src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.structure.SelectionSource;
  30 import jalview.structure.SequenceListener;
  31 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  32
  33 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  34         MouseListener, SequenceListener
  35 {
  36
  37   public SeqCanvas seqCanvas;
  38
  39   public AlignmentPanel ap;
  40
  41   protected int lastres;
  42
  43   protected int startseq;
  44
  45   protected AlignViewport av;
  46
  47   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  48   // conservation
  49   boolean seqEditOccurred = false;
  50
  51   ScrollThread scrollThread = null;
  52
  53   boolean mouseDragging = false;
  54
  55   boolean editingSeqs = false;
  56
  57   boolean groupEditing = false;
  58
  59   int oldSeq = -1;
  60
  61   boolean changeEndSeq = false;
  62
  63   boolean changeStartSeq = false;
  64
  65   boolean changeEndRes = false;
  66
  67   boolean changeStartRes = false;
  68
  69   SequenceGroup stretchGroup = null;
  70
  71   StringBuffer keyboardNo1;
  72
  73   StringBuffer keyboardNo2;
  74
  75   boolean mouseWheelPressed = false;
  76
  77   Point lastMousePress;
  78
  79   EditCommand editCommand;
  80
  81   StructureSelectionManager ssm;
  82
  83   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  84   {
  85     this.av = avp;
  86
  87     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
  88     setLayout(new BorderLayout());
  89     add(seqCanvas);
  90
  91     ap = p;
  92
  93     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
  94     seqCanvas.addMouseListener(this);
  95     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
  96     ssm.addStructureViewerListener(this);
  97
  98     seqCanvas.repaint();
  99   }
 100
 101   void endEditing()
 102   {
 103     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 104     {
 105       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 106       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 107               .getSequences());
 108     }
 109
 110     startseq = -1;
 111     lastres = -1;
 112     editingSeqs = false;
 113     groupEditing = false;
 114     keyboardNo1 = null;
 115     keyboardNo2 = null;
 116     editCommand = null;
 117   }
 118
 119   void setCursorRow()
 120   {
 121     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 122     scrollToVisible();
 123   }
 124
 125   void setCursorColumn()
 126   {
 127     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 128     scrollToVisible();
 129   }
 130
 131   void setCursorRowAndColumn()
 132   {
 133     if (keyboardNo2 == null)
 134     {
 135       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 136     }
 137     else
 138     {
 139       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 140       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 141       scrollToVisible();
 142     }
 143   }
 144
 145   void setCursorPosition()
 146   {
 147     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 148             seqCanvas.cursorY);
 149
 150     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void moveCursor(int dx, int dy)
 155   {
 156     seqCanvas.cursorX += dx;
 157     seqCanvas.cursorY += dy;
 158     if (av.hasHiddenColumns()
 159             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 160     {
 161       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 162       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 163
 164       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 165               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 166       {
 167         seqCanvas.cursorX += dx;
 168       }
 169
 170       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 171               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 172       {
 173         seqCanvas.cursorX = original;
 174       }
 175     }
 176     scrollToVisible();
 177   }
 178
 179   void scrollToVisible()
 180   {
 181     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 182     {
 183       seqCanvas.cursorX = 0;
 184     }
 185     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 186     {
 187       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 188     }
 189
 190     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 191     {
 192       seqCanvas.cursorY = 0;
 193     }
 194     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 195     {
 196       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 197     }
 198
 199     endEditing();
 200     if (av.wrapAlignment)
 201     {
 202       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 203     }
 204     else
 205     {
 206       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 207       {
 208         ap.scrollUp(true);
 209       }
 210       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 211       {
 212         ap.scrollUp(false);
 213       }
 214       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 215               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 216       {
 217
 218         if (!ap.scrollRight(false))
 219         {
 220           break;
 221         }
 222       }
 223       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 224               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 225       {
 226         if (!ap.scrollRight(true))
 227         {
 228           break;
 229         }
 230       }
 231     }
 232     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 233             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 234
 235     seqCanvas.repaint();
 236   }
 237
 238   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 239   {
 240     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 241             seqCanvas.cursorY);
 242
 243     if (av.getSelectionGroup() != null)
 244     {
 245       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 246       // Find the top and bottom of this group
 247       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 248       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 249       {
