src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.SelectionListener;
  36 import jalview.structure.SelectionSource;
  37 import jalview.structure.SequenceListener;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structure.VamsasSource;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  56         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  57 {
  58
  59   public SeqCanvas seqCanvas;
  60
  61   public AlignmentPanel ap;
  62
  63   protected int lastres;
  64
  65   protected int startseq;
  66
  67   protected AlignViewport av;
  68
  69   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  70   // conservation
  71   boolean seqEditOccurred = false;
  72
  73   ScrollThread scrollThread = null;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   boolean editingSeqs = false;
  78
  79   boolean groupEditing = false;
  80
  81   int oldSeq = -1;
  82
  83   boolean changeEndSeq = false;
  84
  85   boolean changeStartSeq = false;
  86
  87   boolean changeEndRes = false;
  88
  89   boolean changeStartRes = false;
  90
  91   SequenceGroup stretchGroup = null;
  92
  93   StringBuffer keyboardNo1;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo2;
  96
  97   boolean mouseWheelPressed = false;
  98
  99   Point lastMousePress;
 100
 101   EditCommand editCommand;
 102
 103   StructureSelectionManager ssm;
 104
 105   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 106   {
 107     this.av = avp;
 108
 109     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     add(seqCanvas);
 112
 113     ap = p;
 114
 115     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 116     seqCanvas.addMouseListener(this);
 117     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 118     ssm.addStructureViewerListener(this);
 119     ssm.addSelectionListener(this);
 120
 121     seqCanvas.repaint();
 122   }
 123
 124   void endEditing()
 125   {
 126     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 127     {
 128       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 129       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 130               .getSequences());
 131     }
 132
 133     startseq = -1;
 134     lastres = -1;
 135     editingSeqs = false;
 136     groupEditing = false;
 137     keyboardNo1 = null;
 138     keyboardNo2 = null;
 139     editCommand = null;
 140   }
 141
 142   void setCursorRow()
 143   {
 144     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 145     scrollToVisible();
 146   }
 147
 148   void setCursorColumn()
 149   {
 150     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void setCursorRowAndColumn()
 155   {
 156     if (keyboardNo2 == null)
 157     {
 158       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 163       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 164       scrollToVisible();
 165     }
 166   }
 167
 168   void setCursorPosition()
 169   {
 170     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 171
 172     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 173     scrollToVisible();
 174   }
 175
 176   void moveCursor(int dx, int dy)
 177   {
 178     seqCanvas.cursorX += dx;
 179     seqCanvas.cursorY += dy;
 180     if (av.hasHiddenColumns()
 181             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 182     {
 183       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 184       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 185
 186       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 187               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 188       {
 189         seqCanvas.cursorX += dx;
 190       }
 191
 192       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 193               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX = original;
 196       }
 197     }
 198     scrollToVisible();
 199   }
 200
 201   void scrollToVisible()
 202   {
 203     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 204     {
 205       seqCanvas.cursorX = 0;
 206     }
 207     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 208     {
 209       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 210     }
 211
 212     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorY = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 219     }
 220
 221     endEditing();
 222     if (av.getWrapAlignment())
 223     {
 224       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 229       {
 230         ap.scrollUp(true);
 231       }
 232       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 233       {
 234         ap.scrollUp(false);
 235       }
 236       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 237               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 238       {
 239
 240         if (!ap.scrollRight(false))
 241         {
 242           break;
 243         }
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 246               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 247       {
 248         if (!ap.scrollRight(true))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 255             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 256
 257     seqCanvas.repaint();
 258   }
 259
 260   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 261   {
 262     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 263
 264     if (av.getSelectionGroup() != null)
 265     {
 266       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 267       // Find the top and bottom of this group
 268       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 269       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 270       {
 271         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 272         if (index > max)
 273         {
 274           max = index;
 275         }
 276         if (index < min)
 277         {
 278           min = index;
 279         }
 280       }
 281
 282       max++;
 283
 284       if (topLeft)
 285       {
 286         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 287         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 288         {
 289           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         }
 291
 292         min = seqCanvas.cursorY;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 297         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 298         {
 299           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 300         }
 301
 302         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 303       }
 304
 305       if (min > max)
 306       {
 307         // Only the user can do this
 308         av.setSelectionGroup(null);
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // Now add any sequences between min and max
 313         sg.clear();
 314         for (int i = min; i < max; i++)
 315         {
