src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int startWrapBlock=-1;\r
 156   int wrappedBlock=-1;\r
 157   int findRes(MouseEvent evt)\r
 158  {\r
 159    int res = 0;\r
 160    int x = evt.getX();\r
 161 \r
 162   if (av.wrapAlignment)\r
 163   {\r
 164 \r
 165     int hgap = av.charHeight;\r
 166     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 167       hgap += av.charHeight;\r
 168 \r
 169     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 170         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 171 \r
 172       int y = evt.getY();\r
 173       y -= hgap;\r
 174       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 175 \r
 176 \r
 177       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 178 \r
 179       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 180       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 181 \r
 182       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 183 \r
 184   }\r
 185   else\r
 186   {\r
 187       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 188   }\r
 189 \r
 190   return res;\r
 191 \r
 192  }\r
 193 \r
 194  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 195  {\r
 196 \r
 197    int seq = 0;\r
 198    int y = evt.getY();\r
 199 \r
 200    if (av.wrapAlignment)\r
 201    {\r
 202      int hgap = av.charHeight;\r
 203      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 204        hgap += av.charHeight;\r
 205 \r
 206      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 207          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 208 \r
 209        y -= hgap;\r
 210 \r
 211      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 212    }\r
 213    else\r
 214    {\r
 215      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 216    }\r
 217 \r
 218    return seq;\r
 219  }\r
 220 \r
 221 \r
 222   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 223   {\r
 224     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 225         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 226 \r
 227     int seq = findSeq(evt);\r
 228     int res = findRes(evt);\r
 229 \r
 230     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 231         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 232     {\r
 233       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 234       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 235       // in the alignment\r
 236 \r
 237       startseq = seq;\r
 238       lastres = res;\r
 239     }\r
 240     else\r
 241     {\r
 242       startseq = -1;\r
 243       lastres = -1;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     return;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 250   {\r
 251     int res = findRes(evt);\r
 252     int seq = findSeq(evt);\r
 253 \r
 254     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 255     {\r
 256       return;\r
 257     }\r
 258 \r
 259     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 260     if (res > sequence.getLength())\r
 261     {\r
 262       return;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 266             sequence.getName());\r
 267 \r
 268     Object obj = null;\r
 269     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 270     {\r
 271       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 272           "");\r
 273       if(obj!=null)\r
 274         text.append(" Nucleotide: ");\r
 275     }\r
 276     else\r
 277     {\r
 278       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 279       if(obj!=null)\r
 280         text.append("  Residue: ");\r
 281     }\r
 282 \r
 283     if (obj != null)\r
 284     {\r
 285 \r
 286       if (obj != "")\r
 287       {\r
 288         text.append(obj + " (" +\r
 289                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 290       }\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 294     {\r
 295       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 296     }\r
 297 \r
 298     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 299 \r
 300     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 301     if (av.showSequenceFeatures)\r
 302     {\r
 303       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 304       Enumeration e = features.elements();\r
 305       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 306 \r
 307       while (e.hasMoreElements())\r
 308       {\r
 309         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 310         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 311             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 312         {\r
 313           if (sbuffer.length() > 0)\r
 314           {\r
 315             sbuffer.append("; ");\r
 316           }\r
 317           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 318           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 319           {\r
 320             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 321           }\r
 322         }\r
 323 \r
 324       }\r
 325     }\r
 326 \r
 327   }\r
 328 \r
 329   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 330   {\r
 331 \r
 332     // If we're dragging we're editing\r
 333     int res = findRes(evt);\r
 334     if (res < 0)\r
 335     {\r
 336       res = 0;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 340     {\r
 341       return;\r
 342     }\r
 343 \r
 344     boolean dragRight = true;\r
 345     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 346     {\r
 347       dragRight = false;\r
 348     }\r
 349 \r
 350     if (res != lastres)\r
 351     {\r
 352       // Group editing\r
 353       if (groupEditing)\r
 354       {\r
 355         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 356         if (sg == null)\r
 357         {\r
 358           lastres = -1;\r
 359           return;\r
 360         }\r
 361 \r
 362         // drag to right\r
 363         if (dragRight)\r
 364         {\r
 365           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 366         }\r
 367 \r
 368         // drag to left\r
 369         else\r
 370         {\r
 371           /// Are we able to delete?\r
 372           // ie are all columns blank?\r
 373           boolean deleteAllowed = false;\r
 374           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 375           {\r
 376             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 377             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 378             {\r
 379               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 380               {\r
 381                 continue;\r
