////////
 635       if (searchResults != null)
 636       {
 637         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 638                 endRes);
 639         if (visibleResults != null)
 640         {
 641           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 642           {
 643             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 644                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 645                             * avcharWidth, offset
 646                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 647           }
 648         }
 649       }
 650
 651       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 652               && cursorX <= endRes)
 653       {
 654         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 655                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 656       }
 657     }
 658
 659     if (av.getSelectionGroup() != null
 660             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 661     {
 662       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 663     }
 664
 665   }
 666
 667   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 668           int startSeq, int endSeq, int offset)
 669   {
 670     //
 671     // ///////////////////////////////////
 672     // Now outline any areas if necessary
 673     // ///////////////////////////////////
 674     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 675
 676     int sx = -1;
 677     int sy = -1;
 678     int ex = -1;
 679     int groupIndex = -1;
 680
 681     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 682     {
 683       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 684       groupIndex = 0;
 685     }
 686
 687     if (group != null)
 688     {
 689       do
 690       {
 691         int oldY = -1;
 692         int i = 0;
 693         boolean inGroup = false;
 694         int top = -1;
 695         int bottom = -1;
 696         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 697
 698         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 699         {
 700           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 701           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 702           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 703
 704           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 705           {
 706             continue;
 707           }
 708
 709           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 710                   && group.getSequences(null).contains(
 711                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 712           {
 713             if ((bottom == -1)
 714                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 715                             .contains(
 716                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 717             {
 718               bottom = sy + avcharHeight;
 719             }
 720
 721             if (!inGroup)
 722             {
 723               if (((top == -1) && (i == 0))
 724                       || !group.getSequences(null).contains(
 725                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 726               {
 727                 top = sy;
 728               }
 729
 730               oldY = sy;
 731               inGroup = true;
 732
 733               if (group == av.getSelectionGroup())
 734               {
 735                 g.setColor(Color.red);
 736               }
 737               else
 738               {
 739                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 740               }
 741             }
 742           }
 743           else
 744           {
 745             if (inGroup)
 746             {
 747               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 748               {
 749                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 750               }
 751
 752               if (sx + ex < imgWidth)
 753               {
 754                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 755               }
 756
 757               if (sx < 0)
 758               {
 759                 ex += sx;
 760                 sx = 0;
 761               }
 762
 763               if (sx + ex > imgWidth)
 764               {
 765                 ex = imgWidth;
 766               }
 767
 768               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 769               {
 770                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 771               }
 772
 773               if (top != -1)
 774               {
 775                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 776                 top = -1;
 777               }
 778
 779               if (bottom != -1)
 780               {
 781                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 782                 bottom = -1;
 783               }
 784
 785               inGroup = false;
 786             }
 787           }
 788         }
 789
 790         if (inGroup)
 791         {
 792           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 793           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 794           {
 795             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 796           }
 797
 798           if (sx + ex < imgWidth)
 799           {
 800             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 801           }
 802
 803           if (sx < 0)
 804           {
 805             ex += sx;
 806             sx = 0;
 807           }
 808
 809           if (sx + ex > imgWidth)
 810           {
 811             ex = imgWidth;
 812           }
 813           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 814           {
 815             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 816           }
 817
 818           if (top != -1)
 819           {
 820             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 821             top = -1;
 822           }
 823
 824           if (bottom != -1)
 825           {
 826             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 827             bottom = -1;
 828           }
 829
 830           inGroup = false;
 831         }
 832
 833         groupIndex++;
 834
 835         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 836         {
 837           break;
 838         }
 839
 840         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 841       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 842
 843     }
 844   }
 845
 846   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 847   {
 848     searchResults = results;
 849
 850     repaint();
 851   }
 852
 853 }