src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.SelectionListener;
  36 import jalview.structure.SelectionSource;
  37 import jalview.structure.SequenceListener;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structure.VamsasSource;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  56         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  57 {
  58
  59   public SeqCanvas seqCanvas;
  60
  61   public AlignmentPanel ap;
  62
  63   protected int lastres;
  64
  65   protected int startseq;
  66
  67   protected AlignViewport av;
  68
  69   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  70   // conservation
  71   boolean seqEditOccurred = false;
  72
  73   ScrollThread scrollThread = null;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   boolean editingSeqs = false;
  78
  79   boolean groupEditing = false;
  80
  81   int oldSeq = -1;
  82
  83   boolean changeEndSeq = false;
  84
  85   boolean changeStartSeq = false;
  86
  87   boolean changeEndRes = false;
  88
  89   boolean changeStartRes = false;
  90
  91   SequenceGroup stretchGroup = null;
  92
  93   StringBuffer keyboardNo1;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo2;
  96
  97   boolean mouseWheelPressed = false;
  98
  99   Point lastMousePress;
 100
 101   EditCommand editCommand;
 102
 103   StructureSelectionManager ssm;
 104
 105   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 106   {
 107     this.av = avp;
 108
 109     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     add(seqCanvas);
 112
 113     ap = p;
 114
 115     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 116     seqCanvas.addMouseListener(this);
 117     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 118     ssm.addStructureViewerListener(this);
 119     ssm.addSelectionListener(this);
 120
 121     seqCanvas.repaint();
 122   }
 123
 124   void endEditing()
 125   {
 126     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 127     {
 128       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 129       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 130               .getSequences());
 131     }
 132
 133     startseq = -1;
 134     lastres = -1;
 135     editingSeqs = false;
 136     groupEditing = false;
 137     keyboardNo1 = null;
 138     keyboardNo2 = null;
 139     editCommand = null;
 140   }
 141
 142   void setCursorRow()
 143   {
 144     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 145     scrollToVisible();
 146   }
 147
 148   void setCursorColumn()
 149   {
 150     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void setCursorRowAndColumn()
 155   {
 156     if (keyboardNo2 == null)
 157     {
 158       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 163       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 164       scrollToVisible();
 165     }
 166   }
 167
 168   void setCursorPosition()
 169   {
 170     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 171
 172     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 173     scrollToVisible();
 174   }
 175
 176   void moveCursor(int dx, int dy)
 177   {
 178     seqCanvas.cursorX += dx;
 179     seqCanvas.cursorY += dy;
 180     if (av.hasHiddenColumns()
 181             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 182     {
 183       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 184       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 185
 186       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 187               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 188       {
 189         seqCanvas.cursorX += dx;
 190       }
 191
 192       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 193               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX = original;
 196       }
 197     }
 198     scrollToVisible();
 199   }
 200
 201   void scrollToVisible()
 202   {
 203     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 204     {
 205       seqCanvas.cursorX = 0;
 206     }
 207     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 208     {
 209       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 210     }
 211
 212     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorY = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 219     }
 220
 221     endEditing();
 222     if (av.getWrapAlignment())
 223     {
 224       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 229       {
 230         ap.scrollUp(true);
 231       }
 232       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 233       {
 234         ap.scrollUp(false);
 235       }
 236       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 237               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 238       {
 239
 240         if (!ap.scrollRight(false))
 241         {
 242           break;
 243         }
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 246               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 247       {
 248         if (!ap.scrollRight(true))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 255             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 256
 257     seqCanvas.repaint();
 258   }
 259
 260   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 261   {
 262     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 263
 264     if (av.getSelectionGroup() != null)
 265     {
 266       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 267       // Find the top and bottom of this group
 268       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 269       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 270       {
 271         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 272         if (index > max)
 273         {
 274           max = index;
 275         }
 276         if (index < min)
 277         {
 278           min = index;
 279         }
 280       }
 281
 282       max++;
 283
 284       if (topLeft)
 285       {
 286         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 287         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 288         {
 289           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         }
 291
 292         min = seqCanvas.cursorY;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 297         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 298         {
 299           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 300         }
 301
 302         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 303       }
 304
 305       if (min > max)
 306       {
 307         // Only the user can do this
 308         av.setSelectionGroup(null);
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // Now add any sequences between min and max
 313         sg.clear();
 314         for (int i = min; i < max; i++)
 315         {
