src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Panel;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.event.InputEvent;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.util.Vector;
  58
  59 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  60         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  61 {
  62
  63   public SeqCanvas seqCanvas;
  64
  65   public AlignmentPanel ap;
  66
  67   protected int lastres;
  68
  69   protected int startseq;
  70
  71   protected AlignViewport av;
  72
  73   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  74   // conservation
  75   boolean seqEditOccurred = false;
  76
  77   ScrollThread scrollThread = null;
  78
  79   boolean mouseDragging = false;
  80
  81   boolean editingSeqs = false;
  82
  83   boolean groupEditing = false;
  84
  85   int oldSeq = -1;
  86
  87   boolean changeEndSeq = false;
  88
  89   boolean changeStartSeq = false;
  90
  91   boolean changeEndRes = false;
  92
  93   boolean changeStartRes = false;
  94
  95   SequenceGroup stretchGroup = null;
  96
  97   StringBuffer keyboardNo1;
  98
  99   StringBuffer keyboardNo2;
 100
 101   boolean mouseWheelPressed = false;
 102
 103   Point lastMousePress;
 104
 105   EditCommand editCommand;
 106
 107   StructureSelectionManager ssm;
 108
 109   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 110   {
 111     this.av = avp;
 112
 113     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 114     setLayout(new BorderLayout());
 115     add(seqCanvas);
 116
 117     ap = p;
 118
 119     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 120     seqCanvas.addMouseListener(this);
 121     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 122     ssm.addStructureViewerListener(this);
 123     ssm.addSelectionListener(this);
 124
 125     seqCanvas.repaint();
 126   }
 127
 128   void endEditing()
 129   {
 130     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 131     {
 132       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 133       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 134               .getSequences());
 135     }
 136
 137     startseq = -1;
 138     lastres = -1;
 139     editingSeqs = false;
 140     groupEditing = false;
 141     keyboardNo1 = null;
 142     keyboardNo2 = null;
 143     editCommand = null;
 144   }
 145
 146   void setCursorRow()
 147   {
 148     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 149     scrollToVisible();
 150   }
 151
 152   void setCursorColumn()
 153   {
 154     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 155     scrollToVisible();
 156   }
 157
 158   void setCursorRowAndColumn()
 159   {
 160     if (keyboardNo2 == null)
 161     {
 162       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 163     }
 164     else
 165     {
 166       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 167       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 168       scrollToVisible();
 169     }
 170   }
 171
 172   void setCursorPosition()
 173   {
 174     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 175
 176     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 177     scrollToVisible();
 178   }
 179
 180   void moveCursor(int dx, int dy)
 181   {
 182     seqCanvas.cursorX += dx;
 183     seqCanvas.cursorY += dy;
 184     if (av.hasHiddenColumns()
 185             && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 186                     .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187     {
 188       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 189       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 190
 191       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 192               .isVisible(seqCanvas.cursorX)
 193               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX += dx;
 196       }
 197
 198       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 199               || !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 200                       .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 201       {
 202         seqCanvas.cursorX = original;
 203       }
 204     }
 205     scrollToVisible();
 206   }
 207
 208   void scrollToVisible()
 209   {
 210     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 211     {
 212       seqCanvas.cursorX = 0;
 213     }
 214     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 215     {
 216       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 217     }
 218
 219     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 220     {
 221       seqCanvas.cursorY = 0;
 222     }
 223     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 224     {
 225       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 226     }
 227
 228     endEditing();
 229     if (av.getWrapAlignment())
 230     {
 231       av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 232     }
 233     else
 234     {
 235       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 236       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 237       while (seqCanvas.cursorY < ranges.getStartSeq())
 238       {
 239         ranges.scrollUp(true);
 240       }
 241       while (seqCanvas.cursorY > ranges.getEndSeq())
 242       {
 243         ranges.scrollUp(false);
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX < hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 246               .getStartRes()))
 247       {
 248
 249         if (!ranges.scrollRight(false))
 250         {
 251           break;
 252         }
 253       }
 254       while (seqCanvas.cursorX > hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 255               .getEndRes()))
 256       {
