src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int startWrapBlock=-1;\r
 156   int wrappedBlock=-1;\r
 157   int findRes(MouseEvent evt)\r
 158  {\r
 159    int res = 0;\r
 160    int x = evt.getX();\r
 161 \r
 162   if (av.wrapAlignment)\r
 163   {\r
 164       int y = evt.getY();\r
 165       y -= (2 * av.charHeight);\r
 166       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 167 \r
 168       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 169       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getSize().width);\r
 170       wrappedBlock = y/chunkHeight;\r
 171       wrappedBlock += av.getStartRes()/cwidth;\r
 172 \r
 173       res = wrappedBlock*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 174   }\r
 175   else\r
 176   {\r
 177       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   return res;\r
 181 \r
 182  }\r
 183 \r
 184  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 185  {\r
 186    int seq = 0;\r
 187    int y = evt.getY();\r
 188 \r
 189    if (av.wrapAlignment)\r
 190    {\r
 191      y -= (2 * av.charHeight);\r
 192      int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 193      seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 194    }\r
 195    else\r
 196    {\r
 197      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 198    }\r
 199 \r
 200    return seq;\r
 201  }\r
 202 \r
 203 \r
 204   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 205   {\r
 206     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 207         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 208 \r
 209     int seq = findSeq(evt);\r
 210     int res = findRes(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 213         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 214     {\r
 215       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 216       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 217       // in the alignment\r
 218 \r
 219       startseq = seq;\r
 220       lastres = res;\r
 221     }\r
 222     else\r
 223     {\r
 224       startseq = -1;\r
 225       lastres = -1;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     return;\r
 229   }\r
 230 \r
 231   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 232   {\r
 233     int res = findRes(evt);\r
 234     int seq = findSeq(evt);\r
 235 \r
 236     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 237     {\r
 238       return;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 242     if (res > sequence.getLength())\r
 243     {\r
 244       return;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 248             sequence.getName());\r
 249 \r
 250     Object obj = null;\r
 251     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 252     {\r
 253       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 254           "");\r
 255       if(obj!=null)\r
 256         text.append(" Nucleotide: ");\r
 257     }\r
 258     else\r
 259     {\r
 260       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 261       if(obj!=null)\r
 262         text.append("  Residue: ");\r
 263     }\r
 264 \r
 265     if (obj != null)\r
 266     {\r
 267 \r
 268       if (obj != "")\r
 269       {\r
 270         text.append(obj + " (" +\r
 271                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 272       }\r
 273     }\r
 274 \r
 275     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 276 \r
 277     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 278     if (av.showSequenceFeatures)\r
 279     {\r
 280       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 281       Enumeration e = features.elements();\r
 282       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 283 \r
 284       while (e.hasMoreElements())\r
 285       {\r
 286         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 287         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 288             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 289         {\r
 290           if (sbuffer.length() > 0)\r
 291           {\r
 292             sbuffer.append("; ");\r
 293           }\r
 294           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 295           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 296           {\r
 297             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 298           }\r
 299         }\r
 300 \r
 301       }\r
 302     }\r
 303 \r
 304   }\r
 305 \r
 306   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 307   {\r
 308 \r
 309     // If we're dragging we're editing\r
 310     int res = findRes(evt);\r
 311     if (res < 0)\r
 312     {\r
 313       res = 0;\r
 314     }\r
 315 \r
 316     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 317     {\r
 318       return;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     boolean dragRight = true;\r
 322     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 323     {\r
 324       dragRight = false;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     if (res != lastres)\r
 328     {\r
 329       // Group editing\r
 330       if (groupEditing)\r
 331       {\r
 332         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 333         if (sg == null)\r
 334         {\r
 335           lastres = -1;\r
 336           return;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         // drag to right\r
 340         if (dragRight)\r
 341         {\r
 342           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 343         }\r
 344 \r
 345         // drag to left\r
 346         else\r
 347         {\r
 348           /// Are we able to delete?\r
 349           // ie are all columns blank?\r
 350           boolean deleteAllowed = false;\r
 351           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 352           {\r
 353             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 354             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 355             {\r
 356               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 357               {\r
 358                 continue;\r
 359               }\r
 360 \r
 361               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 362               {\r
 363                 // Not a gap, block edit not valid\r
 364                 res = j + 1;\r
 365                 deleteAllowed = false;\r
 366                 continue;\r