 316           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321     if (av.getSelectionGroup() == null)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 324       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 325       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.addSequence(sequence, false);
 327       av.setSelectionGroup(sg);
 328     }
 329     ap.paintAlignment(false);
 330     av.sendSelection();
 331   }
 332
 333   void insertGapAtCursor(boolean group)
 334   {
 335     groupEditing = group;
 336     startseq = seqCanvas.cursorY;
 337     lastres = seqCanvas.cursorX;
 338     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 339     endEditing();
 340   }
 341
 342   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 347     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void numberPressed(char value)
 352   {
 353     if (keyboardNo1 == null)
 354     {
 355       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 356     }
 357
 358     if (keyboardNo2 != null)
 359     {
 360       keyboardNo2.append(value);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       keyboardNo1.append(value);
 365     }
 366   }
 367
 368   int getKeyboardNo1()
 369   {
 370     try
 371     {
 372       if (keyboardNo1 != null)
 373       {
 374         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 375         keyboardNo1 = null;
 376         return value;
 377       }
 378     } catch (Exception x)
 379     {
 380     }
 381     keyboardNo1 = null;
 382     return 1;
 383   }
 384
 385   int getKeyboardNo2()
 386   {
 387     try
 388     {
 389       if (keyboardNo2 != null)
 390       {
 391         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 392         keyboardNo2 = null;
 393         return value;
 394       }
 395     } catch (Exception x)
 396     {
 397     }
 398     keyboardNo2 = null;
 399     return 1;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set status message in alignment panel
 404    *
 405    * @param sequence
 406    *          aligned sequence object
 407    * @param res
 408    *          alignment column
 409    * @param seq
 410    *          index of sequence in alignment
 411    * @return position of res in sequence
 412    */
 413   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 414   {
 415     // TODO remove duplication of identical gui method
 416     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 417     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 418     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 419
 420     String residue = null;
 421     /*
 422      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 423      */
 424     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 425     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 426     {
 427       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 428       if (residue != null)
 429       {
 430         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 436               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 437               .get(displayChar));
 438       if (residue != null)
 439       {
 440         text.append(" Residue: ").append(residue);
 441       }
 442     }
 443
 444     int pos = -1;
 445     if (residue != null)
 446     {
 447       pos = sequence.findPosition(res);
 448       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 449     }
 450
 451     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 456    * search results.
 457    *
 458    * @param results
 459    * @return true if results were matched, false if not
 460    */
 461   private boolean setStatusMessage(SearchResults results)
 462   {
 463     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 464     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 465     if (sequenceIndex == -1)
 466     {
 467       return false;
 468     }
 469     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 470     for (Match m : results.getResults())
 471     {
 472       SequenceI seq = m.getSequence();
 473       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 474       {
 475         seq = seq.getDatasetSequence();
 476       }
 477
 478       if (seq == ds)
 479       {
 480         /*
 481          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 482          * index (base 0)
 483          */
 484         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 485         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 486         return true;
 487       }
 488     }
 489     return false;
 490   }
 491
 492   @Override
 493   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 494   {
 495     lastMousePress = evt.getPoint();
 496
 497     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 498     // As the Button2_mask always seems to be true
 499     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 500             && !av.MAC)
 501     {
 502       mouseWheelPressed = true;
 503       return;
 504     }
 505
 506     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 507     {
 508       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 509       {
 510         groupEditing = true;
 511       }
 512       editingSeqs = true;
 513     }
 514     else
 515     {
 516       doMousePressedDefineMode(evt);
 517       return;
 518     }
 519
 520     int seq = findSeq(evt);
 521     int res = findRes(evt);
 522
 523     if (seq < 0 || res < 0)
 524     {
 525       return;
 526     }
 527
 528     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 529             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 530     {
 531       startseq = seq;
 532       lastres = res;
 533     }
 534     else
 535     {
 536       startseq = -1;
 537       lastres = -1;
 538     }
 539
 540     return;
 541   }
 542
 543   @Override
 544   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 545   {
 546     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 547     if (evt.getClickCount() > 1)
 548     {
 549       if (av.getSelectionGroup() != null
 550               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 551               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 552                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 553       {
 554         av.setSelectionGroup(null);
 555       }
 556
 557       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 558               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 559
 560       if (features != null && features.length > 0)
 561       {
 562         SearchResults highlight = new SearchResults();
 563         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 564                 features[0].getEnd());
 565         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 566       }
 567       if (features != null && features.length > 0)
 568       {
 569         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 570                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 571
