src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.FontMetrics;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Image;
  32 import java.awt.Panel;
  33
  34 public class SeqCanvas extends Panel
  35 {
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   SequenceRenderer sr;
  39
  40   Image img;
  41
  42   Graphics gg;
  43
  44   int imgWidth;
  45
  46   int imgHeight;
  47
  48   AlignViewport av;
  49
  50   SearchResults searchResults = null;
  51
  52   boolean fastPaint = false;
  53
  54   int cursorX = 0;
  55
  56   int cursorY = 0;
  57
  58   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  59   {
  60     this.av = av;
  61     fr = new FeatureRenderer(av);
  62     sr = new SequenceRenderer(av);
  63     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  64     updateViewport();
  65   }
  66
  67   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  68
  69   private void updateViewport()
  70   {
  71     avcharHeight = av.getCharHeight();
  72     avcharWidth = av.getCharWidth();
  73   }
  74
  75   public AlignViewport getViewport()
  76   {
  77     return av;
  78   }
  79
  80   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  81   {
  82     return fr;
  83   }
  84
  85   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  86   {
  87     return sr;
  88   }
  89
  90   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  91   {
  92     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  93
  94     g.setColor(Color.black);
  95
  96     // NORTH SCALE
  97     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
  98     {
  99       int value = i;
 100       if (av.hasHiddenColumns())
 101       {
 102         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 103       }
 104
 105       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 106               ypos - (avcharHeight / 2));
 107
 108       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 109               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 110               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 111               ypos - 2);
 112     }
 113   }
 114
 115   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 116   {
 117     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 118     ypos += avcharHeight;
 119     if (av.hasHiddenColumns())
 120     {
 121       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 122       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 123     }
 124
 125     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 126     if (av.hasHiddenColumns())
 127     {
 128       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 129     }
 130
 131     // WEST SCALE
 132     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 133     {
 134       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 135       int index = startx;
 136       int value = -1;
 137
 138       while (index < endx)
 139       {
 140         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 141         {
 142           index++;
 143
 144           continue;
 145         }
 146
 147         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 148
 149         break;
 150       }
 151
 152       if (value != -1)
 153       {
 154         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 155                 - avcharWidth / 2;
 156         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 157                 - (avcharHeight / 5));
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 163   {
 164     ypos += avcharHeight;
 165
 166     if (av.hasHiddenColumns())
 167     {
 168       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 169     }
 170
 171     SequenceI seq;
 172     // EAST SCALE
 173     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 174     {
 175       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 176       int index = endx;
 177       int value = -1;
 178
 179       while (index > startx)
 180       {
 181         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 182         {
 183           index--;
 184
 185           continue;
 186         }
 187
 188         value = seq.findPosition(index);
 189
 190         break;
 191       }
 192
 193       if (value != -1)
 194       {
 195         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 196                 - (avcharHeight / 5));
 197       }
 198     }
 199   }
 200
 201   int lastsr = 0;
 202
 203   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 204   {
 205     if (fastPaint || gg == null)
 206     {
 207       return;
 208     }
 209
 210     updateViewport();
 211
 212     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 213     // is faster than it can paint, so this check here catches
 214     // this possibility
 215     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 216     {
 217       horizontal = av.startRes - lastsr;
 218     }
 219
 220     lastsr = av.startRes;
 221
 222     fastPaint = true;
 223     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 224             - horizontal * avcharWidth,
 225             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 226             -vertical * avcharHeight);
 227
 228     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 229
 230     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 231     {
 232       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 233       sr = er - horizontal;
 234     }
 235     else if (horizontal < 0)
 236     {
 237       er = sr - horizontal;
 238     }
 239
 240     else if (vertical > 0) // scroll down
 241     {
 242       ss = es - vertical;
 243       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 244       {
 245         ss = av.startSeq;
 246       }
 247       else
 248       {
 249         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 250       }
 251     }
 252     else if (vertical < 0)
 253     {
 254       es = ss - vertical;
 255       if (es > av.endSeq)
 256       {
 257         es = av.endSeq;
 258       }
 259     }
 260
 261     gg.translate(transX, transY);
 262
 263     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 264     gg.translate(-transX, -transY);
 265
 266     repaint();
 267
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 272    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 273    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 274    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 275    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 276    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 277    */
 278   public void update(Graphics g)
 279   {
 280     paint(g);
 281   }
 282
 283   @Override
 284   public void paint(Graphics g)
 285   {
 286
 287     if (img != null
 288             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 289                     .getClipBounds().height)))
 290     {
 291       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 292       fastPaint = false;
 293       return;
 294     }
 295
 296     if (fastPaint)
 297     {
 298       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 299       fastPaint = false;
 300       return;
 301     }
 302
 303     updateViewport();
 304     // this draws the whole of the alignment
 305     imgWidth = this.getSize().width;
 306     imgHeight = this.getSize().height;
 307
 308     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 309     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 310
 311     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 312     {
 313       return;
 314     }
 315
 316     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 317             || imgHeight != img.getHeight(this))
 318     {
 319       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 320       gg = img.getGraphics();
 321       gg.setFont(av.getFont());
 322     }
 323
 324     gg.setColor(Color.white);
 325     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 326
 327     if (av.getWrapAlignment())
 328     {
 329       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 330     }
 331     else
 332     {
 333       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 334     }
 335
 336     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 337
 338   }
 339
 340   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 341
 342   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 343   {
 344     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 345
 346     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 347
 348     LABEL_EAST = 0;
 349     LABEL_WEST = 0;
 350
 351     if (av.getScaleRightWrapped())
 352     {
 353       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 354     }
 355
 356     if (av.getScaleLeftWrapped())
 357     {
 358       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 359     }
 360
 361     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Generates a string of zeroes.
