src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 \r
   7 \r
   8 public class SeqCanvas extends Panel\r
   9 {\r
  10     FeatureRenderer fr;\r
  11     SequenceRenderer sr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        sr = new SequenceRenderer(av);\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  40 \r
  41     g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43     // NORTH SCALE\r
  44     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  45     {\r
  46       String string = String.valueOf(i);\r
  47       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  48                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  49 \r
  50       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  51                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  52                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  53 \r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  58   {\r
  59     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  60     ypos+= av.charHeight;\r
  61       // EAST SCALE\r
  62     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  65       int index = startx;\r
  66       int value = -1;\r
  67       while (index < endx)\r
  68       {\r
  69         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  70         {\r
  71           index++;\r
  72           continue;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  76         break;\r
  77       }\r
  78       if(value!=-1)\r
  79       {\r
  80         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  81         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  87 {\r
  88     ypos+= av.charHeight;\r
  89     // EAST SCALE\r
  90   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  91   {\r
  92     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  93     int index = endx;\r
  94     int value = -1;\r
  95     while (index > startx)\r
  96     {\r
  97       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  98       {\r
  99         index--;\r
 100         continue;\r
 101       }\r
 102 \r
 103       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 104       break;\r
 105     }\r
 106     if(value!=-1)\r
 107        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }\r
 111 \r
 112 \r
 113 \r
 114 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 115 {\r
 116     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 117       return;\r
 118 \r
 119     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 120                 -vertical * av.charHeight);\r
 121 \r
 122     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 123         transX = 0, transY = 0;\r
 124     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 125     {\r
 126       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 127       sr = er - horizontal;\r
 128     }\r
 129     else if (horizontal < 0)\r
 130       er = sr - horizontal;\r
 131 \r
 132     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 133     {\r
 134       ss = es - vertical;\r
 135       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 136         ss = av.startSeq;\r
 137       else\r
 138         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 139     }\r
 140     else if (vertical < 0)\r
 141     {\r
 142       es = ss - vertical;\r
 143       if(es > av.endSeq)\r
 144         es = av.endSeq;\r
 145     }\r
 146 \r
 147 \r
 148     gg.translate(transX, transY);\r
 149 \r
 150     gg.setColor(Color.white);\r
 151     gg.fillRect(0,0, (er-sr+1)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 152     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 153     gg.translate( -transX, -transY);\r
 154 \r
 155     fastPaint = true;\r
 156     repaint();\r
 157 \r
 158 }\r
 159 \r
 160 /**\r
 161  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 162  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 163  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 164  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 165  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 166  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 167  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 168  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 169  */\r
 170   public void update(Graphics g)\r
 171   {\r
 172     paint(g);\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void paint(Graphics g)\r
 176   {\r
 177     if (fastPaint)\r
 178     {\r
 179       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 180       fastPaint = false;\r
 181       return;\r
 182     }\r
 183 \r
 184     // this draws the whole of the alignment\r
 185       imgWidth  = this.getSize().width;\r
 186       imgHeight = this.getSize().height;\r
 187 \r
 188       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 189       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 190 \r
 191       if(imgWidth<1 || imgHeight<1)\r
 192               return;\r
 193 \r
 194       if(img==null || imgWidth!=img.getWidth(this) || imgHeight!=img.getHeight(this))\r
 195       {\r
 196         img = createImage(imgWidth, imgHeight);\r
 197         gg = img.getGraphics();\r
 198         gg.setFont(av.getFont());\r
 199       }\r
 200 \r
 201       gg.setColor(Color.white);\r
 202       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 203 \r
 204     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getSize().width );\r
 205     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 206 \r
 207     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 208     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 209 \r
 210 \r
 211     if (av.getWrapAlignment())\r
 212       drawWrappedPanel(gg, getSize().width, getSize().height, av.startRes);\r
 213     else\r
 214       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 215 \r
 216     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 217 \r
 218   }\r
 219 \r
 220   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 221   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 222   {\r
 223     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 224 \r
 225     LABEL_EAST = 0;\r
 226     LABEL_WEST = 0;\r
 227 \r
 228     if(av.scaleRightWrapped)\r
 229       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 230 \r
 231     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 232       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 233 \r
 234     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 238   {\r
 239       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 240 \r
 241       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 242 \r
 243       int LABEL_EAST = 0;\r
 244       if(av.scaleRightWrapped)\r
 245         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 246       int LABEL_WEST = 0;\r
 247       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 248         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 249 \r
 250 \r
 251       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 252       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 253 \r
 254       av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 255 \r
 256       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 257       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 258 \r
 259       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 260       {\r
 261         g.setColor(Color.black);\r
 262 \r
 263         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 264           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 265 \r
 266         if(av.scaleRightWrapped)\r
 267         {\r
 268           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 269           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 270           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 271         }\r
