src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.structure.SelectionSource;
  33 import jalview.structure.SequenceListener;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Panel;
  41 import java.awt.Point;
  42 import java.awt.event.InputEvent;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  46 import java.util.Vector;
  47
  48 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  49         MouseListener, SequenceListener
  50 {
  51
  52   public SeqCanvas seqCanvas;
  53
  54   public AlignmentPanel ap;
  55
  56   protected int lastres;
  57
  58   protected int startseq;
  59
  60   protected AlignViewport av;
  61
  62   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  63   // conservation
  64   boolean seqEditOccurred = false;
  65
  66   ScrollThread scrollThread = null;
  67
  68   boolean mouseDragging = false;
  69
  70   boolean editingSeqs = false;
  71
  72   boolean groupEditing = false;
  73
  74   int oldSeq = -1;
  75
  76   boolean changeEndSeq = false;
  77
  78   boolean changeStartSeq = false;
  79
  80   boolean changeEndRes = false;
  81
  82   boolean changeStartRes = false;
  83
  84   SequenceGroup stretchGroup = null;
  85
  86   StringBuffer keyboardNo1;
  87
  88   StringBuffer keyboardNo2;
  89
  90   boolean mouseWheelPressed = false;
  91
  92   Point lastMousePress;
  93
  94   EditCommand editCommand;
  95
  96   StructureSelectionManager ssm;
  97
  98   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  99   {
 100     this.av = avp;
 101
 102     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 103     setLayout(new BorderLayout());
 104     add(seqCanvas);
 105
 106     ap = p;
 107
 108     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 109     seqCanvas.addMouseListener(this);
 110     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 111     ssm.addStructureViewerListener(this);
 112
 113     seqCanvas.repaint();
 114   }
 115
 116   void endEditing()
 117   {
 118     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 119     {
 120       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 121       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 122               .getSequences());
 123     }
 124
 125     startseq = -1;
 126     lastres = -1;
 127     editingSeqs = false;
 128     groupEditing = false;
 129     keyboardNo1 = null;
 130     keyboardNo2 = null;
 131     editCommand = null;
 132   }
 133
 134   void setCursorRow()
 135   {
 136     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 137     scrollToVisible();
 138   }
 139
 140   void setCursorColumn()
 141   {
 142     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 143     scrollToVisible();
 144   }
 145
 146   void setCursorRowAndColumn()
 147   {
 148     if (keyboardNo2 == null)
 149     {
 150       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 151     }
 152     else
 153     {
 154       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 155       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 156       scrollToVisible();
 157     }
 158   }
 159
 160   void setCursorPosition()
 161   {
 162     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 163             seqCanvas.cursorY);
 164
 165     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 166     scrollToVisible();
 167   }
 168
 169   void moveCursor(int dx, int dy)
 170   {
 171     seqCanvas.cursorX += dx;
 172     seqCanvas.cursorY += dy;
 173     if (av.hasHiddenColumns()
 174             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175     {
 176       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 177       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 178
 179       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 180               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 181       {
 182         seqCanvas.cursorX += dx;
 183       }
 184
 185       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 186               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187       {
 188         seqCanvas.cursorX = original;
 189       }
 190     }
 191     scrollToVisible();
 192   }
 193
 194   void scrollToVisible()
 195   {
 196     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 197     {
 198       seqCanvas.cursorX = 0;
 199     }
 200     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 201     {
 202       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 203     }
 204
 205     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorY = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 212     }
 213
 214     endEditing();
 215     if (av.wrapAlignment)
 216     {
 217       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 222       {
 223         ap.scrollUp(true);
 224       }
 225       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 226       {
 227         ap.scrollUp(false);
 228       }
 229       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 230               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 231       {
 232
 233         if (!ap.scrollRight(false))
 234         {
 235           break;
 236         }
 237       }
 238       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 239               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 240       {
 241         if (!ap.scrollRight(true))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246     }
 247     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 248             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 249