 250         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 251         if (index > max)
 252         {
 253           max = index;
 254         }
 255         if (index < min)
 256         {
 257           min = index;
 258         }
 259       }
 260
 261       max++;
 262
 263       if (topLeft)
 264       {
 265         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 266         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 267         {
 268           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 269         }
 270
 271         min = seqCanvas.cursorY;
 272       }
 273       else
 274       {
 275         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 276         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 277         {
 278           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 279         }
 280
 281         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 282       }
 283
 284       if (min > max)
 285       {
 286         // Only the user can do this
 287         av.setSelectionGroup(null);
 288       }
 289       else
 290       {
 291         // Now add any sequences between min and max
 292         sg.clear();
 293         for (int i = min; i < max; i++)
 294         {
 295           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 296         }
 297       }
 298     }
 299
 300     if (av.getSelectionGroup() == null)
 301     {
 302       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 303       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 304       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 305       sg.addSequence(sequence, false);
 306       av.setSelectionGroup(sg);
 307     }
 308     ap.paintAlignment(false);
 309     av.sendSelection();
 310   }
 311
 312   void insertGapAtCursor(boolean group)
 313   {
 314     groupEditing = group;
 315     startseq = seqCanvas.cursorY;
 316     lastres = seqCanvas.cursorX;
 317     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 318     endEditing();
 319   }
 320
 321   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 322   {
 323     groupEditing = group;
 324     startseq = seqCanvas.cursorY;
 325     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 326     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 327     endEditing();
 328   }
 329
 330   void numberPressed(char value)
 331   {
 332     if (keyboardNo1 == null)
 333     {
 334       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 335     }
 336
 337     if (keyboardNo2 != null)
 338     {
 339       keyboardNo2.append(value);
 340     }
 341     else
 342     {
 343       keyboardNo1.append(value);
 344     }
 345   }
 346   int getKeyboardNo1()
 347   {
 348     try {
 349     if (keyboardNo1 != null)
 350     {
 351       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 352       keyboardNo1 = null;
 353       return value;
 354     }
 355     } catch (Exception x)
 356     {}
 357     keyboardNo1 = null;
 358     return 1;
 359   }
 360
 361   int getKeyboardNo2()
 362   {
 363     try {
 364     if (keyboardNo2!=null){
 365       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 366       keyboardNo2 = null;
 367       return value;
 368     }
 369     } catch (Exception x)
 370     {}
 371     keyboardNo2 = null;
 372     return 1;
 373   }
 374
 375   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 376   {
 377     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 378             + sequence.getName());
 379
 380     Object obj = null;
 381     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 382     {
 383       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 384               + "");
 385       if (obj != null)
 386       {
 387         text.append(" Nucleotide: ");
 388       }
 389     }
 390     else
 391     {
 392       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 393       if (obj != null)
 394       {
 395         text.append("  Residue: ");
 396       }
 397     }
 398
 399     if (obj != null)
 400     {
 401
 402       if (obj != "")
 403       {
 404         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 405       }
 406     }
 407
 408     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 409
 410   }
 411
 412   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 413   {
 414     lastMousePress = evt.getPoint();
 415
 416     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 417     // As the Button2_mask always seems to be true
 418     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 419             && !av.MAC)
 420     {
 421       mouseWheelPressed = true;
 422       return;
 423     }
 424
 425     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 426     {
 427       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 428       {
 429         groupEditing = true;
 430       }
 431       editingSeqs = true;
 432     }
 433     else
 434     {
 435       doMousePressedDefineMode(evt);
 436       return;
 437     }
 438
 439     int seq = findSeq(evt);
 440     int res = findRes(evt);
 441
 442     if (seq < 0 || res < 0)
 443     {
 444       return;
 445     }
 446
 447     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 448             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 449     {
 450       startseq = seq;
 451       lastres = res;
 452     }
 453     else
 454     {
 455       startseq = -1;
 456       lastres = -1;
 457     }
 458
 459     return;
 460   }
 461
 462   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 463   {
 464     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 465     if (evt.getClickCount() > 1)
 466     {
 467       if (av.getSelectionGroup() != null
 468               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 469               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 470                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 471       {
 472         av.setSelectionGroup(null);
 473       }
 474
 475       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 476               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 477