 382               }\r
 383 \r
 384               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 385               {\r
 386                 // Not a gap, block edit not valid\r
 387                 res = j + 1;\r
 388                 deleteAllowed = false;\r
 389                 continue;\r
 390               }\r
 391               deleteAllowed = true;\r
 392             }\r
 393           }\r
 394 \r
 395           if (!deleteAllowed)\r
 396           {\r
 397             lastres = -1;\r
 398             return;\r
 399           }\r
 400 \r
 401           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 402         }\r
 403 \r
 404         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 405         {\r
 406           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 407           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 408 \r
 409           // drag to right\r
 410           if (dragRight)\r
 411           {\r
 412             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 413             {\r
 414               insertChar(j, k);\r
 415             }\r
 416           }\r
 417 \r
 418           // drag to left\r
 419           else\r
 420           {\r
 421             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 422             {\r
 423               if (s.getLength() > j)\r
 424               {\r
 425                 deleteChar(res, k);\r
 426               }\r
 427             }\r
 428           }\r
 429         }\r
 430       }\r
 431       else /////Editing a single sequence///////////\r
 432       {\r
 433         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 434         {\r
 435           // dragging to the right\r
 436           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 437           {\r
 438             insertChar(j, startseq);\r
 439           }\r
 440         }\r
 441         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 442         {\r
 443           // dragging to the left\r
 444           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 445           {\r
 446             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 447                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 448             {\r
 449 \r
 450               deleteChar(res, startseq);\r
 451             }\r
 452             else\r
 453             {\r
 454 \r
 455               break;\r
 456             }\r
 457           }\r
 458         }\r
 459 \r
 460       }\r
 461     }\r
 462 \r
 463     endEdit = res;\r
 464     lastres = res;\r
 465     seqCanvas.repaint();\r
 466   }\r
 467 \r
 468   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 469   {\r
 470     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 471                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 472     seqCanvas.repaint();\r
 473   }\r
 474 \r
 475   public void insertChar(int j, int seq)\r
 476   {\r
 477     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 478     seqEditOccurred = seq;\r
 479   }\r
 480 \r
 481   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 482   {\r
 483 \r
 484     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 485     seqEditOccurred = seq;\r
 486     av.alignment.getWidth();\r
 487     repaint();\r
 488   }\r
 489 \r
 490   void editOccurred(int i)\r
 491   {\r
 492     if (endEdit == startEdit)\r
 493     {\r
 494         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 495         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 496     }\r
 497 \r
 498     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 499   }\r
 500 \r
 501 //////////////////////////////////////////\r
 502 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 503 //////////////////////////////////////////\r
 504   int oldSeq = -1;\r
 505   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 506   {\r
 507     int res = findRes(evt);\r
 508     int seq = findSeq(evt);\r
 509     oldSeq = seq;\r
 510     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 511 \r
 512     if(seq==-1)\r
 513       return;\r
 514 \r
 515     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 516 \r
 517     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 518     {\r
 519       return;\r
 520     }\r
 521 \r
 522     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 523 \r
 524     if (stretchGroup == null)\r
 525     {\r
 526       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 527       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 528           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 529       {\r
 530         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 531       }\r
 532       else\r
 533       {\r
 534         stretchGroup = null;\r
 535       }\r
 536     }\r
 537 \r
 538     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 539              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 540              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 541     {\r
 542       stretchGroup = null;\r
 543 \r
 544       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 545 \r
 546       if (allGroups != null)\r
 547       {\r
 548         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 549         {\r
 550           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 551               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 552           {\r
 553             stretchGroup = allGroups[i];\r
 554             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 555             break;\r
 556           }\r
 557         }\r
 558       }\r
 559     }\r
 560 \r
 561     if (stretchGroup == null)\r
 562     {\r
 563       // define a new group here\r
 564       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 565       sg.setStartRes(res);\r
 566       sg.setEndRes(res);\r
 567       sg.addSequence(sequence, false);\r
 568       av.setSelectionGroup(sg);\r
 569       stretchGroup = sg;\r
 570 \r
 571       if (av.getConservationSelected())\r
 572       {\r
 573         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 574                                           "Background");\r
 575       }\r
 576       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 577       {\r
 578         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 579                                        "Background");\r
 580       }\r
 581 \r
 582     }\r
 583 \r
 584     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 585     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 586              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 587     {\r