 250     seqCanvas.repaint();
 251   }
 252
 253   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 254   {
 255     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 256             seqCanvas.cursorY);
 257
 258     if (av.getSelectionGroup() != null)
 259     {
 260       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 261       // Find the top and bottom of this group
 262       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 263       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 264       {
 265         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 266         if (index > max)
 267         {
 268           max = index;
 269         }
 270         if (index < min)
 271         {
 272           min = index;
 273         }
 274       }
 275
 276       max++;
 277
 278       if (topLeft)
 279       {
 280         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 281         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 282         {
 283           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 284         }
 285
 286         min = seqCanvas.cursorY;
 287       }
 288       else
 289       {
 290         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 291         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 292         {
 293           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 294         }
 295
 296         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 297       }
 298
 299       if (min > max)
 300       {
 301         // Only the user can do this
 302         av.setSelectionGroup(null);
 303       }
 304       else
 305       {
 306         // Now add any sequences between min and max
 307         sg.clear();
 308         for (int i = min; i < max; i++)
 309         {
 310           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 311         }
 312       }
 313     }
 314
 315     if (av.getSelectionGroup() == null)
 316     {
 317       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 318       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 319       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 320       sg.addSequence(sequence, false);
 321       av.setSelectionGroup(sg);
 322     }
 323     ap.paintAlignment(false);
 324     av.sendSelection();
 325   }
 326
 327   void insertGapAtCursor(boolean group)
 328   {
 329     groupEditing = group;
 330     startseq = seqCanvas.cursorY;
 331     lastres = seqCanvas.cursorX;
 332     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 333     endEditing();
 334   }
 335
 336   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 337   {
 338     groupEditing = group;
 339     startseq = seqCanvas.cursorY;
 340     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 341     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 342     endEditing();
 343   }
 344
 345   void numberPressed(char value)
 346   {
 347     if (keyboardNo1 == null)
 348     {
 349       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 350     }
 351
 352     if (keyboardNo2 != null)
 353     {
 354       keyboardNo2.append(value);
 355     }
 356     else
 357     {
 358       keyboardNo1.append(value);
 359     }
 360   }
 361
 362   int getKeyboardNo1()
 363   {
 364     try
 365     {
 366       if (keyboardNo1 != null)
 367       {
 368         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 369         keyboardNo1 = null;
 370         return value;
 371       }
 372     } catch (Exception x)
 373     {
 374     }
 375     keyboardNo1 = null;
 376     return 1;
 377   }
 378
 379   int getKeyboardNo2()
 380   {
 381     try
 382     {
 383       if (keyboardNo2 != null)
 384       {
 385         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 386         keyboardNo2 = null;
 387         return value;
 388       }
 389     } catch (Exception x)
 390     {
 391     }
 392     keyboardNo2 = null;
 393     return 1;
 394   }
 395
 396   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 397   {
 398     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 399             + sequence.getName());
 400
 401     Object obj = null;
 402     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 403     {
 404       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 405               + "");
 406       if (obj != null)
 407       {
 408         text.append(" Nucleotide: ");
 409       }
 410     }
 411     else
 412     {
 413       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 414       if (obj != null)
 415       {
 416         text.append("  Residue: ");
 417       }
 418     }
 419
 420     if (obj != null)
 421     {
 422
 423       if (obj != "")
 424       {
 425         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 426       }
 427     }
 428
 429     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 430
 431   }
 432
 433   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 434   {
 435     lastMousePress = evt.getPoint();
 436
 437     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 438     // As the Button2_mask always seems to be true
 439     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 440             && !av.MAC)
 441     {
 442       mouseWheelPressed = true;
 443       return;
 444     }
 445
 446     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 447     {
 448       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 449       {
 450         groupEditing = true;
 451       }
 452       editingSeqs = true;
 453     }
 454     else
 455     {