 572         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 573       }
 574     }
 575   }
 576
 577   @Override
 578   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 579   {
 580     mouseDragging = false;
 581     mouseWheelPressed = false;
 582     ap.paintAlignment(true);
 583
 584     if (!editingSeqs)
 585     {
 586       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 587       return;
 588     }
 589
 590     endEditing();
 591
 592   }
 593
 594   int startWrapBlock = -1;
 595
 596   int wrappedBlock = -1;
 597
 598   int findRes(MouseEvent evt)
 599   {
 600     int res = 0;
 601     int x = evt.getX();
 602
 603     if (av.getWrapAlignment())
 604     {
 605
 606       int hgap = av.getCharHeight();
 607       if (av.getScaleAboveWrapped())
 608       {
 609         hgap += av.getCharHeight();
 610       }
 611
 612       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 613               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 614
 615       int y = evt.getY();
 616       y -= hgap;
 617       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 618
 619       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 620       if (cwidth < 1)
 621       {
 622         return 0;
 623       }
 624
 625       wrappedBlock = y / cHeight;
 626       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 627
 628       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 629
 630     }
 631     else
 632     {
 633       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 634     }
 635
 636     if (av.hasHiddenColumns())
 637     {
 638       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 639     }
 640
 641     return res;
 642
 643   }
 644
 645   int findSeq(MouseEvent evt)
 646   {
 647     final int sqnum = findAlRow(evt);
 648     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 649   }
 650
 651   /**
 652    *
 653    * @param evt
 654    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 655    */
 656   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 657   {
 658     int seq = 0;
 659     int y = evt.getY();
 660
 661     if (av.getWrapAlignment())
 662     {
 663       int hgap = av.getCharHeight();
 664       if (av.getScaleAboveWrapped())
 665       {
 666         hgap += av.getCharHeight();
 667       }
 668
 669       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 670               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 671
 672       y -= hgap;
 673
 674       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 675               .getHeight() - 1);
 676       if (seq < 0)
 677       {
 678         seq = -1;
 679       }
 680     }
 681     else
 682     {
 683       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 684               .getAlignment().getHeight() - 1);
 685       if (seq < 0)
 686       {
 687         seq = -1;
 688       }
 689     }
 690
 691     return seq;
 692   }
 693
 694   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 695   {
 696
 697     int seq = findSeq(evt);
 698     int res = findRes(evt);
 699
 700     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 701             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 702     {
 703       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 704       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 705       // in the alignment
 706
 707       startseq = seq;
 708       lastres = res;
 709     }
 710     else
 711     {
 712       startseq = -1;
 713       lastres = -1;
 714     }
 715
 716     return;
 717   }
 718
 719   String lastMessage;
 720
 721   @Override
 722   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 723   {
 724     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 725     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 726     {
 727       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 728     }
 729
 730     lastMessage = tmp;
 731   }
 732
 733   @Override
 734   public void highlightSequence(SearchResults results)
 735   {
 736     if (av.isFollowHighlight())
 737     {
 738       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 739       {
 740         ap.alignFrame.repaint();
 741       }
 742     }
 743     setStatusMessage(results);
 744     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 745
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public VamsasSource getVamsasSource()
 750   {
 751     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 756   {
 757     System.out.println("update the seqPanel colours");
 758     // repaint();
 759   }
 760
 761   @Override
 762   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 763   {
 764     int res = findRes(evt);
 765     int seq = findSeq(evt);
 766
 767     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 768     {
 769       if (tooltip != null)
 770       {
 771         tooltip.setTip("");
 772       }
 773       return;
 774     }
 775
 776     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 777     if (res > sequence.getLength())
 778     {
 779       if (tooltip != null)
 780       {
 781         tooltip.setTip("");
 782       }
 783       return;
 784     }
 785
 786     int respos = sequence.findPosition(res);
 787     if (ssm != null)
 788     {
 789       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 790     }
 791
 792     StringBuilder text = new StringBuilder();
 793     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 794             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 795
 796     String obj = null;
 797     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 798     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 799     {
 800       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 801       if (obj != null)
 802       {
 803         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 804       }
 805     }
 806     else
 807     {
 808       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 809               .get(ch);
 810       if (obj != null)
 811       {
 812         text.append(" Residue: ").append(obj);
 813       }
 814     }
 815
 816     if (obj != null)
 817     {
 818       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 819     }
 820
 821     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 822
 823     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 824     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 825     if (groups != null)
 826     {
 827       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 828       {
 829         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 830         {
 831           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 832                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 833           {
 834             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 835           }
 836           if (groups[g].getDescription() != null)