 367               }\r
 368               deleteAllowed = true;\r
 369             }\r
 370           }\r
 371 \r
 372           if (!deleteAllowed)\r
 373           {\r
 374             lastres = -1;\r
 375             return;\r
 376           }\r
 377 \r
 378           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 379         }\r
 380 \r
 381         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 382         {\r
 383           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 384           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 385 \r
 386           // drag to right\r
 387           if (dragRight)\r
 388           {\r
 389             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 390             {\r
 391               insertChar(j, k);\r
 392             }\r
 393           }\r
 394 \r
 395           // drag to left\r
 396           else\r
 397           {\r
 398             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 399             {\r
 400               if (s.getLength() > j)\r
 401               {\r
 402                 deleteChar(res, k);\r
 403               }\r
 404             }\r
 405           }\r
 406         }\r
 407       }\r
 408       else /////Editing a single sequence///////////\r
 409       {\r
 410         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 411         {\r
 412           // dragging to the right\r
 413           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 414           {\r
 415             insertChar(j, startseq);\r
 416           }\r
 417         }\r
 418         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 419         {\r
 420           // dragging to the left\r
 421           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 422           {\r
 423             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 424                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 425             {\r
 426 \r
 427               deleteChar(res, startseq);\r
 428             }\r
 429             else\r
 430             {\r
 431 \r
 432               break;\r
 433             }\r
 434           }\r
 435         }\r
 436 \r
 437       }\r
 438     }\r
 439 \r
 440     endEdit = res;\r
 441     lastres = res;\r
 442     seqCanvas.repaint();\r
 443   }\r
 444 \r
 445   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 446   {\r
 447     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 448                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 449     seqCanvas.repaint();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   public void insertChar(int j, int seq)\r
 453   {\r
 454     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 455     seqEditOccurred = seq;\r
 456   }\r
 457 \r
 458   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 459   {\r
 460 \r
 461     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 462     seqEditOccurred = seq;\r
 463     av.alignment.getWidth();\r
 464     repaint();\r
 465   }\r
 466 \r
 467   void editOccurred(int i)\r
 468   {\r
 469     if (endEdit == startEdit)\r
 470     {\r
 471         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 472         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 473     }\r
 474 \r
 475     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 476   }\r
 477 \r
 478 //////////////////////////////////////////\r
 479 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 480 //////////////////////////////////////////\r
 481   int oldSeq = -1;\r
 482   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 483   {\r
 484     int res = findRes(evt);\r
 485     int seq = findSeq(evt);\r
 486     oldSeq = seq;\r
 487     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 488 \r
 489     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 490 \r
 491     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 492     {\r
 493       return;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 497 \r
 498     if (stretchGroup == null)\r
 499     {\r
 500       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 501       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 502           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 503       {\r
 504         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 505       }\r
 506       else\r
 507       {\r
 508         stretchGroup = null;\r
 509       }\r
 510     }\r
 511 \r
 512     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 513              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 514              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 515     {\r
 516       stretchGroup = null;\r
 517 \r
 518       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 519 \r
 520       if (allGroups != null)\r
 521       {\r
 522         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 523         {\r
 524           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 525               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 526           {\r
 527             stretchGroup = allGroups[i];\r
 528             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 529             break;\r
 530           }\r
 531         }\r
 532       }\r
 533     }\r
 534 \r
 535     if (stretchGroup == null)\r
 536     {\r
 537       // define a new group here\r
 538       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 539       sg.setStartRes(res);\r
 540       sg.setEndRes(res);\r
 541       sg.addSequence(sequence, false);\r
 542       av.setSelectionGroup(sg);\r
 543       stretchGroup = sg;\r
 544 \r
 545       if (av.getConservationSelected())\r
 546       {\r
 547         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 548                                           "Background");\r
 549       }\r
 550       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 551       {\r
 552         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 553                                        "Background");\r
 554       }\r
 555 \r
 556     }\r
 557 \r
 558     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 559     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 560              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 561     {\r
 562       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 563       this.add(popup);\r