 456       doMousePressedDefineMode(evt);
 457       return;
 458     }
 459
 460     int seq = findSeq(evt);
 461     int res = findRes(evt);
 462
 463     if (seq < 0 || res < 0)
 464     {
 465       return;
 466     }
 467
 468     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 469             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 470     {
 471       startseq = seq;
 472       lastres = res;
 473     }
 474     else
 475     {
 476       startseq = -1;
 477       lastres = -1;
 478     }
 479
 480     return;
 481   }
 482
 483   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 484   {
 485     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 486     if (evt.getClickCount() > 1)
 487     {
 488       if (av.getSelectionGroup() != null
 489               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 490               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 491                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 492       {
 493         av.setSelectionGroup(null);
 494       }
 495
 496       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 497               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 498
 499       if (features != null && features.length > 0)
 500       {
 501         SearchResults highlight = new SearchResults();
 502         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 503                 features[0].getEnd());
 504         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 505       }
 506       if (features != null && features.length > 0)
 507       {
 508         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 509         { sequence }, features, false, ap);
 510
 511         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 512       }
 513     }
 514   }
 515
 516   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 517   {
 518     mouseDragging = false;
 519     mouseWheelPressed = false;
 520     ap.paintAlignment(true);
 521
 522     if (!editingSeqs)
 523     {
 524       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 525       return;
 526     }
 527
 528     endEditing();
 529
 530   }
 531
 532   int startWrapBlock = -1;
 533
 534   int wrappedBlock = -1;
 535
 536   int findRes(MouseEvent evt)
 537   {
 538     int res = 0;
 539     int x = evt.getX();
 540
 541     if (av.wrapAlignment)
 542     {
 543
 544       int hgap = av.charHeight;
 545       if (av.scaleAboveWrapped)
 546       {
 547         hgap += av.charHeight;
 548       }
 549
 550       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 551               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 552
 553       int y = evt.getY();
 554       y -= hgap;
 555       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 556
 557       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 558       if (cwidth < 1)
 559       {
 560         return 0;
 561       }
 562
 563       wrappedBlock = y / cHeight;
 564       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 565
 566       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 567
 568     }
 569     else
 570     {
 571       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 572     }
 573
 574     if (av.hasHiddenColumns())
 575     {
 576       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 577     }
 578
 579     return res;
 580
 581   }
 582
 583   int findSeq(MouseEvent evt)
 584   {
 585     final int sqnum = findAlRow(evt);
 586     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 587   }
 588
 589   /**
 590    *
 591    * @param evt
 592    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 593    */
 594   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 595   {
 596     int seq = 0;
 597     int y = evt.getY();
 598
 599     if (av.wrapAlignment)
 600     {
 601       int hgap = av.charHeight;
 602       if (av.scaleAboveWrapped)
 603       {
 604         hgap += av.charHeight;
 605       }
 606
 607       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 608               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 609
 610       y -= hgap;
 611
 612       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 613               .getHeight() - 1);
 614       if (seq < 0)
 615       {
 616         seq = -1;
 617       }
 618     }
 619     else
 620     {
 621       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 622               .getAlignment().getHeight() - 1);
 623       if (seq < 0)
 624       {
 625         seq = -1;
 626       }
 627     }
 628
 629     return seq;
 630   }
 631
 632   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 633   {
 634
 635     int seq = findSeq(evt);
 636     int res = findRes(evt);
 637
 638     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 639             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 640     {
 641       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 642       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 643       // in the alignment
 644
 645       startseq = seq;
 646       lastres = res;
 647     }
 648     else
 649     {
 650       startseq = -1;
 651       lastres = -1;
 652     }
 653
 654     return;
 655   }
 656
 657   String lastMessage;
 658
 659   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 660   {
 661     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 662     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 663     {
 664       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 665     }
 666