 837           {
 838             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 839           }
 840           tooltipText.append("\n");
 841         }
 842       }
 843     }
 844
 845     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 846     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 847             sequence.findPosition(res));
 848
 849     int index = 0;
 850     while (index < allFeatures.length)
 851     {
 852       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 853
 854       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 855
 856       if (sf.getDescription() != null)
 857       {
 858         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 859       }
 860
 861       if (sf.getValue("status") != null)
 862       {
 863         String status = sf.getValue("status").toString();
 864         if (status.length() > 0)
 865         {
 866           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 867         }
 868       }
 869       tooltipText.append("\n");
 870
 871       index++;
 872     }
 873
 874     if (tooltip == null)
 875     {
 876       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 877     }
 878     else
 879     {
 880       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 881     }
 882   }
 883
 884   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 885   {
 886     Vector tmp = new Vector();
 887     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 888     if (features != null)
 889     {
 890       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 891       {
 892         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 893                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 894                         features[i].getType()))
 895         {
 896           continue;
 897         }
 898
 899         if (features[i].featureGroup != null
 900                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 901                         features[i].featureGroup, false))
 902         {
 903           continue;
 904         }
 905
 906         if ((features[i].getBegin() <= res)
 907                 && (features[i].getEnd() >= res))
 908         {
 909           tmp.addElement(features[i]);
 910         }
 911       }
 912     }
 913
 914     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 915     tmp.copyInto(features);
 916
 917     return features;
 918   }
 919
 920   Tooltip tooltip;
 921
 922   /**
 923    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 924    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 925    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 926    * redraws can be applied
 927    */
 928   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 929
 930   @Override
 931   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 932   {
 933     if (mouseWheelPressed)
 934     {
 935       int oldWidth = av.getCharWidth();
 936
 937       // Which is bigger, left-right or up-down?
 938       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 939               - lastMousePress.x))
 940       {
 941         int fontSize = av.font.getSize();
 942
 943         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 944         {
 945           fontSize--;
 946         }
 947         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 948         {
 949           fontSize++;
 950         }
 951
 952         if (fontSize < 1)
 953         {
 954           fontSize = 1;
 955         }
 956
 957         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 958         av.setCharWidth(oldWidth);
 959       }
 960       else
 961       {
 962         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 963         {
 964           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 965         }
 966         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 967         {
 968           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 969         }
 970
 971         if (av.getCharWidth() < 1)
 972         {
 973           av.setCharWidth(1);
 974         }
 975       }
 976
 977       ap.fontChanged();
 978
 979       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 980       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 981
 982       lastMousePress = evt.getPoint();
 983
 984       ap.paintAlignment(false);
 985       ap.annotationPanel.image = null;
 986       return;
 987     }
 988
 989     if (!editingSeqs)
 990     {
 991       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 992       return;
 993     }
 994
 995     int res = findRes(evt);
 996
 997     if (res < 0)
 998     {
 999       res = 0;
1000     }
1001
1002     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1003     {
1004       return;
1005     }
1006
1007     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1008     {
1009       // dragLeft, delete gap
1010       editSequence(false, res);
1011     }
1012     else
1013     {
1014       editSequence(true, res);
1015     }
1016
1017     mouseDragging = true;
1018     if (scrollThread != null)
1019     {
1020       scrollThread.setEvent(evt);
1021     }
1022
1023   }
1024
1025   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1026   {
1027     int fixedLeft = -1;
1028     int fixedRight = -1;
1029     boolean fixedColumns = false;
1030     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1031
1032     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1033
1034     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1035     {
1036       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1037       {
1038         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1039         groupEditing = true;
1040       }
1041     }
1042
1043     StringBuffer message = new StringBuffer();
1044     if (groupEditing)
1045     {
1046       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1047               ":");
1048       if (editCommand == null)
1049       {
1050         editCommand = new EditCommand(
1051                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1052       }
1053     }
1054     else
1055     {
1056       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1057               .append(" " + seq.getName());
1058       String label = seq.getName();
1059       if (label.length() > 10)
1060       {
1061         label = label.substring(0, 10);
1062       }
1063       if (editCommand == null)
1064       {
1065         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1066                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1067       }
1068     }
1069
1070     if (insertGap)
1071     {
1072       message.append(" insert ");
1073     }
1074     else
1075     {
1076       message.append(" delete ");
1077     }
1078
1079     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1080     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1081
1082     // Are we editing within a selection group?