 316           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321     if (av.getSelectionGroup() == null)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 324       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 325       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.addSequence(sequence, false);
 327       av.setSelectionGroup(sg);
 328     }
 329     ap.paintAlignment(false);
 330     av.sendSelection();
 331   }
 332
 333   void insertGapAtCursor(boolean group)
 334   {
 335     groupEditing = group;
 336     startseq = seqCanvas.cursorY;
 337     lastres = seqCanvas.cursorX;
 338     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 339     endEditing();
 340   }
 341
 342   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 347     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void numberPressed(char value)
 352   {
 353     if (keyboardNo1 == null)
 354     {
 355       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 356     }
 357
 358     if (keyboardNo2 != null)
 359     {
 360       keyboardNo2.append(value);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       keyboardNo1.append(value);
 365     }
 366   }
 367
 368   int getKeyboardNo1()
 369   {
 370     try
 371     {
 372       if (keyboardNo1 != null)
 373       {
 374         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 375         keyboardNo1 = null;
 376         return value;
 377       }
 378     } catch (Exception x)
 379     {
 380     }
 381     keyboardNo1 = null;
 382     return 1;
 383   }
 384
 385   int getKeyboardNo2()
 386   {
 387     try
 388     {
 389       if (keyboardNo2 != null)
 390       {
 391         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 392         keyboardNo2 = null;
 393         return value;
 394       }
 395     } catch (Exception x)
 396     {
 397     }
 398     keyboardNo2 = null;
 399     return 1;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set status message in alignment panel
 404    *
 405    * @param sequence
 406    *          aligned sequence object
 407    * @param res
 408    *          alignment column
 409    * @param seq
 410    *          index of sequence in alignment
 411    * @return position of res in sequence
 412    */
 413   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 414   {
 415     // TODO remove duplication of identical gui method
 416     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 417     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 418     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 419
 420     String residue = null;
 421     /*
 422      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 423      */
 424     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 425     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 426     {
 427       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 428       if (residue != null)
 429       {
 430         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 436               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 437               .get(displayChar));
 438       if (residue != null)
 439       {
 440         text.append(" Residue: ").append(residue);
 441       }
 442     }
 443
 444     int pos = -1;
 445     if (residue != null)
 446     {
 447       pos = sequence.findPosition(res);
 448       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 449     }
 450
 451     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 456    * search results.
 457    *
 458    * @param results
 459    * @return true if results were matched, false if not
 460    */
 461   private boolean setStatusMessage(SearchResults results)
 462   {
 463     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 464     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 465     if (sequenceIndex == -1)
 466     {
 467       return false;
 468     }
 469     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 470     for (Match m : results.getResults())
 471     {
 472       SequenceI seq = m.getSequence();
 473       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 474       {
 475         seq = seq.getDatasetSequence();
 476       }
 477
 478       if (seq == ds)
 479       {
 480         /*
 481          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 482          * index (base 0)
 483          */
 484         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 485         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 486         return true;
 487       }
 488     }
 489     return false;
 490   }
 491
 492   @Override
 493   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 494   {
 495     lastMousePress = evt.getPoint();
 496
 497     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 498     // As the Button2_mask always seems to be true
 499     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 500             && !av.MAC)
 501     {
 502       mouseWheelPressed = true;
 503       return;
 504     }
 505
 506     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 507     {
 508       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 509       {
 510         groupEditing = true;
 511       }
 512       editingSeqs = true;
 513     }
 514     else
 515     {
 516       doMousePressedDefineMode(evt);
 517       return;
 518     }
 519
 520     int seq = findSeq(evt);
 521     int res = findRes(evt);
 522
 523     if (seq < 0 || res < 0)
 524     {
 525       return;
 526     }
 527
 528     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 529             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 530     {
 531       startseq = seq;
 532       lastres = res;
 533     }
 534     else
 535     {
 536       startseq = -1;
 537       lastres = -1;
 538     }
 539
 540     return;
 541   }
 542
 543   @Override
 544   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 545   {
 546     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 547     if (evt.getClickCount() > 1)
 548     {
 549       if (av.getSelectionGroup() != null
 550               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 551               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 552                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 553       {
 554         av.setSelectionGroup(null);
 555       }
 556
 557       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 558               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 559
 560       if (features != null && features.length > 0)
 561       {
 562         SearchResults highlight = new SearchResults();
 563         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 564                 features[0].getEnd());
 565         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 566       }
 567       if (features != null && features.length > 0)