 667     lastMessage = tmp;
 668   }
 669
 670   public void highlightSequence(SearchResults results)
 671   {
 672     if (av.followHighlight)
 673     {
 674       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 675       {
 676         ap.alignFrame.repaint();
 677       }
 678     }
 679     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 680
 681   }
 682
 683   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 684   {
 685     System.out.println("update the seqPanel colours");
 686     // repaint();
 687   }
 688
 689   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 690   {
 691     int res = findRes(evt);
 692     int seq = findSeq(evt);
 693
 694     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 695     {
 696       if (tooltip != null)
 697       {
 698         tooltip.setTip("");
 699       }
 700       return;
 701     }
 702
 703     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 704     if (res > sequence.getLength())
 705     {
 706       if (tooltip != null)
 707       {
 708         tooltip.setTip("");
 709       }
 710       return;
 711     }
 712
 713     int respos = sequence.findPosition(res);
 714     if (ssm != null)
 715     {
 716       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 717     }
 718
 719     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 720             + sequence.getName());
 721
 722     Object obj = null;
 723     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 724     {
 725       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 726               + "");
 727       if (obj != null)
 728       {
 729         text.append(" Nucleotide: ");
 730       }
 731     }
 732     else
 733     {
 734       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 735       if (obj != null)
 736       {
 737         text.append("  Residue: ");
 738       }
 739     }
 740
 741     if (obj != null)
 742     {
 743       if (obj != "")
 744       {
 745         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 746       }
 747     }
 748
 749     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 750
 751     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 752     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 753     if (groups != null)
 754     {
 755       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 756       {
 757         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 758         {
 759           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 760                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 761           {
 762             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 763           }
 764           if (groups[g].getDescription() != null)
 765           {
 766             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 767           }
 768           tooltipText.append("\n");
 769         }
 770       }
 771     }
 772
 773     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 774     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 775             sequence.findPosition(res));
 776
 777     int index = 0;
 778     while (index < allFeatures.length)
 779     {
 780       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 781
 782       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 783
 784       if (sf.getDescription() != null)
 785       {
 786         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 787       }
 788
 789       if (sf.getValue("status") != null)
 790       {
 791         String status = sf.getValue("status").toString();
 792         if (status.length() > 0)
 793         {
 794           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 795         }
 796       }
 797       tooltipText.append("\n");
 798
 799       index++;
 800     }
 801
 802     if (tooltip == null)
 803     {
 804       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 805     }
 806     else
 807     {
 808       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 809     }
 810   }
 811
 812   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 813   {
 814     Vector tmp = new Vector();
 815     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 816     if (features != null)
 817     {
 818       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 819       {
 820         if (av.featuresDisplayed == null
 821                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 822         {
 823           continue;
 824         }
 825
 826         if (features[i].featureGroup != null
 827                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 828                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 829                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 830                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 831                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 832         {
 833           continue;
 834         }
 835
 836         if ((features[i].getBegin() <= res)
 837                 && (features[i].getEnd() >= res))
 838         {
 839           tmp.addElement(features[i]);
 840         }
 841       }
 842     }
 843
 844     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 845     tmp.copyInto(features);
 846
 847     return features;
 848   }
 849
 850   Tooltip tooltip;
 851
 852   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 853   {
 854     if (mouseWheelPressed)
 855     {
 856       int oldWidth = av.charWidth;
 857
 858       // Which is bigger, left-right or up-down?