 564       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 565     }\r
 566 \r
 567     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 568     {\r
 569       // Edit end res position of selected group\r
 570       changeEndRes = true;\r
 571     }\r
 572 \r
 573     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 574     {\r
 575       // Edit end res position of selected group\r
 576       changeStartRes = true;\r
 577     }\r
 578 \r
 579   }\r
 580 \r
 581   boolean changeEndSeq = false;\r
 582   boolean changeStartSeq = false;\r
 583   boolean changeEndRes = false;\r
 584   boolean changeStartRes = false;\r
 585   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 586 \r
 587   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 588   {\r
 589     if(mouseDragging)\r
 590      {\r
 591        stretchGroup.recalcConservation();\r
 592        mouseDragging = false;\r
 593      }\r
 594 \r
 595     if (stretchGroup == null)\r
 596     {\r
 597       return;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 601     {\r
 602       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 603       {\r
 604         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 605                                           stretchGroup.getName());\r
 606       }\r
 607       else\r
 608       {\r
 609         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 610                                        stretchGroup.getName());\r
 611       }\r
 612     }\r
 613     changeEndRes = false;\r
 614     changeStartRes = false;\r
 615     stretchGroup = null;\r
 616     seqCanvas.repaint();\r
 617     ap.repaint();\r
 618   }\r
 619 \r
 620   boolean remove = false;\r
 621   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 622   {\r
 623     int res = findRes(evt);\r
 624     int y = findSeq(evt);\r
 625 \r
 626     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 627         return;\r
 628 \r
 629     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 630       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 631 \r
 632     if (stretchGroup == null)\r
 633     {\r
 634       return;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 638     {\r
 639       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 643     {\r
 644       // Edit end res position of selected group\r
 645       changeEndRes = true;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 649     {\r
 650       // Edit start res position of selected group\r
 651       changeStartRes = true;\r
 652     }\r
 653 \r
 654     if (res < av.getStartRes())\r
 655     {\r
 656       res = av.getStartRes();\r
 657     }\r
 658     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 659     {\r
 660       res = av.getEndRes();\r
 661     }\r
 662 \r
 663     if (changeEndRes)\r
 664     {\r
 665       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 666       {\r
 667         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 668       }\r
 669     }\r
 670     else if (changeStartRes)\r
 671     {\r
 672       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 673       {\r
 674         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 675       }\r
 676     }\r
 677 \r
 678     int dragDirection = 0;\r
 679     if (y > oldSeq)\r
 680     {\r
 681       dragDirection = 1;\r
 682     }\r
 683     else if (y < oldSeq)\r
 684     {\r
 685       dragDirection = -1;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 689     {\r
 690       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 691       // selection is quite slow.\r
 692       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 693 \r
 694       oldSeq += dragDirection;\r
 695       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 696 \r
 697       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 698       {\r
 699         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 700       }\r
 701       else\r
 702       {\r
 703         if (seq != null)\r
 704         {\r
 705           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 706         }\r
 707         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 708       }\r
 709     }\r
 710     oldSeq = y;\r
 711     mouseDragging = true;\r
 712     if (scrollThread != null)\r
 713     {\r
 714       scrollThread.setEvent(evt);\r
 715     }\r
 716 \r
 717     seqCanvas.repaint();\r
 718   }\r
 719 \r
 720   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 721   {\r
 722     if (scrollThread != null)\r
 723     {\r
 724       scrollThread.running = false;\r
 725     }\r
 726   }\r
 727 \r
 728   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 729   {\r
 730     if (mouseDragging)\r
 731     {\r
 732       scrollThread = new ScrollThread();\r
 733     }\r
 734   }\r
 735 \r
 736   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 737   class ScrollThread\r
 738       extends Thread\r
 739   {\r
 740     MouseEvent evt;\r
 741     boolean running = false;\r
 742     public ScrollThread()\r
 743     {\r
 744       start();\r
 745     }\r
 746 \r
 747     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 748     {\r
 749       evt = e;\r
 750     }\r
 751 \r
 752     public void stopScrolling()\r
 753     {\r
 754       running = false;\r
 755     }\r
 756 \r
 757     public void run()\r
 758     {\r
 759       running = true;\r
 760       while (running)\r
 761       {\r
 762         if (evt != null)\r
 763         {\r
 764 \r
 765           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 766           {\r
 767             running = ap.scrollUp(true);\r
 768           }\r
 769 \r
 770           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 771               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 772           {\r
 773             running = ap.scrollUp(false);\r
 774           }\r
 775 \r
 776           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 777           {\r
 778             running = ap.scrollRight(true);\r
 779           }\r
 780 \r
 781           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 782           {\r
 783             running = ap.scrollRight(false);\r
 784           }\r
 785         }\r
 786 \r
 787         try\r
 788         {\r
 789           Thread.sleep(75);\r
 790         }\r
 791         catch (Exception ex)\r
 792         {}\r
 793       }\r
 794     }\r
 795   }\r
 796 \r
 797 }\r