 568       {
 569         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 570                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 571
 572         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 573       }
 574     }
 575   }
 576
 577   @Override
 578   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 579   {
 580     mouseDragging = false;
 581     mouseWheelPressed = false;
 582     ap.paintAlignment(true);
 583
 584     if (!editingSeqs)
 585     {
 586       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 587       return;
 588     }
 589
 590     endEditing();
 591
 592   }
 593
 594   int startWrapBlock = -1;
 595
 596   int wrappedBlock = -1;
 597
 598   int findRes(MouseEvent evt)
 599   {
 600     int res = 0;
 601     int x = evt.getX();
 602
 603     if (av.getWrapAlignment())
 604     {
 605
 606       int hgap = av.getCharHeight();
 607       if (av.getScaleAboveWrapped())
 608       {
 609         hgap += av.getCharHeight();
 610       }
 611
 612       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 613               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 614
 615       int y = evt.getY();
 616       y -= hgap;
 617       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 618
 619       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 620       if (cwidth < 1)
 621       {
 622         return 0;
 623       }
 624
 625       wrappedBlock = y / cHeight;
 626       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 627
 628       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 629
 630     }
 631     else
 632     {
 633       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 634     }
 635
 636     if (av.hasHiddenColumns())
 637     {
 638       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 639     }
 640
 641     return res;
 642
 643   }
 644
 645   int findSeq(MouseEvent evt)
 646   {
 647     final int sqnum = findAlRow(evt);
 648     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 649   }
 650
 651   /**
 652    *
 653    * @param evt
 654    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 655    */
 656   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 657   {
 658     int seq = 0;
 659     int y = evt.getY();
 660
 661     if (av.getWrapAlignment())
 662     {
 663       int hgap = av.getCharHeight();
 664       if (av.getScaleAboveWrapped())
 665       {
 666         hgap += av.getCharHeight();
 667       }
 668
 669       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 670               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 671
 672       y -= hgap;
 673
 674       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 675               .getHeight() - 1);
 676       if (seq < 0)
 677       {
 678         seq = -1;
 679       }
 680     }
 681     else
 682     {
 683       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 684               .getAlignment().getHeight() - 1);
 685       if (seq < 0)
 686       {
 687         seq = -1;
 688       }
 689     }
 690
 691     return seq;
 692   }
 693
 694   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 695   {
 696
 697     int seq = findSeq(evt);
 698     int res = findRes(evt);
 699
 700     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 701             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 702     {
 703       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 704       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 705       // in the alignment
 706
 707       startseq = seq;
 708       lastres = res;
 709     }
 710     else
 711     {
 712       startseq = -1;
 713       lastres = -1;
 714     }
 715
 716     return;
 717   }
 718
 719   String lastMessage;
 720
 721   @Override
 722   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 723   {
 724     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 725     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 726     {
 727       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 728     }
 729
 730     lastMessage = tmp;
 731   }
 732
 733   @Override
 734   public void highlightSequence(SearchResults results)
 735   {
 736     if (av.isFollowHighlight())
 737     {
 738       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 739       {
 740         ap.alignFrame.repaint();
 741       }
 742     }
 743     setStatusMessage(results);
 744     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 745
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public VamsasSource getVamsasSource()
 750   {
 751     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 756   {
 757     System.out.println("update the seqPanel colours");
 758     // repaint();
 759   }
 760
 761   @Override
 762   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 763   {
 764     int res = findRes(evt);
 765     int seq = findSeq(evt);
 766
 767     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 768     {
 769       if (tooltip != null)
 770       {
 771         tooltip.setTip("");
 772       }
 773       return;
 774     }
 775
 776     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 777     if (res > sequence.getLength())
 778     {
 779       if (tooltip != null)
 780       {
 781         tooltip.setTip("");
 782       }
 783       return;
 784     }
 785
 786     int respos = sequence.findPosition(res);
 787     if (ssm != null)
 788     {
 789       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 790     }
 791
 792     StringBuilder text = new StringBuilder();
 793     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 794             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 795
 796     String obj = null;
 797     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 798     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 799     {
 800       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 801       if (obj != null)
 802       {
 803         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 804       }
 805     }
 806     else
 807     {
 808       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 809               .get(ch);
 810       if (obj != null)
 811       {
 812         text.append(" Residue: ").append(obj);
 813       }
 814     }
 815
 816     if (obj != null)
 817     {
 818       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 819     }
 820
 821     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 822
 823     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 824     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 825     if (groups != null)
 826     {
 827       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 828       {
 829         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 830         {
 831           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 832                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 833           {
