src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Image;
  37 import java.awt.Panel;
  38
  39 public class SeqCanvas extends Panel
  40 {
  41   FeatureRenderer fr;
  42
  43   SequenceRenderer sr;
  44
  45   Image img;
  46
  47   Graphics gg;
  48
  49   int imgWidth;
  50
  51   int imgHeight;
  52
  53   AlignViewport av;
  54
  55   boolean fastPaint = false;
  56
  57   int cursorX = 0;
  58
  59   int cursorY = 0;
  60
  61   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  62   {
  63     this.av = av;
  64     fr = new FeatureRenderer(av);
  65     sr = new SequenceRenderer(av);
  66     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  67     updateViewport();
  68   }
  69
  70   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  71
  72   private void updateViewport()
  73   {
  74     avcharHeight = av.getCharHeight();
  75     avcharWidth = av.getCharWidth();
  76   }
  77
  78   public AlignmentViewport getViewport()
  79   {
  80     return av;
  81   }
  82
  83   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  84   {
  85     return fr;
  86   }
  87
  88   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  89   {
  90     return sr;
  91   }
  92
  93   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  94   {
  95     updateViewport();
  96     g.setColor(Color.black);
  97     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
  98             endx))
  99     {
 100       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 101       if (mpos < 0)
 102       {
 103         continue;
 104       }
 105       String mstring = mark.text;
 106
 107       if (mark.major)
 108       {
 109         if (mstring != null)
 110         {
 111           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth, ypos
 112                   - (avcharHeight / 2));
 113         }
 114         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), (ypos + 2)
 115                 - (avcharHeight / 2), (mpos * avcharWidth)
 116                 + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 117       }
 118     }
 119   }
 120
 121   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 122   {
 123     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 124     ypos += avcharHeight;
 125     if (av.hasHiddenColumns())
 126     {
 127       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 128               .adjustForHiddenColumns(startx);
 129       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 130               .adjustForHiddenColumns(endx);
 131     }
 132
 133     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 134     if (av.hasHiddenColumns())
 135     {
 136       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 137               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 138     }
 139
 140     // WEST SCALE
 141     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 142     {
 143       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 144       int index = startx;
 145       int value = -1;
 146
 147       while (index < endx)
 148       {
 149         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 150         {
 151           index++;
 152
 153           continue;
 154         }
 155
 156         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 157
 158         break;
 159       }
 160
 161       if (value != -1)
 162       {
 163         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 164                 - avcharWidth / 2;
 165         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 166                 - (avcharHeight / 5));
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     ypos += avcharHeight;
 174
 175     if (av.hasHiddenColumns())
 176     {
 177       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 178               .adjustForHiddenColumns(endx);
 179     }
 180
 181     SequenceI seq;
 182     // EAST SCALE
 183     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 184     {
 185       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 186       int index = endx;
 187       int value = -1;
 188
 189       while (index > startx)
 190       {
 191         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 192         {
 193           index--;
 194
 195           continue;
 196         }
 197
 198         value = seq.findPosition(index);
 199
 200         break;
 201       }
 202
 203       if (value != -1)
 204       {
 205         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 206                 - (avcharHeight / 5));
 207       }
 208     }
 209   }
 210
 211   int lastsr = 0;
 212
 213   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 214   {
 215     if (fastPaint || gg == null)
 216     {
 217       return;
 218     }
 219
 220     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 221
 222     updateViewport();
 223
 224     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 225     // is faster than it can paint, so this check here catches
 226     // this possibility
 227     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 228     {
 229       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 230     }
 231
 232     lastsr = ranges.getStartRes();
 233
 234     fastPaint = true;
 235     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 236             - horizontal * avcharWidth,
 237             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 238             -vertical * avcharHeight);
 239
 240     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(), ss = ranges
 241             .getStartSeq(), es = ranges
 242             .getEndSeq(), transX = 0, transY = 0;
 243
 244     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 245     {
 246       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 247       sr = er - horizontal;
 248     }
 249     else if (horizontal < 0)
 250     {
 251       er = sr - horizontal;
 252     }
 253
 254     else if (vertical > 0) // scroll down
 255     {
 256       ss = es - vertical;
 257       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 258                                      // at a
 259                                  // time
 260       {
 261         ss = ranges.getStartSeq();
 262       }
 263       else
 264       {
 265         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 266       }
 267     }
 268     else if (vertical < 0)
 269     {
 270       es = ss - vertical;
 271       if (es > ranges.getEndSeq())
 272       {
 273         es = ranges.getEndSeq();
 274       }
 275     }
 276
 277     gg.translate(transX, transY);
 278
 279     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 280     gg.translate(-transX, -transY);
 281
 282     repaint();
 283
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 288    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 289    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 290    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 291    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 292    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 293    */
 294   @Override
 295   public void update(Graphics g)
 296   {
 297     paint(g);
 298   }
 299
 300   @Override
 301   public void paint(Graphics g)
 302   {
 303
 304     if (img != null
 305             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 306                     .getClipBounds().height)))
 307     {
 308       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 309       fastPaint = false;
 310       return;
 311     }
 312
 313     if (fastPaint)
 314     {
 315       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 316       fastPaint = false;
 317       return;
 318     }
 319
 320     updateViewport();
 321     // this draws the whole of the alignment
 322     imgWidth = this.getSize().width;
 323     imgHeight = this.getSize().height;
 324
 325     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 326     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 327
 328     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 329     {
 330       return;
 331     }
 332
 333     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 334             || imgHeight != img.getHeight(this))
 335     {
 336       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 337       gg = img.getGraphics();
 338       gg.setFont(av.getFont());
 339     }
 340
 341     gg.setColor(Color.white);
 342     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 343
 344     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 345
 346     if (av.getWrapAlignment())
 347     {
 348       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 349     }
 350     else
 351     {
 352       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 353               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 354     }
 355
 356     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 357
 358   }
 359
 360   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 361
 362   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 363   {
 364     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 365
 366     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 367
 368     LABEL_EAST = 0;
 369     LABEL_WEST = 0;
 370
 371     if (av.getScaleRightWrapped())
 372     {
 373       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 374     }
 375
 376     if (av.getScaleLeftWrapped())
 377     {
 378       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 379     }
 380
 381     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Generates a string of zeroes.
