src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.VisibleContigsIterator;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  30 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  31 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  33 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Image;
  39 import java.awt.Panel;
  40 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  41 import java.util.Iterator;
  42
  43 public class SeqCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  44 {
  45   FeatureRenderer fr;
  46
  47   SequenceRenderer sr;
  48
  49   Image img;
  50
  51   Graphics gg;
  52
  53   int imgWidth;
  54
  55   int imgHeight;
  56
  57   AlignViewport av;
  58
  59   boolean fastPaint = false;
  60
  61   int cursorX = 0;
  62
  63   int cursorY = 0;
  64
  65   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  66   {
  67     this.av = av;
  68     fr = new FeatureRenderer(av);
  69     sr = new SequenceRenderer(av);
  70     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  71     updateViewport();
  72
  73     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  74   }
  75
  76   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  77
  78   private void updateViewport()
  79   {
  80     avcharHeight = av.getCharHeight();
  81     avcharWidth = av.getCharWidth();
  82   }
  83
  84   public AlignmentViewport getViewport()
  85   {
  86     return av;
  87   }
  88
  89   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  90   {
  91     return fr;
  92   }
  93
  94   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  95   {
  96     return sr;
  97   }
  98
  99   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 100   {
 101     updateViewport();
 102     g.setColor(Color.black);
 103     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 104             endx))
 105     {
 106       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 107       if (mpos < 0)
 108       {
 109         continue;
 110       }
 111       String mstring = mark.text;
 112
 113       if (mark.major)
 114       {
 115         if (mstring != null)
 116         {
 117           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth,
 118                   ypos - (avcharHeight / 2));
 119         }
 120         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 121                 (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 122                 (mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 123       }
 124     }
 125   }
 126
 127   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 128   {
 129     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 130     ypos += avcharHeight;
 131     if (av.hasHiddenColumns())
 132     {
 133       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 134               .visibleToAbsoluteColumn(startx);
 135       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 136               .visibleToAbsoluteColumn(endx);
 137     }
 138
 139     // WEST SCALE
 140     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 141     {
 142       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 143       int index = startx;
 144       int value = -1;
 145
 146       while (index < endx)
 147       {
 148         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 149         {
 150           index++;
 151
 152           continue;
 153         }
 154
 155         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 156
 157         break;
 158       }
 159
 160       if (value != -1)
 161       {
 162         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 163                 - avcharWidth / 2;
 164         g.drawString(value + "", x,
 165                 (ypos + (i * avcharHeight)) - (avcharHeight / 5));
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 171   {
 172     ypos += avcharHeight;
 173
 174     if (av.hasHiddenColumns())
 175     {
 176       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 177               .visibleToAbsoluteColumn(endx);
 178     }
 179
 180     SequenceI seq;
 181     // EAST SCALE
 182     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 183     {
 184       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 185       int index = endx;
 186       int value = -1;
 187
 188       while (index > startx)
 189       {
 190         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 191         {
 192           index--;
 193
 194           continue;
 195         }
 196
 197         value = seq.findPosition(index);
 198
 199         break;
 200       }
 201
 202       if (value != -1)
 203       {
 204         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 205                 (ypos + (i * avcharHeight)) - (avcharHeight / 5));
 206       }
 207     }
 208   }
 209
 210   int lastsr = 0;
 211
 212   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 213   {
 214     if (fastPaint || gg == null)
 215     {
 216       return;
 217     }
 218
 219     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 220
 221     updateViewport();
 222
 223     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 224     // is faster than it can paint, so this check here catches
 225     // this possibility
 226     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 227     {
 228       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 229     }
 230
 231     lastsr = ranges.getStartRes();
 232
 233     fastPaint = true;
 234     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight,
 235             imgWidth - horizontal * avcharWidth,
 236             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 237             -vertical * avcharHeight);
 238
 239     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(),
 240             ss = ranges.getStartSeq(), es = ranges.getEndSeq(), transX = 0,
 241             transY = 0;
 242
 243     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 244     {
 245       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 246       sr = er - horizontal;
 247     }
 248     else if (horizontal < 0)
 249     {
 250       er = sr - horizontal;
 251     }
 252
 253     else if (vertical > 0) // scroll down
 254     {
 255       ss = es - vertical;
 256       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 257                                      // at a
 258       // time
 259       {
 260         ss = ranges.getStartSeq();
 261       }
 262       else
 263       {
 264         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 265       }