1083     if (groupEditing
1084             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1085                     .contains(seq)))
1086     {
1087       fixedColumns = true;
1088
1089       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1090       // but the sequence represents a group
1091       if (sg == null)
1092       {
1093         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1094         {
1095           endEditing();
1096           return;
1097         }
1098
1099         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1100       }
1101
1102       fixedLeft = sg.getStartRes();
1103       fixedRight = sg.getEndRes();
1104
1105       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1106               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1107               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1108               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1109       {
1110         endEditing();
1111         return;
1112       }
1113
1114       if (fixedLeft > startres)
1115       {
1116         fixedRight = fixedLeft - 1;
1117         fixedLeft = 0;
1118       }
1119       else if (fixedRight < startres)
1120       {
1121         fixedLeft = fixedRight;
1122         fixedRight = -1;
1123       }
1124     }
1125
1126     if (av.hasHiddenColumns())
1127     {
1128       fixedColumns = true;
1129       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1130       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1131
1132       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1133               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1134       {
1135         endEditing();
1136         return;
1137       }
1138
1139       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1140       // Selection spans a hidden region
1141       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1142       {
1143         if (startres >= y2)
1144         {
1145           fixedLeft = y2;
1146         }
1147         else
1148         {
1149           fixedRight = y2 - 1;
1150         }
1151       }
1152     }
1153
1154     if (groupEditing)
1155     {
1156       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1157               .toArray(new SequenceI[0]);
1158
1159       // drag to right
1160       if (insertGap)
1161       {
1162         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1163         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1164         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1165                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1166         {
1167           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1168           fixedRight = sg.getEndRes();
1169         }
1170
1171         // Is it valid with fixed columns??
1172         // Find the next gap before the end
1173         // of the visible region boundary
1174         boolean blank = false;
1175         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1176         {
1177           blank = true;
1178
1179           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1180           {
1181             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1182             {
1183               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1184                       - j)))
1185               {
1186                 blank = false;
1187                 break;
1188               }
1189             }
1190           }
1191           if (blank)
1192           {
1193             break;
1194           }
1195         }
1196
1197         if (!blank)
1198         {
1199           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1200           {
1201             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1202                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1203             {
1204               endEditing();
1205               return;
1206             }
1207
1208             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1209             if (av.hasHiddenRows())
1210             {
1211               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1212                       .getWidth();
1213               if (hwidth > alWidth)
1214               {
1215                 alWidth = hwidth;
1216               }
1217             }
1218             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1219             // contains all the sequences
1220             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1221             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1222           }
1223           else
1224           {
1225             endEditing();
1226             return;
1227           }
1228         }
1229       }
1230
1231       // drag to left
1232       else if (!insertGap)
1233       {
1234         // / Are we able to delete?
1235         // ie are all columns blank?