 257         if (!ranges.scrollRight(true))
 258         {
 259           break;
 260         }
 261       }
 262     }
 263     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 264             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 265
 266     seqCanvas.repaint();
 267   }
 268
 269   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 270   {
 271     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 272
 273     if (av.getSelectionGroup() != null)
 274     {
 275       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 276       // Find the top and bottom of this group
 277       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 278       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 279       {
 280         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 281         if (index > max)
 282         {
 283           max = index;
 284         }
 285         if (index < min)
 286         {
 287           min = index;
 288         }
 289       }
 290
 291       max++;
 292
 293       if (topLeft)
 294       {
 295         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 296         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 297         {
 298           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 299         }
 300
 301         min = seqCanvas.cursorY;
 302       }
 303       else
 304       {
 305         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 306         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 307         {
 308           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 309         }
 310
 311         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 312       }
 313
 314       if (min > max)
 315       {
 316         // Only the user can do this
 317         av.setSelectionGroup(null);
 318       }
 319       else
 320       {
 321         // Now add any sequences between min and max
 322         sg.clear();
 323         for (int i = min; i < max; i++)
 324         {
 325           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 326         }
 327       }
 328     }
 329
 330     if (av.getSelectionGroup() == null)
 331     {
 332       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 333       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 334       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 335       sg.addSequence(sequence, false);
 336       av.setSelectionGroup(sg);
 337     }
 338     ap.paintAlignment(false);
 339     av.sendSelection();
 340   }
 341
 342   void insertGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX;
 347     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 352   {
 353     groupEditing = group;
 354     startseq = seqCanvas.cursorY;
 355     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 356     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 357     endEditing();
 358   }
 359
 360   void numberPressed(char value)
 361   {
 362     if (keyboardNo1 == null)
 363     {
 364       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 365     }
 366
 367     if (keyboardNo2 != null)
 368     {
 369       keyboardNo2.append(value);
 370     }
 371     else
 372     {
 373       keyboardNo1.append(value);
 374     }
 375   }
 376
 377   int getKeyboardNo1()
 378   {
 379     try
 380     {
 381       if (keyboardNo1 != null)
 382       {
 383         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 384         keyboardNo1 = null;
 385         return value;
 386       }
 387     } catch (Exception x)
 388     {
 389     }
 390     keyboardNo1 = null;
 391     return 1;
 392   }
 393
 394   int getKeyboardNo2()
 395   {
 396     try
 397     {
 398       if (keyboardNo2 != null)
 399       {
 400         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 401         keyboardNo2 = null;
 402         return value;
 403       }
 404     } catch (Exception x)
 405     {
 406     }
 407     keyboardNo2 = null;
 408     return 1;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Set status message in alignment panel
 413    *
 414    * @param sequence
 415    *          aligned sequence object
 416    * @param column
 417    *          alignment column
 418    * @param seq
 419    *          index of sequence in alignment
 420    * @return position of column in sequence or -1 if at gap
 421    */
 422   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int column, int seq)
 423   {
 424     // TODO remove duplication of identical gui method
 425     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 426     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 427     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 428
 429     String residue = null;
 430     /*
 431      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 432      */
 433     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 434     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 435     {
 436       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 437       if (residue != null)
 438       {
 439         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 440       }
 441     }
 442     else
 443     {
 444       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 445               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 446               .get(displayChar));
 447       if (residue != null)
 448       {
 449         text.append(" Residue: ").append(residue);
 450       }
 451     }
 452
 453     int pos = -1;
 454     if (residue != null)
 455     {
 456       pos = sequence.findPosition(column);
 457       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 458     }
 459
 460     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 465    * search results.
