src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends Panel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18   int startEdit=-1;\r
  19   int endEdit=-1;\r
  20 \r
  21   protected AlignViewport av;\r
  22 \r
  23   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  24   int seqEditOccurred = -1;\r
  25 \r
  26   ScrollThread scrollThread = null;\r
  27   boolean mouseDragging = false;\r
  28 \r
  29   boolean editingSeqs = false;\r
  30   boolean groupEditing = false;\r
  31 \r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     seqCanvas.addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if( editingSeqs )\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     seqCanvas.addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(editingSeqs)\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72 \r
  73       }\r
  74       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if(av.getWrapAlignment())\r
  77          return;\r
  78         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  79         {\r
  80           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  81             groupEditing = true;\r
  82 \r
  83           editingSeqs = true;\r
  84           doMousePressed(evt);\r
  85         }\r
  86         else\r
  87           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  88       }\r
  89       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  92                 return;\r
  93               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  94 \r
  95       }\r
  96       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  99           return;\r
 100         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 101       }\r
 102 \r
 103     });\r
 104     seqCanvas.repaint();\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 109 \r
 110     if(seqEditOccurred>-1)\r
 111       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 112 \r
 113     startseq = -1;\r
 114     lastres  = -1;\r
 115     seqEditOccurred = -1;\r
 116     editingSeqs  = false;\r
 117     groupEditing = false;\r
 118     ap.repaint();\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 122     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 123         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 124     int seq;\r
 125     int res;\r
 126 \r
 127     int x = evt.getX();\r
 128     int y = evt.getY();\r
 129 \r
 130     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 131     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 132 \r
 133     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 134         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 135     {\r
 136       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 137       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 138       // in the alignment\r
 139 \r
 140       startseq = seq;\r
 141       lastres = res;\r
 142     }\r
 143     else\r
 144     {\r
 145       startseq = -1;\r
 146       lastres = -1;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     return;\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 153   {\r
 154     int res=0, seq=0;\r
 155     int x = evt.getX();\r
 156     int y = evt.getY();\r
 157     if(av.wrapAlignment)\r
 158     {\r
 159       y -= 2*av.charHeight;\r
 160       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 161 \r
 162 \r
 163       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getSize().width/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 164 \r
 165       y %= chunkHeight;\r
 166       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 167 \r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 172       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 173     }\r
 174 \r
 175 \r
 176     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 177       return;\r
 178 \r
 179     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 180     if(res>sequence.getLength())\r
 181       return;\r
 182 \r
 183     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 184     String aa = "";\r
 185     if(obj!=null)\r
 186          aa = obj.toString();\r
 187 \r
 188     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 189     if(aa!="")\r
 190       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 191 \r
 192     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 193 \r
 194     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 195     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 196     {\r
 197       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 198       Enumeration e = features.elements();\r
 199       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 200 \r
 201 \r
 202       while (e.hasMoreElements())\r
 203       {\r
 204         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 205         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 206             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 207         {\r
 208           if(sbuffer.length()>0)\r
 209             sbuffer.append("; ");\r
 210           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 211           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 212             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 213         }\r
 214 \r
 215       }\r
 216     }\r
 217 \r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 222 \r
 223       // If we're dragging we're editing\r
 224       int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 225       if (res < 0)\r
 226         res = 0;\r
 227 \r
 228       if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 229         return;\r
 230 \r
 231       boolean dragRight = true;\r
 232       if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 233         dragRight = false;\r
 234 \r
 235 \r
 236       if (res != lastres)\r
 237      {\r
 238          // Group editing\r
 239          if (groupEditing)\r
 240          {\r
 241            SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 242            if(sg==null)\r
 243            {\r
 244              lastres=-1;\r
 245              return;\r
 246            }\r
 247 \r
 248              // drag to right\r
 249              if(dragRight)\r
 250                  sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 251 \r
 252              // drag to left\r
 253              else\r
 254              {\r
 255                 /// Are we able to delete?\r
 256                 // ie are all columns blank?\r
 257                 boolean deleteAllowed = false;\r
 258                for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 259                {\r
 260                  SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 261                  for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 262                  {\r