1236
1237         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1238         {
1239           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1240           {
1241             if (gs.getLength() <= j)
1242             {
1243               continue;
1244             }
1245
1246             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1247             {
1248               // Not a gap, block edit not valid
1249               endEditing();
1250               return;
1251             }
1252           }
1253         }
1254       }
1255
1256       if (insertGap)
1257       {
1258         // dragging to the right
1259         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1260         {
1261           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1262           {
1263             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1264           }
1265         }
1266         else
1267         {
1268           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1269                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1270         }
1271       }
1272       else
1273       {
1274         // dragging to the left
1275         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1276         {
1277           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1278           {
1279             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1280           }
1281         }
1282         else
1283         {
1284           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1285                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1286         }
1287
1288       }
1289     }
1290     else
1291     // ///Editing a single sequence///////////
1292     {
1293       if (insertGap)
1294       {
1295         // dragging to the right
1296         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1297         {
1298           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1299           {
1300             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1301           }
1302         }
1303         else
1304         {
1305           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1306                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1307                   av.getAlignment(), true);
1308         }
1309       }
1310       else
1311       {
1312         // dragging to the left
1313         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1314         {
1315           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1316           {
1317             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1318             {
1319               endEditing();
1320               break;
1321             }
1322             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1323           }
1324         }
1325         else
1326         {
1327           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1328           int max = 0;
1329           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1330           {
1331             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1332             {
1333               break;
1334             }
1335             max++;
1336           }
1337
1338           if (max > 0)
1339           {
1340             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1341                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1342                     av.getAlignment(), true);
1343           }
1344         }
1345       }
1346     }
1347
1348     lastres = startres;
1349     seqCanvas.repaint();
1350   }
1351
1352   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1353   {
1354     int blankColumn = fixedColumn;
1355     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1356     {
1357       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1358       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1359
1360       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1361       {
1362         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1363         {
1364           // Theres a space, so break and insert the gap
1365           break;
1366         }
1367       }
1368
1369       if (blankColumn <= j)
1370       {
1371         blankColumn = fixedColumn;
1372         endEditing();
1373         return;
1374       }
1375     }
1376
1377     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1378             av.getAlignment(), true);
1379
1380     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1381             true);
1382
1383   }
1384
1385   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1386   {
1387
1388     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1389             true);
1390
1391     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1392             av.getAlignment(), true);
1393   }
1394
1395   // ////////////////////////////////////////
1396   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1397   // ////////////////////////////////////////
1398   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1399   {
1400     if (scrollThread != null)
1401     {
1402       scrollThread.running = false;
1403       scrollThread = null;
1404     }
1405
1406     int res = findRes(evt);
1407     int seq = findSeq(evt);
1408     oldSeq = seq;
1409     startWrapBlock = wrappedBlock;
1410
1411     if (seq == -1)
1412     {
1413       return;
1414     }
1415
1416     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1417
1418     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1419     {
1420       return;
1421     }
1422
1423     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1424
1425     if (stretchGroup == null)
1426     {
1427       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1428       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1429               && res < stretchGroup.getEndRes())
1430       {
1431         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1432       }
1433       else
1434       {
1435         stretchGroup = null;
1436       }
1437     }
1438
1439     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1440             || stretchGroup.getStartRes() > res
1441             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1442     {
1443       stretchGroup = null;
1444
1445       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1446
1447       if (allGroups != null)
1448       {
1449         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1450         {
1451           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1452                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1453           {
1454             stretchGroup = allGroups[i];
1455             break;
1456           }
1457         }
1458       }
1459       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1460     }
1461
1462     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1463     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1464     {
1465       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1466               sequence.findPosition(res));
1467
1468       Vector<String> links = null;
1469       if (allFeatures != null)
1470       {
1471         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1472         {
1473           if (allFeatures[i].links != null)
1474           {
1475             if (links == null)
1476             {
1477               links = new Vector<String>();
1478             }
1479             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1480             {
1481               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1482             }
1483           }
1484         }
1485       }
1486       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1487       this.add(popup);
1488       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1489       return;
1490     }
1491
1492     if (av.cursorMode)
1493     {
1494       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1495       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1496       seqCanvas.repaint();