 834             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 835           }
 836           if (groups[g].getDescription() != null)
 837           {
 838             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 839           }
 840           tooltipText.append("\n");
 841         }
 842       }
 843     }
 844
 845     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 846     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 847             sequence.findPosition(res));
 848
 849     int index = 0;
 850     while (index < allFeatures.length)
 851     {
 852       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 853
 854       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 855
 856       if (sf.getDescription() != null)
 857       {
 858         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 859       }
 860
 861       if (sf.getValue("status") != null)
 862       {
 863         String status = sf.getValue("status").toString();
 864         if (status.length() > 0)
 865         {
 866           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 867         }
 868       }
 869       tooltipText.append("\n");
 870
 871       index++;
 872     }
 873
 874     if (tooltip == null)
 875     {
 876       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 877     }
 878     else
 879     {
 880       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 881     }
 882   }
 883
 884   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 885   {
 886     Vector tmp = new Vector();
 887     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 888     if (features != null)
 889     {
 890       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 891       {
 892         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 893                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 894                         features[i].getType()))
 895         {
 896           continue;
 897         }
 898
 899         if (features[i].featureGroup != null
 900                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 901                         features[i].featureGroup, false))
 902         {
 903           continue;
 904         }
 905
 906         if ((features[i].getBegin() <= res)
 907                 && (features[i].getEnd() >= res))
 908         {
 909           tmp.addElement(features[i]);
 910         }
 911       }
 912     }
 913
 914     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 915     tmp.copyInto(features);
 916
 917     return features;
 918   }
 919
 920   Tooltip tooltip;
 921
 922   @Override
 923   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 924   {
 925     if (mouseWheelPressed)
 926     {
 927       int oldWidth = av.getCharWidth();
 928
 929       // Which is bigger, left-right or up-down?
 930       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 931               - lastMousePress.x))
 932       {
 933         int fontSize = av.font.getSize();
 934
 935         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 936         {
 937           fontSize--;
 938         }
 939         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 940         {
 941           fontSize++;
 942         }
 943
 944         if (fontSize < 1)
 945         {
 946           fontSize = 1;
 947         }
 948
 949         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 950         av.setCharWidth(oldWidth);
 951       }
 952       else
 953       {
 954         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 955         {
 956           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 957         }
 958         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 959         {
 960           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 961         }
 962
 963         if (av.getCharWidth() < 1)
 964         {
 965           av.setCharWidth(1);
 966         }
 967       }
 968
 969       ap.fontChanged();
 970
 971       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 972       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 973
 974       lastMousePress = evt.getPoint();
 975
 976       ap.paintAlignment(false);
 977       ap.annotationPanel.image = null;
 978       return;
 979     }
 980
 981     if (!editingSeqs)
 982     {
 983       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 984       return;
 985     }
 986
 987     int res = findRes(evt);
 988
 989     if (res < 0)
 990     {
 991       res = 0;
 992     }
 993
 994     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 995     {
 996       return;
 997     }
 998
 999     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1000     {
1001       // dragLeft, delete gap
1002       editSequence(false, res);
1003     }
1004     else
1005     {
1006       editSequence(true, res);
1007     }
1008
1009     mouseDragging = true;
1010     if (scrollThread != null)
1011     {
1012       scrollThread.setEvent(evt);
1013     }
1014
1015   }
1016
1017   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1018   {
1019     int fixedLeft = -1;
1020     int fixedRight = -1;
1021     boolean fixedColumns = false;
1022     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1023
1024     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1025
1026     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1027     {
1028       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1029       {
1030         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1031         groupEditing = true;
1032       }
1033     }
1034
1035     StringBuffer message = new StringBuffer();
1036     if (groupEditing)
1037     {
1038       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1039               ":");
1040       if (editCommand == null)
1041       {
1042         editCommand = new EditCommand(
1043                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1044       }
1045     }
1046     else
1047     {
1048       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1049               .append(" " + seq.getName());
1050       String label = seq.getName();
1051       if (label.length() > 10)
1052       {
1053         label = label.substring(0, 10);
1054       }
1055       if (editCommand == null)
1056       {
1057         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1058                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1059       }
1060     }
1061
1062     if (insertGap)
1063     {
1064       message.append(" insert ");
1065     }
1066     else
1067     {
1068       message.append(" delete ");
1069     }
1070
1071     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1072     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1073
1074     // Are we editing within a selection group?