 272 \r
 273         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 274         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 275           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 276 \r
 277 \r
 278         // When printing we have an extra clipped region,\r
 279         // the Printable page which we need to account for here\r
 280         Shape clip = g.getClip();\r
 281         if(clip==null)\r
 282           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 283         else\r
 284           g.setClip(0,\r
 285                     (int)clip.getBounds().y,\r
 286                     cWidth*av.charWidth,\r
 287                     (int)clip.getBounds().height\r
 288                     );\r
 289 \r
 290         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 291         g.setClip(clip);\r
 292         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 293 \r
 294         ypos += cHeight;\r
 295         startRes += cWidth;\r
 296         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 297 \r
 298         if (endx > al.getWidth())\r
 299           endx = al.getWidth();\r
 300       }\r
 301 \r
 302   }\r
 303 \r
 304 \r
 305   synchronized public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 306 \r
 307     g.setFont(av.getFont());\r
 308     sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 309 \r
 310     SequenceI nextSeq;\r
 311 \r
 312     /// First draw the sequences\r
 313     /////////////////////////////\r
 314     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 315     {\r
 316      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 317 \r
 318      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 319                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 320                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 321                  av.charWidth,av.charHeight);\r
 322 \r
 323      if(av.showSequenceFeatures)\r
 324      {\r
 325        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 326                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 327                        offset +\r
 328                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 329                        av.charWidth, av.charHeight);\r
 330      }\r
 331     }\r
 332     //\r
 333     /////////////////////////////////////\r
 334 \r
 335     // Now outline any areas if necessary\r
 336     /////////////////////////////////////\r
 337     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 338     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 339 \r
 340     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 341     int groupIndex = -1;\r
 342     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 343     {\r
 344       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 345       groupIndex = 0;\r
 346     }\r
 347 \r
 348     if (group != null)\r
 349       do\r
 350       {\r
 351         int oldY = -1;\r
 352         int i = 0;\r
 353         boolean inGroup = false;\r
 354         int top=-1, bottom =-1;\r
 355         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 356         {\r
 357           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 358           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 359           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 360 \r
 361           if (sx < getSize().width\r
 362               && ex > 0\r
 363               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 364           {\r
 365             if (bottom == -1 && (i==av.alignment.getHeight()-1 ||\r
 366                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1))))\r
 367               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 368 \r
 369             if (!inGroup)\r
 370             {\r
 371               if (top == -1 && i==0 ||\r
 372                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 373                 top = sy;\r
 374 \r
 375 \r
 376               oldY = sy;\r
 377               inGroup = true;\r
 378               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 379               {\r
 380                     g.setColor(new Color(255,0,0));\r
 381               }\r
 382               else\r
 383               {\r
 384                     g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 385               }\r
 386             }\r
 387           }\r
 388           else\r
 389           {\r
 390             if (inGroup)\r
 391             {\r
 392               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 393               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 394 \r
 395               if (top != -1)\r
 396               {\r
 397                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 398                 top =-1;\r
 399               }\r
 400               if (bottom != -1)\r
 401               {\r
 402                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 403                 bottom = -1;\r
 404               }\r
 405 \r
 406 \r
 407               inGroup = false;\r
 408             }\r
 409           }\r
 410         }\r
 411 \r
 412         if (inGroup)\r
 413         {\r
 414 \r
 415           if(top!=-1)\r
 416           {\r
 417             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 418             top =-1;\r
 419           }\r
 420           if(bottom!=-1)\r
 421            {\r
 422              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 423              bottom = -1;\r
 424 \r
 425            }\r
 426           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 427           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 428           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 429           inGroup = false;\r
 430         }\r
 431         groupIndex++;\r
 432         if (groupIndex >= groups.size())\r
 433           break;\r
 434 \r
 435         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 436 \r
 437       }\r
 438       while (groupIndex < groups.size());\r
 439 \r
 440 \r
 441     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 442     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 443     if(displaySearch)\r
 444     {\r
 445       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 446       {\r
 447         int searchSeq = searchResults[r];\r
 448 \r
 449         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 450         {\r
 451           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 452 \r
 453           int searchStart = seq.findIndex( searchResults[r+1] )-1;\r
 454           int searchEnd =  seq.findIndex(  searchResults[r+2] )-1;\r
 455 \r
 456           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 457           if(searchStart<x1)\r
 458             searchStart = x1;\r
 459           if(searchEnd > x2)\r
 460             searchEnd = x2;\r
 461 \r
 462           ssr.drawHighlightedText(seq,\r
 463                                   searchStart,\r
 464                                   searchEnd,\r
 465                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 466                                   offset +\r
 467                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 468               av.charHeight),\r
 469                                   av.charWidth,\r
 470                                   av.charHeight);\r
 471         }\r
 472       }\r
 473     }\r
 474 \r
 475   }\r
 476 \r
 477 \r
 478 \r
 479   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 480   {\r
 481     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 482     if(results==null)\r
 483       displaySearch = false;\r
 484     else\r
 485       displaySearch = true;\r
 486 \r
 487     searchResults = results;\r
 488 \r
 489     repaint();\r
 490   }\r
 491 \r
 492 \r
 493 }\r