 263                    if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 264                      continue;\r
 265 \r
 266                    if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 267                    {\r
 268                      // Not a gap, block edit not valid\r
 269                      res=j+1;\r
 270                      deleteAllowed = false;\r
 271                      continue;\r
 272                    }\r
 273                    deleteAllowed = true;\r
 274                  }\r
 275                }\r
 276 \r
 277                if(!deleteAllowed)\r
 278                {\r
 279                  lastres = -1;\r
 280                  return;\r
 281                }\r
 282 \r
 283                sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 284              }\r
 285 \r
 286 \r
 287              for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 288              {\r
 289                SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 290                int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 291 \r
 292                // drag to right\r
 293                if (dragRight)\r
 294                  for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 295                    insertChar(j, k);\r
 296 \r
 297                // drag to left\r
 298                else\r
 299                {\r
 300                  for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 301                  {\r
 302                    if(s.getLength()>j)\r
 303                      deleteChar(res, k);\r
 304                  }\r
 305                }\r
 306              }\r
 307          }\r
 308          else /////Editing a single sequence///////////\r
 309          {\r
 310            if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 311            {\r
 312              // dragging to the right\r
 313              for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 314                insertChar(j, startseq);\r
 315            }\r
 316            else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 317            {\r
 318              // dragging to the left\r
 319              for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 320              {\r
 321                if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 322                  av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 323 \r
 324                deleteChar(res, startseq);\r
 325                else\r
 326                {\r
 327 \r
 328                  break;\r
 329                }\r
 330              }\r
 331            }\r
 332 \r
 333          }\r
 334      }\r
 335 \r
 336      endEdit = res;\r
 337      lastres = res;\r
 338       seqCanvas.repaint();\r
 339   }\r
 340 \r
 341   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 342     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 343     seqCanvas.repaint();\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void insertChar(int j, int seq)\r
 347   {\r
 348     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 349     seqEditOccurred=seq;\r
 350   }\r
 351 \r
 352   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 353   {\r
 354 \r
 355     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 356     seqEditOccurred=seq;\r
 357     av.alignment.getWidth();\r
 358     repaint();\r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362   void editOccurred(int i)\r
 363   {\r
 364     if(endEdit==startEdit)\r
 365     {\r
 366       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 367       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 368     }\r
 369 \r
 370     av.updateConservation();\r
 371     av.updateConsensus();\r
 372 \r
 373     // Y O Y CLUSTALX\r
 374     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 375     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 376     {\r
 377       ConservationColourScheme ccs =  (ConservationColourScheme) cs;\r
 378       if(ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 379      {\r
 380         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation\r
 381             ("All",\r
 382             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 383             av.alignment.getSequences(), 0,\r
 384             av.alignment.getWidth() - 1);\r
 385         c.calculate();\r
 386         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 387 \r
 388         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme)ccs.cs;\r
 389         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),  av.alignment.getWidth());\r
 390         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 391         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 392      }\r
 393     }\r
 394 \r
 395     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 396     {\r
 397       ((ClustalxColourScheme)cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 398                                     av.alignment.getWidth());\r
 399       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 400     }\r
 401 \r
 402 \r
 403   }\r
 404 \r
 405 //////////////////////////////////////////\r
 406 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 407 //////////////////////////////////////////\r
 408   int oldSeq = -1;\r
 409   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 410   {\r
 411     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 412     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 413     oldSeq = seq;\r
 414 \r
 415     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 416 \r
 417     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 418       return;\r
 419 \r
 420     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 421 \r
 422     if(stretchGroup == null)\r
 423      {\r
 424        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 425        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 426          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 427        else\r
 428          stretchGroup = null;\r
 429      }\r
 430 \r
 431     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 432             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 433             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 434      {\r
 435        stretchGroup = null;\r
 436 \r
 437        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 438 \r
 439        if (allGroups != null)\r
 440          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 441            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 442                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 443            {\r
 444              stretchGroup = allGroups[i];\r
 445              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 446              break;\r
 447            }\r
 448      }\r
 449 \r
 450     if(stretchGroup==null)\r
 451     {\r