 386    *
 387    * @return String
 388    */
 389   String getMask()
 390   {
 391     String mask = "0";
 392     int maxWidth = 0;
 393     int tmp;
 394     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 395     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 396     {
 397       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 398       if (tmp > maxWidth)
 399       {
 400         maxWidth = tmp;
 401       }
 402     }
 403
 404     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 405     {
 406       mask += "0";
 407     }
 408     return mask;
 409   }
 410
 411   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 412           int canvasHeight, int startRes)
 413   {
 414     AlignmentI al = av.getAlignment();
 415
 416     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 417
 418     if (av.getScaleRightWrapped())
 419     {
 420       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 421     }
 422
 423     if (av.getScaleLeftWrapped())
 424     {
 425       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 426     }
 427
 428     int hgap = avcharHeight;
 429     if (av.getScaleAboveWrapped())
 430     {
 431       hgap += avcharHeight;
 432     }
 433
 434     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 435     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 436
 437     av.setWrappedWidth(cWidth);
 438
 439     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth);
 440
 441     int endx;
 442     int ypos = hgap;
 443
 444     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 445
 446     if (av.hasHiddenColumns())
 447     {
 448       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 449               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 450     }
 451
 452     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 453     {
 454       endx = startRes + cWidth - 1;
 455
 456       if (endx > maxwidth)
 457       {
 458         endx = maxwidth;
 459       }
 460
 461       g.setColor(Color.black);
 462
 463       if (av.getScaleLeftWrapped())
 464       {
 465         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 466       }
 467
 468       if (av.getScaleRightWrapped())
 469       {
 470         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 471         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 472         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 473       }
 474
 475       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 476
 477       if (av.getScaleAboveWrapped())
 478       {
 479         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 480       }
 481       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 482       {
 483         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 484         g.setColor(Color.blue);
 485         int res;
 486         for (int i = 0; i < hidden.getListOfCols()
 487                 .size(); i++)
 488         {
 489           res = hidden.findHiddenRegionPosition(i)
 490                   - startRes;
 491
 492           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 493           {
 494             continue;
 495           }
 496
 497           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 498               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 499                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 500                       ypos - (avcharHeight / 2),
 501                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 502
 503         }
 504       }
 505
 506       if (g.getClip() == null)
 507       {
 508         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 509       }
 510
 511       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 512       g.setClip(null);
 513
 514       if (av.isShowAnnotation())
 515       {
 516         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 517         if (annotations == null)
 518         {
 519           annotations = new AnnotationPanel(av);
 520         }
 521
 522         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 523         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 524       }
 525       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 526
 527       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 528
 529       startRes += cWidth;
 530     }
 531
 532   }
 533
 534   AnnotationPanel annotations;
 535
 536   int getAnnotationHeight()
 537   {
 538     if (!av.isShowAnnotation())
 539     {
 540       return 0;
 541     }
 542
 543     if (annotations == null)
 544     {
 545       annotations = new AnnotationPanel(av);
 546     }
 547
 548     return annotations.adjustPanelHeight();
 549   }
 550
 551   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 552           int startSeq, int endSeq, int offset)
 553   {
 554
 555     if (!av.hasHiddenColumns())
 556     {
 557       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 558     }
 559     else
 560     {
 561
 562       int screenY = 0;
 563       int blockStart = startRes;
 564       int blockEnd = endRes;
 565
 566       if (av.hasHiddenColumns())
 567       {
 568         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 569         for (int[] region : hidden.getListOfCols())
 570         {
 571           int hideStart = region[0];
 572           int hideEnd = region[1];
 573
 574           if (hideStart <= blockStart)
 575           {
 576             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 577             continue;
 578           }
 579
 580           blockEnd = hideStart - 1;
 581
 582           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 583
 584           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 585
 586           if (av.getShowHiddenMarkers())
 587           {
 588             g1.setColor(Color.blue);
 589             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 590                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 591                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 592                             + offset);
 593           }
 594
 595           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 596           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 597           blockStart = hideEnd + 1;
 598
 599           if (screenY > (endRes - startRes))
 600           {
 601             // already rendered last block
 602             return;
 603           }
 604         }
 605       }
 606       if (screenY <= (endRes - startRes))
 607       {
 608         // remaining visible region to render
 609         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 610         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 611         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 612
 613         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 614       }
 615     }
 616
 617   }
 618
 619   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 620   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 621   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 622           int offset)
 623   {
 624     g.setFont(av.getFont());
 625     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 626     updateViewport();
 627     SequenceI nextSeq;
 628
 629     // / First draw the sequences
 630     // ///////////////////////////
 631     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 632     {