 266     }
 267     else if (vertical < 0)
 268     {
 269       es = ss - vertical;
 270       if (es > ranges.getEndSeq())
 271       {
 272         es = ranges.getEndSeq();
 273       }
 274     }
 275
 276     gg.translate(transX, transY);
 277
 278     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 279     gg.translate(-transX, -transY);
 280
 281     repaint();
 282
 283   }
 284
 285   /**
 286    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 287    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 288    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 289    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 290    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 291    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 292    */
 293   @Override
 294   public void update(Graphics g)
 295   {
 296     paint(g);
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public void paint(Graphics g)
 301   {
 302
 303     if (img != null
 304             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width)
 305                     || (getSize().height != g.getClipBounds().height)))
 306     {
 307       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 308       fastPaint = false;
 309       return;
 310     }
 311
 312     if (fastPaint)
 313     {
 314       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 315       fastPaint = false;
 316       return;
 317     }
 318
 319     updateViewport();
 320     // this draws the whole of the alignment
 321     imgWidth = this.getSize().width;
 322     imgHeight = this.getSize().height;
 323
 324     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 325     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 326
 327     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 328     {
 329       return;
 330     }
 331
 332     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 333             || imgHeight != img.getHeight(this))
 334     {
 335       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 336       gg = img.getGraphics();
 337       gg.setFont(av.getFont());
 338     }
 339
 340     gg.setColor(Color.white);
 341     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 342
 343     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 344
 345     if (av.getWrapAlignment())
 346     {
 347       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 348     }
 349     else
 350     {
 351       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 352               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 353     }
 354
 355     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 356
 357   }
 358
 359   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 360
 361   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 362   {
 363     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 364
 365     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 366
 367     LABEL_EAST = 0;
 368     LABEL_WEST = 0;
 369
 370     if (av.getScaleRightWrapped())
 371     {
 372       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 373     }
 374
 375     if (av.getScaleLeftWrapped())
 376     {
 377       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 378     }
 379
 380     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Generates a string of zeroes.
 385    *
 386    * @return String
 387    */
 388   String getMask()
 389   {
 390     String mask = "0";
 391     int maxWidth = 0;
 392     int tmp;
 393     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 394     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 395     {
 396       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 397       if (tmp > maxWidth)
 398       {
 399         maxWidth = tmp;
 400       }
 401     }
 402
 403     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 404     {
 405       mask += "0";
 406     }
 407     return mask;
 408   }
 409
 410   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 411           int canvasHeight, int startRes)
 412   {
 413     AlignmentI al = av.getAlignment();
 414
 415     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 416
 417     LABEL_EAST = 0;
 418     LABEL_WEST = 0;
 419
 420     if (av.getScaleRightWrapped())
 421     {
 422       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 423     }
 424
 425     if (av.getScaleLeftWrapped())
 426     {
 427       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 428     }
 429
 430     int hgap = avcharHeight;
 431     if (av.getScaleAboveWrapped())
 432     {
 433       hgap += avcharHeight;
 434     }
 435
 436     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 437     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 438
 439     av.setWrappedWidth(cWidth);
 440
 441     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 442
 443     int endx;
 444     int ypos = hgap;
 445
 446     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 447
 448     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 449     {
 450       endx = startRes + cWidth - 1;
 451
 452       if (endx > maxwidth)
 453       {
 454         endx = maxwidth;
 455       }
 456
 457       g.setColor(Color.black);
 458
 459       if (av.getScaleLeftWrapped())
 460       {
 461         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 462       }
 463
 464       if (av.getScaleRightWrapped())
 465       {
 466         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 467         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 468         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 469       }
 470
 471       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 472
 473       if (av.getScaleAboveWrapped())
 474       {
 475         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 476       }
 477       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 478       {
 479         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 480         g.setColor(Color.blue);
 481         int res;
 482         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startRes,
 483                 endx + 1);
 484         while (it.hasNext())
 485         {
 486           res = it.next() - startRes;
 487           gg.fillPolygon(
 488                   new int[]
 489                   { res * avcharWidth - avcharHeight / 4, res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 490                   new int[]
 491                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 492         }
 493       }
 494