1075     if (groupEditing
1076             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1077                     .contains(seq)))
1078     {
1079       fixedColumns = true;
1080
1081       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1082       // but the sequence represents a group
1083       if (sg == null)
1084       {
1085         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1086         {
1087           endEditing();
1088           return;
1089         }
1090
1091         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1092       }
1093
1094       fixedLeft = sg.getStartRes();
1095       fixedRight = sg.getEndRes();
1096
1097       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1098               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1099               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1100               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1101       {
1102         endEditing();
1103         return;
1104       }
1105
1106       if (fixedLeft > startres)
1107       {
1108         fixedRight = fixedLeft - 1;
1109         fixedLeft = 0;
1110       }
1111       else if (fixedRight < startres)
1112       {
1113         fixedLeft = fixedRight;
1114         fixedRight = -1;
1115       }
1116     }
1117
1118     if (av.hasHiddenColumns())
1119     {
1120       fixedColumns = true;
1121       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1122       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1123
1124       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1125               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1126       {
1127         endEditing();
1128         return;
1129       }
1130
1131       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1132       // Selection spans a hidden region
1133       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1134       {
1135         if (startres >= y2)
1136         {
1137           fixedLeft = y2;
1138         }
1139         else
1140         {
1141           fixedRight = y2 - 1;
1142         }
1143       }
1144     }
1145
1146     if (groupEditing)
1147     {
1148       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1149               .toArray(new SequenceI[0]);
1150
1151       // drag to right
1152       if (insertGap)
1153       {
1154         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1155         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1156         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1157                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1158         {
1159           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1160           fixedRight = sg.getEndRes();
1161         }
1162
1163         // Is it valid with fixed columns??
1164         // Find the next gap before the end
1165         // of the visible region boundary
1166         boolean blank = false;
1167         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1168         {
1169           blank = true;
1170
1171           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1172           {
1173             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1174             {
1175               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1176                       - j)))
1177               {
1178                 blank = false;
1179                 break;
1180               }
1181             }
1182           }
1183           if (blank)
1184           {
1185             break;
1186           }
1187         }
1188
1189         if (!blank)
1190         {
1191           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1192           {
1193             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1194                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1195             {
1196               endEditing();
1197               return;
1198             }
1199
1200             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1201             if (av.hasHiddenRows())
1202             {
1203               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1204                       .getWidth();
1205               if (hwidth > alWidth)
1206               {
1207                 alWidth = hwidth;
1208               }
1209             }
1210             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1211             // contains all the sequences
1212             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1213             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1214           }
1215           else
1216           {
1217             endEditing();
1218             return;
1219           }
1220         }
1221       }
1222
1223       // drag to left
1224       else if (!insertGap)
1225       {
1226         // / Are we able to delete?
1227         // ie are all columns blank?