 478       if (features != null && features.length > 0)
 479       {
 480         SearchResults highlight = new SearchResults();
 481         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 482                 features[0].getEnd());
 483         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 484       }
 485       if (features != null && features.length > 0)
 486       {
 487         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 488         { sequence }, features, false, ap);
 489
 490         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 491       }
 492     }
 493   }
 494
 495   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 496   {
 497     mouseDragging = false;
 498     mouseWheelPressed = false;
 499     ap.paintAlignment(true);
 500
 501     if (!editingSeqs)
 502     {
 503       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 504       return;
 505     }
 506
 507     endEditing();
 508
 509   }
 510
 511   int startWrapBlock = -1;
 512
 513   int wrappedBlock = -1;
 514
 515   int findRes(MouseEvent evt)
 516   {
 517     int res = 0;
 518     int x = evt.getX();
 519
 520     if (av.wrapAlignment)
 521     {
 522
 523       int hgap = av.charHeight;
 524       if (av.scaleAboveWrapped)
 525       {
 526         hgap += av.charHeight;
 527       }
 528
 529       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 530               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 531
 532       int y = evt.getY();
 533       y -= hgap;
 534       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 535
 536       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 537       if (cwidth < 1)
 538       {
 539         return 0;
 540       }
 541
 542       wrappedBlock = y / cHeight;
 543       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 544
 545       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 546
 547     }
 548     else
 549     {
 550       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 551     }
 552
 553     if (av.hasHiddenColumns())
 554     {
 555       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 556     }
 557
 558     return res;
 559
 560   }
 561
 562   int findSeq(MouseEvent evt)
 563   {
 564     final int sqnum = findAlRow(evt);
 565     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 566   }
 567
 568   /**
 569    *
 570    * @param evt
 571    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 572    */
 573   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 574   {
 575     int seq = 0;
 576     int y = evt.getY();
 577
 578     if (av.wrapAlignment)
 579     {
 580       int hgap = av.charHeight;
 581       if (av.scaleAboveWrapped)
 582       {
 583         hgap += av.charHeight;
 584       }
 585
 586       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 587               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 588
 589       y -= hgap;
 590
 591       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 592               .getHeight() - 1);
 593       if (seq < 0)
 594       {
 595         seq = -1;
 596       }
 597     }
 598     else
 599     {
 600       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 601               .getAlignment().getHeight() - 1);
 602       if (seq < 0)
 603       {
 604         seq = -1;
 605       }
 606     }
 607
 608     return seq;
 609   }
 610
 611   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 612   {
 613
 614     int seq = findSeq(evt);
 615     int res = findRes(evt);
 616
 617     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 618             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 619     {
 620       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 621       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 622       // in the alignment
 623
 624       startseq = seq;
 625       lastres = res;
 626     }
 627     else
 628     {
 629       startseq = -1;
 630       lastres = -1;
 631     }
 632
 633     return;
 634   }
 635
 636   String lastMessage;
 637
 638   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 639   {
 640     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 641     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 642       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 643
 644     lastMessage = tmp;
 645   }
 646
 647   public void highlightSequence(SearchResults results)
 648   {
 649     if (av.followHighlight)
 650     {
 651       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 652       {
 653         ap.alignFrame.repaint();
 654       }
 655     }
 656     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 657
 658   }
 659
 660   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 661   {
 662     System.out.println("update the seqPanel colours");
 663     // repaint();
 664   }
 665
 666   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 667   {
 668     int res = findRes(evt);
 669     int seq = findSeq(evt);
 670
 671     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 672     {
 673       if (tooltip != null)
 674       {
 675         tooltip.setTip("");
 676       }
 677       return;
 678     }
 679
 680     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 681     if (res > sequence.getLength())
 682     {
 683       if (tooltip != null)
 684       {
 685         tooltip.setTip("");
 686       }
 687       return;
 688     }
 689
 690     int respos = sequence.findPosition(res);
 691     if (ssm != null)
 692       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 693
 694     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 695             + sequence.getName());
 696
 697     Object obj = null;
 698     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 699     {
 700       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 701               + "");
 702       if (obj != null)
 703       {
 704         text.append(" Nucleotide: ");
 705       }
 706     }
 707     else
 708     {
 709       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 710       if (obj != null)