1497       return;
1498     }
1499
1500     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1501
1502     if (stretchGroup == null)
1503     {
1504       // define a new group here
1505       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1506       sg.setStartRes(res);
1507       sg.setEndRes(res);
1508       sg.addSequence(sequence, false);
1509       av.setSelectionGroup(sg);
1510       stretchGroup = sg;
1511
1512       if (av.getConservationSelected())
1513       {
1514         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1515                 "Background");
1516       }
1517       if (av.getAbovePIDThreshold())
1518       {
1519         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1520                 "Background");
1521       }
1522
1523     }
1524   }
1525
1526   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1527   {
1528     if (stretchGroup == null)
1529     {
1530       return;
1531     }
1532     // always do this - annotation has own state
1533     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1534     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1535     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1536     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1537     if (stretchGroup.cs != null)
1538     {
1539       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1540               av.getHiddenRepSequences());
1541
1542       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1543       {
1544         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1545                 stretchGroup.getName());
1546       }
1547       else
1548       {
1549         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1550                 stretchGroup.getName());
1551       }
1552     }
1553     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1554     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1555     needOverviewUpdate = false;
1556     changeEndRes = false;
1557     changeStartRes = false;
1558     stretchGroup = null;
1559     av.sendSelection();
1560   }
1561
1562   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1563   {
1564     int res = findRes(evt);
1565     int y = findSeq(evt);
1566
1567     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1568     {
1569       return;
1570     }
1571
1572     if (stretchGroup == null)
1573     {
1574       return;
1575     }
1576
1577     mouseDragging = true;
1578
1579     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1580     {
1581       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1582     }
1583
1584     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1585     {
1586       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1587     }
1588
1589     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1590     {
1591       // Edit end res position of selected group
1592       changeEndRes = true;
1593     }
1594     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1595     {
1596       // Edit start res position of selected group
1597       changeStartRes = true;
1598     }
1599
1600     if (res < 0)
1601     {
1602       res = 0;
1603     }
1604
1605     if (changeEndRes)
1606     {
1607       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1608       {
1609         stretchGroup.setEndRes(res);
1610         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1611       }
1612     }
1613     else if (changeStartRes)
1614     {
1615       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1616       {
1617         stretchGroup.setStartRes(res);
1618         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1619       }
1620     }
1621
1622     int dragDirection = 0;
1623
1624     if (y > oldSeq)
1625     {
1626       dragDirection = 1;
1627     }
1628     else if (y < oldSeq)
1629     {
1630       dragDirection = -1;
1631     }
1632
1633     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1634             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1635     {
1636       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1637       // selection is quite slow.
1638       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1639
1640       oldSeq += dragDirection;
1641
1642       if (oldSeq < 0)
1643       {
1644         break;
1645       }
1646
1647       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1648
1649       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1650       {
1651         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1652         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1653       }
1654       else
1655       {
1656         if (seq != null)
1657         {
1658           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1659         }
1660
1661         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1662         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1663       }
1664     }
1665
1666     if (oldSeq < 0)
1667     {
1668       oldSeq = -1;
1669     }
1670
1671     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1672             || y > av.endSeq)
1673     {
1674       mouseExited(evt);
1675     }
1676
1677     if (scrollThread != null)
1678     {
1679       scrollThread.setEvent(evt);
1680     }
1681
1682     seqCanvas.repaint();
1683   }
1684
1685   @Override
1686   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1687   {
1688     if (oldSeq < 0)
1689     {
1690       oldSeq = 0;
1691     }
1692
1693     if (scrollThread != null)
1694     {
1695       scrollThread.running = false;
1696       scrollThread = null;
1697     }
1698   }
1699
1700   @Override
1701   public void mouseExited(MouseEvent e)
1702   {
1703     if (av.getWrapAlignment())
1704     {
1705       return;
1706     }
1707
1708     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1709     {
1710       scrollThread = new ScrollThread();
1711     }
1712   }
1713
1714   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1715   {
1716     if (evt == null)
1717     {
1718       if (scrollThread != null)
1719       {
1720         scrollThread.running = false;
1721         scrollThread = null;
1722       }
1723       mouseDragging = false;
1724     }
1725     else
1726     {
1727       if (scrollThread == null)
1728       {
1729         scrollThread = new ScrollThread();
1730       }
1731
1732       mouseDragging = true;
1733       scrollThread.setEvent(evt);
1734     }
1735
1736   }
1737
1738   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1739   class ScrollThread extends Thread
1740   {
1741     MouseEvent evt;
1742
1743     boolean running = false;
1744
1745     public ScrollThread()
1746     {
1747       start();
1748     }
1749
1750     public void setEvent(MouseEvent e)
1751     {
1752       evt = e;
1753     }
1754
1755     public void stopScrolling()
1756     {
1757       running = false;
1758     }
1759
1760     @Override
1761     public void run()
1762     {
1763       running = true;
1764       while (running)
1765       {
1766
1767         if (evt != null)
1768         {
1769
1770           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1771           {
1772             running = ap.scrollUp(true);
1773           }
1774
1775           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1776                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1777           {
1778             running = ap.scrollUp(false);
1779           }
1780
1781           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1782           {
1783             running = ap.scrollRight(false);
1784           }
1785
1786           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1787           {
1788             running = ap.scrollRight(true);
1789           }
1790         }
1791
1792         try
1793         {
1794           Thread.sleep(75);
1795         } catch (Exception ex)
1796         {
1797         }
1798       }
1799     }
1800   }
1801
1802   /**
1803    * modify current selection according to a received message.