1228
1229         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1230         {
1231           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1232           {
1233             if (gs.getLength() <= j)
1234             {
1235               continue;
1236             }
1237
1238             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1239             {
1240               // Not a gap, block edit not valid
1241               endEditing();
1242               return;
1243             }
1244           }
1245         }
1246       }
1247
1248       if (insertGap)
1249       {
1250         // dragging to the right
1251         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1252         {
1253           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1254           {
1255             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1256           }
1257         }
1258         else
1259         {
1260           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1261                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1262         }
1263       }
1264       else
1265       {
1266         // dragging to the left
1267         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1268         {
1269           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1270           {
1271             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1272           }
1273         }
1274         else
1275         {
1276           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1277                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1278         }
1279
1280       }
1281     }
1282     else
1283     // ///Editing a single sequence///////////
1284     {
1285       if (insertGap)
1286       {
1287         // dragging to the right
1288         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1289         {
1290           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1291           {
1292             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1293           }
1294         }
1295         else
1296         {
1297           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1298                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1299                   av.getAlignment(), true);
1300         }
1301       }
1302       else
1303       {
1304         // dragging to the left
1305         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1306         {
1307           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1308           {
1309             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1310             {
1311               endEditing();
1312               break;
1313             }
1314             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1315           }
1316         }
1317         else
1318         {
1319           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1320           int max = 0;
1321           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1322           {
1323             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1324             {
1325               break;
1326             }
1327             max++;
1328           }
1329
1330           if (max > 0)
1331           {
1332             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1333                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1334                     av.getAlignment(), true);
1335           }
1336         }
1337       }
1338     }
1339
1340     lastres = startres;
1341     seqCanvas.repaint();
1342   }
1343
1344   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1345   {
1346     int blankColumn = fixedColumn;
1347     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1348     {
1349       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1350       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1351
1352       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1353       {
1354         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1355         {
1356           // Theres a space, so break and insert the gap
1357           break;
1358         }
1359       }
1360
1361       if (blankColumn <= j)
1362       {
1363         blankColumn = fixedColumn;
1364         endEditing();
1365         return;
1366       }
1367     }
1368
1369     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1370             av.getAlignment(), true);
1371
1372     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1373             true);
1374
1375   }
1376
1377   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1378   {
1379
1380     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1381             true);
1382
1383     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1384             av.getAlignment(), true);
1385   }
1386
1387   // ////////////////////////////////////////
1388   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1389   // ////////////////////////////////////////
1390   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1391   {
1392     if (scrollThread != null)
1393     {
1394       scrollThread.running = false;
1395       scrollThread = null;
1396     }
1397
1398     int res = findRes(evt);
1399     int seq = findSeq(evt);
1400     oldSeq = seq;
1401     startWrapBlock = wrappedBlock;
1402
1403     if (seq == -1)
1404     {
1405       return;
1406     }
1407
1408     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1409
1410     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1411     {
1412       return;
1413     }
1414
1415     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1416
1417     if (stretchGroup == null)
1418     {
1419       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1420       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1421               && res < stretchGroup.getEndRes())
1422       {
1423         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1424       }
1425       else
1426       {
1427         stretchGroup = null;
1428       }
1429     }
1430
1431     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1432             || stretchGroup.getStartRes() > res
1433             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1434     {
1435       stretchGroup = null;
1436
1437       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1438
1439       if (allGroups != null)
1440       {
1441         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1442         {
1443           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1444                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1445           {
1446             stretchGroup = allGroups[i];
1447             break;
1448           }
1449         }
1450       }
1451       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1452     }
1453
1454     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1455     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1456     {
1457       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1458               sequence.findPosition(res));
1459
1460       Vector<String> links = null;
1461       if (allFeatures != null)
1462       {
1463         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1464         {
1465           if (allFeatures[i].links != null)
1466           {
1467             if (links == null)
1468             {
1469               links = new Vector<String>();
1470             }
1471             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1472             {
1473               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1474             }
1475           }
1476         }
1477       }
1478       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1479       this.add(popup);