 711       {
 712         text.append("  Residue: ");
 713       }
 714     }
 715
 716     if (obj != null)
 717     {
 718       if (obj != "")
 719       {
 720         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 721       }
 722     }
 723
 724     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 725
 726     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 727     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 728     if (groups != null)
 729     {
 730       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 731       {
 732         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 733         {
 734           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 735                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 736           {
 737             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 738           }
 739           if (groups[g].getDescription() != null)
 740           {
 741             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 742           }
 743           tooltipText.append("\n");
 744         }
 745       }
 746     }
 747
 748     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 749     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 750             sequence.findPosition(res));
 751
 752     int index = 0;
 753     while (index < allFeatures.length)
 754     {
 755       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 756
 757       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 758
 759       if (sf.getDescription() != null)
 760       {
 761         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 762       }
 763
 764       if (sf.getValue("status") != null)
 765       {
 766         String status = sf.getValue("status").toString();
 767         if (status.length() > 0)
 768         {
 769           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 770         }
 771       }
 772       tooltipText.append("\n");
 773
 774       index++;
 775     }
 776
 777     if (tooltip == null)
 778     {
 779       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 780     }
 781     else
 782     {
 783       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 784     }
 785   }
 786
 787   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 788   {
 789     Vector tmp = new Vector();
 790     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 791     if (features != null)
 792     {
 793       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 794       {
 795         if (av.featuresDisplayed == null
 796                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 797         {
 798           continue;
 799         }
 800
 801         if (features[i].featureGroup != null
 802                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 803                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 804                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 805                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 806                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 807           continue;
 808
 809         if ((features[i].getBegin() <= res)
 810                 && (features[i].getEnd() >= res))
 811         {
 812           tmp.addElement(features[i]);
 813         }
 814       }
 815     }
 816
 817     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 818     tmp.copyInto(features);
 819
 820     return features;
 821   }
 822
 823   Tooltip tooltip;
 824
 825   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 826   {
 827     if (mouseWheelPressed)
 828     {
 829       int oldWidth = av.charWidth;
 830
 831       // Which is bigger, left-right or up-down?
 832       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 833               - lastMousePress.x))
 834       {
 835         int fontSize = av.font.getSize();
 836
 837         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 838         {
 839           fontSize--;
 840         }
 841         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 842         {
 843           fontSize++;
 844         }
 845
 846         if (fontSize < 1)
 847         {
 848           fontSize = 1;
 849         }
 850
 851         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 852         av.charWidth = oldWidth;
 853       }
 854       else
 855       {
 856         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 857         {
 858           av.charWidth--;
 859         }
 860         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 861         {
 862           av.charWidth++;
 863         }
 864
 865         if (av.charWidth < 1)
 866         {
 867           av.charWidth = 1;
 868         }
 869       }
 870
 871       ap.fontChanged();
 872
 873       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 874       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 875
 876       lastMousePress = evt.getPoint();
 877
 878       ap.paintAlignment(false);
 879       ap.annotationPanel.image = null;
 880       return;
 881     }
 882
 883     if (!editingSeqs)
 884     {
 885       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 886       return;
 887     }
 888
 889     int res = findRes(evt);
 890
 891     if (res < 0)
 892     {
 893       res = 0;
 894     }
 895
 896     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 897     {
 898       return;
 899     }
 900
 901     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 902     {
 903       // dragLeft, delete gap
 904       editSequence(false, res);
 905     }
 906     else
 907     {
 908       editSequence(true, res);
 909     }
 910
 911     mouseDragging = true;
 912     if (scrollThread != null)
 913     {
 914       scrollThread.setEvent(evt);
 915     }
 916
 917   }
 918
 919   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 920   {
 921     int fixedLeft = -1;
 922     int fixedRight = -1;
 923     boolean fixedColumns = false;
 924     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 925
 926     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 927