1804    */
1805   @Override
1806   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1807           SelectionSource source)
1808   {
1809     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1810     // handles selection messages...
1811     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1812     // shared between viewports.
1813     if (av != null
1814             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1815                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1816     {
1817       return;
1818     }
1819
1820     /*
1821      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1822      * complement.
1823      */
1824     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1825     {
1826       return;
1827     }
1828
1829     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1830     // suspect)
1831     /*
1832      * only copy colsel if there is a real intersection between
1833      * sequence selection and this panel's alignment
1834      */
1835     boolean repaint = false;
1836     boolean copycolsel = false;
1837     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1838     {
1839       SequenceGroup sgroup = null;
1840       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1841       {
1842         if (av.getAlignment() == null)
1843         {
1844           System.out
1845                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1846                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1847                           + av.getViewId()
1848                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1849           return;
1850         }
1851         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1852                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1853         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1854         {
1855           copycolsel = true;
1856         }
1857       }
1858       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1859       {
1860         av.setSelectionGroup(sgroup);
1861       }
1862       else
1863       {
1864         av.setSelectionGroup(null);
1865       }
1866       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1867     }
1868     if (copycolsel
1869             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1870                     .isColSelChanged(true)))
1871     {
1872       // the current selection is unset or from a previous message
1873       // so import the new colsel.
1874       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1875       {
1876         if (av.getColumnSelection() != null)
1877         {
1878           av.getColumnSelection().clear();
1879         }
1880       }
1881       else
1882       {
1883         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1884         if (av.getColumnSelection() == null)
1885         {
1886           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1887         }
1888         else
1889         {
1890           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1891         }
1892       }
1893       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1894     }
1895     if (copycolsel
1896             && av.hasHiddenColumns()
1897             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1898                     .getHiddenColumns() == null))
1899     {
1900       System.err.println("Bad things");
1901     }
1902     if (repaint)
1903     {
1904       ap.scalePanelHolder.repaint();
1905       ap.repaint();
1906     }
1907   }
1908
1909   /**
1910    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1911    *
1912    * @param row
1913    * @param column
1914    */
1915   public void scrollTo(int row, int column)
1916   {
1917
1918     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1919     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1920     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1921   }
1922
1923   /**
1924    * scroll to the given row - or nearest visible location
1925    *
1926    * @param row
1927    */
1928   public void scrollToRow(int row)
1929   {
1930
1931     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1932     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1933   }
1934
1935   /**
1936    * scroll to the given column - or nearest visible location
1937    *
1938    * @param column
1939    */
1940   public void scrollToColumn(int column)
1941   {
1942
1943     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1944     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1945   }
1946
1947   /**
1948    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1949    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1950    * returns false.
1951    *
1952    * @param seqsel
1953    * @param colsel
1954    * @param source
1955    */
1956   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1957           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1958   {
1959     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1960     {
1961       return false;
1962     }
1963     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1964     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1965             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1966     {
1967       return false;
1968     }
1969
1970     /*
1971      * Map sequence selection
1972      */
1973     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1974     av.setSelectionGroup(sg);
1975     av.isSelectionGroupChanged(true);
1976
1977     /*
1978      * Map column selection
1979      */
1980     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1981             av);
1982     av.setColumnSelection(cs);
1983
1984     ap.scalePanelHolder.repaint();
1985     ap.repaint();
1986
1987     return true;
1988   }
1989
1990 }