 859       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 860               - lastMousePress.x))
 861       {
 862         int fontSize = av.font.getSize();
 863
 864         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 865         {
 866           fontSize--;
 867         }
 868         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 869         {
 870           fontSize++;
 871         }
 872
 873         if (fontSize < 1)
 874         {
 875           fontSize = 1;
 876         }
 877
 878         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 879         av.charWidth = oldWidth;
 880       }
 881       else
 882       {
 883         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 884         {
 885           av.charWidth--;
 886         }
 887         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 888         {
 889           av.charWidth++;
 890         }
 891
 892         if (av.charWidth < 1)
 893         {
 894           av.charWidth = 1;
 895         }
 896       }
 897
 898       ap.fontChanged();
 899
 900       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 901       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 902
 903       lastMousePress = evt.getPoint();
 904
 905       ap.paintAlignment(false);
 906       ap.annotationPanel.image = null;
 907       return;
 908     }
 909
 910     if (!editingSeqs)
 911     {
 912       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 913       return;
 914     }
 915
 916     int res = findRes(evt);
 917
 918     if (res < 0)
 919     {
 920       res = 0;
 921     }
 922
 923     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 929     {
 930       // dragLeft, delete gap
 931       editSequence(false, res);
 932     }
 933     else
 934     {
 935       editSequence(true, res);
 936     }
 937
 938     mouseDragging = true;
 939     if (scrollThread != null)
 940     {
 941       scrollThread.setEvent(evt);
 942     }
 943
 944   }
 945
 946   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 947   {
 948     int fixedLeft = -1;
 949     int fixedRight = -1;
 950     boolean fixedColumns = false;
 951     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 952
 953     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 954
 955     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 956     {
 957       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 958       {
 959         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 960         groupEditing = true;
 961       }
 962     }
 963
 964     StringBuffer message = new StringBuffer();
 965     if (groupEditing)
 966     {
 967       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(":");
 968       if (editCommand == null)
 969       {
 970         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 971       }
 972     }
 973     else
 974     {
 975       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence")).append(" " + seq.getName());
 976       String label = seq.getName();
 977       if (label.length() > 10)
 978       {
 979         label = label.substring(0, 10);
 980       }
 981       if (editCommand == null)
 982       {
 983         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 984       }
 985     }
 986
 987     if (insertGap)
 988     {
 989       message.append(" insert ");
 990     }
 991     else
 992     {
 993       message.append(" delete ");
 994     }
 995
 996     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 997     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 998
 999     // Are we editing within a selection group?
1000     if (groupEditing
1001             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1002                     .contains(seq)))
1003     {
1004       fixedColumns = true;
1005
1006       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1007       // but the sequence represents a group
1008       if (sg == null)
1009       {
1010         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1011         {
1012           endEditing();
1013           return;
1014         }
1015
1016         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1017       }
1018
1019       fixedLeft = sg.getStartRes();
1020       fixedRight = sg.getEndRes();
1021
1022       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1023               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1024               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1025               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1026       {
1027         endEditing();
1028         return;
1029       }
1030
1031       if (fixedLeft > startres)
1032       {
1033         fixedRight = fixedLeft - 1;
1034         fixedLeft = 0;
1035       }
1036       else if (fixedRight < startres)
1037       {
1038         fixedLeft = fixedRight;
1039         fixedRight = -1;
1040       }
1041     }
1042
1043     if (av.hasHiddenColumns())
1044     {
1045       fixedColumns = true;
1046       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1047       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1048
1049       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1050               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1051       {
1052         endEditing();
1053         return;
1054       }
1055
1056       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1057       // Selection spans a hidden region
1058       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1059       {
1060         if (startres >= y2)
1061         {
1062           fixedLeft = y2;
1063         }
1064         else
1065         {
1066           fixedRight = y2 - 1;
1067         }
1068       }
1069     }
1070
1071     if (groupEditing)
1072     {
1073       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1074               .toArray(new SequenceI[0]);
1075
1076       // drag to right
1077       if (insertGap)
1078       {
1079         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1080         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1081         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1082                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1083         {
1084           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1085           fixedRight = sg.getEndRes();
1086         }
1087
1088         // Is it valid with fixed columns??
1089         // Find the next gap before the end
1090         // of the visible region boundary
1091         boolean blank = false;
1092         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1093         {
1094           blank = true;
1095
1096           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1097           {
1098             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1099             {
1100               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1101                       - j)))
1102               {
1103                 blank = false;
1104                 break;
1105               }
1106             }
1107           }
1108           if (blank)
1109           {
1110             break;
1111           }
1112         }
1113
1114         if (!blank)
1115         {
1116           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1117           {
1118             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1119                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1120             {
1121               endEditing();
1122               return;
1123             }
1124
1125             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1126             if (av.hasHiddenRows())
1127             {
1128               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1129                       .getWidth();
1130               if (hwidth > alWidth)
1131               {
1132                 alWidth = hwidth;
1133               }
1134             }
1135             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1136             // contains all the sequences
1137             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1138             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1139           }
1140           else
1141           {
1142             endEditing();
1143             return;
1144           }
1145         }
1146       }
1147
1148       // drag to left
1149       else if (!insertGap)
1150       {
1151         // / Are we able to delete?