 928     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 929     {
 930       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 931       {
 932         sg = (SequenceGroup) av.getRepresentedSequences(seq);
 933         groupEditing = true;
 934       }
 935     }
 936
 937     StringBuffer message = new StringBuffer();
 938     if (groupEditing)
 939     {
 940       message.append("Edit group:");
 941       if (editCommand == null)
 942       {
 943         editCommand = new EditCommand("Edit Group");
 944       }
 945     }
 946     else
 947     {
 948       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
 949       String label = seq.getName();
 950       if (label.length() > 10)
 951       {
 952         label = label.substring(0, 10);
 953       }
 954       if (editCommand == null)
 955       {
 956         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);
 957       }
 958     }
 959
 960     if (insertGap)
 961     {
 962       message.append(" insert ");
 963     }
 964     else
 965     {
 966       message.append(" delete ");
 967     }
 968
 969     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 970     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 971
 972     // Are we editing within a selection group?
 973     if (groupEditing
 974             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
 975                     .contains(seq)))
 976     {
 977       fixedColumns = true;
 978
 979       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
 980       // but the sequence represents a group
 981       if (sg == null)
 982       {
 983         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
 984         {
 985           endEditing();
 986           return;
 987         }
 988
 989         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 990       }
 991
 992       fixedLeft = sg.getStartRes();
 993       fixedRight = sg.getEndRes();
 994
 995       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
 996               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
 997               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
 998               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
 999       {
1000         endEditing();
1001         return;
1002       }
1003
1004       if (fixedLeft > startres)
1005       {
1006         fixedRight = fixedLeft - 1;
1007         fixedLeft = 0;
1008       }
1009       else if (fixedRight < startres)
1010       {
1011         fixedLeft = fixedRight;
1012         fixedRight = -1;
1013       }
1014     }
1015
1016     if (av.hasHiddenColumns())
1017     {
1018       fixedColumns = true;
1019       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1020       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1021
1022       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1023               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1024       {
1025         endEditing();
1026         return;
1027       }
1028
1029       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1030       // Selection spans a hidden region
1031       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1032       {
1033         if (startres >= y2)
1034         {
1035           fixedLeft = y2;
1036         }
1037         else
1038         {
1039           fixedRight = y2 - 1;
1040         }
1041       }
1042     }
1043
1044     if (groupEditing)
1045     {
1046       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1047               .toArray(new SequenceI[0]);
1048
1049       // drag to right
1050       if (insertGap)
1051       {
1052         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1053         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1054         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1055                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1056         {
1057           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1058           fixedRight = sg.getEndRes();
1059         }
1060
1061         // Is it valid with fixed columns??
1062         // Find the next gap before the end
1063         // of the visible region boundary
1064         boolean blank = false;
1065         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1066         {
1067           blank = true;
1068
1069           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1070           {
1071             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1072             {
1073               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1074                       - j)))
1075               {
1076                 blank = false;
1077                 break;
1078               }
1079             }
1080           }
1081           if (blank)
1082           {
1083             break;
1084           }
1085         }
1086
1087         if (!blank)
1088         {
1089           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1090           {
1091             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1092                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1093             {
1094               endEditing();
1095               return;
1096             }
1097
1098             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1099             if (av.hasHiddenRows())
1100             {
1101               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1102                       .getWidth();
1103               if (hwidth > alWidth)
1104               {
1105                 alWidth = hwidth;
1106               }
1107             }
1108             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1109             // contains all the sequences
1110             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1111             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1112           }
1113           else
1114           {
1115             endEditing();
1116             return;
1117           }
1118         }
1119       }
1120
1121       // drag to left
1122       else if (!insertGap)
1123       {
1124         // / Are we able to delete?