1480       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1481       return;
1482     }
1483
1484     if (av.cursorMode)
1485     {
1486       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1487       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1488       seqCanvas.repaint();
1489       return;
1490     }
1491
1492     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1493
1494     if (stretchGroup == null)
1495     {
1496       // define a new group here
1497       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1498       sg.setStartRes(res);
1499       sg.setEndRes(res);
1500       sg.addSequence(sequence, false);
1501       av.setSelectionGroup(sg);
1502       stretchGroup = sg;
1503
1504       if (av.getConservationSelected())
1505       {
1506         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1507                 "Background");
1508       }
1509       if (av.getAbovePIDThreshold())
1510       {
1511         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1512                 "Background");
1513       }
1514
1515     }
1516   }
1517
1518   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1519   {
1520     if (stretchGroup == null)
1521     {
1522       return;
1523     }
1524
1525     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1526                                        // state
1527     if (stretchGroup.cs != null)
1528     {
1529       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1530               av.getHiddenRepSequences());
1531
1532       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1533       {
1534         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1535                 stretchGroup.getName());
1536       }
1537       else
1538       {
1539         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1540                 stretchGroup.getName());
1541       }
1542     }
1543     changeEndRes = false;
1544     changeStartRes = false;
1545     stretchGroup = null;
1546     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1547     ap.paintAlignment(true);
1548     av.sendSelection();
1549   }
1550
1551   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1552   {
1553     int res = findRes(evt);
1554     int y = findSeq(evt);
1555
1556     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1557     {
1558       return;
1559     }
1560
1561     if (stretchGroup == null)
1562     {
1563       return;
1564     }
1565
1566     mouseDragging = true;
1567
1568     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1569     {
1570       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1571     }
1572
1573     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1574     {
1575       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1576     }
1577
1578     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1579     {
1580       // Edit end res position of selected group
1581       changeEndRes = true;
1582     }
1583     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1584     {
1585       // Edit start res position of selected group
1586       changeStartRes = true;
1587     }
1588
1589     if (res < 0)
1590     {
1591       res = 0;
1592     }
1593
1594     if (changeEndRes)
1595     {
1596       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1597       {
1598         stretchGroup.setEndRes(res);
1599       }
1600     }
1601     else if (changeStartRes)
1602     {
1603       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1604       {
1605         stretchGroup.setStartRes(res);
1606       }
1607     }
1608
1609     int dragDirection = 0;
1610
1611     if (y > oldSeq)
1612     {
1613       dragDirection = 1;
1614     }
1615     else if (y < oldSeq)
1616     {
1617       dragDirection = -1;
1618     }
1619
1620     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1621             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1622     {
1623       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1624       // selection is quite slow.
1625       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1626
1627       oldSeq += dragDirection;
1628
1629       if (oldSeq < 0)
1630       {
1631         break;
1632       }
1633
1634       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1635
1636       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1637       {
1638         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1639       }
1640       else
1641       {
1642         if (seq != null)
1643         {
1644           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1645         }
1646
1647         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1648       }
1649     }
1650
1651     if (oldSeq < 0)
1652     {
1653       oldSeq = -1;
1654     }
1655
1656     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1657             || y > av.endSeq)
1658     {
1659       mouseExited(evt);
1660     }
1661
1662     if (scrollThread != null)
1663     {
1664       scrollThread.setEvent(evt);
1665     }
1666
1667     seqCanvas.repaint();
1668   }
1669
1670   @Override
1671   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1672   {
1673     if (oldSeq < 0)
1674     {
1675       oldSeq = 0;
1676     }
1677
1678     if (scrollThread != null)
1679     {
1680       scrollThread.running = false;
1681       scrollThread = null;
1682     }
1683   }
1684
1685   @Override
1686   public void mouseExited(MouseEvent e)
1687   {
1688     if (av.getWrapAlignment())
1689     {
1690       return;
1691     }
1692
1693     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1694     {
1695       scrollThread = new ScrollThread();
1696     }
1697   }
1698
1699   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1700   {
1701     if (evt == null)
1702     {
1703       if (scrollThread != null)
1704       {
1705         scrollThread.running = false;
1706         scrollThread = null;
1707       }
1708       mouseDragging = false;
1709     }
1710     else
1711     {
1712       if (scrollThread == null)
1713       {
1714         scrollThread = new ScrollThread();
1715       }
1716
1717       mouseDragging = true;
1718       scrollThread.setEvent(evt);
1719     }
1720
1721   }
1722
1723   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1724   class ScrollThread extends Thread
1725   {
1726     MouseEvent evt;
1727
1728     boolean running = false;
1729
1730     public ScrollThread()
1731     {
1732       start();
1733     }
1734
1735     public void setEvent(MouseEvent e)
1736     {
1737       evt = e;
1738     }
1739
1740     public void stopScrolling()
1741     {
1742       running = false;
1743     }
1744
1745     @Override
1746     public void run()
1747     {
1748       running = true;
1749       while (running)
1750       {
1751
1752         if (evt != null)
1753         {
1754
1755           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1756           {
1757             running = ap.scrollUp(true);
1758           }
1759
1760           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1761                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1762           {
1763             running = ap.scrollUp(false);
1764           }
1765
1766           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1767           {
1768             running = ap.scrollRight(false);
1769           }
1770
1771           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1772           {
1773             running = ap.scrollRight(true);
1774           }
1775         }
1776
1777         try
1778         {
1779           Thread.sleep(75);
1780         } catch (Exception ex)
1781         {
1782         }
1783       }
1784     }
1785   }
1786
1787   /**
1788    * modify current selection according to a received message.