 466    *
 467    * @param results
 468    * @return true if results were matched, false if not
 469    */
 470   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 471   {
 472     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 473     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 474     if (sequenceIndex == -1)
 475     {
 476       return false;
 477     }
 478     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 479     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 480     {
 481       SequenceI seq = m.getSequence();
 482       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 483       {
 484         seq = seq.getDatasetSequence();
 485       }
 486
 487       if (seq == ds)
 488       {
 489         /*
 490          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 491          * index (base 0)
 492          */
 493         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 494         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 495         return true;
 496       }
 497     }
 498     return false;
 499   }
 500
 501   @Override
 502   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 503   {
 504     lastMousePress = evt.getPoint();
 505
 506     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 507     // As the Button2_mask always seems to be true
 508     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 509             && !av.MAC)
 510     {
 511       mouseWheelPressed = true;
 512       return;
 513     }
 514
 515     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 516     {
 517       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 518       {
 519         groupEditing = true;
 520       }
 521       editingSeqs = true;
 522     }
 523     else
 524     {
 525       doMousePressedDefineMode(evt);
 526       return;
 527     }
 528
 529     int seq = findSeq(evt);
 530     int res = findRes(evt);
 531
 532     if (seq < 0 || res < 0)
 533     {
 534       return;
 535     }
 536
 537     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 538             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 539     {
 540       startseq = seq;
 541       lastres = res;
 542     }
 543     else
 544     {
 545       startseq = -1;
 546       lastres = -1;
 547     }
 548
 549     return;
 550   }
 551
 552   @Override
 553   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 554   {
 555     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 556     if (evt.getClickCount() > 1)
 557     {
 558       if (av.getSelectionGroup() != null
 559               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 560               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 561                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 562       {
 563         av.setSelectionGroup(null);
 564       }
 565
 566       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 567               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 568
 569       if (features != null && features.length > 0)
 570       {
 571         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 572         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 573                 features[0].getEnd());
 574         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 575       }
 576       if (features != null && features.length > 0)
 577       {
 578         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 579                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 580
 581         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 582       }
 583     }
 584   }
 585
 586   @Override
 587   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 588   {
 589     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 590     mouseDragging = false;
 591     mouseWheelPressed = false;
 592
 593     if (!editingSeqs)
 594     {
 595       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 596       return;
 597     }
 598
 599     endEditing();
 600
 601   }
 602
 603   int startWrapBlock = -1;
 604
 605   int wrappedBlock = -1;
 606
 607   int findRes(MouseEvent evt)
 608   {
 609     int res = 0;
 610     int x = evt.getX();
 611
 612     if (av.getWrapAlignment())
 613     {
 614
 615       int hgap = av.getCharHeight();
 616       if (av.getScaleAboveWrapped())
 617       {
 618         hgap += av.getCharHeight();
 619       }
 620
 621       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 622               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 623
 624       int y = evt.getY();
 625       y -= hgap;
 626       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 627
 628       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 629       if (cwidth < 1)
 630       {
 631         return 0;
 632       }
 633
 634       wrappedBlock = y / cHeight;
 635       wrappedBlock += av.getRanges().getStartRes() / cwidth;
 636
 637       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 638
 639     }
 640     else
 641     {
 642       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 643     }
 644
 645     if (av.hasHiddenColumns())
 646     {
 647       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 648               .adjustForHiddenColumns(res);
 649     }
 650
 651     return res;
 652
 653   }
 654
 655   int findSeq(MouseEvent evt)
 656   {
 657     final int sqnum = findAlRow(evt);
 658     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 659   }
 660
 661   /**
 662    *
 663    * @param evt
 664    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 665    */
 666   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 667   {
 668     int seq = 0;
 669     int y = evt.getY();
 670
 671     if (av.getWrapAlignment())
 672     {
 673       int hgap = av.getCharHeight();
 674       if (av.getScaleAboveWrapped())
 675       {
 676         hgap += av.getCharHeight();
 677       }
 678
 679       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 680               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 681
 682       y -= hgap;
 683
 684       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 685               .getHeight() - 1);
 686       if (seq < 0)
 687       {
 688         seq = -1;
 689       }
 690     }
 691     else
 692     {
 693       seq = Math.min((y / av.getCharHeight())
 694               + av.getRanges().getStartSeq(),
 695               av
 696               .getAlignment().getHeight() - 1);
 697       if (seq < 0)
 698       {
 699         seq = -1;
 700       }
 701     }
 702
 703     return seq;
 704   }
 705
 706   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 707   {
 708
 709     int seq = findSeq(evt);
 710     int res = findRes(evt);
 711
 712     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 713             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 714     {
 715       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 716       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 717       // in the alignment
 718
 719       startseq = seq;
 720       lastres = res;
 721     }
 722     else
 723     {
 724       startseq = -1;
 725       lastres = -1;