1125         // ie are all columns blank?
1126
1127         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1128         {
1129           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1130           {
1131             if (gs.getLength() <= j)
1132             {
1133               continue;
1134             }
1135
1136             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1137             {
1138               // Not a gap, block edit not valid
1139               endEditing();
1140               return;
1141             }
1142           }
1143         }
1144       }
1145
1146       if (insertGap)
1147       {
1148         // dragging to the right
1149         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1150         {
1151           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1152           {
1153             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1154           }
1155         }
1156         else
1157         {
1158           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1159                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1160         }
1161       }
1162       else
1163       {
1164         // dragging to the left
1165         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1166         {
1167           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1168           {
1169             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1170           }
1171         }
1172         else
1173         {
1174           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1175                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1176         }
1177
1178       }
1179     }
1180     else
1181     // ///Editing a single sequence///////////
1182     {
1183       if (insertGap)
1184       {
1185         // dragging to the right
1186         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1187         {
1188           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1189           {
1190             insertChar(j, new SequenceI[]
1191             { seq }, fixedRight);
1192           }
1193         }
1194         else
1195         {
1196           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1197           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1198         }
1199       }
1200       else
1201       {
1202         // dragging to the left
1203         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1204         {
1205           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1206           {
1207             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1208             {
1209               endEditing();
1210               break;
1211             }
1212             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1213             { seq }, fixedRight);
1214           }
1215         }
1216         else
1217         {
1218           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1219           int max = 0;
1220           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1221           {
1222             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1223             {
1224               break;
1225             }
1226             max++;
1227           }
1228
1229           if (max > 0)
1230           {
1231             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1232             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1233           }
1234         }
1235       }
1236     }
1237
1238     lastres = startres;
1239     seqCanvas.repaint();
1240   }
1241
1242   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1243   {
1244     int blankColumn = fixedColumn;
1245     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1246     {
1247       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1248       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1249
1250       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1251       {
1252         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1253         {
1254           // Theres a space, so break and insert the gap
1255           break;
1256         }
1257       }
1258
1259       if (blankColumn <= j)
1260       {
1261         blankColumn = fixedColumn;
1262         endEditing();
1263         return;
1264       }
1265     }
1266
1267     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1268             av.getAlignment(), true);
1269
1270     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1271             av.getAlignment(), true);
1272
1273   }
1274
1275   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1276   {
1277
1278     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1279             av.getAlignment(), true);
1280
1281     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1282             av.getAlignment(), true);
1283   }
1284
1285   // ////////////////////////////////////////
1286   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1287   // ////////////////////////////////////////
1288   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1289   {
1290     if (scrollThread != null)
1291     {
1292       scrollThread.running = false;
1293       scrollThread = null;
1294     }
1295
1296     int res = findRes(evt);
1297     int seq = findSeq(evt);
1298     oldSeq = seq;
1299     startWrapBlock = wrappedBlock;
1300
1301     if (seq == -1)
1302     {
1303       return;
1304     }
1305
1306     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1307
1308     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1309     {
1310       return;
1311     }
1312
1313     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1314
1315     if (stretchGroup == null)
1316     {
1317       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1318       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1319               && res < stretchGroup.getEndRes())
1320       {
1321         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1322       }
1323       else
1324       {
1325         stretchGroup = null;
1326       }
1327     }
1328
1329     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1330             || stretchGroup.getStartRes() > res
1331             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1332     {
1333       stretchGroup = null;
1334
1335       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1336
1337       if (allGroups != null)
1338       {
1339         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1340         {
1341           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1342                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1343           {