1789    */
1790   @Override
1791   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1792           SelectionSource source)
1793   {
1794     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1795     // handles selection messages...
1796     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1797     // shared between viewports.
1798     if (av != null
1799             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1800                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1801     {
1802       return;
1803     }
1804
1805     /*
1806      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1807      * complement.
1808      */
1809     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1810     {
1811       return;
1812     }
1813
1814     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1815     // suspect)
1816     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1817     // sequence selection
1818     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1819     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1820     {
1821       SequenceGroup sgroup = null;
1822       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1823       {
1824         if (av.getAlignment() == null)
1825         {
1826           System.out
1827                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1828                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1829                           + av.getViewId()
1830                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1831           return;
1832         }
1833         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1834                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1835         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1836                 && (colsel == null || colsel.isEmpty()))
1837         {
1838           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1839           copycolsel = false;
1840         }
1841       }
1842       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1843       {
1844         av.setSelectionGroup(sgroup);
1845       }
1846       else
1847       {
1848         av.setSelectionGroup(null);
1849       }
1850       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1851     }
1852     if (copycolsel
1853             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1854                     .isColSelChanged(true)))
1855     {
1856       // the current selection is unset or from a previous message
1857       // so import the new colsel.
1858       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1859       {
1860         if (av.getColumnSelection() != null)
1861         {
1862           av.getColumnSelection().clear();
1863         }
1864       }
1865       else
1866       {
1867         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1868         if (av.getColumnSelection() == null)
1869         {
1870           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1871         }
1872         else
1873         {
1874           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1875         }
1876       }
1877       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1878     }
1879     if (copycolsel
1880             && av.hasHiddenColumns()
1881             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1882                     .getHiddenColumns() == null))
1883     {
1884       System.err.println("Bad things");
1885     }
1886     if (repaint)
1887     {
1888       ap.scalePanelHolder.repaint();
1889       ap.repaint();
1890     }
1891   }
1892
1893   /**
1894    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1895    *
1896    * @param row
1897    * @param column
1898    */
1899   public void scrollTo(int row, int column)
1900   {
1901
1902     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1903     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1904     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1905   }
1906
1907   /**
1908    * scroll to the given row - or nearest visible location
1909    *
1910    * @param row
1911    */
1912   public void scrollToRow(int row)
1913   {
1914
1915     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1916     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1917   }
1918
1919   /**
1920    * scroll to the given column - or nearest visible location
1921    *
1922    * @param column
1923    */
1924   public void scrollToColumn(int column)
1925   {
1926
1927     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1928     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1929   }
1930
1931   /**
1932    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1933    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1934    * returns false.
1935    *
1936    * @param seqsel
1937    * @param colsel
1938    * @param source
1939    */
1940   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1941           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1942   {
1943     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1944     {
1945       return false;
1946     }
1947     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1948     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1949             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1950     {
1951       return false;
1952     }
1953
1954     /*
1955      * Map sequence selection
1956      */
1957     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1958     av.setSelectionGroup(sg);
1959     av.isSelectionGroupChanged(true);
1960
1961     /*
1962      * Map column selection
1963      */
1964     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1965             av);
1966     av.setColumnSelection(cs);
1967
1968     ap.scalePanelHolder.repaint();
1969     ap.repaint();
1970
1971     return true;
1972   }
1973
1974 }