1152         // ie are all columns blank?
1153
1154         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1155         {
1156           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1157           {
1158             if (gs.getLength() <= j)
1159             {
1160               continue;
1161             }
1162
1163             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1164             {
1165               // Not a gap, block edit not valid
1166               endEditing();
1167               return;
1168             }
1169           }
1170         }
1171       }
1172
1173       if (insertGap)
1174       {
1175         // dragging to the right
1176         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1177         {
1178           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1179           {
1180             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1181           }
1182         }
1183         else
1184         {
1185           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs,
1186                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1187         }
1188       }
1189       else
1190       {
1191         // dragging to the left
1192         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1193         {
1194           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1195           {
1196             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1197           }
1198         }
1199         else
1200         {
1201           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs,
1202                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1203         }
1204
1205       }
1206     }
1207     else
1208     // ///Editing a single sequence///////////
1209     {
1210       if (insertGap)
1211       {
1212         // dragging to the right
1213         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1214         {
1215           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1216           {
1217             insertChar(j, new SequenceI[]
1218             { seq }, fixedRight);
1219           }
1220         }
1221         else
1222         {
1223           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1224           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1225         }
1226       }
1227       else
1228       {
1229         // dragging to the left
1230         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1231         {
1232           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1233           {
1234             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1235             {
1236               endEditing();
1237               break;
1238             }
1239             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1240             { seq }, fixedRight);
1241           }
1242         }
1243         else
1244         {
1245           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1246           int max = 0;
1247           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1248           {
1249             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1250             {
1251               break;
1252             }
1253             max++;
1254           }
1255
1256           if (max > 0)
1257           {
1258             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1259             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1260           }
1261         }
1262       }
1263     }
1264
1265     lastres = startres;
1266     seqCanvas.repaint();
1267   }
1268
1269   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1270   {
1271     int blankColumn = fixedColumn;
1272     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1273     {
1274       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1275       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1276
1277       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1278       {
1279         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1280         {
1281           // Theres a space, so break and insert the gap
1282           break;
1283         }
1284       }
1285
1286       if (blankColumn <= j)
1287       {
1288         blankColumn = fixedColumn;
1289         endEditing();
1290         return;
1291       }
1292     }
1293
1294     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1295             av.getAlignment(), true);
1296
1297     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1298             av.getAlignment(), true);
1299
1300   }
1301
1302   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1303   {
1304
1305     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1306             av.getAlignment(), true);
1307
1308     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1309             av.getAlignment(), true);
1310   }
1311
1312   // ////////////////////////////////////////
1313   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1314   // ////////////////////////////////////////
1315   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1316   {
1317     if (scrollThread != null)
1318     {
1319       scrollThread.running = false;
1320       scrollThread = null;
1321     }
1322
1323     int res = findRes(evt);
1324     int seq = findSeq(evt);
1325     oldSeq = seq;
1326     startWrapBlock = wrappedBlock;
1327
1328     if (seq == -1)
1329     {
1330       return;
1331     }
1332
1333     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1334
1335     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1336     {
1337       return;
1338     }
1339
1340     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1341
1342     if (stretchGroup == null)
1343     {
1344       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1345       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1346               && res < stretchGroup.getEndRes())
1347       {
1348         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1349       }
1350       else
1351       {
1352         stretchGroup = null;
1353       }
1354     }
1355
1356     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1357             || stretchGroup.getStartRes() > res
1358             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1359     {
1360       stretchGroup = null;
1361
1362       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1363
1364       if (allGroups != null)
1365       {
1366         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1367         {
1368           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1369                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1370           {