1344             stretchGroup = allGroups[i];
1345             break;
1346           }
1347         }
1348       }
1349       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1350     }
1351
1352     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1353     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1354     {
1355       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1356               sequence.findPosition(res));
1357
1358       Vector links = null;
1359       if (allFeatures != null)
1360       {
1361         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1362         {
1363           if (allFeatures[i].links != null)
1364           {
1365             if (links == null)
1366             {
1367               links = new Vector();
1368             }
1369             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1370             {
1371               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1372             }
1373           }
1374         }
1375       }
1376       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1377       this.add(popup);
1378       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1379       return;
1380     }
1381
1382     if (av.cursorMode)
1383     {
1384       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1385       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1386       seqCanvas.repaint();
1387       return;
1388     }
1389
1390     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1391
1392     if (stretchGroup == null)
1393     {
1394       // define a new group here
1395       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1396       sg.setStartRes(res);
1397       sg.setEndRes(res);
1398       sg.addSequence(sequence, false);
1399       av.setSelectionGroup(sg);
1400       stretchGroup = sg;
1401
1402       if (av.getConservationSelected())
1403       {
1404         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1405                 "Background");
1406       }
1407       if (av.getAbovePIDThreshold())
1408       {
1409         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1410                 "Background");
1411       }
1412
1413     }
1414   }
1415
1416   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1417   {
1418     if (stretchGroup == null)
1419     {
1420       return;
1421     }
1422
1423     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1424                                        // state
1425     if (stretchGroup.cs != null)
1426     {
1427       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1428               av.getHiddenRepSequences());
1429
1430       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1431       {
1432         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1433                 stretchGroup.getName());
1434       }
1435       else
1436       {
1437         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1438                 stretchGroup.getName());
1439       }
1440     }
1441     changeEndRes = false;
1442     changeStartRes = false;
1443     stretchGroup = null;
1444     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1445     ap.paintAlignment(true);
1446     av.sendSelection();
1447   }
1448
1449   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1450   {
1451     int res = findRes(evt);
1452     int y = findSeq(evt);
1453
1454     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1455     {
1456       return;
1457     }
1458
1459     if (stretchGroup == null)
1460     {
1461       return;
1462     }
1463
1464     mouseDragging = true;
1465
1466     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1467     {
1468       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1469     }
1470
1471     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1472     {
1473       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1474     }
1475
1476     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1477     {
1478       // Edit end res position of selected group
1479       changeEndRes = true;
1480     }
1481     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1482     {
1483       // Edit start res position of selected group
1484       changeStartRes = true;
1485     }
1486
1487     if (res < 0)
1488     {
1489       res = 0;
1490     }
1491
1492     if (changeEndRes)
1493     {
1494       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1495       {
1496         stretchGroup.setEndRes(res);
1497       }
1498     }
1499     else if (changeStartRes)
1500     {
1501       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1502       {
1503         stretchGroup.setStartRes(res);
1504       }
1505     }
1506
1507     int dragDirection = 0;
1508
1509     if (y > oldSeq)
1510     {
1511       dragDirection = 1;
1512     }
1513     else if (y < oldSeq)
1514     {
1515       dragDirection = -1;
1516     }
1517
1518     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1519             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1520     {
1521       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1522       // selection is quite slow.
1523       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1524
1525       oldSeq += dragDirection;
1526
1527       if (oldSeq < 0)
1528       {
1529         break;
1530       }
1531
1532       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1533
1534       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1535       {
1536         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1537       }
1538       else
1539       {
1540         if (seq != null)
1541         {
1542           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1543         }
1544
1545         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1546       }
1547     }
1548
1549     if (oldSeq < 0)
1550     {
1551       oldSeq = -1;
1552     }
1553
1554     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1555             || y > av.endSeq)
1556     {
1557       mouseExited(evt);
1558     }
1559
1560     if (scrollThread != null)
1561     {
1562       scrollThread.setEvent(evt);
1563     }
1564
1565     seqCanvas.repaint();
1566   }
1567
1568   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1569   {
1570     if (oldSeq < 0)
1571     {
1572       oldSeq = 0;
1573     }
1574
1575     if (scrollThread != null)
1576     {
1577       scrollThread.running = false;
1578       scrollThread = null;
1579     }
1580   }
1581
1582   public void mouseExited(MouseEvent e)
1583   {
1584     if (av.getWrapAlignment())
1585     {
1586       return;
1587     }
1588