 633       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 634
 635       if (nextSeq == null)
 636       {
 637         continue;
 638       }
 639
 640       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 641               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 642
 643       if (av.isShowSequenceFeatures())
 644       {
 645         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 646                 + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 647       }
 648
 649       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 650       // ////////////////////////////////////////////////////////
 651       if (av.hasSearchResults())
 652       {
 653         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 654                 startRes,
 655                 endRes);
 656         if (visibleResults != null)
 657         {
 658           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 659           {
 660             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 661                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 662                             * avcharWidth, offset
 663                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 664           }
 665         }
 666       }
 667
 668       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 669               && cursorX <= endRes)
 670       {
 671         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 672                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 673       }
 674     }
 675
 676     if (av.getSelectionGroup() != null
 677             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 678     {
 679       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 680     }
 681
 682   }
 683
 684   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 685           int startSeq, int endSeq, int offset)
 686   {
 687     //
 688     // ///////////////////////////////////
 689     // Now outline any areas if necessary
 690     // ///////////////////////////////////
 691     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 692
 693     int sx = -1;
 694     int sy = -1;
 695     int ex = -1;
 696     int groupIndex = -1;
 697
 698     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 699     {
 700       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 701       groupIndex = 0;
 702     }
 703
 704     if (group != null)
 705     {
 706       do
 707       {
 708         int oldY = -1;
 709         int i = 0;
 710         boolean inGroup = false;
 711         int top = -1;
 712         int bottom = -1;
 713         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 714
 715         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 716         {
 717           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 718           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 719           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 720
 721           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 722           {
 723             continue;
 724           }
 725
 726           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 727                   && group.getSequences(null).contains(
 728                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 729           {
 730             if ((bottom == -1)
 731                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 732                             .contains(
 733                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 734             {
 735               bottom = sy + avcharHeight;
 736             }
 737
 738             if (!inGroup)
 739             {
 740               if (((top == -1) && (i == 0))
 741                       || !group.getSequences(null).contains(
 742                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 743               {
 744                 top = sy;
 745               }
 746
 747               oldY = sy;
 748               inGroup = true;
 749
 750               if (group == av.getSelectionGroup())
 751               {
 752                 g.setColor(Color.red);
 753               }
 754               else
 755               {
 756                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 757               }
 758             }
 759           }
 760           else
 761           {
 762             if (inGroup)
 763             {
 764               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 765               {
 766                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 767               }
 768
 769               if (sx + ex < imgWidth)
 770               {
 771                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 772               }
 773
 774               if (sx < 0)
 775               {
 776                 ex += sx;
 777                 sx = 0;
 778               }
 779
 780               if (sx + ex > imgWidth)
 781               {
 782                 ex = imgWidth;
 783               }
 784
 785               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 786               {
 787                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 788               }
 789
 790               if (top != -1)
 791               {
 792                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 793                 top = -1;
 794               }
 795
 796               if (bottom != -1)
 797               {
 798                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 799                 bottom = -1;
 800               }
 801
 802               inGroup = false;
 803             }
 804           }
 805         }
 806
 807         if (inGroup)
 808         {
 809           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 810           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 811           {
 812             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 813           }
 814
 815           if (sx + ex < imgWidth)
 816           {
 817             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 818           }
 819
 820           if (sx < 0)
 821           {
 822             ex += sx;
 823             sx = 0;
 824           }
 825
 826           if (sx + ex > imgWidth)
 827           {
 828             ex = imgWidth;
 829           }
 830           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 831           {
 832             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 833           }
 834
 835           if (top != -1)
 836           {
 837             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 838             top = -1;
 839           }
 840
 841           if (bottom != -1)
 842           {
 843             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 844             bottom = -1;
 845           }
 846
 847           inGroup = false;
 848         }
 849
 850         groupIndex++;
 851
 852         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 853         {
 854           break;
 855         }
 856
 857         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 858       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 859
 860     }
 861   }
 862
 863   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 864   {
 865     av.setSearchResults(results);
 866     repaint();
 867   }
 868
 869 }