 726     }
 727
 728     return;
 729   }
 730
 731   String lastMessage;
 732
 733   @Override
 734   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 735   {
 736     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 737     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 738     {
 739       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 740     }
 741
 742     lastMessage = tmp;
 743   }
 744
 745   @Override
 746   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 747   {
 748     if (av.isFollowHighlight())
 749     {
 750       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 751       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 752       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 753       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 754       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 755       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 756       {
 757         ap.alignFrame.repaint();
 758       }
 759       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 760     }
 761     setStatusMessage(results);
 762     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 763
 764   }
 765
 766   @Override
 767   public VamsasSource getVamsasSource()
 768   {
 769     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 770   }
 771
 772   @Override
 773   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 774   {
 775     System.out.println("update the seqPanel colours");
 776     // repaint();
 777   }
 778
 779   @Override
 780   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 781   {
 782     final int column = findRes(evt);
 783     int seq = findSeq(evt);
 784
 785     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || column < 0)
 786     {
 787       if (tooltip != null)
 788       {
 789         tooltip.setTip("");
 790       }
 791       return;
 792     }
 793
 794     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 795     if (column > sequence.getLength())
 796     {
 797       if (tooltip != null)
 798       {
 799         tooltip.setTip("");
 800       }
 801       return;
 802     }
 803
 804     final char ch = sequence.getCharAt(column);
 805     int respos = Comparison.isGap(ch) ? -1 : sequence.findPosition(column);
 806
 807     if (ssm != null && respos != -1)
 808     {
 809       mouseOverSequence(sequence, column, respos);
 810     }
 811
 812     StringBuilder text = new StringBuilder();
 813     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 814             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 815
 816     String obj = null;
 817     if (respos != -1)
 818     {
 819       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 820       {
 821         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 822         if (obj != null)
 823         {
 824           text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 825         }
 826       }
 827       else
 828       {
 829         obj = (ch == 'x' || ch == 'X') ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 830                 .get(String.valueOf(ch));
 831         if (obj != null)
 832         {
 833           text.append(" Residue: ").append(obj);
 834         }
 835       }
 836       if (obj != null)
 837       {
 838         text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 839       }
 840     }
 841
 842     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 843
 844     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 845     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 846     if (groups != null)
 847     {
 848       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 849       {
 850         if (groups[g].getStartRes() <= column && groups[g].getEndRes() >= column)
 851         {
 852           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 853                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 854           {
 855             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 856           }
 857           if (groups[g].getDescription() != null)
 858           {
 859             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 860           }
 861           tooltipText.append("\n");
 862         }
 863       }
 864     }
 865
 866     /*
 867      * add feature details to tooltip if over one or more features
 868      */
 869     if (respos != -1)
 870     {
 871       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 872               sequence.findPosition(column));
 873
 874       int index = 0;
 875       while (index < allFeatures.length)
 876       {
 877         SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 878
 879         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 880
 881         if (sf.getDescription() != null)
 882         {
 883           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 884         }
 885
 886         if (sf.getValue("status") != null)
 887         {
 888           String status = sf.getValue("status").toString();
 889           if (status.length() > 0)
 890           {
 891             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 892           }
 893         }
 894         tooltipText.append("\n");
 895
 896         index++;
 897       }
 898     }
 899
 900     if (tooltip == null)
 901     {
 902       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 903     }
 904     else
 905     {
 906       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 907     }
 908   }
 909
 910   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 911   {
 912     Vector tmp = new Vector();
 913     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 914     if (features != null)
 915     {
 916       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 917       {
 918         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 919                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 920                         features[i].getType()))
 921         {
 922           continue;
 923         }
 924
 925         if (features[i].featureGroup != null
 926                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 927                         features[i].featureGroup, false))
 928         {
 929           continue;
 930         }
 931
 932         if ((features[i].getBegin() <= res)
 933                 && (features[i].getEnd() >= res))
 934         {
 935           tmp.addElement(features[i]);
 936         }
 937       }
 938     }
 939
 940     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 941     tmp.copyInto(features);
 942
 943     return features;
 944   }
 945
 946   Tooltip tooltip;
 947
 948   /**
 949    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 950    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 951    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 952    * redraws can be applied
 953    */
 954   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 955
 956   @Override
 957   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 958   {
 959     if (mouseWheelPressed)
 960     {
 961       int oldWidth = av.getCharWidth();
 962
 963       // Which is bigger, left-right or up-down?