1589     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1590     {
1591       scrollThread = new ScrollThread();
1592     }
1593   }
1594
1595   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1596   {
1597     if (evt == null)
1598     {
1599       if (scrollThread != null)
1600       {
1601         scrollThread.running = false;
1602         scrollThread = null;
1603       }
1604       mouseDragging = false;
1605     }
1606     else
1607     {
1608       if (scrollThread == null)
1609       {
1610         scrollThread = new ScrollThread();
1611       }
1612
1613       mouseDragging = true;
1614       scrollThread.setEvent(evt);
1615     }
1616
1617   }
1618
1619   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1620   class ScrollThread extends Thread
1621   {
1622     MouseEvent evt;
1623
1624     boolean running = false;
1625
1626     public ScrollThread()
1627     {
1628       start();
1629     }
1630
1631     public void setEvent(MouseEvent e)
1632     {
1633       evt = e;
1634     }
1635
1636     public void stopScrolling()
1637     {
1638       running = false;
1639     }
1640
1641     public void run()
1642     {
1643       running = true;
1644       while (running)
1645       {
1646
1647         if (evt != null)
1648         {
1649
1650           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1651           {
1652             running = ap.scrollUp(true);
1653           }
1654
1655           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1656                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1657           {
1658             running = ap.scrollUp(false);
1659           }
1660
1661           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1662           {
1663             running = ap.scrollRight(false);
1664           }
1665
1666           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1667           {
1668             running = ap.scrollRight(true);
1669           }
1670         }
1671
1672         try
1673         {
1674           Thread.sleep(75);
1675         } catch (Exception ex)
1676         {
1677         }
1678       }
1679     }
1680   }
1681
1682   /**
1683    * modify current selection according to a received message.
1684    */
1685   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1686           SelectionSource source)
1687   {
1688     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1689     // handles selection messages...
1690     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1691     // shared between viewports.
1692     if (av != null
1693             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1694                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1695     {
1696       return;
1697     }
1698     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1699     // suspect)
1700     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1701     // sequence selection
1702     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1703     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1704     {
1705       SequenceGroup sgroup = null;
1706       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1707       {
1708         if (av.getAlignment() == null)
1709         {
1710           System.out
1711                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1712                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1713                           + av.getViewId()
1714                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1715           return;
1716         }
1717         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1718                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1719         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1720                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1721         {
1722           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1723           copycolsel = false;
1724         }
1725       }
1726       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1727       {
1728         av.setSelectionGroup(sgroup);
1729       }
1730       else
1731       {
1732         av.setSelectionGroup(null);
1733       }
1734       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1735     }
1736     if (copycolsel
1737             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1738                     .isColSelChanged(true)))
1739     {
1740       // the current selection is unset or from a previous message
1741       // so import the new colsel.
1742       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1743       {
1744         if (av.getColumnSelection() != null)
1745         {
1746           av.getColumnSelection().clear();
1747         }
1748       }
1749       else
1750       {
1751         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1752         if (av.getColumnSelection() == null)
1753         {
1754           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1755         }
1756         else
1757         {
1758           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1759         }
1760       }
1761       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1762     }
1763     if (copycolsel
1764             && av.hasHiddenColumns()
1765             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1766                     .getHiddenColumns() == null))
1767     {
1768       System.err.println("Bad things");
1769     }
1770     if (repaint)
1771     {
1772       ap.scalePanelHolder.repaint();
1773       ap.repaint();
1774     }
1775   }
1776
1777   /**
1778    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1779    *
1780    * @param row
1781    * @param column
1782    */
1783   public void scrollTo(int row, int column)
1784   {
1785
1786     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1787     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1788     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1789   }
1790
1791   /**
1792    * scroll to the given row - or nearest visible location
1793    *
1794    * @param row
1795    */
1796   public void scrollToRow(int row)
1797   {
1798
1799     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1800     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1801   }
1802
1803   /**
1804    * scroll to the given column - or nearest visible location
1805    *
1806    * @param column
1807    */
1808   public void scrollToColumn(int column)
1809   {
1810
1811     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1812     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1813   }
1814
1815 }