 495       if (g.getClip() == null)
 496       {
 497         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 498       }
 499
 500       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 501       g.setClip(null);
 502
 503       if (av.isShowAnnotation())
 504       {
 505         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 506         if (annotations == null)
 507         {
 508           annotations = new AnnotationPanel(av);
 509         }
 510
 511         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 512         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 513       }
 514       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 515
 516       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 517
 518       startRes += cWidth;
 519     }
 520
 521   }
 522
 523   AnnotationPanel annotations;
 524
 525   int getAnnotationHeight()
 526   {
 527     if (!av.isShowAnnotation())
 528     {
 529       return 0;
 530     }
 531
 532     if (annotations == null)
 533     {
 534       annotations = new AnnotationPanel(av);
 535     }
 536
 537     return annotations.adjustPanelHeight();
 538   }
 539
 540   private void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 541           final int startSeq, final int endSeq, final int offset)
 542   {
 543
 544     if (!av.hasHiddenColumns())
 545     {
 546       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 547     }
 548     else
 549     {
 550       int screenY = 0;
 551       int blockStart;
 552       int blockEnd;
 553
 554       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 555       VisibleContigsIterator regions = hidden
 556               .getVisContigsIterator(startRes, endRes + 1, true);
 557
 558       while (regions.hasNext())
 559       {
 560         int[] region = regions.next();
 561         blockEnd = region[1];
 562         blockStart = region[0];
 563
 564         /*
 565          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 566          * the visible region, whichever comes first
 567          */
 568         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 569
 570         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 571
 572         /*
 573          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 574          * triangle on top) if we reached it
 575          */
 576         if (av.getShowHiddenMarkers()
 577                 && (regions.hasNext() || regions.endsAtHidden()))
 578         {
 579           g1.setColor(Color.blue);
 580           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 581                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 582                   (endSeq - startSeq + 1) * avcharHeight + offset);
 583         }
 584
 585         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 586         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 587       }
 588     }
 589   }
 590
 591   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 592   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 593   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 594           int offset)
 595   {
 596     g.setFont(av.getFont());
 597     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 598     updateViewport();
 599     SequenceI nextSeq;
 600
 601     // / First draw the sequences
 602     // ///////////////////////////
 603     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 604     {
 605       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 606
 607       if (nextSeq == null)
 608       {
 609         continue;
 610       }
 611
 612       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 613               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 614
 615       if (av.isShowSequenceFeatures())
 616       {
 617         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 618                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 619       }
 620
 621       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 622       // ////////////////////////////////////////////////////////
 623       if (av.hasSearchResults())
 624       {
 625         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 626                 startRes, endRes);
 627         if (visibleResults != null)
 628         {
 629           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 630           {
 631             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 632                     visibleResults[r + 1],
 633                     (visibleResults[r] - startRes) * avcharWidth,
 634                     offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 635           }
 636         }
 637       }
 638
 639       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 640               && cursorX <= endRes)
 641       {
 642         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 643                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 644       }
 645     }
 646
 647     if (av.getSelectionGroup() != null
 648             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 649     {
 650       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 651     }
 652
 653   }
 654
 655   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 656           int startSeq, int endSeq, int offset)
 657   {
 658     //
 659     // ///////////////////////////////////
 660     // Now outline any areas if necessary
 661     // ///////////////////////////////////
 662     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 663
 664     int sx = -1;
 665     int sy = -1;
 666     int ex = -1;
 667     int groupIndex = -1;
 668
 669     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 670     {
 671       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 672       groupIndex = 0;
 673     }
 674
 675     if (group != null)
 676     {
 677       do
 678       {
 679         int oldY = -1;
 680         int i = 0;
 681         boolean inGroup = false;
 682         int top = -1;
 683         int bottom = -1;
 684         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 685
 686         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 687         {
 688           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 689           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 690           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes())
 691                   * avcharWidth) - 1;
 692
 693           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 694           {
 695             continue;