 964       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 965               - lastMousePress.x))
 966       {
 967         int fontSize = av.font.getSize();
 968
 969         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 970         {
 971           fontSize--;
 972         }
 973         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 974         {
 975           fontSize++;
 976         }
 977
 978         if (fontSize < 1)
 979         {
 980           fontSize = 1;
 981         }
 982
 983         av.setFont(
 984                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 985                 true);
 986         av.setCharWidth(oldWidth);
 987       }
 988       else
 989       {
 990         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 991         {
 992           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 993         }
 994         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 995         {
 996           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 997         }
 998
 999         if (av.getCharWidth() < 1)
1000         {
1001           av.setCharWidth(1);
1002         }
1003       }
1004
1005       ap.fontChanged();
1006
1007       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1008       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1009
1010       lastMousePress = evt.getPoint();
1011
1012       ap.paintAlignment(false);
1013       ap.annotationPanel.image = null;
1014       return;
1015     }
1016
1017     if (!editingSeqs)
1018     {
1019       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1020       return;
1021     }
1022
1023     int res = findRes(evt);
1024
1025     if (res < 0)
1026     {
1027       res = 0;
1028     }
1029
1030     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1031     {
1032       return;
1033     }
1034
1035     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1036     {
1037       // dragLeft, delete gap
1038       editSequence(false, res);
1039     }
1040     else
1041     {
1042       editSequence(true, res);
1043     }
1044
1045     mouseDragging = true;
1046     if (scrollThread != null)
1047     {
1048       scrollThread.setEvent(evt);
1049     }
1050
1051   }
1052
1053   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1054   {
1055     int fixedLeft = -1;
1056     int fixedRight = -1;
1057     boolean fixedColumns = false;
1058     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1059
1060     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1061
1062     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1063     {
1064       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1065       {
1066         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1067         groupEditing = true;
1068       }
1069     }
1070
1071     StringBuffer message = new StringBuffer();
1072     if (groupEditing)
1073     {
1074       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1075               ":");
1076       if (editCommand == null)
1077       {
1078         editCommand = new EditCommand(
1079                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1080       }
1081     }
1082     else
1083     {
1084       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1085               .append(" " + seq.getName());
1086       String label = seq.getName();
1087       if (label.length() > 10)
1088       {
1089         label = label.substring(0, 10);
1090       }
1091       if (editCommand == null)
1092       {
1093         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1094                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1095       }
1096     }
1097
1098     if (insertGap)
1099     {
1100       message.append(" insert ");
1101     }
1102     else
1103     {
1104       message.append(" delete ");
1105     }
1106
1107     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1108     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1109
1110     // Are we editing within a selection group?
1111     if (groupEditing
1112             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1113                     .contains(seq)))
1114     {
1115       fixedColumns = true;
1116
1117       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1118       // but the sequence represents a group
1119       if (sg == null)
1120       {
1121         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1122         {
1123           endEditing();
1124           return;
1125         }
1126
1127         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1128       }
1129
1130       fixedLeft = sg.getStartRes();
1131       fixedRight = sg.getEndRes();
1132
1133       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1134               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1135               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1136               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1137       {
1138         endEditing();
1139         return;
1140       }
1141
1142       if (fixedLeft > startres)
1143       {
1144         fixedRight = fixedLeft - 1;
1145         fixedLeft = 0;
1146       }
1147       else if (fixedRight < startres)
1148       {
1149         fixedLeft = fixedRight;
1150         fixedRight = -1;
1151       }
1152     }
1153
1154     if (av.hasHiddenColumns())
1155     {
1156       fixedColumns = true;
1157       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1158               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1159       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1160               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1161
1162       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1163               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1164       {
1165         endEditing();
1166         return;
1167       }
1168
1169       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1170       // Selection spans a hidden region
1171       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1172       {
1173         if (startres >= y2)
1174         {
1175           fixedLeft = y2;
1176         }
1177         else
1178         {
1179           fixedRight = y2 - 1;
1180         }
1181       }
1182     }
1183
1184     if (groupEditing)
1185     {
1186       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1187               .toArray(new SequenceI[0]);
1188
1189       // drag to right
1190       if (insertGap)
1191       {
1192         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1193         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1194         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1195                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1196         {
1197           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1198           fixedRight = sg.getEndRes();
1199         }
1200
1201         // Is it valid with fixed columns??
1202         // Find the next gap before the end
1203         // of the visible region boundary
1204         boolean blank = false;
1205         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1206         {
1207           blank = true;
1208
1209           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1210           {
1211             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1212             {
1213               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1214                       - j)))
1215               {
1216                 blank = false;
1217                 break;
1218               }
1219             }
1220           }
1221           if (blank)
1222           {
1223             break;
1224           }
1225         }
1226
1227         if (!blank)
1228         {
1229           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1230           {
1231             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1232                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1233             {
1234               endEditing();
1235               return;
1236             }
1237
1238             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1239             if (av.hasHiddenRows())
1240             {
1241               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1242                       .getWidth();
1243               if (hwidth > alWidth)
1244               {
1245                 alWidth = hwidth;
1246               }
1247             }
1248             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1249             // contains all the sequences
1250             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1251             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1252           }
1253           else
1254           {
1255             endEditing();
1256             return;
1257           }
1258         }
1259       }
1260
1261       // drag to left
1262       else if (!insertGap)
1263       {
1264         // / Are we able to delete?