1371             stretchGroup = allGroups[i];
1372             break;
1373           }
1374         }
1375       }
1376       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1377     }
1378
1379     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1380     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1381     {
1382       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1383               sequence.findPosition(res));
1384
1385       Vector links = null;
1386       if (allFeatures != null)
1387       {
1388         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1389         {
1390           if (allFeatures[i].links != null)
1391           {
1392             if (links == null)
1393             {
1394               links = new Vector();
1395             }
1396             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1397             {
1398               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1399             }
1400           }
1401         }
1402       }
1403       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1404       this.add(popup);
1405       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1406       return;
1407     }
1408
1409     if (av.cursorMode)
1410     {
1411       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1412       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1413       seqCanvas.repaint();
1414       return;
1415     }
1416
1417     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1418
1419     if (stretchGroup == null)
1420     {
1421       // define a new group here
1422       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1423       sg.setStartRes(res);
1424       sg.setEndRes(res);
1425       sg.addSequence(sequence, false);
1426       av.setSelectionGroup(sg);
1427       stretchGroup = sg;
1428
1429       if (av.getConservationSelected())
1430       {
1431         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1432                 "Background");
1433       }
1434       if (av.getAbovePIDThreshold())
1435       {
1436         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1437                 "Background");
1438       }
1439
1440     }
1441   }
1442
1443   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1444   {
1445     if (stretchGroup == null)
1446     {
1447       return;
1448     }
1449
1450     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1451                                        // state
1452     if (stretchGroup.cs != null)
1453     {
1454       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1455               av.getHiddenRepSequences());
1456
1457       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1458       {
1459         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1460                 stretchGroup.getName());
1461       }
1462       else
1463       {
1464         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1465                 stretchGroup.getName());
1466       }
1467     }
1468     changeEndRes = false;
1469     changeStartRes = false;
1470     stretchGroup = null;
1471     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1472     ap.paintAlignment(true);
1473     av.sendSelection();
1474   }
1475
1476   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1477   {
1478     int res = findRes(evt);
1479     int y = findSeq(evt);
1480
1481     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1482     {
1483       return;
1484     }
1485
1486     if (stretchGroup == null)
1487     {
1488       return;
1489     }
1490
1491     mouseDragging = true;
1492
1493     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1494     {
1495       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1496     }
1497
1498     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1499     {
1500       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1501     }
1502
1503     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1504     {
1505       // Edit end res position of selected group
1506       changeEndRes = true;
1507     }
1508     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1509     {
1510       // Edit start res position of selected group
1511       changeStartRes = true;
1512     }
1513
1514     if (res < 0)
1515     {
1516       res = 0;
1517     }
1518
1519     if (changeEndRes)
1520     {
1521       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1522       {
1523         stretchGroup.setEndRes(res);
1524       }
1525     }
1526     else if (changeStartRes)
1527     {
1528       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1529       {
1530         stretchGroup.setStartRes(res);
1531       }
1532     }
1533
1534     int dragDirection = 0;
1535
1536     if (y > oldSeq)
1537     {
1538       dragDirection = 1;
1539     }
1540     else if (y < oldSeq)
1541     {
1542       dragDirection = -1;
1543     }
1544
1545     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1546             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1547     {
1548       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1549       // selection is quite slow.
1550       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1551
1552       oldSeq += dragDirection;
1553
1554       if (oldSeq < 0)
1555       {
1556         break;
1557       }
1558
1559       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1560
1561       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1562       {
1563         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1564       }
1565       else
1566       {
1567         if (seq != null)
1568         {
1569           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1570         }
1571
1572         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1573       }
1574     }
1575
1576     if (oldSeq < 0)
1577     {
1578       oldSeq = -1;
1579     }
1580
1581     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1582             || y > av.endSeq)
1583     {
1584       mouseExited(evt);
1585     }
1586
1587     if (scrollThread != null)
1588     {
1589       scrollThread.setEvent(evt);
1590     }
1591
1592     seqCanvas.repaint();
1593   }
1594
1595   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1596   {
1597     if (oldSeq < 0)
1598     {
1599       oldSeq = 0;
1600     }
1601
1602     if (scrollThread != null)
1603     {
1604       scrollThread.running = false;
1605       scrollThread = null;
1606     }
1607   }
1608
1609   public void mouseExited(MouseEvent e)
1610   {
1611     if (av.getWrapAlignment())
1612     {
1613       return;
1614     }