 696           }
 697
 698           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 699                   && group.getSequences(null)
 700                           .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 701           {
 702             if ((bottom == -1)
 703                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null).contains(
 704                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 705             {
 706               bottom = sy + avcharHeight;
 707             }
 708
 709             if (!inGroup)
 710             {
 711               if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
 712                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 713               {
 714                 top = sy;
 715               }
 716
 717               oldY = sy;
 718               inGroup = true;
 719
 720               if (group == av.getSelectionGroup())
 721               {
 722                 g.setColor(Color.red);
 723               }
 724               else
 725               {
 726                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 727               }
 728             }
 729           }
 730           else
 731           {
 732             if (inGroup)
 733             {
 734               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 735               {
 736                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 737               }
 738
 739               if (sx + ex < imgWidth)
 740               {
 741                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 742               }
 743
 744               if (sx < 0)
 745               {
 746                 ex += sx;
 747                 sx = 0;
 748               }
 749
 750               if (sx + ex > imgWidth)
 751               {
 752                 ex = imgWidth;
 753               }
 754
 755               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 756               {
 757                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 758               }
 759
 760               if (top != -1)
 761               {
 762                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 763                 top = -1;
 764               }
 765
 766               if (bottom != -1)
 767               {
 768                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 769                 bottom = -1;
 770               }
 771
 772               inGroup = false;
 773             }
 774           }
 775         }
 776
 777         if (inGroup)
 778         {
 779           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 780           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 781           {
 782             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 783           }
 784
 785           if (sx + ex < imgWidth)
 786           {
 787             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 788           }
 789
 790           if (sx < 0)
 791           {
 792             ex += sx;
 793             sx = 0;
 794           }
 795
 796           if (sx + ex > imgWidth)
 797           {
 798             ex = imgWidth;
 799           }
 800           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 801           {
 802             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 803           }
 804
 805           if (top != -1)
 806           {
 807             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 808             top = -1;
 809           }
 810
 811           if (bottom != -1)
 812           {
 813             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 814             bottom = -1;
 815           }
 816
 817           inGroup = false;
 818         }
 819
 820         groupIndex++;
 821
 822         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 823         {
 824           break;
 825         }
 826
 827         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 828       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 829
 830     }
 831   }
 832
 833   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 834   {
 835     av.setSearchResults(results);
 836     repaint();
 837   }
 838
 839   @Override
 840   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 841   {
 842     String eventName = evt.getPropertyName();
 843
 844     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
 845     {
 846       fastPaint = true;
 847       repaint();
 848       return;
 849     }
 850     else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 851     {
 852       fastPaint = false;
 853       repaint();
 854       return;
 855     }
 856
 857     if (!av.getWrapAlignment())
 858     {
 859       int scrollX = 0;
 860       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
 861               || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
 862       {
 863         // Make sure we're not trying to draw a panel
 864         // larger than the visible window
 865         if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 866         {
 867           scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 868         }
 869         else
 870         {
 871           scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
 872                   - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
 873         }
 874         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 875         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 876         if (scrollX > range)
 877         {
 878           scrollX = range;
 879         }
 880         else if (scrollX < -range)
 881         {
 882           scrollX = -range;
 883         }
 884       }
 885
 886       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 887       // both start and end points, but resize only changes end values.
 888       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 889       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 890       // vertical start value.
 891       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 892       {
 893         // scroll - startres and endres both change
 894         fastPaint(scrollX, 0);
 895       }
 896       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
 897       {
 898         // scroll
 899         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 900       }
 901       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
 902       {
 903         fastPaint(scrollX, 0);
 904       }
 905     }
 906   }
 907
 908 }