1265         // ie are all columns blank?
1266
1267         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1268         {
1269           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1270           {
1271             if (gs.getLength() <= j)
1272             {
1273               continue;
1274             }
1275
1276             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1277             {
1278               // Not a gap, block edit not valid
1279               endEditing();
1280               return;
1281             }
1282           }
1283         }
1284       }
1285
1286       if (insertGap)
1287       {
1288         // dragging to the right
1289         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1290         {
1291           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1292           {
1293             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1294           }
1295         }
1296         else
1297         {
1298           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1299                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1300         }
1301       }
1302       else
1303       {
1304         // dragging to the left
1305         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1306         {
1307           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1308           {
1309             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1310           }
1311         }
1312         else
1313         {
1314           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1315                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1316         }
1317
1318       }
1319     }
1320     else
1321     // ///Editing a single sequence///////////
1322     {
1323       if (insertGap)
1324       {
1325         // dragging to the right
1326         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1327         {
1328           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1329           {
1330             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1331           }
1332         }
1333         else
1334         {
1335           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1336                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1337                   av.getAlignment(), true);
1338         }
1339       }
1340       else
1341       {
1342         // dragging to the left
1343         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1344         {
1345           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1346           {
1347             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1348             {
1349               endEditing();
1350               break;
1351             }
1352             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1353           }
1354         }
1355         else
1356         {
1357           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1358           int max = 0;
1359           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1360           {
1361             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1362             {
1363               break;
1364             }
1365             max++;
1366           }
1367
1368           if (max > 0)
1369           {
1370             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1371                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1372                     av.getAlignment(), true);
1373           }
1374         }
1375       }
1376     }
1377
1378     lastres = startres;
1379     seqCanvas.repaint();
1380   }
1381
1382   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1383   {
1384     int blankColumn = fixedColumn;
1385     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1386     {
1387       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1388       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1389
1390       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1391       {
1392         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1393         {
1394           // Theres a space, so break and insert the gap
1395           break;
1396         }
1397       }
1398
1399       if (blankColumn <= j)
1400       {
1401         blankColumn = fixedColumn;
1402         endEditing();
1403         return;
1404       }
1405     }
1406
1407     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1408             av.getAlignment(), true);
1409
1410     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1411             true);
1412
1413   }
1414
1415   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1416   {
1417
1418     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1419             true);
1420
1421     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1422             av.getAlignment(), true);
1423   }
1424
1425   // ////////////////////////////////////////
1426   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1427   // ////////////////////////////////////////
1428   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1429   {
1430     if (scrollThread != null)
1431     {
1432       scrollThread.running = false;
1433       scrollThread = null;
1434     }
1435
1436     int res = findRes(evt);
1437     int seq = findSeq(evt);
1438     oldSeq = seq;
1439     startWrapBlock = wrappedBlock;
1440
1441     if (seq == -1)
1442     {
1443       return;
1444     }
1445
1446     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1447
1448     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1449     {
1450       return;
1451     }
1452
1453     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1454
1455     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1456     {
1457       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1458       if (stretchGroup != null)
1459       {
1460         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1461         // focus on
1462         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1463       }
1464     }
1465
1466     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1467     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1468     {
1469       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1470               sequence.findPosition(res));
1471
1472       Vector<String> links = null;
1473       if (allFeatures != null)
1474       {
1475         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1476         {
1477           if (allFeatures[i].links != null)
1478           {
1479             if (links == null)
1480             {
1481               links = new Vector<>();
1482             }
1483             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1484             {
1485               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1486             }
1487           }
1488         }
1489       }
1490       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1491       this.add(popup);
1492       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1493       return;
1494     }
1495
1496     if (av.cursorMode)
1497     {
1498       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1499       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1500       seqCanvas.repaint();
1501       return;
1502     }
1503
1504     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1505
1506     if (stretchGroup == null)
1507     {
1508       // define a new group here
1509       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1510       sg.setStartRes(res);
1511       sg.setEndRes(res);
1512       sg.addSequence(sequence, false);
1513       av.setSelectionGroup(sg);
1514       stretchGroup = sg;
1515
1516       if (av.getConservationSelected())
1517       {
1518         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1519                 ap.getViewName());