 588       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 589       this.add(popup);\r
 590       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 591     }\r
 592 \r
 593     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 594     {\r
 595       // Edit end res position of selected group\r
 596       changeEndRes = true;\r
 597     }\r
 598 \r
 599     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 600     {\r
 601       // Edit end res position of selected group\r
 602       changeStartRes = true;\r
 603     }\r
 604 \r
 605   }\r
 606 \r
 607   boolean changeEndSeq = false;\r
 608   boolean changeStartSeq = false;\r
 609   boolean changeEndRes = false;\r
 610   boolean changeStartRes = false;\r
 611   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 612 \r
 613   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 614   {\r
 615     if(mouseDragging)\r
 616      {\r
 617        stretchGroup.recalcConservation();\r
 618        mouseDragging = false;\r
 619      }\r
 620 \r
 621     if (stretchGroup == null)\r
 622     {\r
 623       return;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 627     {\r
 628       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 629       {\r
 630         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 631                                           stretchGroup.getName());\r
 632       }\r
 633       else\r
 634       {\r
 635         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 636                                        stretchGroup.getName());\r
 637       }\r
 638     }\r
 639     changeEndRes = false;\r
 640     changeStartRes = false;\r
 641     stretchGroup = null;\r
 642     seqCanvas.repaint();\r
 643     ap.repaint();\r
 644   }\r
 645 \r
 646   boolean remove = false;\r
 647   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 648   {\r
 649     int res = findRes(evt);\r
 650     int y = findSeq(evt);\r
 651 \r
 652     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 653         return;\r
 654 \r
 655     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 656       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 657 \r
 658     if (stretchGroup == null)\r
 659     {\r
 660       return;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 664     {\r
 665       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 666     }\r
 667 \r
 668     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 669     {\r
 670       // Edit end res position of selected group\r
 671       changeEndRes = true;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 675     {\r
 676       // Edit start res position of selected group\r
 677       changeStartRes = true;\r
 678     }\r
 679 \r
 680     if (res < av.getStartRes())\r
 681     {\r
 682       res = av.getStartRes();\r
 683     }\r
 684     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 685     {\r
 686       res = av.getEndRes();\r
 687     }\r
 688 \r
 689     if (changeEndRes)\r
 690     {\r
 691       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 692       {\r
 693         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 694       }\r
 695     }\r
 696     else if (changeStartRes)\r
 697     {\r
 698       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 699       {\r
 700         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 701       }\r
 702     }\r
 703 \r
 704     int dragDirection = 0;\r
 705     if (y > oldSeq)\r
 706     {\r
 707       dragDirection = 1;\r
 708     }\r
 709     else if (y < oldSeq)\r
 710     {\r
 711       dragDirection = -1;\r
 712     }\r
 713 \r
 714     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 715     {\r
 716       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 717       // selection is quite slow.\r
 718       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 719 \r
 720       oldSeq += dragDirection;\r
 721       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 722 \r
 723       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 724       {\r
 725         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 726       }\r
 727       else\r
 728       {\r
 729         if (seq != null)\r
 730         {\r
 731           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 732         }\r
 733         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 734       }\r
 735     }\r
 736     oldSeq = y;\r
 737     mouseDragging = true;\r
 738     if (scrollThread != null)\r
 739     {\r
 740       scrollThread.setEvent(evt);\r
 741     }\r
 742 \r
 743     seqCanvas.repaint();\r
 744   }\r
 745 \r
 746   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 747   {\r
 748     if (scrollThread != null)\r
 749     {\r
 750       scrollThread.running = false;\r
 751     }\r
 752   }\r
 753 \r
 754   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 755   {\r
 756     if (mouseDragging)\r
 757     {\r
 758       scrollThread = new ScrollThread();\r
 759     }\r
 760   }\r
 761 \r
 762   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 763   class ScrollThread\r
 764       extends Thread\r
 765   {\r
 766     MouseEvent evt;\r
 767     boolean running = false;\r
 768     public ScrollThread()\r
 769     {\r
 770       start();\r
 771     }\r
 772 \r
 773     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 774     {\r
 775       evt = e;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     public void stopScrolling()\r
 779     {\r
 780       running = false;\r
 781     }\r
 782 \r
 783     public void run()\r
 784     {\r
 785       running = true;\r
 786       while (running)\r
 787       {\r
 788         if (evt != null)\r
 789         {\r
 790 \r
 791           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 792           {\r
 793             running = ap.scrollUp(true);\r
 794           }\r
 795 \r
 796           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 797               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 798           {\r
 799             running = ap.scrollUp(false);\r
 800           }\r
 801 \r
 802           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 803           {\r
 804             running = ap.scrollRight(true);\r
 805           }\r
 806 \r
 807           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 808           {\r
 809             running = ap.scrollRight(false);\r
 810           }\r
 811         }\r
 812 \r
 813         try\r
 814         {\r
 815           Thread.sleep(75);\r
 816         }\r
 817         catch (Exception ex)\r
 818         {}\r
 819       }\r
 820     }\r
 821   }\r
 822 \r
 823 }\r