1615
1616     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1617     {
1618       scrollThread = new ScrollThread();
1619     }
1620   }
1621
1622   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1623   {
1624     if (evt == null)
1625     {
1626       if (scrollThread != null)
1627       {
1628         scrollThread.running = false;
1629         scrollThread = null;
1630       }
1631       mouseDragging = false;
1632     }
1633     else
1634     {
1635       if (scrollThread == null)
1636       {
1637         scrollThread = new ScrollThread();
1638       }
1639
1640       mouseDragging = true;
1641       scrollThread.setEvent(evt);
1642     }
1643
1644   }
1645
1646   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1647   class ScrollThread extends Thread
1648   {
1649     MouseEvent evt;
1650
1651     boolean running = false;
1652
1653     public ScrollThread()
1654     {
1655       start();
1656     }
1657
1658     public void setEvent(MouseEvent e)
1659     {
1660       evt = e;
1661     }
1662
1663     public void stopScrolling()
1664     {
1665       running = false;
1666     }
1667
1668     public void run()
1669     {
1670       running = true;
1671       while (running)
1672       {
1673
1674         if (evt != null)
1675         {
1676
1677           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1678           {
1679             running = ap.scrollUp(true);
1680           }
1681
1682           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1683                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1684           {
1685             running = ap.scrollUp(false);
1686           }
1687
1688           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1689           {
1690             running = ap.scrollRight(false);
1691           }
1692
1693           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1694           {
1695             running = ap.scrollRight(true);
1696           }
1697         }
1698
1699         try
1700         {
1701           Thread.sleep(75);
1702         } catch (Exception ex)
1703         {
1704         }
1705       }
1706     }
1707   }
1708
1709   /**
1710    * modify current selection according to a received message.
1711    */
1712   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1713           SelectionSource source)
1714   {
1715     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1716     // handles selection messages...
1717     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1718     // shared between viewports.
1719     if (av != null
1720             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1721                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1722     {
1723       return;
1724     }
1725     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1726     // suspect)
1727     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1728     // sequence selection
1729     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1730     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1731     {
1732       SequenceGroup sgroup = null;
1733       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1734       {
1735         if (av.getAlignment() == null)
1736         {
1737           System.out
1738                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1739                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1740                           + av.getViewId()
1741                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1742           return;
1743         }
1744         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1745                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1746         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1747                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1748         {
1749           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1750           copycolsel = false;
1751         }
1752       }
1753       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1754       {
1755         av.setSelectionGroup(sgroup);
1756       }
1757       else
1758       {
1759         av.setSelectionGroup(null);
1760       }
1761       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1762     }
1763     if (copycolsel
1764             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1765                     .isColSelChanged(true)))
1766     {
1767       // the current selection is unset or from a previous message
1768       // so import the new colsel.
1769       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1770       {
1771         if (av.getColumnSelection() != null)
1772         {
1773           av.getColumnSelection().clear();
1774         }
1775       }
1776       else
1777       {
1778         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1779         if (av.getColumnSelection() == null)
1780         {
1781           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1782         }
1783         else
1784         {
1785           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1786         }
1787       }
1788       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1789     }
1790     if (copycolsel
1791             && av.hasHiddenColumns()
1792             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1793                     .getHiddenColumns() == null))
1794     {
1795       System.err.println("Bad things");
1796     }
1797     if (repaint)
1798     {
1799       ap.scalePanelHolder.repaint();
1800       ap.repaint();
1801     }
1802   }
1803
1804   /**
1805    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1806    *
1807    * @param row
1808    * @param column
1809    */
1810   public void scrollTo(int row, int column)
1811   {
1812
1813     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1814     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1815     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1816   }
1817
1818   /**
1819    * scroll to the given row - or nearest visible location
1820    *
1821    * @param row
1822    */
1823   public void scrollToRow(int row)
1824   {
1825
1826     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1827     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1828   }
1829
1830   /**
1831    * scroll to the given column - or nearest visible location
1832    *
1833    * @param column
1834    */
1835   public void scrollToColumn(int column)
1836   {
1837
1838     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1839     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1840   }
1841
1842 }