1520       }
1521       if (av.getAbovePIDThreshold())
1522       {
1523         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1524                 ap.getViewName());
1525       }
1526
1527     }
1528   }
1529
1530   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1531   {
1532     if (stretchGroup == null)
1533     {
1534       return;
1535     }
1536     // always do this - annotation has own state
1537     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1538     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1539     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1540     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1541             && afterDrag;
1542     if (stretchGroup.cs != null)
1543     {
1544       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1545               av.getHiddenRepSequences());
1546
1547       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1548       {
1549         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1550                 stretchGroup.getName());
1551       }
1552       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1553       {
1554         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1555                 stretchGroup.getName());
1556       }
1557     }
1558     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1559     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1560     needOverviewUpdate = false;
1561     changeEndRes = false;
1562     changeStartRes = false;
1563     stretchGroup = null;
1564     av.sendSelection();
1565   }
1566
1567   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1568   {
1569     int res = findRes(evt);
1570     int y = findSeq(evt);
1571
1572     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1573     {
1574       return;
1575     }
1576
1577     if (stretchGroup == null)
1578     {
1579       return;
1580     }
1581
1582     mouseDragging = true;
1583
1584     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1585     {
1586       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1587     }
1588
1589     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1590     {
1591       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1592     }
1593
1594     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1595     {
1596       // Edit end res position of selected group
1597       changeEndRes = true;
1598     }
1599     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1600     {
1601       // Edit start res position of selected group
1602       changeStartRes = true;
1603     }
1604
1605     if (res < 0)
1606     {
1607       res = 0;
1608     }
1609
1610     if (changeEndRes)
1611     {
1612       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1613       {
1614         stretchGroup.setEndRes(res);
1615         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1616       }
1617     }
1618     else if (changeStartRes)
1619     {
1620       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1621       {
1622         stretchGroup.setStartRes(res);
1623         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1624       }
1625     }
1626
1627     int dragDirection = 0;
1628
1629     if (y > oldSeq)
1630     {
1631       dragDirection = 1;
1632     }
1633     else if (y < oldSeq)
1634     {
1635       dragDirection = -1;
1636     }
1637
1638     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1639             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1640     {
1641       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1642       // selection is quite slow.
1643       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1644
1645       oldSeq += dragDirection;
1646
1647       if (oldSeq < 0)
1648       {
1649         break;
1650       }
1651
1652       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1653
1654       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1655       {
1656         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1657         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1658       }
1659       else
1660       {
1661         if (seq != null)
1662         {
1663           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1664         }
1665
1666         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1667         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1668       }
1669     }
1670
1671     if (oldSeq < 0)
1672     {
1673       oldSeq = -1;
1674     }
1675
1676     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1677             || res < av.getRanges().getStartRes()
1678             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1679             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1680     {
1681       mouseExited(evt);
1682     }
1683
1684     if (scrollThread != null)
1685     {
1686       scrollThread.setEvent(evt);
1687     }
1688
1689     seqCanvas.repaint();
1690   }
1691
1692   @Override
1693   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1694   {
1695     if (oldSeq < 0)
1696     {
1697       oldSeq = 0;
1698     }
1699
1700     if (scrollThread != null)
1701     {
1702       scrollThread.running = false;
1703       scrollThread = null;
1704     }
1705   }
1706
1707   @Override
1708   public void mouseExited(MouseEvent e)
1709   {
1710     if (av.getWrapAlignment())
1711     {
1712       return;
1713     }
1714
1715     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1716     {
1717       scrollThread = new ScrollThread();
1718     }
1719   }
1720
1721   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1722   {
1723     if (evt == null)
1724     {
1725       if (scrollThread != null)
1726       {
1727         scrollThread.running = false;
1728         scrollThread = null;
1729       }
1730       mouseDragging = false;
1731     }
1732     else
1733     {
1734       if (scrollThread == null)
1735       {
1736         scrollThread = new ScrollThread();
1737       }
1738
1739       mouseDragging = true;
1740       scrollThread.setEvent(evt);
1741     }
1742
1743   }
1744
1745   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1746   class ScrollThread extends Thread
1747   {
1748     MouseEvent evt;
1749
1750     boolean running = false;
1751
1752     public ScrollThread()
1753     {
1754       start();
1755     }
1756
1757     public void setEvent(MouseEvent e)
1758     {
1759       evt = e;
1760     }
1761
1762     public void stopScrolling()
1763     {
1764       running = false;
1765     }
1766
1767     @Override
1768     public void run()
1769     {
1770       running = true;
1771       while (running)
1772       {
1773
1774         if (evt != null)
1775         {
1776
1777           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1778                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1779           {
1780             running = av.getRanges().scrollUp(true);
1781           }
1782
1783           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1784                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges()
1785                           .getEndSeq())
1786           {
1787             running = av.getRanges().scrollUp(false);
1788           }
1789
1790           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1791           {
1792             running = av.getRanges().scrollRight(false);
1793           }
1794
1795           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1796           {
1797             running = av.getRanges().scrollRight(true);
1798           }
1799         }
1800
1801         try
1802         {
1803           Thread.sleep(75);
1804         } catch (Exception ex)
1805         {
1806         }
1807       }
1808     }
1809   }
1810
1811   /**
1812    * modify current selection according to a received message.