 452       // define a new group here\r
 453       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 454       sg.setStartRes(res);\r
 455       sg.setEndRes(res);\r
 456       sg.addSequence( sequence );\r
 457       av.setSelectionGroup( sg );\r
 458       stretchGroup = sg;\r
 459 \r
 460       if(av.getConservationSelected())\r
 461         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 462       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 463         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 464 \r
 465     }\r
 466 \r
 467     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 468     else if( ( evt.getModifiers() & InputEvent .BUTTON3_MASK ) == InputEvent.BUTTON3_MASK )\r
 469     {\r
 470       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 471       this.add(popup);\r
 472       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 473     }\r
 474 \r
 475 \r
 476     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 477       // Edit end res position of selected group\r
 478       changeEndRes = true;\r
 479 \r
 480    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 481       // Edit end res position of selected group\r
 482       changeStartRes = true;\r
 483 \r
 484   }\r
 485 \r
 486   boolean changeEndSeq = false;\r
 487   boolean changeStartSeq = false;\r
 488   boolean changeEndRes = false;\r
 489   boolean changeStartRes = false;\r
 490   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 491 \r
 492   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 493   {\r
 494     mouseDragging = false;\r
 495 \r
 496     if(stretchGroup==null)\r
 497       return;\r
 498 \r
 499     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 500     {\r
 501       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 502       seqCanvas.repaint();\r
 503     }\r
 504 \r
 505     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 506     {\r
 507        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 508        stretchGroup.cs = ccs;\r
 509        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 510 \r
 511        seqCanvas.repaint();\r
 512     }\r
 513     else\r
 514     {\r
 515       if(stretchGroup.cs !=null)\r
 516       {\r
 517         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 518       }\r
 519 \r
 520     }\r
 521 \r
 522 \r
 523     changeEndRes = false;\r
 524     changeStartRes = false;\r
 525     stretchGroup = null;\r
 526     ap.repaint();\r
 527   }\r
 528 \r
 529 \r
 530   boolean remove = false;\r
 531   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 532   {\r
 533     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 534     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 535 \r
 536     if(stretchGroup==null)\r
 537       return;\r
 538 \r
 539     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 540       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 541 \r
 542 \r
 543     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 544       // Edit end res position of selected group\r
 545       changeEndRes = true;\r
 546 \r
 547     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 548       // Edit start res position of selected group\r
 549       changeStartRes = true;\r
 550 \r
 551 \r
 552     if(res<av.getStartRes())\r
 553       res = av.getStartRes();\r
 554     else if(res>av.getEndRes())\r
 555       res = av.getEndRes();\r
 556 \r
 557     if(changeEndRes)\r
 558     {\r
 559       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 560         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 561     }\r
 562     else if(changeStartRes)\r
 563     {\r
 564       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 565         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 566     }\r
 567 \r
 568     int dragDirection = 0;\r
 569     if (y > oldSeq)\r
 570       dragDirection = 1;\r
 571     else if (y < oldSeq)\r
 572       dragDirection = -1;\r
 573 \r
 574     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 575     {\r
 576       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 577       // selection is quite slow.\r
 578       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 579 \r
 580       oldSeq += dragDirection;\r
 581       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 582 \r
 583       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 584       {\r
 585         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 586         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 587       }\r
 588       else\r
 589       {\r
 590        if(seq!=null)\r
 591         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 592         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 593       }\r
 594     }\r
 595     oldSeq = y;\r
 596     mouseDragging = true;\r
 597     if(scrollThread!=null)\r
 598       scrollThread.setEvent(evt);\r
 599 \r
 600     seqCanvas.repaint();\r
 601   }\r
 602 \r
 603   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 604   {\r
 605     if (scrollThread != null)\r
 606       scrollThread.running = false;\r
 607   }\r
 608 \r
 609   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 610   {\r
 611     if (av.getWrapAlignment())\r
 612       return;\r
 613 \r
 614     if(mouseDragging)\r
 615       scrollThread = new ScrollThread();\r
 616 \r
 617   }\r
 618   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 619   class ScrollThread extends Thread\r
 620   {\r
 621     MouseEvent evt;\r
 622     boolean running = false;\r
 623     public ScrollThread()\r
 624     {\r
 625       start();\r
 626     }\r
 627 \r
 628     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 629     {\r
 630       evt = e;\r
 631     }\r
 632 \r
 633     public void stopScrolling()\r
 634     {\r
 635       running = false;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     public void run()\r
 639     {\r
 640       running = true;\r
 641       while (running)\r
 642       {\r
 643         if(evt!=null)\r
 644         {\r
 645 \r
 646           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 647             running = ap.scrollUp(true);\r
 648 \r
 649           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 650               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 651             running = ap.scrollUp(false);\r
 652 \r
 653           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 654             running = ap.scrollRight(true);\r
 655 \r
 656           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 657             running = ap.scrollRight(false);\r
 658         }\r
 659 \r
 660         try\r
 661         {\r
 662           Thread.sleep(75);\r
 663         }\r
 664         catch (Exception ex)\r
 665         {}\r
 666       }\r
 667     }\r
 668 }\r
 669 \r
 670 \r
 671 \r
 672 }\r
 673 \r
 674 \r
 675 \r
 676 \r