 366    *
 367    * @return String
 368    */
 369   String getMask()
 370   {
 371     String mask = "0";
 372     int maxWidth = 0;
 373     int tmp;
 374     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 375     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 376     {
 377       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 378       if (tmp > maxWidth)
 379       {
 380         maxWidth = tmp;
 381       }
 382     }
 383
 384     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 385     {
 386       mask += "0";
 387     }
 388     return mask;
 389   }
 390
 391   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 392           int canvasHeight, int startRes)
 393   {
 394     AlignmentI al = av.getAlignment();
 395
 396     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 397
 398     if (av.getScaleRightWrapped())
 399     {
 400       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 401     }
 402
 403     if (av.getScaleLeftWrapped())
 404     {
 405       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 406     }
 407
 408     int hgap = avcharHeight;
 409     if (av.getScaleAboveWrapped())
 410     {
 411       hgap += avcharHeight;
 412     }
 413
 414     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 415     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 416
 417     av.setWrappedWidth(cWidth);
 418
 419     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 420
 421     int endx;
 422     int ypos = hgap;
 423
 424     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 425
 426     if (av.hasHiddenColumns())
 427     {
 428       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 429     }
 430
 431     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 432     {
 433       endx = startRes + cWidth - 1;
 434
 435       if (endx > maxwidth)
 436       {
 437         endx = maxwidth;
 438       }
 439
 440       g.setColor(Color.black);
 441
 442       if (av.getScaleLeftWrapped())
 443       {
 444         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 445       }
 446
 447       if (av.getScaleRightWrapped())
 448       {
 449         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 450         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 451         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 452       }
 453
 454       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 455
 456       if (av.getScaleAboveWrapped())
 457       {
 458         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 459       }
 460       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 461       {
 462         g.setColor(Color.blue);
 463         int res;
 464         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 465                 .size(); i++)
 466         {
 467           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 468                   - startRes;
 469
 470           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 471           {
 472             continue;
 473           }
 474
 475           gg.fillPolygon(new int[]
 476           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 477               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 478                   new int[]
 479                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2),
 480                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 481
 482         }
 483       }
 484
 485       if (g.getClip() == null)
 486       {
 487         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 488       }
 489
 490       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 491       g.setClip(null);
 492
 493       if (av.isShowAnnotation())
 494       {
 495         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 496         if (annotations == null)
 497         {
 498           annotations = new AnnotationPanel(av);
 499         }
 500
 501         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 502         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 503       }
 504       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 505
 506       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 507
 508       startRes += cWidth;
 509     }
 510
 511   }
 512
 513   AnnotationPanel annotations;
 514
 515   int getAnnotationHeight()
 516   {
 517     if (!av.isShowAnnotation())
 518     {
 519       return 0;
 520     }
 521
 522     if (annotations == null)
 523     {
 524       annotations = new AnnotationPanel(av);
 525     }
 526
 527     return annotations.adjustPanelHeight();
 528   }
 529
 530   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 531           int startSeq,
 532           int endSeq, int offset)
 533   {
 534
 535
 536     if (!av.hasHiddenColumns())
 537     {
 538       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 539     }
 540     else
 541     {
 542
 543       int screenY = 0;
 544       int blockStart = startRes;
 545       int blockEnd = endRes;
 546
 547       if (av.hasHiddenColumns())
 548       {
 549         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 550         {
 551           int hideStart = region[0];
 552           int hideEnd = region[1];
 553
 554           if (hideStart <= blockStart)
 555           {
 556             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 557             continue;
 558           }
 559
 560           blockEnd = hideStart - 1;
 561
 562           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 563
 564           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 565
 566           if (av.getShowHiddenMarkers())
 567           {
 568             g1.setColor(Color.blue);
 569             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 570                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 571                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 572                             + offset);
 573           }
 574
 575           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 576           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 577           blockStart = hideEnd + 1;
 578         }
 579       }
 580       if (screenY <= (endRes - startRes))
 581       {
 582         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 583         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 584         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 585
 586         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 587       }
 588     }
 589
 590   }
 591
 592   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 593   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 594   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 595           int offset)
 596   {
 597     g.setFont(av.getFont());
 598     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 599     updateViewport();
 600     SequenceI nextSeq;
 601
 602     // / First draw the sequences
 603     // ///////////////////////////
 604     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 605     {
 606       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 607
 608       if (nextSeq == null)
 609       {
 610         continue;
 611       }