1813    */
1814   @Override
1815   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1816           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1817   {
1818     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1819     // handles selection messages...
1820     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1821     // shared between viewports.
1822     if (av != null
1823             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1824                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1825     {
1826       return;
1827     }
1828
1829     /*
1830      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1831      * complement.
1832      */
1833     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1834     {
1835       return;
1836     }
1837
1838     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1839     // suspect)
1840     /*
1841      * only copy colsel if there is a real intersection between
1842      * sequence selection and this panel's alignment
1843      */
1844     boolean repaint = false;
1845     boolean copycolsel = false;
1846     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1847     {
1848       SequenceGroup sgroup = null;
1849       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1850       {
1851         if (av.getAlignment() == null)
1852         {
1853           System.out
1854                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1855                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1856                           + av.getViewId()
1857                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1858           return;
1859         }
1860         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1861                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1862         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1863         {
1864           copycolsel = true;
1865         }
1866       }
1867       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1868       {
1869         av.setSelectionGroup(sgroup);
1870       }
1871       else
1872       {
1873         av.setSelectionGroup(null);
1874       }
1875       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1876     }
1877     if (copycolsel
1878             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1879                     .isColSelChanged(true)))
1880     {
1881       // the current selection is unset or from a previous message
1882       // so import the new colsel.
1883       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1884       {
1885         if (av.getColumnSelection() != null)
1886         {
1887           av.getColumnSelection().clear();
1888         }
1889       }
1890       else
1891       {
1892         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1893         if (av.getColumnSelection() == null)
1894         {
1895           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1896         }
1897         else
1898         {
1899           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1900                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1901         }
1902       }
1903       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1904     }
1905     if (copycolsel
1906             && av.hasHiddenColumns()
1907             && (av.getColumnSelection() == null || av.getAlignment()
1908                     .getHiddenColumns().getHiddenRegions() == null))
1909     {
1910       System.err.println("Bad things");
1911     }
1912     if (repaint)
1913     {
1914       ap.scalePanelHolder.repaint();
1915       ap.repaint();
1916     }
1917   }
1918
1919   /**
1920    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1921    *
1922    * @param row
1923    * @param column
1924    */
1925   public void scrollTo(int row, int column)
1926   {
1927
1928     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1929     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1930     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1931   }
1932
1933   /**
1934    * scroll to the given row - or nearest visible location
1935    *
1936    * @param row
1937    */
1938   public void scrollToRow(int row)
1939   {
1940
1941     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1942     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(), ap.av.getRanges()
1943             .getStartRes(), row, true, true);
1944   }
1945
1946   /**
1947    * scroll to the given column - or nearest visible location
1948    *
1949    * @param column
1950    */
1951   public void scrollToColumn(int column)
1952   {
1953
1954     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1955     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true, true);
1956   }
1957
1958   /**
1959    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1960    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1961    * returns false.
1962    *
1963    * @param seqsel
1964    * @param colsel
1965    * @param source
1966    */
1967   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1968           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1969           SelectionSource source)
1970   {
1971     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1972     {
1973       return false;
1974     }
1975     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1976     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1977             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1978     {
1979       return false;
1980     }
1981
1982     /*
1983      * Map sequence selection
1984      */
1985     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1986     av.setSelectionGroup(sg);
1987     av.isSelectionGroupChanged(true);
1988
1989     /*
1990      * Map column selection
1991      */
1992     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1993     // av);
1994     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
1995     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
1996     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
1997     av.setColumnSelection(cs);
1998     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
1999
2000     ap.scalePanelHolder.repaint();
2001     ap.repaint();
2002
2003     return true;
2004   }
2005
2006 }