 612
 613       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 614               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 615
 616       if (av.isShowSequenceFeatures())
 617       {
 618         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 619                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 620       }
 621
 622       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 623       // ////////////////////////////////////////////////////////
 624       if (searchResults != null)
 625       {
 626         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 627                 endRes);
 628         if (visibleResults != null)
 629         {
 630           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 631           {
 632             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 633                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 634                             * avcharWidth, offset
 635                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 636           }
 637         }
 638       }
 639
 640       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 641               && cursorX <= endRes)
 642       {
 643         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 644                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 645       }
 646     }
 647
 648     if (av.getSelectionGroup() != null
 649             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 650     {
 651       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 652     }
 653
 654   }
 655
 656   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 657           int startSeq, int endSeq, int offset)
 658   {
 659     //
 660     // ///////////////////////////////////
 661     // Now outline any areas if necessary
 662     // ///////////////////////////////////
 663     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 664
 665     int sx = -1;
 666     int sy = -1;
 667     int ex = -1;
 668     int groupIndex = -1;
 669
 670     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 671     {
 672       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 673       groupIndex = 0;
 674     }
 675
 676     if (group != null)
 677     {
 678       do
 679       {
 680         int oldY = -1;
 681         int i = 0;
 682         boolean inGroup = false;
 683         int top = -1;
 684         int bottom = -1;
 685         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 686
 687         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 688         {
 689           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 690           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 691           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 692
 693           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 694           {
 695             continue;
 696           }
 697
 698           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 699                   && group.getSequences(null).contains(
 700                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 701           {
 702             if ((bottom == -1)
 703                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 704                             .contains(
 705                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 706             {
 707               bottom = sy + avcharHeight;
 708             }
 709
 710             if (!inGroup)
 711             {
 712               if (((top == -1) && (i == 0))
 713                       || !group.getSequences(null).contains(
 714                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 715               {
 716                 top = sy;
 717               }
 718
 719               oldY = sy;
 720               inGroup = true;
 721
 722               if (group == av.getSelectionGroup())
 723               {
 724                 g.setColor(Color.red);
 725               }
 726               else
 727               {
 728                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 729               }
 730             }
 731           }
 732           else
 733           {
 734             if (inGroup)
 735             {
 736               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 737               {
 738                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 739               }
 740
 741               if (sx + ex < imgWidth)
 742               {
 743                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 744               }
 745
 746               if (sx < 0)
 747               {
 748                 ex += sx;
 749                 sx = 0;
 750               }
 751
 752               if (sx + ex > imgWidth)
 753               {
 754                 ex = imgWidth;
 755               }
 756
 757               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 758               {
 759                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 760               }
 761
 762               if (top != -1)
 763               {
 764                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 765                 top = -1;
 766               }
 767
 768               if (bottom != -1)
 769               {
 770                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 771                 bottom = -1;
 772               }
 773
 774               inGroup = false;
 775             }
 776           }
 777         }
 778
 779         if (inGroup)
 780         {
 781           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 782           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 783           {
 784             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 785           }
 786
 787           if (sx + ex < imgWidth)
 788           {
 789             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 790           }
 791
 792           if (sx < 0)
 793           {
 794             ex += sx;
 795             sx = 0;
 796           }
 797
 798           if (sx + ex > imgWidth)
 799           {
 800             ex = imgWidth;
 801           }
 802           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 803           {
 804             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 805           }
 806
 807           if (top != -1)
 808           {
 809             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 810             top = -1;
 811           }
 812
 813           if (bottom != -1)
 814           {
 815             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 816             bottom = -1;
 817           }
 818
 819           inGroup = false;
 820         }
 821
 822         groupIndex++;
 823
 824         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 825         {
 826           break;
 827         }
 828
 829         group = av.getAlignment().getGroups()
 830                 .get(groupIndex);
 831       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 832
 833     }
 834   }
 835
 836   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 837   {
 838     searchResults = results;
 839
 840     repaint();
 841   }
 842
 843 }